ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50415

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N9 A 0, -0.002, 0.021, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.001, 0.023, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.002, 0.023, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.025
C1' A 0, -0.002, 0.025, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C8 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.029
N6 A 0, -0.003, 0.027, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.029
N7 A 0, -0.005, 0.026, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.023, 0.089, 0.155, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.089 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.031, 0.107, 0.183, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.107 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.039, 0.133, 0.228, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.133 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.029, 0.125, 0.221, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.125 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.045, 0.161, 0.277, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.161 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.039, 0.200, 0.361, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.200 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.066, 0.240, 0.414, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.240 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.074, 0.256, 0.439, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.256 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.077, 0.265, 0.453, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.265 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.043, 0.249, 0.454, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.249 std_dev=0.206
O4' B 0, 0.054, 0.273, 0.492, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.273 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.033, 0.254, 0.475, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.254 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.095, 0.324, 0.554, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.324 std_dev=0.229
O5' A 0, -0.015, 0.233, 0.480, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.233 std_dev=0.247
C5' B 0, 0.042, 0.323, 0.603, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.323 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.112, 0.396, 0.680, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.396 std_dev=0.284
P A 0, 0.043, 0.342, 0.640, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.342 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.091, 0.391, 0.691, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.391 std_dev=0.300
O3' B 0, 0.123, 0.425, 0.726, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.425 std_dev=0.302
OP1 B 0, 0.058, 0.372, 0.686, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.372 std_dev=0.314
OP2 A 0, 0.115, 0.431, 0.747, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.431 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.064, 0.386, 0.709, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.386 std_dev=0.322
OP1 A 0, -0.027, 0.325, 0.678, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.325 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.164, 0.560, 0.956, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.560 std_dev=0.396
P B 0, 0.058, 0.459, 0.860, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.459 std_dev=0.401
C2 B 0, 0.063, 0.585, 1.107, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.585 std_dev=0.522
OP2 B 0, 0.082, 0.615, 1.148, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.615 std_dev=0.533
C4 B 0, 0.142, 0.725, 1.308, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.725 std_dev=0.583
O2 B 0, 0.091, 0.687, 1.284, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.687 std_dev=0.596
N3 B 0, 0.069, 0.740, 1.411, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.740 std_dev=0.671
N4 B 0, 0.177, 0.898, 1.620, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.898 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04
C2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.15 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01
N1 0.04 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.13 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
