ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50409

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.005, 0.033, 0.060, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.028
C5 A 0, -0.007, 0.022, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.029
N9 A 0, -0.006, 0.037, 0.081, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.043
C8 A 0, -0.006, 0.046, 0.097, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.046 std_dev=0.051
N7 A 0, -0.005, 0.055, 0.116, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.055 std_dev=0.060
N1 A 0, -0.010, 0.054, 0.118, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.054 std_dev=0.064
N3 A 0, -0.020, 0.066, 0.151, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.066 std_dev=0.086
C2 A 0, -0.019, 0.072, 0.163, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.072 std_dev=0.091
C1' A 0, -0.023, 0.072, 0.167, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.072 std_dev=0.095
O2' B 0, -0.005, 0.193, 0.391, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.193 std_dev=0.198
C2' A 0, -0.107, 0.327, 0.760, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.327 std_dev=0.434
O2' A 0, -0.105, 0.333, 0.771, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.333 std_dev=0.438
O4' A 0, -0.148, 0.410, 0.968, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.410 std_dev=0.558
C4' A 0, -0.203, 0.580, 1.363, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.580 std_dev=0.783
C3' A 0, -0.205, 0.593, 1.391, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.593 std_dev=0.798
C2' B 0, -0.174, 0.634, 1.441, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.634 std_dev=0.808
O3' A 0, -0.313, 0.886, 2.085, 2.581 max_d=2.581 avg_d=0.886 std_dev=1.199
C5' A 0, -0.349, 0.958, 2.264, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.958 std_dev=1.307
O2 B 0, -0.280, 1.144, 2.568, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.144 std_dev=1.424
C3' B 0, -0.363, 1.077, 2.517, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.077 std_dev=1.440
O5' A 0, -0.418, 1.060, 2.538, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.060 std_dev=1.478
O3' B 0, -0.388, 1.151, 2.691, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.151 std_dev=1.539
C1' B 0, -0.391, 1.187, 2.764, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.187 std_dev=1.578
C4' B 0, -0.415, 1.180, 2.776, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.180 std_dev=1.596
O4' B 0, -0.510, 1.434, 3.377, 4.181 max_d=4.181 avg_d=1.434 std_dev=1.943
C2 B 0, -0.463, 1.530, 3.524, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.530 std_dev=1.993
OP2 A 0, -0.571, 1.524, 3.618, 4.486 max_d=4.486 avg_d=1.524 std_dev=2.095
P A 0, -0.606, 1.565, 3.736, 4.635 max_d=4.635 avg_d=1.565 std_dev=2.171
N1 B 0, -0.555, 1.642, 3.838, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.642 std_dev=2.196
C5' B 0, -0.650, 1.761, 4.172, 5.170 max_d=5.170 avg_d=1.761 std_dev=2.411
N3 B 0, -0.616, 1.956, 4.527, 5.589 max_d=5.589 avg_d=1.956 std_dev=2.571
C6 B 0, -0.811, 2.267, 5.344, 6.617 max_d=6.617 avg_d=2.267 std_dev=3.077
OP1 A 0, -0.873, 2.294, 5.461, 6.772 max_d=6.772 avg_d=2.294 std_dev=3.167
C4 B 0, -0.883, 2.541, 5.964, 7.380 max_d=7.380 avg_d=2.541 std_dev=3.424
O5' B 0, -0.939, 2.509, 5.957, 7.385 max_d=7.385 avg_d=2.509 std_dev=3.448
C5 B 0, -0.982, 2.736, 6.455, 7.994 max_d=7.994 avg_d=2.736 std_dev=3.719
