ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2' B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.000, 0.428, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.428 std_dev=0.428
O4' A 0, 0.000, 0.738, 1.476, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.738 std_dev=0.738
C2' A 0, 0.000, 0.780, 1.560, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.780 std_dev=0.780
C3' B 0, 0.000, 0.843, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.843 std_dev=0.843
O2' A 0, 0.000, 0.967, 1.933, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.967 std_dev=0.967
C4' A 0, 0.000, 1.067, 2.134, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.067 std_dev=1.067
C3' A 0, 0.000, 1.205, 2.410, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.205 std_dev=1.205
C1' B 0, 0.000, 1.210, 2.421, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.210 std_dev=1.210
N1 B 0, 0.000, 1.383, 2.765, 2.765 max_d=2.765 avg_d=1.383 std_dev=1.383
O3' B 0, 0.000, 1.436, 2.872, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.436 std_dev=1.436
C4' B 0, 0.000, 1.512, 3.025, 3.025 max_d=3.025 avg_d=1.512 std_dev=1.512
C6 B 0, 0.000, 1.574, 3.148, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.574 std_dev=1.574
C5 B 0, 0.000, 1.664, 3.329, 3.329 max_d=3.329 avg_d=1.664 std_dev=1.664
O4' B 0, 0.000, 1.667, 3.334, 3.334 max_d=3.334 avg_d=1.667 std_dev=1.667
C4 B 0, 0.000, 1.718, 3.436, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.718 std_dev=1.718
O3' A 0, 0.000, 1.722, 3.444, 3.444 max_d=3.444 avg_d=1.722 std_dev=1.722
C2 B 0, 0.000, 1.842, 3.684, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.842 std_dev=1.842
C5' A 0, 0.000, 1.867, 3.733, 3.733 max_d=3.733 avg_d=1.867 std_dev=1.867
N4 B 0, 0.000, 1.891, 3.781, 3.781 max_d=3.781 avg_d=1.891 std_dev=1.891
N3 B 0, 0.000, 2.031, 4.062, 4.062 max_d=4.062 avg_d=2.031 std_dev=2.031
C5' B 0, 0.000, 2.296, 4.592, 4.592 max_d=4.592 avg_d=2.296 std_dev=2.296
O2 B 0, 0.000, 2.314, 4.628, 4.628 max_d=4.628 avg_d=2.314 std_dev=2.314
O5' A 0, 0.000, 2.531, 5.061, 5.061 max_d=5.061 avg_d=2.531 std_dev=2.531
OP2 A 0, 0.000, 2.588, 5.176, 5.176 max_d=5.176 avg_d=2.588 std_dev=2.588
P A 0, 0.000, 2.853, 5.706, 5.706 max_d=5.706 avg_d=2.853 std_dev=2.853
O5' B 0, 0.000, 3.216, 6.432, 6.432 max_d=6.432 avg_d=3.216 std_dev=3.216
P B 0, 0.000, 4.057, 8.113, 8.113 max_d=8.113 avg_d=4.057 std_dev=4.057
OP1 A 0, 0.000, 4.059, 8.119, 8.119 max_d=8.119 avg_d=4.059 std_dev=4.059
OP1 B 0, 0.000, 4.669, 9.339, 9.339 max_d=9.339 avg_d=4.669 std_dev=4.669
OP2 B 0, 0.000, 4.944, 9.889, 9.889 max_d=9.889 avg_d=4.944 std_dev=4.944

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.04 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.33 0.30 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.40 0.14 0.15 0.34 0.13 0.17
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.16 0.01 0.06 0.00 0.13 0.18 0.25 0.34 0.08 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.17 0.07 0.11
C3' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.08 0.27 0.21 0.29 0.02 0.19 0.05 0.00 0.00 0.02 0.23 0.30 0.06 0.12
