ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50421

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C3' A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
OP1 A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
P A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N3 B 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
N4 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O5' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.000, 0.149, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C2 B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O2 B 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
N1 B 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
OP1 B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O4' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2' B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O3' B 0, 0.000, 0.332, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
P B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.000, 0.376, 0.751, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C5' B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
OP2 B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.10 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.06
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.06
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.06
C5' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.10 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.06
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.12 0.05
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.11 0.06
N6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.11 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.11 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.16 0.06
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.17 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.10 0.15 0.16 0.11 0.14 0.11 0.05 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.16 0.17 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01
C2' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.08 0.05 0.03 0.06
C3' 0.08 0.06 0.09 0.09 0.05 0.10 0.06 0.09 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.06 0.05 0.07
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01
C4' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.05 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.05 0.03 0.06
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02
C5' 0.05 0.03 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02
C6 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04
C8 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
N1 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.04 0.03 0.02 0.08 0.04
N3 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02
N6 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.07 0.04 0.09 0.06
N7 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
N9 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02
O2' 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.10 0.06 0.05 0.07
O3' 0.07 0.05 0.08 0.09 0.04 0.10 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.09 0.07 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08
O4' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
O5' 0.04 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03
OP2 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.03
P 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02
N4 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02
O3' 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00