N4 B 0, -1.097, 3.010, 7.118, 8.818 max_d=8.818 avg_d=3.010 std_dev=4.107
P B 0, -1.266, 3.261, 7.788, 9.663 max_d=9.663 avg_d=3.261 std_dev=4.527
OP1 B 0, -1.442, 3.723, 8.889, 11.029 max_d=11.029 avg_d=3.723 std_dev=5.166
OP2 B 0, -1.571, 3.962, 9.495, 11.787 max_d=11.787 avg_d=3.962 std_dev=5.533

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.18 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.15 0.17 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.22 0.10 0.08
C2 0.18 0.00 0.08 0.05 0.06 0.26 0.01 0.38 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.08 0.05 0.37 0.43 0.89 0.11 0.61
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.17 0.05 0.05 0.06 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.04
C4 0.07 0.06 0.06 0.04 0.00 0.13 0.00 0.20 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.17 0.26 0.55 0.04 0.36
C4' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.22 0.24 0.11 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02
C5 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.09 0.22 0.47 0.13 0.31
C5' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.00 0.16 0.00 0.22 0.04 0.33 0.34 0.19 0.01 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01
C6 0.08 0.02 0.04 0.05 0.02 0.14 0.01 0.22 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.16 0.29 0.62 0.08 0.43
C8 0.03 0.07 0.12 0.17 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.23 0.15 0.03 0.04 0.30 0.03
N1 0.15 0.00 0.05 0.05 0.07 0.22 0.03 0.33 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.03 0.10 0.06 0.02 0.30 0.40 0.82 0.04 0.57
N3 0.17 0.01 0.08 0.05 0.02 0.24 0.02 0.34 0.04 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.08 0.04 0.36 0.39 0.79 0.09 0.53
N6 0.06 0.04 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.25 0.55 0.14 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.17 0.08 0.05 0.15 0.30 0.07
N9 0.01 0.11 0.02 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.10 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.29 0.13 0.16
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.03 0.23 0.02 0.04 0.05 0.17 0.08 0.05 0.00 0.01 0.03 0.32 0.10 0.08
O4' 0.01 0.37 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.00 0.16 0.15 0.30 0.36 0.11 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.30 0.05 0.09
O5' 0.04 0.43 0.01 0.02 0.26 0.00 0.22 0.00 0.29 0.03 0.40 0.39 0.25 0.05 0.11 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.22 0.89 0.01 0.14 0.55 0.07 0.47 0.04 0.62 0.04 0.82 0.79 0.55 0.15 0.29 0.05 0.32 0.30 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.11 0.08 0.01 0.04 0.06 0.13 0.15 0.08 0.30 0.04 0.09 0.14 0.30 0.13 0.02 0.10 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.61 0.01 0.04 0.36 0.02 0.31 0.01 0.43 0.03 0.57 0.53 0.38 0.07 0.16 0.03 0.08 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.36 0.19 0.47 0.61 0.66 0.74 1.14 0.69 0.48 0.45 0.68 0.21 0.12 0.30 0.54 0.84 2.11 0.71 1.21
C2 0.12 0.14 0.15 0.49 0.10 0.29 0.20 0.46 0.15 0.04 0.05 0.13 0.33 0.03 0.81 0.12 0.96 0.39 1.24 0.85
C2' 0.73 0.80 0.49 0.80 1.17 1.07 1.34 1.68 1.26 0.95 0.93 1.28 0.57 0.08 0.51 1.02 1.48 3.02 1.47 2.00
C3' 0.35 0.43 0.18 0.58 0.84 0.77 1.03 1.41 0.92 0.58 0.57 0.97 0.18 0.25 0.40 0.63 1.16 2.84 1.19 1.75
C4 0.13 0.17 0.02 0.01 0.11 0.15 0.10 0.29 0.12 0.15 0.14 0.11 0.22 0.03 0.20 0.21 0.31 0.60 0.72 0.13