C4 0.00 0.01 0.16 0.12 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.07 0.21 0.15 0.20 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.14 0.01 0.05 0.06 0.12 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.17 0.11 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.26 0.11 0.27 0.00
C5' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.16 0.22 0.11 0.04 0.19 0.23 0.12 0.02 0.06 0.00 0.01 0.31 0.30 0.01
C6 0.00 0.00 0.13 0.08 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.12 0.06 0.24 0.21 0.24 0.08
C8 0.01 0.01 0.18 0.27 0.00 0.14 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.30 0.08 0.33 0.15 0.37 0.20
N1 0.01 0.00 0.25 0.21 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.29 0.11 0.19 0.32 0.17 0.15
N3 0.01 0.00 0.34 0.29 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.38 0.13 0.14 0.27 0.13 0.13
N6 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.04 0.27 0.18 0.27 0.05
N7 0.01 0.00 0.11 0.19 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.23 0.04 0.32 0.07 0.37 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.23 0.01 0.24 0.07
O2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.02 0.15 0.11 0.26 0.33 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.11 0.02 0.06
O3' 0.00 0.40 0.01 0.00 0.15 0.03 0.01 0.06 0.12 0.30 0.29 0.38 0.04 0.23 0.05 0.01 0.00 0.02 0.16 0.38 0.17 0.11
O4' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.08 0.11 0.13 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.04 0.15 0.09
O5' 0.16 0.15 0.19 0.23 0.21 0.01 0.26 0.01 0.24 0.33 0.19 0.14 0.27 0.32 0.23 0.06 0.16 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.04 0.34 0.17 0.30 0.15 0.17 0.11 0.31 0.21 0.15 0.32 0.27 0.18 0.07 0.01 0.11 0.38 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.13 0.07 0.06 0.20 0.11 0.27 0.30 0.24 0.37 0.17 0.13 0.27 0.37 0.24 0.02 0.17 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.11 0.12 0.04 0.04 0.00 0.01 0.08 0.20 0.15 0.13 0.05 0.13 0.07 0.06 0.11 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.35 0.08 0.38 0.25 0.13 0.17 0.12 0.16 0.25 0.33 0.25 0.43 0.05 0.79 0.22 0.57 0.09 0.90 0.49
C2 0.53 0.72 0.07 0.53 0.47 0.43 0.26 0.71 0.25 0.51 0.66 0.45 0.90 0.17 0.99 0.31 1.03 0.82 1.17 0.99
C2' 0.79 0.81 0.42 0.19 0.78 0.53 0.75 0.58 0.75 0.79 0.80 0.77 0.83 0.42 0.26 0.85 0.14 0.70 0.21 0.23
C3' 0.64 0.70 0.29 0.11 0.71 0.44 0.69 0.57 0.68 0.68 0.72 0.72 0.70 0.23 0.30 0.72 0.08 0.74 0.31 0.21
C4 0.36 0.59 0.01 0.50 0.38 0.38 0.18 0.54 0.16 0.38 0.56 0.38 0.78 0.07 0.94 0.17 1.02 0.70 1.38 1.00
C4' 0.14 0.21 0.16 0.30 0.21 0.02 0.19 0.13 0.17 0.18 0.22 0.22 0.21 0.20 0.64 0.21 0.37 0.27 0.73 0.23
C5 0.37 0.73 0.02 0.54 0.45 0.54 0.15 0.81 0.11 0.41 0.70 0.45 0.98 0.10 0.96 0.05 1.39 1.14 1.89 1.44
C5' 0.09 0.01 0.36 0.47 0.02 0.24 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.42 0.78 0.04 0.63 0.03 1.05 0.48
C6 0.43 0.87 0.07 0.57 0.53 0.65 0.16 1.04 0.11 0.48 0.84 0.53 1.17 0.16 0.96 0.02 1.63 1.50 2.16 1.74
