ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2' A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.042 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.017, 0.057, 0.097, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.057 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.017, 0.060, 0.103, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.060 std_dev=0.043
C5' A 0, 0.030, 0.105, 0.180, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.105 std_dev=0.075
P A 0, 0.036, 0.122, 0.208, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.122 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.038, 0.132, 0.226, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.132 std_dev=0.094
OP2 A 0, 0.039, 0.133, 0.227, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.133 std_dev=0.094
OP1 A 0, 0.045, 0.153, 0.261, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.153 std_dev=0.108
O4' B 0, 0.068, 0.232, 0.396, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.232 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.073, 0.252, 0.430, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.252 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.075, 0.259, 0.443, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.259 std_dev=0.184
C1' B 0, 0.077, 0.264, 0.450, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.264 std_dev=0.187
C5' B 0, 0.079, 0.269, 0.460, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.269 std_dev=0.191
C3' B 0, 0.078, 0.270, 0.461, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.270 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.080, 0.273, 0.467, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.273 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.080, 0.276, 0.472, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.276 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.081, 0.277, 0.473, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.277 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.081, 0.278, 0.475, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.278 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.081, 0.279, 0.477, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.279 std_dev=0.198
O3' B 0, 0.081, 0.280, 0.478, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.280 std_dev=0.198
P B 0, 0.090, 0.307, 0.525, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.307 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.094, 0.325, 0.555, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.325 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.095, 0.325, 0.555, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.325 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.100, 0.344, 0.588, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.344 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.101, 0.347, 0.592, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.347 std_dev=0.246
N4 B 0, 0.101, 0.347, 0.593, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.347 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.108, 0.368, 0.629, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.368 std_dev=0.261
OP1 B 0, 0.117, 0.401, 0.684, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.401 std_dev=0.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04
C2 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01
C2' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03
C3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03
C4 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03
C4' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03
C6 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01
C8 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03
N1 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00
N3 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02
N6 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00
N7 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03
N9 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04
O2' 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02
O3' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01
O4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04
O5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04
OP1 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.04 0.06
OP2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.09 0.03 0.06
P 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.09 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.08 0.05
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.05
N4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00