C4' 0.06 0.02 0.13 0.35 0.43 0.48 0.64 1.12 0.53 0.17 0.14 0.56 0.28 0.58 0.32 0.23 0.92 2.51 0.99 1.48
C5 0.09 0.04 0.11 0.21 0.22 0.17 0.30 0.18 0.26 0.12 0.11 0.25 0.11 0.03 0.30 0.12 0.95 0.09 1.59 0.85
C5' 0.51 0.49 0.48 0.05 0.06 0.11 0.16 0.75 0.05 0.30 0.35 0.07 0.75 0.91 0.13 0.23 0.46 2.05 0.48 1.01
C6 0.23 0.18 0.24 0.50 0.53 0.51 0.69 0.73 0.62 0.34 0.30 0.59 0.08 0.02 0.58 0.37 1.61 0.96 2.39 1.64
C8 0.03 0.08 0.03 0.14 0.10 0.20 0.11 0.43 0.11 0.08 0.08 0.12 0.10 0.07 0.09 0.10 0.20 0.94 0.71 0.02
N1 0.18 0.13 0.30 0.69 0.51 0.66 0.70 0.99 0.63 0.31 0.26 0.57 0.16 0.02 0.84 0.33 1.76 1.19 2.28 1.74
N3 0.32 0.32 0.06 0.06 0.27 0.26 0.26 0.35 0.29 0.32 0.29 0.26 0.37 0.04 0.42 0.45 0.12 0.59 0.40 0.04
N6 0.40 0.37 0.33 0.62 0.82 0.70 1.03 1.01 0.93 0.56 0.52 0.91 0.03 0.03 0.63 0.61 2.03 1.53 3.16 2.22
N7 0.11 0.06 0.07 0.07 0.19 0.06 0.24 0.01 0.21 0.12 0.11 0.20 0.06 0.05 0.10 0.12 0.77 0.21 1.48 0.65
N9 0.18 0.22 0.10 0.23 0.30 0.38 0.35 0.68 0.34 0.26 0.25 0.34 0.19 0.07 0.09 0.31 0.17 1.29 0.19 0.43
O2' 0.98 1.07 0.68 1.08 1.58 1.36 1.81 2.07 1.68 1.26 1.25 1.71 0.75 0.17 0.73 1.30 2.12 3.80 2.34 2.74
O3' 0.56 0.68 0.35 0.78 1.21 0.99 1.43 1.70 1.27 0.85 0.87 1.37 0.36 0.16 0.56 0.87 1.56 3.43 1.76 2.28
O4' 0.18 0.15 0.23 0.19 0.19 0.30 0.35 0.84 0.28 0.01 0.04 0.28 0.35 0.60 0.18 0.06 0.59 1.95 0.56 1.02
O5' 0.76 0.74 0.68 0.22 0.42 0.19 0.26 0.38 0.33 0.60 0.64 0.33 0.92 1.02 0.11 0.53 0.07 1.43 0.23 0.42
OP1 1.82 1.90 1.64 0.99 1.48 0.97 1.22 0.27 1.30 1.67 1.79 1.37 2.17 2.03 0.73 1.48 0.69 0.87 0.70 0.11
OP2 0.88 0.92 0.71 0.26 0.70 0.26 0.55 0.24 0.58 0.78 0.86 0.64 1.04 0.96 0.09 0.66 0.39 0.98 0.77 0.02
P 1.30 1.33 1.12 0.60 1.04 0.63 0.86 0.06 0.92 1.17 1.25 0.96 1.50 1.42 0.37 1.07 0.59 0.86 0.81 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.08 0.50 0.17 0.03
C2 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.28 0.69 0.58 0.11
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.14 0.37 0.14
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.12 0.50 0.28
C4 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.06 0.35 0.90 0.86 0.14
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.15 0.10 0.35 0.92 0.85 0.14
C5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.14 0.08 0.14 0.19 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.14 0.10 0.32 0.77 0.66 0.12
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.26 0.64 0.50 0.09
N3 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.32 0.82 0.74 0.13
N4 0.00 0.02 0.06 0.05 0.00 0.07 0.02 0.19 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.11 0.06 0.39 0.94 1.00 0.18
O2 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.02 0.10 0.26 0.58 0.50 0.11
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.08 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.14 0.05 0.04 0.11 0.02 0.05 0.00 0.01 0.39 0.46 0.52 0.36
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.11 0.51 0.09 0.16
O5' 0.08 0.28 0.24 0.38 0.35 0.02 0.35 0.01 0.32 0.26 0.32 0.39 0.26 0.06 0.39 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.50 0.69 0.14 0.12 0.90 0.10 0.92 0.04 0.77 0.64 0.82 0.94 0.58 0.09 0.46 0.51 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.58 0.37 0.50 0.86 0.02 0.85 0.03 0.66 0.50 0.74 1.00 0.50 0.08 0.52 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.11 0.14 0.28 0.14 0.04 0.14 0.01 0.12 0.09 0.13 0.18 0.11 0.03 0.36 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00