C8 0.28 0.57 0.04 0.50 0.36 0.42 0.13 0.57 0.09 0.32 0.56 0.37 0.78 0.02 0.90 0.06 1.15 0.80 1.69 1.18
N1 0.51 0.89 0.10 0.56 0.55 0.63 0.22 1.06 0.18 0.55 0.84 0.54 1.15 0.19 0.96 0.13 1.53 1.38 1.80 1.57
N3 0.42 0.56 0.01 0.47 0.38 0.27 0.23 0.40 0.23 0.41 0.52 0.36 0.69 0.09 0.96 0.31 0.76 0.46 0.97 0.71
N6 0.41 0.97 0.09 0.57 0.58 0.73 0.13 1.21 0.06 0.50 0.96 0.60 1.32 0.18 0.94 0.08 1.87 1.89 2.65 2.12
N7 0.31 0.69 0.01 0.54 0.42 0.54 0.12 0.79 0.07 0.37 0.68 0.44 0.96 0.07 0.94 0.00 1.41 1.16 2.03 1.49
N9 0.29 0.50 0.05 0.46 0.33 0.30 0.16 0.40 0.14 0.32 0.48 0.33 0.65 0.01 0.89 0.15 0.90 0.51 1.31 0.87
O2' 0.87 0.81 0.54 0.38 0.81 0.77 0.84 0.86 0.86 0.85 0.79 0.79 0.78 0.55 0.02 0.99 0.49 1.08 0.20 0.58
O3' 0.85 0.87 0.50 0.40 0.94 0.77 0.97 0.98 0.96 0.90 0.89 0.95 0.81 0.41 0.00 1.00 0.51 1.30 0.17 0.70
O4' 0.13 0.02 0.43 0.64 0.07 0.40 0.14 0.31 0.15 0.10 0.02 0.06 0.04 0.44 0.98 0.13 0.79 0.26 1.13 0.68
O5' 0.21 0.07 0.50 0.59 0.04 0.35 0.08 0.16 0.12 0.13 0.04 0.01 0.07 0.61 0.91 0.15 0.71 0.10 1.09 0.53
OP1 1.08 0.99 1.25 1.25 0.96 1.06 0.97 0.83 1.00 1.02 0.96 0.94 0.98 1.35 1.43 1.00 1.43 0.85 1.84 1.25
OP2 0.25 0.01 0.48 0.67 0.06 0.56 0.20 0.49 0.26 0.16 0.04 0.02 0.11 0.54 0.96 0.33 1.14 0.68 1.70 1.06
P 0.66 0.49 0.86 0.97 0.51 0.82 0.59 0.68 0.63 0.59 0.46 0.49 0.43 0.93 1.21 0.66 1.29 0.76 1.76 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.40 0.19 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.57 0.53 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.22 0.13 0.37 0.16
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.03 0.13 0.05 0.02 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.34 0.07 0.47 0.26
C4 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.01 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.32 0.70 0.79 0.21
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.17 0.02 0.33 0.70 0.78 0.22
C5' 0.05 0.11 0.02 0.03 0.14 0.00 0.12 0.00 0.10 0.09 0.13 0.15 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.16 0.02 0.28 0.61 0.58 0.16
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.20 0.54 0.44 0.11
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.28 0.65 0.68 0.17
N4 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.01 0.34 0.73 0.89 0.23
O2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.18 0.53 0.45 0.10
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.16 0.07
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.17 0.01 0.16 0.06 0.05 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.34 0.32 0.47 0.29
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.38 0.05 0.09
O5' 0.07 0.22 0.22 0.34 0.32 0.00 0.33 0.00 0.28 0.20 0.28 0.34 0.18 0.10 0.34 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.57 0.13 0.07 0.70 0.09 0.70 0.01 0.61 0.54 0.65 0.73 0.53 0.06 0.32 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.53 0.37 0.47 0.79 0.02 0.78 0.01 0.58 0.44 0.68 0.89 0.45 0.16 0.47 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.16 0.26 0.21 0.00 0.22 0.00 0.16 0.11 0.17 0.23 0.10 0.07 0.29 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00