ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50424

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O5' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
OP1 A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
P A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
OP2 A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' B 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C4' B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O3' A 0, 0.000, 0.079, 0.158, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C1' B 0, 0.000, 0.081, 0.161, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C2' B 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O2' B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C3' B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O3' B 0, 0.000, 0.095, 0.189, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C5' B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
N1 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O2 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O5' B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C2 B 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
P B 0, 0.000, 0.130, 0.260, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.130 std_dev=0.130
OP1 B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
OP2 B 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C5 B 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
N3 B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
N4 B 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02
C3' 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N1 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
N6 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
N7 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
O3' 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
OP2 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
P 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
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