ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50407

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, -0.001, 0.004, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.003, 0.006, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.009
N7 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N3 A 0, -0.004, 0.009, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.005, 0.009, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.014
N9 A 0, -0.006, 0.014, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.020
C8 A 0, -0.007, 0.015, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.022
N6 A 0, -0.006, 0.023, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.002, 0.388, 0.773, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.388 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.007, 0.484, 0.961, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.484 std_dev=0.477
C3' B 0, 0.010, 0.532, 1.055, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.532 std_dev=0.522
C4' A 0, -0.347, 0.601, 1.549, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.601 std_dev=0.948
C1' B 0, -0.154, 0.827, 1.809, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.827 std_dev=0.982
C4' B 0, -0.167, 0.867, 1.901, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.867 std_dev=1.034
O4' A 0, -0.406, 0.633, 1.673, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.633 std_dev=1.039
C2' A 0, -0.415, 0.643, 1.700, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.643 std_dev=1.057
C6 B 0, -0.173, 1.012, 2.197, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.012 std_dev=1.185
O4' B 0, -0.252, 0.959, 2.170, 2.970 max_d=2.970 avg_d=0.959 std_dev=1.211
O3' B 0, -0.208, 1.020, 2.248, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.020 std_dev=1.228
OP2 B 0, -0.153, 1.143, 2.440, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.143 std_dev=1.296
O5' B 0, -0.247, 1.080, 2.408, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.080 std_dev=1.327
C3' A 0, -0.506, 0.822, 2.149, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.822 std_dev=1.327
N1 B 0, -0.331, 1.145, 2.621, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.145 std_dev=1.476
C5' B 0, -0.369, 1.213, 2.796, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.213 std_dev=1.582
O2' A 0, -0.667, 0.981, 2.629, 3.835 max_d=3.835 avg_d=0.981 std_dev=1.648
C5 B 0, -0.337, 1.324, 2.984, 4.076 max_d=4.076 avg_d=1.324 std_dev=1.660
O3' A 0, -0.639, 1.059, 2.756, 3.995 max_d=3.995 avg_d=1.059 std_dev=1.698
P B 0, -0.424, 1.510, 3.444, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.510 std_dev=1.934
C5' A 0, -0.806, 1.328, 3.462, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.328 std_dev=2.134
C2 B 0, -0.750, 1.694, 4.139, 5.884 max_d=5.884 avg_d=1.694 std_dev=2.444
C4 B 0, -0.763, 1.877, 4.517, 6.385 max_d=6.385 avg_d=1.877 std_dev=2.640
OP1 B 0, -0.673, 1.969, 4.611, 6.440 max_d=6.440 avg_d=1.969 std_dev=2.642
O2 B 0, -0.925, 1.855, 4.634, 6.641 max_d=6.641 avg_d=1.855 std_dev=2.780
O5' A 0, -1.121, 1.771, 4.664, 6.778 max_d=6.778 avg_d=1.771 std_dev=2.893
N3 B 0, -0.976, 2.068, 5.111, 7.298 max_d=7.298 avg_d=2.068 std_dev=3.044
N4 B 0, -0.992, 2.258, 5.507, 7.827 max_d=7.827 avg_d=2.258 std_dev=3.250
P A 0, -1.647, 2.562, 6.771, 9.848 max_d=9.848 avg_d=2.562 std_dev=4.209
OP1 A 0, -1.702, 2.779, 7.259, 10.531 max_d=10.531 avg_d=2.779 std_dev=4.480
OP2 A 0, -1.814, 2.935, 7.683, 11.151 max_d=11.151 avg_d=2.935 std_dev=4.749

