ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50404

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.001, 0.017, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C1' A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.017
N6 A 0, -0.006, 0.029, 0.063, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.029 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.038, 0.078, 0.118, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.078 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.029, 0.072, 0.115, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.072 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.043, 0.090, 0.137, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.090 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.053, 0.116, 0.178, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.116 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.048, 0.111, 0.174, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.111 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.080, 0.173, 0.266, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.173 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.084, 0.194, 0.303, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.194 std_dev=0.110
P A 0, 0.146, 0.325, 0.504, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.325 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.081, 0.310, 0.540, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.310 std_dev=0.230
C4' B 0, 0.081, 0.316, 0.551, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.316 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.120, 0.357, 0.593, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.357 std_dev=0.237
O2 B 0, 0.114, 0.355, 0.596, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.355 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.072, 0.322, 0.572, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.322 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.062, 0.321, 0.580, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.321 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.146, 0.406, 0.665, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.406 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.048, 0.320, 0.592, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.320 std_dev=0.272
O5' B 0, 0.102, 0.374, 0.646, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.374 std_dev=0.272
C3' B 0, 0.041, 0.319, 0.597, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.319 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.047, 0.341, 0.635, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.341 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.079, 0.383, 0.687, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.383 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.144, 0.452, 0.760, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.452 std_dev=0.308
O5' A 0, 0.049, 0.365, 0.681, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.365 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.053, 0.370, 0.688, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.370 std_dev=0.317
P B 0, 0.154, 0.487, 0.819, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.487 std_dev=0.333
N3 B 0, 0.077, 0.442, 0.806, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.442 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.186, 0.578, 0.970, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.578 std_dev=0.392
C6 B 0, 0.026, 0.424, 0.822, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.424 std_dev=0.398
OP2 B 0, 0.174, 0.606, 1.037, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.606 std_dev=0.431
C4 B 0, 0.049, 0.489, 0.929, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.489 std_dev=0.440
C5 B 0, 0.024, 0.484, 0.944, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.484 std_dev=0.460
N4 B 0, 0.058, 0.559, 1.059, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.559 std_dev=0.501

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.37 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.10 0.11 0.43 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.35 0.12
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.30 0.12
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.09 0.44 0.15
