ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50408

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.192, 0.455, 0.719, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.455 std_dev=0.263
C2' A 0, 0.210, 0.500, 0.790, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.500 std_dev=0.290
O2' A 0, 0.241, 0.576, 0.911, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.576 std_dev=0.335
O2' B 0, 0.251, 0.630, 1.008, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.630 std_dev=0.378
C4' A 0, 0.291, 0.690, 1.090, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.690 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.328, 0.779, 1.231, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.779 std_dev=0.452
C2' B 0, 0.448, 1.115, 1.782, 1.638 max_d=1.638 avg_d=1.115 std_dev=0.667
O3' A 0, 0.486, 1.156, 1.826, 1.635 max_d=1.635 avg_d=1.156 std_dev=0.670
C5' A 0, 0.501, 1.189, 1.878, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.189 std_dev=0.689
O5' A 0, 0.528, 1.256, 1.984, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.256 std_dev=0.728
C1' B 0, 0.584, 1.430, 2.275, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.430 std_dev=0.845
O2 B 0, 0.670, 1.657, 2.645, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.657 std_dev=0.988
O3' B 0, 0.821, 1.955, 3.090, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.955 std_dev=1.135
C2 B 0, 0.926, 2.204, 3.483, 3.129 max_d=3.129 avg_d=2.204 std_dev=1.279
C3' B 0, 0.937, 2.234, 3.531, 3.114 max_d=3.114 avg_d=2.234 std_dev=1.297
N1 B 0, 0.993, 2.368, 3.743, 3.293 max_d=3.293 avg_d=2.368 std_dev=1.375
O4' B 0, 1.080, 2.567, 4.054, 3.540 max_d=3.540 avg_d=2.567 std_dev=1.487
P A 0, 1.179, 2.797, 4.415, 3.857 max_d=3.857 avg_d=2.797 std_dev=1.618
C4' B 0, 1.278, 3.027, 4.777, 4.121 max_d=4.121 avg_d=3.027 std_dev=1.750
OP1 A 0, 1.382, 3.280, 5.178, 4.545 max_d=4.545 avg_d=3.280 std_dev=1.898
N3 B 0, 1.409, 3.344, 5.280, 4.674 max_d=4.674 avg_d=3.344 std_dev=1.935
OP2 A 0, 1.548, 3.671, 5.793, 5.060 max_d=5.060 avg_d=3.671 std_dev=2.122
C6 B 0, 1.617, 3.845, 6.074, 5.371 max_d=5.371 avg_d=3.845 std_dev=2.229
C4 B 0, 1.908, 4.522, 7.137, 6.253 max_d=6.253 avg_d=4.522 std_dev=2.615
C5' B 0, 1.960, 4.640, 7.320, 6.320 max_d=6.320 avg_d=4.640 std_dev=2.680
C5 B 0, 2.049, 4.863, 7.677, 6.762 max_d=6.762 avg_d=4.863 std_dev=2.814
O5' B 0, 2.259, 5.354, 8.449, 7.270 max_d=7.270 avg_d=5.354 std_dev=3.095
N4 B 0, 2.375, 5.630, 8.885, 7.771 max_d=7.771 avg_d=5.630 std_dev=3.255
P B 0, 3.065, 7.257, 11.450, 9.833 max_d=9.833 avg_d=7.257 std_dev=4.193
OP2 B 0, 3.327, 7.877, 12.427, 10.669 max_d=10.669 avg_d=7.877 std_dev=4.550
OP1 B 0, 3.426, 8.112, 12.798, 10.983 max_d=10.983 avg_d=8.112 std_dev=4.686

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.16 0.04
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.03 0.18 0.05 0.49 0.24
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.20 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.09 0.23 0.10
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.19 0.08 0.48 0.26
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02 0.09
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.23 0.65 0.40
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.27 0.25 0.70 0.43
C8 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.26 0.25 0.57 0.39
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.23 0.15 0.62 0.35
N3 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.03 0.15 0.04 0.40 0.18
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.31 0.35 0.81 0.52
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.30 0.34 0.72 0.49
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.06 0.40 0.22
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.33 0.02 0.14
O3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.10 0.12 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.16 0.18 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.03 0.07
