ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50406

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.003, 0.026, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.004, 0.034, 0.063, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.003, 0.036, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.036 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.002, 0.046, 0.089, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.046 std_dev=0.043
N6 A 0, 0.012, 0.057, 0.102, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.045
C1' B 0, 0.220, 0.522, 0.824, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.522 std_dev=0.302
O4' B 0, -0.030, 0.364, 0.757, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.364 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.322, 0.785, 1.247, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.785 std_dev=0.462
C2' B 0, 0.243, 0.738, 1.234, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.738 std_dev=0.495
C5' B 0, 0.283, 0.791, 1.298, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.791 std_dev=0.507
O2' B 0, 0.324, 0.842, 1.360, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.842 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.277, 0.797, 1.317, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.797 std_dev=0.520
C2 B 0, 0.238, 1.010, 1.782, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.010 std_dev=0.772
C4 B 0, 0.653, 1.565, 2.477, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.565 std_dev=0.912
N3 B 0, 0.189, 1.142, 2.095, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.142 std_dev=0.953
O5' B 0, 0.213, 1.188, 2.163, 2.572 max_d=2.572 avg_d=1.188 std_dev=0.975
C3' B 0, 0.445, 1.422, 2.398, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.422 std_dev=0.977
OP1 B 0, 0.420, 1.401, 2.383, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.401 std_dev=0.982
O2 B 0, 0.690, 1.688, 2.686, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.688 std_dev=0.998
C6 B 0, 0.334, 1.373, 2.413, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.373 std_dev=1.040
C4' A 0, 0.446, 1.544, 2.642, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.544 std_dev=1.098
P B 0, 0.328, 1.479, 2.630, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.479 std_dev=1.151
N4 B 0, 0.831, 1.988, 3.145, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.988 std_dev=1.157
O4' A 0, 0.004, 1.180, 2.356, 2.423 max_d=2.423 avg_d=1.180 std_dev=1.176
C2' A 0, 0.016, 1.220, 2.424, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.220 std_dev=1.204
C5 B 0, 0.507, 1.802, 3.098, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.802 std_dev=1.295
C3' A 0, 0.242, 1.681, 3.121, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.681 std_dev=1.439
O3' B 0, 0.765, 2.335, 3.906, 4.222 max_d=4.222 avg_d=2.335 std_dev=1.571
O2' A 0, 0.231, 1.950, 3.669, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.950 std_dev=1.719
OP2 B 0, 0.521, 2.269, 4.017, 4.246 max_d=4.246 avg_d=2.269 std_dev=1.748
O3' A 0, 0.219, 1.979, 3.739, 4.177 max_d=4.177 avg_d=1.979 std_dev=1.760
C5' A 0, 0.962, 3.224, 5.485, 5.833 max_d=5.833 avg_d=3.224 std_dev=2.262
O5' A 0, 0.689, 3.920, 7.150, 7.421 max_d=7.421 avg_d=3.920 std_dev=3.230
P A 0, 0.988, 5.463, 9.938, 10.314 max_d=10.314 avg_d=5.463 std_dev=4.475
OP2 A 0, 1.096, 5.639, 10.182, 10.756 max_d=10.756 avg_d=5.639 std_dev=4.543
OP1 A 0, 1.121, 6.479, 11.838, 12.005 max_d=12.005 avg_d=6.479 std_dev=5.358

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.31 0.00 0.36 0.40 0.58 0.27
C2 0.06 0.00 0.62 1.00 0.02 0.41 0.01 0.79 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.40 0.98 0.33 0.94 0.93 0.77 0.88