N3 0.04 0.00 0.11 0.11 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.14 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05
N6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04
N7 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.10 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.05 0.13 0.14 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.09 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05
O5' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.48 0.04 0.05 0.44 0.05 0.24 0.06 0.13 0.23 0.57 0.50 0.64 0.15 0.15 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09
C2 0.20 0.43 0.08 0.07 0.33 0.11 0.18 0.13 0.13 0.26 0.44 0.34 0.57 0.05 0.01 0.18 0.14 0.12 0.16 0.13
C2' 0.06 0.33 0.15 0.17 0.33 0.14 0.16 0.13 0.06 0.12 0.42 0.39 0.46 0.24 0.27 0.09 0.13 0.13 0.13 0.13
C3' 0.06 0.28 0.18 0.22 0.30 0.16 0.14 0.15 0.05 0.09 0.38 0.37 0.38 0.26 0.33 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13
C4 0.18 0.50 0.05 0.03 0.40 0.08 0.22 0.11 0.15 0.28 0.53 0.43 0.67 0.06 0.07 0.16 0.14 0.12 0.16 0.13
C4' 0.04 0.37 0.14 0.16 0.38 0.10 0.19 0.08 0.08 0.14 0.48 0.46 0.48 0.23 0.27 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09
C5 0.19 0.47 0.08 0.05 0.36 0.09 0.19 0.12 0.13 0.26 0.49 0.39 0.63 0.05 0.06 0.16 0.15 0.13 0.18 0.15
C5' 0.05 0.37 0.13 0.15 0.39 0.09 0.20 0.07 0.09 0.15 0.48 0.47 0.48 0.22 0.27 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10
C6 0.20 0.43 0.11 0.08 0.31 0.12 0.16 0.14 0.11 0.25 0.44 0.33 0.58 0.08 0.05 0.18 0.16 0.14 0.19 0.17
C8 0.17 0.50 0.04 0.02 0.42 0.07 0.22 0.10 0.14 0.26 0.55 0.46 0.67 0.06 0.09 0.15 0.13 0.12 0.17 0.14
N1 0.20 0.40 0.11 0.10 0.29 0.13 0.15 0.15 0.11 0.24 0.40 0.29 0.53 0.07 0.04 0.19 0.17 0.14 0.18 0.16
N3 0.18 0.49 0.05 0.05 0.39 0.09 0.23 0.11 0.16 0.28 0.52 0.41 0.66 0.08 0.05 0.16 0.13 0.12 0.15 0.12
N6 0.19 0.39 0.12 0.09 0.27 0.11 0.12 0.13 0.09 0.23 0.40 0.28 0.54 0.10 0.07 0.17 0.16 0.14 0.19 0.17
N7 0.18 0.47 0.07 0.04 0.38 0.08 0.19 0.11 0.12 0.26 0.51 0.41 0.64 0.05 0.07 0.15 0.14 0.13 0.18 0.15
N9 0.16 0.51 0.03 0.02 0.44 0.07 0.24 0.09 0.15 0.27 0.57 0.48 0.68 0.07 0.09 0.14 0.13 0.11 0.15 0.13
O2' 0.10 0.29 0.19 0.20 0.33 0.17 0.16 0.16 0.06 0.09 0.41 0.40 0.39 0.27 0.27 0.12 0.15 0.15 0.16 0.16
O3' 0.14 0.15 0.28 0.32 0.21 0.25 0.07 0.24 0.04 0.04 0.26 0.28 0.21 0.34 0.43 0.17 0.21 0.19 0.21 0.20
O4' 0.09 0.48 0.05 0.06 0.46 0.04 0.25 0.07 0.14 0.23 0.59 0.54 0.62 0.16 0.16 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11
O5' 0.08 0.41 0.10 0.12 0.40 0.06 0.21 0.07 0.11 0.19 0.50 0.47 0.53 0.19 0.25 0.09 0.11 0.11 0.13 0.12
OP1 0.08 0.39 0.10 0.13 0.40 0.07 0.21 0.07 0.11 0.18 0.50 0.48 0.50 0.17 0.26 0.09 0.10 0.11 0.13 0.11
OP2 0.13 0.43 0.02 0.05 0.39 0.06 0.20 0.09 0.12 0.22 0.51 0.45 0.56 0.07 0.16 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14
P 0.09 0.40 0.07 0.10 0.39 0.06 0.19 0.07 0.10 0.19 0.50 0.46 0.53 0.15 0.22 0.10 0.11 0.12 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.12 0.17 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.03 0.05 0.08 0.16 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.03 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.03 0.17 0.10 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.15 0.23 0.30 0.24
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.10 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.19 0.25 0.33 0.29
C5' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.17 0.00 0.13 0.00 0.08 0.07 0.16 0.19 0.10 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.08 0.15 0.18 0.25 0.23
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.15 0.12
N3 0.00 0.00 0.10 0.17 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.09 0.15 0.23 0.16
N4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.17 0.27 0.34 0.27
O2 0.03 0.01 0.21 0.25 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.29 0.07 0.02 0.02 0.10 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.02
O3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.03 0.12 0.03 0.20 0.11 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.15 0.06 0.09 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.07 0.23 0.04 0.25 0.06 0.18 0.08 0.15 0.27 0.02 0.05 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.05 0.02 0.30 0.03 0.33 0.02 0.25 0.15 0.23 0.34 0.10 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.02 0.01 0.24 0.01 0.29 0.01 0.23 0.12 0.16 0.27 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00