ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50413

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N9 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N6 A 0, -0.005, 0.021, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.026
N7 A 0, -0.005, 0.022, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.027
C8 A 0, -0.006, 0.026, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.010, 0.051, 0.112, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.051 std_dev=0.061
C4' A 0, -0.014, 0.056, 0.126, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.056 std_dev=0.070
C3' A 0, -0.023, 0.079, 0.182, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.079 std_dev=0.103
C2' A 0, -0.026, 0.081, 0.188, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.081 std_dev=0.107
O3' A 0, -0.032, 0.101, 0.235, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.101 std_dev=0.133
O5' A 0, -0.020, 0.115, 0.251, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.115 std_dev=0.136
C5' A 0, -0.027, 0.119, 0.265, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.119 std_dev=0.146
O2' A 0, -0.039, 0.131, 0.300, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.131 std_dev=0.169
OP1 B 0, -0.010, 0.162, 0.334, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.162 std_dev=0.172
P A 0, -0.023, 0.156, 0.336, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.156 std_dev=0.180
OP1 A 0, -0.019, 0.165, 0.349, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.165 std_dev=0.184
P B 0, -0.026, 0.183, 0.392, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.183 std_dev=0.209
OP2 A 0, -0.033, 0.196, 0.425, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.196 std_dev=0.229
OP2 B 0, -0.051, 0.227, 0.505, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.227 std_dev=0.278
O5' B 0, -0.060, 0.265, 0.590, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.265 std_dev=0.325
C5' B 0, -0.064, 0.301, 0.665, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.301 std_dev=0.365
O2 B 0, -0.105, 0.331, 0.766, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.331 std_dev=0.436
C2 B 0, -0.119, 0.348, 0.816, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.348 std_dev=0.467
C4' B 0, -0.097, 0.377, 0.850, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.377 std_dev=0.474
O4' B 0, -0.106, 0.369, 0.845, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.369 std_dev=0.476
N3 B 0, -0.122, 0.357, 0.835, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.357 std_dev=0.479
C1' B 0, -0.113, 0.373, 0.860, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.373 std_dev=0.486
N1 B 0, -0.125, 0.373, 0.872, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.373 std_dev=0.498
C4 B 0, -0.144, 0.386, 0.917, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.386 std_dev=0.530
C6 B 0, -0.138, 0.398, 0.935, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.398 std_dev=0.536
N4 B 0, -0.147, 0.410, 0.967, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.410 std_dev=0.557
C2' B 0, -0.125, 0.434, 0.993, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.434 std_dev=0.559
C5 B 0, -0.155, 0.407, 0.968, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.407 std_dev=0.561
C3' B 0, -0.124, 0.451, 1.026, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.451 std_dev=0.575
O2' B 0, -0.134, 0.449, 1.032, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.449 std_dev=0.583
O3' B 0, -0.135, 0.516, 1.167, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.516 std_dev=0.651

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C8 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
N6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N7 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
O5' 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.10 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.04
C2 0.10 0.13 0.12 0.11 0.19 0.14 0.11 0.08 0.03 0.03 0.20 0.22 0.12 0.18 0.12 0.10 0.06 0.04 0.07 0.02
C2' 0.02 0.07 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.10 0.07 0.02 0.01 0.08 0.05 0.04 0.01
C3' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.06 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01
C4 0.11 0.03 0.13 0.11 0.05 0.12 0.02 0.07 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.17 0.11 0.09 0.05 0.05 0.04 0.00
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.11 0.03 0.01 0.03 0.10 0.03 0.05 0.03
C5 0.21 0.08 0.22 0.20 0.04 0.19 0.11 0.11 0.16 0.16 0.02 0.01 0.06 0.25 0.20 0.18 0.00 0.06 0.02 0.02
C5' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.05 0.03
C6 0.29 0.14 0.29 0.26 0.04 0.25 0.14 0.16 0.21 0.23 0.04 0.04 0.12 0.32 0.26 0.25 0.03 0.06 0.02 0.03
C8 0.16 0.07 0.17 0.15 0.07 0.14 0.13 0.08 0.15 0.13 0.04 0.04 0.03 0.20 0.15 0.12 0.02 0.06 0.02 0.01
N1 0.25 0.01 0.25 0.22 0.11 0.23 0.01 0.14 0.10 0.14 0.11 0.18 0.03 0.29 0.22 0.23 0.01 0.05 0.05 0.01
N3 0.04 0.13 0.06 0.05 0.15 0.08 0.08 0.04 0.03 0.04 0.17 0.17 0.14 0.11 0.06 0.03 0.08 0.03 0.07 0.02
N6 0.37 0.27 0.37 0.34 0.19 0.31 0.28 0.20 0.34 0.35 0.19 0.08 0.24 0.39 0.34 0.33 0.08 0.07 0.00 0.05
N7 0.22 0.13 0.24 0.21 0.12 0.20 0.18 0.12 0.21 0.20 0.09 0.08 0.10 0.26 0.21 0.18 0.01 0.06 0.01 0.03
N9 0.09 0.02 0.11 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.14 0.09 0.06 0.06 0.04 0.04 0.01
O2' 0.05 0.13 0.03 0.05 0.13 0.04 0.09 0.07 0.07 0.08 0.15 0.14 0.14 0.00 0.05 0.09 0.15 0.01 0.10 0.08
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.03 0.10 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.01
O4' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.05 0.12 0.02 0.02 0.04 0.12 0.01 0.08 0.06
O5' 0.09 0.02 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.05 0.11 0.08 0.02 0.06 0.03 0.11 0.08 0.06 0.04 0.06 0.01 0.01
OP1 0.10 0.06 0.11 0.10 0.11 0.10 0.16 0.06 0.15 0.11 0.06 0.12 0.00 0.12 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.03
OP2 0.16 0.11 0.17 0.16 0.16 0.16 0.21 0.11 0.20 0.16 0.11 0.16 0.05 0.18 0.15 0.14 0.01 0.09 0.03 0.05
P 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.11 0.16 0.07 0.15 0.11 0.06 0.11 0.00 0.13 0.10 0.08 0.03 0.06 0.00 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.16 0.16 0.17 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.24 0.27 0.30 0.27
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.26 0.29 0.29 0.27
C5' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.15 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.23 0.22 0.19 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.15 0.13 0.13
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.21 0.22 0.25 0.22
N4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.26 0.31 0.34 0.30
O2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.12 0.10 0.13 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03
O5' 0.08 0.16 0.05 0.01 0.24 0.01 0.26 0.01 0.23 0.16 0.21 0.26 0.12 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.16 0.07 0.07 0.27 0.03 0.29 0.02 0.22 0.15 0.22 0.31 0.10 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.17 0.03 0.01 0.30 0.03 0.29 0.03 0.19 0.13 0.25 0.34 0.13 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.16 0.03 0.01 0.27 0.01 0.27 0.01 0.20 0.13 0.22 0.30 0.11 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00