C2' 0.01 0.62 0.00 0.01 0.33 0.04 0.14 0.20 0.26 0.32 0.48 0.63 0.16 0.17 0.02 0.00 0.06 0.01 0.10 0.34 0.85 0.45
C3' 0.02 1.00 0.01 0.00 0.59 0.01 0.45 0.02 0.62 0.08 0.86 0.95 0.53 0.13 0.20 0.01 0.01 0.03 0.35 0.56 0.76 0.58
C4 0.03 0.02 0.33 0.59 0.00 0.32 0.01 0.64 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.50 0.17 0.90 0.86 0.49 0.69
C4' 0.02 0.41 0.04 0.01 0.32 0.00 0.31 0.00 0.36 0.14 0.41 0.38 0.35 0.23 0.18 0.18 0.05 0.00 0.02 0.07 0.26 0.12
C5 0.03 0.01 0.14 0.45 0.01 0.31 0.00 0.71 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.19 0.38 0.09 1.05 1.06 0.46 0.81
C5' 0.11 0.79 0.20 0.02 0.64 0.00 0.71 0.00 0.80 0.46 0.84 0.69 0.82 0.61 0.43 0.11 0.15 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01
C6 0.04 0.01 0.26 0.62 0.02 0.36 0.02 0.80 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.56 0.16 1.13 1.16 0.56 0.96
C8 0.01 0.02 0.32 0.08 0.01 0.14 0.01 0.46 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.56 0.29 0.13 0.82 0.86 0.57 0.52
N1 0.05 0.00 0.48 0.86 0.02 0.41 0.01 0.84 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.83 0.25 1.08 1.11 0.74 0.99
N3 0.06 0.00 0.63 0.95 0.01 0.38 0.00 0.69 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.41 0.88 0.34 0.82 0.78 0.63 0.71
N6 0.05 0.02 0.16 0.53 0.03 0.35 0.03 0.82 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.22 0.48 0.12 1.19 1.27 0.52 1.02
N7 0.00 0.01 0.17 0.13 0.00 0.23 0.00 0.61 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.48 0.19 0.07 1.01 1.05 0.46 0.72
N9 0.00 0.03 0.02 0.20 0.01 0.18 0.02 0.43 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.19 0.24 0.01 0.73 0.72 0.51 0.48
O2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.11 0.18 0.19 0.11 0.11 0.56 0.22 0.41 0.22 0.48 0.19 0.00 0.05 0.20 0.14 0.28 0.70 0.36
O3' 0.31 0.98 0.06 0.01 0.50 0.05 0.38 0.15 0.56 0.29 0.83 0.88 0.48 0.19 0.24 0.05 0.00 0.22 0.59 0.84 0.78 0.73
O4' 0.00 0.33 0.01 0.03 0.17 0.00 0.09 0.01 0.16 0.13 0.25 0.34 0.12 0.07 0.01 0.20 0.22 0.00 0.43 0.55 0.48 0.34
O5' 0.36 0.94 0.10 0.35 0.90 0.02 1.05 0.00 1.13 0.82 1.08 0.82 1.19 1.01 0.73 0.14 0.59 0.43 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.40 0.93 0.34 0.56 0.86 0.07 1.06 0.10 1.16 0.86 1.11 0.78 1.27 1.05 0.72 0.28 0.84 0.55 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.58 0.77 0.85 0.76 0.49 0.26 0.46 0.08 0.56 0.57 0.74 0.63 0.52 0.46 0.51 0.70 0.78 0.48 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.88 0.45 0.58 0.69 0.12 0.81 0.01 0.96 0.52 0.99 0.71 1.02 0.72 0.48 0.36 0.73 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.37 0.07 0.13 0.93 0.17 1.17 0.20 0.96 0.51 0.57 1.08 0.27 0.29 0.31 0.13 0.61 0.50 1.28 0.85
C2 0.28 0.56 0.19 0.14 1.13 0.33 1.29 0.30 1.08 0.66 0.80 1.23 0.36 0.26 0.54 0.11 0.47 0.32 0.96 0.54
C2' 1.22 1.20 1.06 1.00 1.67 0.92 1.94 1.09 1.83 1.42 1.34 1.73 0.89 1.32 0.79 1.16 1.56 1.25 1.97 1.68
C3' 1.47 1.62 1.27 1.21 2.14 1.07 2.38 1.18 2.21 1.78 1.81 2.23 1.30 1.45 1.02 1.36 1.78 1.25 2.26 1.87
C4 0.27 0.51 0.12 0.14 1.16 0.29 1.35 0.25 1.10 0.63 0.77 1.33 0.34 0.27 0.54 0.07 0.57 0.41 1.22 0.74
C4' 0.43 0.79 0.18 0.13 1.50 0.14 1.68 0.07 1.33 0.84 1.10 1.72 0.49 0.30 0.17 0.29 0.68 0.40 1.63 0.95
C5 0.27 0.57 0.12 0.18 1.27 0.34 1.41 0.24 1.11 0.65 0.88 1.48 0.40 0.24 0.71 0.06 0.51 0.36 1.22 0.71
C5' 0.46 1.13 0.28 0.34 2.07 0.47 2.15 0.48 1.60 1.06 1.60 2.42 0.77 0.28 0.56 0.26 0.48 0.54 1.60 0.73
C6 0.26 0.63 0.15 0.21 1.30 0.38 1.38 0.26 1.08 0.66 0.95 1.52 0.44 0.22 0.80 0.10 0.45 0.31 1.10 0.61
C8 0.27 0.52 0.09 0.16 1.21 0.29 1.39 0.20 1.10 0.62 0.80 1.43 0.35 0.26 0.60 0.08 0.58 0.43 1.34 0.82
