ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50411

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.001, 0.023, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.010, 0.038, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.015, 0.053, 0.091, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.053 std_dev=0.038
C2' B 0, 0.077, 0.264, 0.452, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.264 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.137, 0.496, 0.854, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.496 std_dev=0.359
O4' A 0, 0.205, 0.783, 1.361, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.783 std_dev=0.578
C2' A 0, 0.219, 0.866, 1.513, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.866 std_dev=0.647
C4' A 0, 0.255, 1.025, 1.795, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.025 std_dev=0.770
O2' A 0, 0.407, 1.529, 2.650, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.529 std_dev=1.121
C3' A 0, 0.443, 1.590, 2.737, 2.662 max_d=2.662 avg_d=1.590 std_dev=1.147
C3' B 0, 0.499, 1.754, 3.008, 2.863 max_d=2.863 avg_d=1.754 std_dev=1.255
C1' B 0, 0.537, 1.869, 3.201, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.869 std_dev=1.332
C5' A 0, 0.625, 2.312, 4.000, 3.980 max_d=3.980 avg_d=2.312 std_dev=1.688
O3' A 0, 0.710, 2.477, 4.244, 4.001 max_d=4.001 avg_d=2.477 std_dev=1.767
N1 B 0, 0.714, 2.508, 4.303, 4.097 max_d=4.097 avg_d=2.508 std_dev=1.794
C6 B 0, 0.750, 2.581, 4.412, 4.051 max_d=4.051 avg_d=2.581 std_dev=1.831
O4' B 0, 0.853, 2.916, 4.978, 4.438 max_d=4.438 avg_d=2.916 std_dev=2.062
C4' B 0, 0.858, 2.937, 5.016, 4.531 max_d=4.531 avg_d=2.937 std_dev=2.079
C5 B 0, 0.896, 3.105, 5.313, 4.951 max_d=4.951 avg_d=3.105 std_dev=2.209
O5' A 0, 0.872, 3.089, 5.306, 5.100 max_d=5.100 avg_d=3.089 std_dev=2.217
O3' B 0, 0.898, 3.140, 5.382, 5.091 max_d=5.091 avg_d=3.140 std_dev=2.242
OP2 A 0, 0.866, 3.141, 5.415, 5.315 max_d=5.315 avg_d=3.141 std_dev=2.275
C2 B 0, 1.073, 3.746, 6.419, 6.060 max_d=6.060 avg_d=3.746 std_dev=2.673
O5' B 0, 1.143, 3.915, 6.686, 6.041 max_d=6.041 avg_d=3.915 std_dev=2.772
P A 0, 1.098, 3.878, 6.659, 6.377 max_d=6.377 avg_d=3.878 std_dev=2.780
C4 B 0, 1.183, 4.114, 7.044, 6.610 max_d=6.610 avg_d=4.114 std_dev=2.931
O2 B 0, 1.236, 4.293, 7.350, 6.882 max_d=6.882 avg_d=4.293 std_dev=3.057
C5' B 0, 1.274, 4.354, 7.433, 6.634 max_d=6.634 avg_d=4.354 std_dev=3.080
OP2 B 0, 1.310, 4.475, 7.639, 6.753 max_d=6.753 avg_d=4.475 std_dev=3.164
OP1 A 0, 1.319, 4.602, 7.886, 7.437 max_d=7.437 avg_d=4.602 std_dev=3.283
N3 B 0, 1.331, 4.619, 7.907, 7.392 max_d=7.392 avg_d=4.619 std_dev=3.288
N4 B 0, 1.435, 4.975, 8.514, 7.947 max_d=7.947 avg_d=4.975 std_dev=3.540
P B 0, 1.564, 5.342, 9.119, 8.101 max_d=8.101 avg_d=5.342 std_dev=3.778
OP1 B 0, 1.958, 6.698, 11.439, 10.292 max_d=10.292 avg_d=6.698 std_dev=4.741

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.26 0.52 0.41 0.25
C2 0.03 0.00 0.23 0.09 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.49 0.26 0.10 0.33 0.64 0.62 0.35
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.13 0.07 0.16 0.16 0.24 0.03 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.50 0.35 0.23
