ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50419

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
OP2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.000, 0.090, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
P A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O5' A 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O3' B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C5' B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.000, 0.227, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C1' B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O2' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C6 B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
P B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C2 B 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O2 B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
N4 B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.00 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.02
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.00 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.11 0.00 0.04
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.12 0.05 0.01 0.11 0.03 0.12 0.00 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.05 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04
C2 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05
C2' 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07 0.07
C3' 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04
C4' 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07 0.07
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.09 0.07 0.07
C6 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.08 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
C8 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
N1 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.05
N6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.08 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04
O2' 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06
O3' 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.06 0.09 0.11 0.09 0.09
O4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05
O5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.08 0.07 0.07
OP1 0.10 0.12 0.07 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.06 0.07 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12
OP2 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03
P 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00