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.18 0.13 0.41 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.18 0.15 0.38 0.13
C8 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.24 0.08 0.40 0.11
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.14 0.14 0.40 0.15
N3 0.03 0.00 0.07 0.08 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.09 0.08 0.44 0.17
N6 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.22 0.16 0.31 0.09
N7 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.24 0.13 0.38 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.04 0.42 0.13
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.33 0.11
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.09 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.12 0.26 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.30 0.05
O5' 0.11 0.10 0.01 0.09 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.24 0.14 0.09 0.22 0.24 0.15 0.04 0.20 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.07 0.09 0.09 0.18 0.13 0.23 0.15 0.08 0.14 0.08 0.16 0.13 0.04 0.12 0.12 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.43 0.35 0.30 0.44 0.24 0.41 0.12 0.38 0.40 0.40 0.44 0.31 0.38 0.42 0.33 0.26 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.12 0.12 0.15 0.05 0.13 0.00 0.13 0.11 0.15 0.17 0.09 0.11 0.13 0.11 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.24 0.19 0.22 0.19 0.22 0.12 0.23 0.24 0.23 0.21 0.25 0.28 0.17 0.24 0.10 0.02 0.16 0.09
C2 0.23 0.19 0.25 0.17 0.13 0.13 0.11 0.02 0.14 0.19 0.16 0.11 0.22 0.31 0.16 0.17 0.03 0.13 0.05 0.05
C2' 0.25 0.23 0.23 0.19 0.23 0.20 0.25 0.15 0.25 0.24 0.22 0.22 0.22 0.26 0.17 0.23 0.13 0.07 0.21 0.14
C3' 0.23 0.22 0.22 0.18 0.24 0.18 0.26 0.15 0.26 0.24 0.22 0.24 0.21 0.24 0.16 0.22 0.14 0.10 0.24 0.16
C4 0.25 0.24 0.25 0.18 0.21 0.16 0.20 0.07 0.21 0.23 0.22 0.20 0.26 0.29 0.16 0.21 0.06 0.06 0.14 0.05
C4' 0.25 0.23 0.23 0.19 0.23 0.19 0.24 0.14 0.24 0.24 0.23 0.23 0.23 0.27 0.17 0.23 0.12 0.05 0.19 0.13
C5 0.22 0.23 0.22 0.14 0.20 0.11 0.18 0.02 0.18 0.21 0.22 0.20 0.25 0.26 0.11 0.17 0.03 0.10 0.13 0.04
C5' 0.26 0.25 0.24 0.19 0.26 0.19 0.26 0.14 0.26 0.25 0.25 0.26 0.25 0.28 0.17 0.24 0.12 0.06 0.21 0.13
C6 0.18 0.19 0.19 0.11 0.15 0.06 0.12 0.05 0.13 0.16 0.18 0.15 0.22 0.23 0.09 0.10 0.04 0.14 0.08 0.04
C8 0.25 0.26 0.23 0.16 0.24 0.15 0.23 0.07 0.23 0.24 0.25 0.24 0.27 0.27 0.13 0.21 0.07 0.05 0.18 0.08
N1 0.18 0.17 0.20 0.11 0.11 0.05 0.09 0.07 0.10 0.15 0.15 0.11 0.21 0.26 0.10 0.09 0.06 0.17 0.05 0.07
N3 0.26 0.22 0.27 0.21 0.18 0.19 0.17 0.08 0.20 0.23 0.20 0.16 0.24 0.32 0.19 0.23 0.06 0.07 0.11 0.04
N6 0.12 0.15 0.14 0.08 0.12 0.06 0.09 0.11 0.08 0.12 0.15 0.13 0.19 0.17 0.08 0.05 0.08 0.18 0.07 0.07
N7 0.22 0.24 0.21 0.14 0.22 0.11 0.20 0.03 0.20 0.22 0.24 0.23 0.26 0.25 0.11 0.17 0.04 0.08 0.16 0.05
N9 0.26 0.26 0.25 0.19 0.23 0.18 0.23 0.10 0.23 0.25 0.25 0.23 0.27 0.29 0.16 0.23 0.09 0.04 0.17 0.08
O2' 0.26 0.23 0.24 0.22 0.23 0.23 0.25 0.19 0.26 0.25 0.22 0.22 0.22 0.27 0.20 0.25 0.16 0.11 0.21 0.17
O3' 0.22 0.20 0.21 0.19 0.24 0.19 0.27 0.18 0.27 0.23 0.21 0.24 0.17 0.23 0.17 0.21 0.17 0.17 0.29 0.21
O4' 0.26 0.24 0.25 0.19 0.23 0.19 0.23 0.12 0.23 0.24 0.23 0.22 0.25 0.29 0.17 0.24 0.10 0.02 0.16 0.09
O5' 0.31 0.28 0.32 0.27 0.25 0.26 0.26 0.19 0.28 0.29 0.26 0.24 0.29 0.38 0.26 0.29 0.15 0.08 0.21 0.15
OP1 0.15 0.13 0.15 0.13 0.17 0.12 0.20 0.11 0.19 0.15 0.13 0.19 0.13 0.19 0.11 0.15 0.12 0.13 0.29 0.19
OP2 0.23 0.18 0.26 0.29 0.12 0.30 0.13 0.34 0.16 0.19 0.14 0.09 0.21 0.27 0.33 0.24 0.32 0.39 0.18 0.28
P 0.12 0.10 0.12 0.07 0.10 0.06 0.10 0.03 0.09 0.10 0.10 0.11 0.13 0.17 0.07 0.08 0.04 0.09 0.10 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.08 0.14 0.08
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01
C5 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.14 0.09
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.06 0.13 0.08
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.12 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.14 0.08
N4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.13 0.08
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.12 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.07 0.09 0.03 0.08 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.13 0.01 0.04 0.14 0.02 0.14 0.01 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.01 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00