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.16 0.38 0.06 0.11 0.23 0.36 0.17 0.01 0.01 0.01 0.05 0.46 0.27 0.05
C4 0.02 0.01 0.10 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.08 0.05 0.38 0.69 0.57 0.38
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.03 0.01 0.09 0.11 0.05 0.18 0.00 0.00 0.00 0.47 0.27 0.10
C5 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.10 0.02 0.44 0.87 0.63 0.48
C5' 0.06 0.10 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.02 0.07 0.14 0.01 0.01 0.27 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.04 0.04 0.42 0.89 0.68 0.49
C8 0.00 0.01 0.16 0.38 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.31 0.08 0.49 0.87 0.54 0.52
N1 0.03 0.00 0.16 0.06 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.13 0.08 0.38 0.78 0.68 0.43
N3 0.03 0.00 0.24 0.11 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.47 0.29 0.10 0.31 0.58 0.56 0.30
N6 0.02 0.00 0.03 0.23 0.00 0.09 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.14 0.03 0.44 1.01 0.72 0.55
N7 0.01 0.01 0.11 0.36 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.30 0.05 0.49 1.00 0.61 0.56
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.39 0.66 0.51 0.37
O2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.27 0.18 0.20 0.07 0.29 0.07 0.41 0.47 0.24 0.05 0.08 0.00 0.05 0.14 0.07 0.57 0.20 0.12
O3' 0.14 0.26 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.14 0.04 0.31 0.13 0.29 0.14 0.30 0.04 0.05 0.00 0.12 0.15 0.67 0.18 0.18
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.08 0.10 0.03 0.05 0.01 0.14 0.12 0.00 0.18 0.44 0.39 0.19
O5' 0.26 0.33 0.26 0.05 0.38 0.00 0.44 0.01 0.42 0.49 0.38 0.31 0.44 0.49 0.39 0.07 0.15 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.52 0.64 0.50 0.46 0.69 0.47 0.87 0.27 0.89 0.87 0.78 0.58 1.01 1.00 0.66 0.57 0.67 0.44 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.62 0.35 0.27 0.57 0.27 0.63 0.21 0.68 0.54 0.68 0.56 0.72 0.61 0.51 0.20 0.18 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.35 0.23 0.05 0.38 0.10 0.48 0.01 0.49 0.52 0.43 0.30 0.55 0.56 0.37 0.12 0.18 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.79 0.05 0.49 0.57 0.97 0.10 1.29 0.18 0.24 0.92 0.70 1.17 0.09 0.67 0.76 1.13 1.58 1.08 1.37
C2 0.42 0.16 0.19 0.33 0.19 0.71 0.37 0.86 0.45 0.29 0.21 0.20 0.34 0.11 0.37 0.88 0.63 0.62 0.60 0.71
C2' 0.58 0.63 0.34 0.88 0.41 1.44 0.42 1.83 0.61 0.39 0.75 0.52 1.00 0.38 1.03 1.20 1.65 2.15 1.59 1.93
C3' 0.53 0.60 0.36 0.97 0.38 1.49 0.47 1.94 0.65 0.36 0.73 0.49 0.99 0.31 1.16 1.18 1.84 2.49 1.86 2.20
C4 0.29 0.36 0.15 0.39 0.18 0.84 0.22 1.08 0.35 0.09 0.44 0.28 0.68 0.08 0.43 0.85 0.88 1.06 0.84 1.04
C4' 0.20 0.82 0.08 0.64 0.56 1.09 0.15 1.51 0.27 0.24 0.96 0.71 1.23 0.02 0.85 0.80 1.41 2.06 1.46 1.76
C5 0.36 0.19 0.19 0.35 0.11 0.76 0.33 0.98 0.44 0.21 0.26 0.17 0.46 0.10 0.40 0.87 0.78 0.89 0.77 0.93
C5' 0.21 0.62 0.20 0.69 0.31 1.14 0.27 1.60 0.42 0.07 0.72 0.43 1.04 0.13 0.85 0.87 1.51 2.15 1.64 1.90
C6 0.45 0.16 0.21 0.34 0.27 0.66 0.46 0.84 0.53 0.36 0.18 0.26 0.22 0.12 0.45 0.88 0.62 0.60 0.62 0.72
C8 0.25 0.45 0.15 0.40 0.25 0.87 0.17 1.15 0.33 0.06 0.55 0.36 0.78 0.07 0.48 0.83 0.97 1.27 0.97 1.19