O5' 0.06 0.18 0.13 0.20 0.19 0.00 0.26 0.00 0.27 0.26 0.23 0.15 0.31 0.30 0.17 0.03 0.19 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.05 0.15 0.09 0.08 0.20 0.23 0.05 0.25 0.25 0.15 0.04 0.35 0.34 0.06 0.33 0.16 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.49 0.20 0.23 0.48 0.02 0.65 0.04 0.70 0.57 0.62 0.40 0.81 0.72 0.40 0.02 0.18 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.24 0.04 0.10 0.26 0.09 0.40 0.00 0.43 0.39 0.35 0.18 0.52 0.49 0.22 0.14 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.25 0.07 0.20 0.31 0.55 0.16 0.71 0.06 0.06 0.36 0.40 0.32 0.11 0.21 0.46 0.52 0.69 0.39 0.61
C2 0.12 0.16 0.06 0.16 0.14 0.42 0.05 0.51 0.05 0.01 0.20 0.17 0.25 0.08 0.14 0.40 0.37 0.43 0.27 0.41
C2' 0.29 0.15 0.15 0.38 0.11 0.74 0.11 0.95 0.21 0.14 0.21 0.19 0.27 0.20 0.36 0.64 0.81 1.05 0.72 0.94
C3' 0.27 0.18 0.12 0.35 0.17 0.73 0.10 0.95 0.18 0.11 0.27 0.27 0.30 0.18 0.33 0.64 0.80 1.06 0.71 0.95
C4 0.09 0.28 0.09 0.15 0.33 0.44 0.20 0.54 0.11 0.10 0.38 0.40 0.34 0.08 0.15 0.38 0.36 0.46 0.23 0.42
C4' 0.16 0.27 0.07 0.22 0.34 0.60 0.17 0.79 0.06 0.05 0.40 0.46 0.34 0.12 0.21 0.51 0.61 0.83 0.48 0.73
C5 0.06 0.37 0.14 0.13 0.45 0.34 0.32 0.41 0.21 0.19 0.49 0.53 0.41 0.08 0.14 0.30 0.22 0.29 0.12 0.26
C5' 0.10 0.34 0.10 0.16 0.46 0.54 0.28 0.72 0.13 0.12 0.50 0.59 0.39 0.10 0.16 0.46 0.52 0.73 0.37 0.63
C6 0.09 0.38 0.16 0.14 0.43 0.27 0.32 0.32 0.23 0.22 0.48 0.49 0.43 0.09 0.14 0.24 0.13 0.18 0.14 0.16
C8 0.06 0.38 0.13 0.13 0.50 0.40 0.35 0.51 0.21 0.19 0.53 0.61 0.41 0.09 0.15 0.34 0.29 0.41 0.14 0.35
N1 0.07 0.26 0.13 0.12 0.25 0.29 0.17 0.34 0.11 0.12 0.31 0.29 0.34 0.08 0.12 0.28 0.19 0.23 0.12 0.22
N3 0.14 0.18 0.05 0.19 0.18 0.50 0.07 0.62 0.06 0.01 0.24 0.23 0.26 0.09 0.17 0.44 0.46 0.56 0.35 0.52
N6 0.15 0.47 0.20 0.18 0.55 0.21 0.44 0.24 0.33 0.31 0.59 0.62 0.50 0.11 0.17 0.19 0.13 0.14 0.29 0.14
N7 0.07 0.42 0.16 0.13 0.55 0.33 0.41 0.41 0.27 0.24 0.58 0.66 0.44 0.09 0.14 0.28 0.19 0.28 0.12 0.23
N9 0.09 0.30 0.09 0.16 0.38 0.47 0.24 0.59 0.12 0.12 0.42 0.47 0.36 0.09 0.16 0.40 0.40 0.53 0.25 0.47
O2' 0.33 0.13 0.20 0.44 0.06 0.80 0.18 1.04 0.27 0.20 0.16 0.11 0.24 0.24 0.43 0.68 0.90 1.18 0.85 1.05
O3' 0.36 0.13 0.21 0.46 0.08 0.85 0.22 1.11 0.33 0.22 0.19 0.15 0.27 0.24 0.44 0.75 1.00 1.33 0.95 1.19
O4' 0.07 0.33 0.12 0.15 0.44 0.48 0.29 0.64 0.16 0.15 0.47 0.55 0.36 0.09 0.16 0.40 0.43 0.60 0.29 0.52
O5' 0.13 0.61 0.25 0.13 0.77 0.35 0.57 0.51 0.39 0.38 0.79 0.92 0.62 0.12 0.15 0.24 0.27 0.48 0.13 0.36
OP1 0.06 0.58 0.14 0.17 0.77 0.54 0.52 0.73 0.29 0.30 0.81 0.97 0.61 0.15 0.24 0.39 0.48 0.76 0.27 0.59
OP2 0.54 1.12 0.60 0.42 1.36 0.18 1.13 0.25 0.89 0.86 1.37 1.57 1.11 0.39 0.33 0.24 0.22 0.15 0.49 0.18
P 0.24 0.79 0.33 0.15 1.01 0.28 0.78 0.45 0.56 0.54 1.03 1.20 0.79 0.16 0.12 0.14 0.17 0.40 0.14 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.05 0.10 0.15 0.19 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.14 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.08 0.08
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.07 0.11
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.22 0.24 0.17
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.11 0.23 0.21 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.06 0.08 0.17 0.14 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.12 0.19 0.23 0.16
N4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.25 0.27 0.19
O2 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.08 0.09 0.12 0.18 0.11
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.04 0.15 0.01 0.00 0.00 0.12 0.18 0.09 0.13
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.05 0.06
O5' 0.04 0.10 0.06 0.10 0.12 0.00 0.11 0.00 0.08 0.08 0.12 0.12 0.09 0.02 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.15 0.13 0.15 0.22 0.02 0.23 0.05 0.17 0.13 0.19 0.25 0.12 0.07 0.18 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.19 0.08 0.07 0.24 0.02 0.21 0.05 0.14 0.13 0.23 0.27 0.18 0.04 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.08 0.11 0.17 0.01 0.16 0.00 0.11 0.09 0.16 0.19 0.11 0.03 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00