N1 0.26 0.63 0.18 0.17 1.24 0.37 1.31 0.28 1.04 0.66 0.93 1.39 0.44 0.22 0.73 0.13 0.41 0.29 0.97 0.52
N3 0.28 0.48 0.16 0.15 1.06 0.28 1.29 0.29 1.09 0.62 0.70 1.18 0.31 0.29 0.43 0.08 0.57 0.39 1.10 0.67
N6 0.25 0.66 0.16 0.25 1.35 0.40 1.38 0.27 1.06 0.66 1.01 1.60 0.47 0.20 0.91 0.12 0.42 0.29 1.09 0.59
N7 0.27 0.57 0.10 0.20 1.28 0.34 1.43 0.22 1.12 0.65 0.88 1.53 0.40 0.24 0.73 0.05 0.54 0.39 1.30 0.77
N9 0.27 0.47 0.10 0.13 1.11 0.25 1.32 0.21 1.07 0.59 0.72 1.29 0.32 0.28 0.47 0.10 0.60 0.46 1.31 0.82
O2' 1.27 1.04 1.23 1.28 1.42 1.20 1.76 1.43 1.73 1.34 1.10 1.43 0.76 1.54 1.18 1.25 1.78 1.74 2.11 1.97
O3' 1.78 1.77 1.67 1.75 2.13 1.59 2.38 1.76 2.32 1.96 1.87 2.15 1.52 1.87 1.70 1.71 2.28 1.94 2.54 2.44
O4' 0.36 0.20 0.54 0.62 0.77 0.81 0.96 0.65 0.60 0.15 0.37 1.03 0.49 0.38 0.85 0.52 0.10 0.18 1.07 0.46
O5' 0.36 1.18 0.22 0.46 2.20 0.65 2.15 0.72 1.50 1.01 1.73 2.66 0.83 0.19 0.75 0.28 0.25 0.63 1.25 0.30
OP1 0.32 1.34 0.41 0.69 2.54 0.83 2.36 0.88 1.56 1.06 2.03 3.19 0.93 0.45 1.03 0.30 0.38 0.82 1.28 0.36
OP2 0.78 1.80 0.54 0.37 3.14 0.38 3.12 0.33 2.30 1.64 2.50 3.74 1.27 0.47 0.50 0.44 0.92 0.47 2.42 1.22
P 0.39 1.46 0.23 0.51 2.72 0.71 2.60 0.74 1.78 1.22 2.16 3.34 1.00 0.28 0.90 0.20 0.34 0.53 1.57 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.23 0.01 0.11 0.14 0.21 0.16
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.02 0.04 0.03 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.12 0.03
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.18 0.17 0.02 0.13 0.02 0.33 0.00 0.04 0.02 0.40 0.41 0.54 0.46
C3' 0.03 0.27 0.01 0.00 0.40 0.01 0.41 0.02 0.36 0.26 0.34 0.43 0.21 0.03 0.01 0.02 0.05 0.28 0.09 0.12
C4 0.01 0.02 0.02 0.40 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.36 0.26 0.03 0.35 0.34 0.32 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.18 0.00 0.27 0.01 0.27 0.11 0.08 0.20 0.10 0.32 0.04 0.00 0.02 0.14 0.05 0.04
C5 0.01 0.03 0.13 0.41 0.01 0.27 0.00 0.34 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.44 0.32 0.13 0.42 0.38 0.32 0.31
C5' 0.08 0.15 0.18 0.02 0.27 0.01 0.34 0.00 0.30 0.14 0.19 0.29 0.18 0.12 0.16 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.17 0.36 0.01 0.27 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.39 0.25 0.17 0.32 0.25 0.14 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.07 0.02 0.13 0.12 0.09 0.01
N3 0.02 0.01 0.13 0.34 0.01 0.08 0.02 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.17 0.09 0.24 0.23 0.22 0.12
N4 0.01 0.01 0.02 0.43 0.00 0.20 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.39 0.31 0.03 0.40 0.41 0.42 0.32
O2 0.04 0.01 0.33 0.21 0.03 0.10 0.03 0.18 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.26 0.22 0.07 0.13 0.12 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.36 0.32 0.44 0.12 0.39 0.19 0.22 0.39 0.19 0.00 0.08 0.23 0.27 0.31 0.58 0.35
O3' 0.23 0.13 0.04 0.01 0.26 0.04 0.32 0.16 0.25 0.07 0.17 0.31 0.26 0.08 0.00 0.17 0.17 0.49 0.24 0.26
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.13 0.02 0.17 0.02 0.09 0.03 0.22 0.23 0.17 0.00 0.08 0.03 0.23 0.17
O5' 0.11 0.13 0.40 0.05 0.35 0.02 0.42 0.01 0.32 0.13 0.24 0.40 0.07 0.27 0.17 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.14 0.14 0.41 0.28 0.34 0.14 0.38 0.05 0.25 0.12 0.23 0.41 0.13 0.31 0.49 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.12 0.54 0.09 0.32 0.05 0.32 0.02 0.14 0.09 0.22 0.42 0.12 0.58 0.24 0.23 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.03 0.46 0.12 0.25 0.04 0.31 0.02 0.17 0.01 0.12 0.32 0.10 0.35 0.26 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00