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.01 0.09 0.22 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.35 0.23 0.01 0.24 0.00 0.38 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.57 0.37 0.22 0.62 0.95 0.21 0.61
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.15 0.01 0.01 0.14 0.09 0.24 0.24 0.38 0.02 0.19 0.04 0.01 0.02 0.07 0.31 0.31 0.35 0.34
C3' 0.05 0.23 0.00 0.00 0.04 0.00 0.26 0.02 0.17 0.57 0.05 0.27 0.28 0.53 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.23 0.03
C4 0.00 0.01 0.15 0.04 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.43 0.22 0.11 0.08 0.33 0.50 0.10
C4' 0.07 0.24 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.31 0.14 0.26 0.08 0.27 0.07 0.27 0.03 0.01 0.03 0.06 0.26 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.26 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.06 0.04 0.36 0.13 1.16 0.57
C5' 0.05 0.38 0.14 0.02 0.03 0.01 0.23 0.00 0.11 0.63 0.17 0.39 0.26 0.59 0.19 0.13 0.13 0.02 0.01 0.03 0.38 0.03
C6 0.00 0.01 0.09 0.17 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.50 0.10 0.09 0.18 0.16 1.04 0.37
C8 0.01 0.02 0.24 0.57 0.01 0.31 0.02 0.63 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.18 0.13 0.14 0.97 0.71 1.63 1.18
N1 0.00 0.00 0.24 0.05 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.57 0.25 0.17 0.28 0.62 0.44 0.22
N3 0.01 0.00 0.38 0.27 0.00 0.26 0.01 0.39 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.52 0.41 0.22 0.64 0.89 0.27 0.61
N6 0.01 0.02 0.02 0.28 0.00 0.08 0.01 0.26 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.49 0.02 0.06 0.42 0.18 1.46 0.68
N7 0.00 0.01 0.19 0.53 0.01 0.27 0.01 0.59 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.29 0.14 0.09 0.93 0.70 1.85 1.22
N9 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.14 0.01 0.27 0.06 0.71 0.40
O2' 0.01 0.57 0.01 0.01 0.43 0.27 0.42 0.13 0.50 0.18 0.57 0.52 0.49 0.29 0.25 0.00 0.06 0.17 0.18 0.10 0.37 0.22
O3' 0.34 0.37 0.02 0.00 0.22 0.03 0.06 0.13 0.10 0.13 0.25 0.41 0.02 0.14 0.14 0.06 0.00 0.14 0.24 0.45 0.10 0.21
O4' 0.01 0.22 0.07 0.01 0.11 0.01 0.04 0.02 0.09 0.14 0.17 0.22 0.06 0.09 0.01 0.17 0.14 0.00 0.14 0.30 0.08 0.07
O5' 0.09 0.62 0.31 0.02 0.08 0.03 0.36 0.01 0.18 0.97 0.28 0.64 0.42 0.93 0.27 0.18 0.24 0.14 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.22 0.95 0.31 0.09 0.33 0.06 0.13 0.03 0.16 0.71 0.62 0.89 0.18 0.70 0.06 0.10 0.45 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.21 0.35 0.23 0.50 0.26 1.16 0.38 1.04 1.63 0.44 0.27 1.46 1.85 0.71 0.37 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.61 0.34 0.03 0.10 0.03 0.57 0.03 0.37 1.18 0.22 0.61 0.68 1.22 0.40 0.22 0.21 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.50 0.25 0.03 0.07 0.27 0.65 0.37 0.81 0.44 0.39 0.20 0.22 0.20 0.05 0.22 0.85 0.75 0.89 0.64 0.92
C2 0.36 0.20 0.04 0.19 0.20 0.70 0.19 0.81 0.25 0.18 0.27 0.24 0.27 0.10 0.13 0.77 0.67 0.82 0.50 0.78
C2' 0.99 0.90 0.57 0.59 0.92 1.02 0.97 1.12 0.99 0.96 0.87 0.88 0.86 0.46 0.31 1.20 1.12 1.19 1.04 1.25
C3' 0.87 0.72 0.49 0.51 0.70 0.94 0.77 1.04 0.81 0.79 0.66 0.64 0.70 0.44 0.27 1.09 0.99 1.08 0.87 1.12
C4 0.41 0.17 0.06 0.19 0.17 0.80 0.19 0.98 0.31 0.19 0.29 0.27 0.30 0.08 0.11 0.90 0.85 1.08 0.69 1.03
C4' 0.73 0.44 0.30 0.35 0.33 0.90 0.44 1.01 0.54 0.56 0.32 0.24 0.45 0.35 0.11 1.04 0.89 1.00 0.71 1.02
C5 0.30 0.57 0.15 0.28 0.48 0.95 0.08 1.20 0.18 0.04 0.74 0.63 0.83 0.15 0.22 0.96 1.02 1.40 0.82 1.26
C5' 0.81 0.39 0.49 0.54 0.18 1.08 0.31 1.15 0.48 0.55 0.20 0.13 0.47 0.65 0.39 1.14 0.94 1.05 0.65 1.02
