ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O5' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
OP1 A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2 B 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
P A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.000, 0.112, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
OP2 A 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C4' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C1' B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
N3 B 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5' B 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' B 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O3' B 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.000, 0.165, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C5' A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O5' B 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N4 B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5 B 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
P B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP2 B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372
OP1 B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.07 0.07
O5' 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.10 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.17 0.08 0.11
C2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02
C2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.05 0.07
C3' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.05
C4 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.10 0.01 0.05
C4' 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.14 0.06 0.08
C5 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.02 0.03
C5' 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.05 0.13 0.05 0.07
C6 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00
C8 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.12 0.02 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01
N3 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.01 0.05
N6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01
N7 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.10 0.01 0.04
N9 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.13 0.04 0.07
O2' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.17 0.07 0.09
O3' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.09 0.02 0.03
O4' 0.07 0.07 0.09 0.10 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.18 0.09 0.11
O5' 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.13 0.03 0.06
OP1 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.13 0.03 0.06
OP2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04
P 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.11 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.16 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.11 0.16 0.11
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.13 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.07 0.14 0.09
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.18 0.12
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.03 0.11 0.02 0.08 0.04 0.07 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.12 0.03 0.00 0.16 0.02 0.16 0.00 0.13 0.10 0.14 0.18 0.10 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.01 0.02 0.11 0.00 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00