N1 0.49 0.24 0.22 0.34 0.34 0.62 0.49 0.76 0.54 0.41 0.25 0.33 0.20 0.13 0.48 0.88 0.54 0.45 0.52 0.60
N3 0.29 0.36 0.15 0.38 0.18 0.85 0.21 1.05 0.34 0.09 0.43 0.27 0.67 0.09 0.42 0.86 0.83 0.96 0.77 0.96
N6 0.50 0.28 0.23 0.35 0.40 0.60 0.55 0.77 0.59 0.45 0.28 0.39 0.18 0.13 0.53 0.87 0.55 0.45 0.55 0.63
N7 0.33 0.25 0.17 0.37 0.10 0.80 0.30 1.05 0.42 0.17 0.33 0.19 0.55 0.09 0.42 0.86 0.86 1.04 0.86 1.04
N9 0.22 0.54 0.12 0.43 0.33 0.90 0.11 1.19 0.27 0.06 0.64 0.45 0.89 0.07 0.52 0.82 1.01 1.32 0.98 1.22
O2' 0.83 0.67 0.68 1.24 0.50 1.77 0.57 2.12 0.79 0.59 0.79 0.59 0.99 0.72 1.43 1.45 1.92 2.39 1.77 2.14
O3' 0.79 0.64 0.68 1.32 0.55 1.79 0.68 2.22 0.87 0.60 0.79 0.64 0.93 0.67 1.57 1.42 2.16 2.89 2.13 2.51
O4' 0.13 0.93 0.23 0.40 0.69 0.80 0.18 1.15 0.02 0.35 1.05 0.82 1.31 0.21 0.60 0.55 1.04 1.57 1.06 1.33
O5' 0.21 0.58 0.16 0.62 0.30 1.05 0.23 1.47 0.38 0.07 0.68 0.42 0.97 0.07 0.75 0.83 1.35 1.91 1.46 1.70
OP1 0.55 0.85 0.27 0.66 0.80 1.11 0.67 1.47 0.68 0.58 1.00 0.92 1.10 0.20 0.75 1.01 1.31 1.81 1.39 1.61
OP2 0.36 0.67 0.65 0.83 0.40 1.01 0.26 1.36 0.40 0.29 0.76 0.50 1.04 0.68 1.02 0.71 1.33 1.92 1.47 1.69
P 0.10 0.67 0.23 0.54 0.43 0.91 0.18 1.31 0.29 0.13 0.78 0.55 1.05 0.26 0.70 0.69 1.21 1.79 1.35 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.16 0.09 0.13
C2 0.02 0.00 0.13 0.15 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.19 0.07 0.15 0.15 0.17 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.21 0.00 0.02 0.01 0.10 0.22 0.13 0.13
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.11 0.06 0.15 0.11 0.21 0.02 0.00 0.01 0.15 0.27 0.19 0.19
C4 0.02 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.04 0.12 0.15 0.20 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.04 0.08 0.03 0.08 0.04 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.11 0.13 0.17 0.15
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.11 0.14 0.21 0.06 0.06 0.06 0.01 0.00 0.17 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.14 0.13 0.13 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.15 0.14 0.13 0.15
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.20 0.07 0.14 0.15 0.20 0.17
N4 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.15 0.05 0.11 0.16 0.22 0.16
O2 0.02 0.00 0.21 0.21 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.26 0.10 0.15 0.14 0.16 0.15
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.13 0.00 0.02 0.07 0.03 0.17 0.10 0.06
O3' 0.01 0.19 0.02 0.00 0.13 0.04 0.10 0.06 0.11 0.07 0.20 0.15 0.26 0.02 0.00 0.03 0.25 0.41 0.29 0.31
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.10 0.07 0.03 0.00 0.21 0.22 0.17 0.20
O5' 0.15 0.15 0.10 0.15 0.12 0.01 0.11 0.00 0.14 0.15 0.14 0.11 0.15 0.03 0.25 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.15 0.22 0.27 0.15 0.10 0.13 0.17 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.17 0.41 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.17 0.13 0.19 0.20 0.05 0.17 0.10 0.13 0.13 0.20 0.22 0.16 0.10 0.29 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.13 0.16 0.13 0.19 0.16 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.17 0.16 0.15 0.06 0.31 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00