C6 0.19 0.88 0.22 0.35 0.72 1.01 0.22 1.28 0.05 0.24 1.05 0.87 1.22 0.20 0.34 0.93 1.05 1.48 0.81 1.29
C8 0.39 0.33 0.10 0.24 0.29 0.92 0.12 1.17 0.30 0.12 0.50 0.45 0.53 0.10 0.14 0.99 1.03 1.39 0.87 1.29
N1 0.18 0.68 0.18 0.32 0.52 0.92 0.17 1.09 0.08 0.18 0.77 0.62 0.95 0.20 0.31 0.86 0.87 1.17 0.64 1.03
N3 0.44 0.18 0.01 0.12 0.20 0.65 0.28 0.76 0.35 0.30 0.17 0.19 0.14 0.04 0.13 0.79 0.67 0.78 0.53 0.78
N6 0.16 1.35 0.30 0.42 1.14 1.10 0.46 1.47 0.15 0.51 1.59 1.33 1.77 0.25 0.47 0.90 1.19 1.81 0.93 1.51
N7 0.31 0.63 0.16 0.30 0.55 1.00 0.06 1.29 0.19 0.06 0.84 0.74 0.90 0.15 0.23 1.00 1.11 1.57 0.93 1.41
N9 0.45 0.09 0.04 0.16 0.13 0.79 0.24 0.98 0.36 0.25 0.20 0.20 0.18 0.05 0.11 0.92 0.88 1.11 0.73 1.08
O2' 1.40 1.57 0.84 0.82 1.67 1.22 1.64 1.33 1.56 1.52 1.64 1.70 1.51 0.58 0.39 1.54 1.46 1.44 1.50 1.61
O3' 1.06 1.02 0.63 0.65 1.10 1.07 1.16 1.20 1.14 1.08 1.03 1.09 0.95 0.49 0.35 1.28 1.23 1.33 1.19 1.40
O4' 0.60 0.22 0.14 0.22 0.15 0.85 0.25 0.98 0.37 0.38 0.12 0.17 0.23 0.24 0.07 0.99 0.82 0.96 0.62 0.96
O5' 1.05 0.48 0.86 0.93 0.20 1.40 0.38 1.45 0.62 0.70 0.22 0.12 0.57 1.10 0.88 1.36 1.17 1.29 0.80 1.21
OP1 1.30 0.54 1.22 1.34 0.18 1.84 0.40 1.89 0.73 0.83 0.20 0.28 0.66 1.57 1.40 1.68 1.49 1.69 1.03 1.52
OP2 0.51 0.23 0.49 0.54 0.66 0.91 0.45 0.89 0.20 0.16 0.56 0.95 0.11 0.83 0.63 0.78 0.51 0.63 0.12 0.49
P 1.01 0.34 0.93 1.00 0.19 1.45 0.19 1.46 0.45 0.57 0.13 0.44 0.48 1.26 1.05 1.32 1.09 1.21 0.62 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.12 0.03
C2 0.02 0.00 0.19 0.23 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.29 0.07 0.14 0.21 0.33 0.19
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.01 0.12 0.02 0.16 0.07 0.34 0.00 0.03 0.01 0.07 0.19 0.13 0.11
C3' 0.04 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.21 0.14 0.32 0.00 0.01 0.04 0.03 0.22 0.04 0.11
C4 0.04 0.03 0.06 0.13 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.18 0.02 0.17 0.37 0.43 0.27
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01
C5 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.14 0.37 0.36 0.23
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.06 0.10 0.10 0.04 0.10 0.06 0.00 0.01 0.12 0.03 0.00
C6 0.02 0.00 0.12 0.05 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.11 0.11 0.26 0.24 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.11 0.17 0.23 0.13
N3 0.03 0.01 0.16 0.21 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.29 0.05 0.17 0.31 0.42 0.26
N4 0.04 0.03 0.07 0.14 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.20 0.02 0.17 0.43 0.47 0.30
O2 0.04 0.01 0.34 0.32 0.03 0.08 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.26 0.41 0.10 0.11 0.14 0.30 0.15
O2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.10 0.05 0.10 0.08 0.01 0.11 0.05 0.26 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01
O3' 0.04 0.29 0.03 0.01 0.18 0.03 0.02 0.06 0.05 0.11 0.29 0.20 0.41 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.07 0.09
O4' 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.03 0.03 0.00 0.05 0.14 0.03 0.10
O5' 0.04 0.14 0.07 0.03 0.17 0.01 0.14 0.01 0.11 0.11 0.17 0.17 0.11 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.21 0.19 0.22 0.37 0.05 0.37 0.12 0.26 0.17 0.31 0.43 0.14 0.06 0.24 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.33 0.13 0.04 0.43 0.00 0.36 0.03 0.24 0.23 0.42 0.47 0.30 0.04 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.19 0.11 0.11 0.27 0.01 0.23 0.00 0.14 0.13 0.26 0.30 0.15 0.01 0.09 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00