ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2' A 0, 0.012, 0.063, 0.113, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.063 std_dev=0.051
C2' A 0, -0.006, 0.047, 0.100, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.047 std_dev=0.053
O4' A 0, -0.006, 0.058, 0.122, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.058 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.004, 0.090, 0.175, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.090 std_dev=0.086
C4' A 0, -0.003, 0.091, 0.186, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.091 std_dev=0.094
O3' A 0, 0.018, 0.138, 0.258, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.138 std_dev=0.120
C5' B 0, -0.016, 0.128, 0.272, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.128 std_dev=0.144
O3' B 0, -0.002, 0.146, 0.293, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.146 std_dev=0.148
C1' B 0, -0.003, 0.145, 0.293, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.145 std_dev=0.148
C3' B 0, -0.003, 0.148, 0.299, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.148 std_dev=0.151
C4' B 0, -0.015, 0.138, 0.290, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.138 std_dev=0.153
O4' B 0, -0.019, 0.138, 0.295, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.138 std_dev=0.157
C2' B 0, -0.001, 0.162, 0.326, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.162 std_dev=0.164
O5' B 0, -0.021, 0.151, 0.324, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.151 std_dev=0.173
C5' A 0, -0.011, 0.166, 0.342, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.166 std_dev=0.177
O5' A 0, -0.014, 0.172, 0.358, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.172 std_dev=0.186
P B 0, -0.037, 0.174, 0.384, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.174 std_dev=0.210
O2 B 0, -0.006, 0.216, 0.438, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.216 std_dev=0.222
N1 B 0, -0.013, 0.217, 0.447, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.217 std_dev=0.230
C2 B 0, -0.013, 0.230, 0.473, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.230 std_dev=0.243
O2' B 0, -0.029, 0.219, 0.467, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.219 std_dev=0.248
OP1 B 0, -0.057, 0.213, 0.483, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.213 std_dev=0.270
P A 0, -0.044, 0.269, 0.582, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.269 std_dev=0.313
OP2 B 0, -0.078, 0.240, 0.558, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.240 std_dev=0.318
N3 B 0, -0.039, 0.310, 0.659, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.310 std_dev=0.349
C6 B 0, -0.052, 0.325, 0.701, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.325 std_dev=0.377
OP2 A 0, -0.054, 0.323, 0.700, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.323 std_dev=0.377
OP1 A 0, -0.067, 0.313, 0.692, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.313 std_dev=0.380
C4 B 0, -0.073, 0.384, 0.842, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.384 std_dev=0.458
C5 B 0, -0.079, 0.408, 0.894, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.408 std_dev=0.486
N4 B 0, -0.115, 0.468, 1.050, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.468 std_dev=0.583

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.14 0.18 0.12
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.13 0.16 0.12
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.17 0.20 0.16
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.18 0.22 0.17
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.13 0.12 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.17 0.21 0.16
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.12 0.15 0.10
N6 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.14 0.20 0.24 0.19
N7 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.14 0.18 0.19 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.10 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09 0.14 0.14 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.14 0.04 0.04 0.13 0.03 0.17 0.03 0.18 0.13 0.17 0.12 0.20 0.18 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.18 0.04 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.12 0.21 0.15 0.24 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.12 0.01 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.17 0.12 0.16 0.10 0.19 0.17 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.11 0.07 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.18 0.07 0.03 0.04 0.10 0.06 0.01
C2 0.08 0.05 0.13 0.07 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.06 0.05 0.08 0.04 0.23 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.01
C2' 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.06 0.14 0.11 0.04 0.01 0.02 0.09 0.08 0.02
C3' 0.03 0.09 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.02 0.05 0.10 0.06 0.13 0.09 0.01 0.02 0.05 0.05 0.11 0.05
C4 0.07 0.02 0.13 0.08 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.22 0.07 0.07 0.06 0.10 0.04 0.02
C4' 0.02 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.15 0.04 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02
C5 0.09 0.06 0.15 0.10 0.08 0.07 0.08 0.02 0.08 0.07 0.06 0.09 0.04 0.23 0.08 0.10 0.09 0.12 0.01 0.05
C5' 0.01 0.05 0.08 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.14 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05
C6 0.11 0.09 0.15 0.10 0.12 0.08 0.11 0.03 0.10 0.10 0.10 0.13 0.07 0.24 0.08 0.11 0.10 0.12 0.01 0.05
C8 0.06 0.01 0.13 0.09 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.21 0.08 0.07 0.07 0.13 0.02 0.04
N1 0.11 0.09 0.14 0.09 0.12 0.07 0.11 0.01 0.10 0.10 0.10 0.13 0.07 0.23 0.06 0.11 0.09 0.09 0.02 0.03
N3 0.05 0.01 0.12 0.07 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.22 0.05 0.04 0.03 0.07 0.08 0.01
N6 0.12 0.11 0.15 0.11 0.15 0.10 0.14 0.05 0.13 0.12 0.13 0.17 0.09 0.24 0.08 0.13 0.13 0.13 0.04 0.08
N7 0.09 0.05 0.15 0.11 0.08 0.08 0.09 0.04 0.08 0.07 0.06 0.09 0.03 0.24 0.10 0.10 0.10 0.15 0.02 0.07
N9 0.05 0.01 0.12 0.08 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.20 0.07 0.06 0.05 0.11 0.04 0.02
O2' 0.02 0.10 0.07 0.05 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.11 0.08 0.15 0.10 0.06 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01
O3' 0.05 0.12 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.09 0.02 0.06 0.12 0.08 0.17 0.05 0.02 0.04 0.08 0.04 0.12 0.06
O4' 0.04 0.03 0.12 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.18 0.07 0.05 0.05 0.11 0.05 0.02
O5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.07 0.08 0.06 0.13 0.05 0.06 0.10 0.07 0.11 0.10 0.04 0.04 0.08 0.02 0.15 0.10
OP1 0.07 0.12 0.03 0.08 0.10 0.13 0.09 0.18 0.08 0.09 0.12 0.10 0.14 0.06 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.16
OP2 0.11 0.14 0.06 0.12 0.12 0.16 0.11 0.22 0.12 0.12 0.14 0.11 0.16 0.03 0.14 0.12 0.17 0.13 0.23 0.20
P 0.05 0.09 0.02 0.06 0.08 0.10 0.07 0.16 0.07 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.00
C2 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.22 0.20 0.11 0.18
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.04 0.03 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.04 0.27 0.24 0.11 0.20
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.16 0.00 0.19 0.00 0.16 0.07 0.09 0.18 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.13 0.03 0.23 0.18 0.01 0.13
N1 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.12 0.11 0.04 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.15 0.14 0.05 0.12
N4 0.02 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.10 0.04 0.25 0.24 0.18 0.23
O2 0.03 0.01 0.09 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.18 0.08 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03
O2' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.11 0.06 0.18 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.08 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.13 0.04 0.01 0.10 0.08 0.02 0.00 0.02 0.11 0.04 0.09 0.05
O4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.02
O5' 0.05 0.11 0.03 0.08 0.22 0.01 0.27 0.01 0.23 0.12 0.15 0.25 0.06 0.00 0.11 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.10 0.04 0.04 0.20 0.09 0.24 0.10 0.18 0.11 0.14 0.24 0.06 0.09 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.01 0.12 0.11 0.11 0.07 0.11 0.02 0.01 0.04 0.05 0.18 0.04 0.08 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.07 0.04 0.05 0.18 0.01 0.20 0.01 0.13 0.06 0.12 0.23 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00