ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50433

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 6, 9, 3, 1, 0, 2, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.002, 0.024, 0.047, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.005, 0.040, 0.074, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.040 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.001, 0.046, 0.090, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.046 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.002, 0.048, 0.094, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.048 std_dev=0.046
C2' B 0, 0.097, 0.354, 0.612, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.354 std_dev=0.258
O2' B 0, 0.071, 0.378, 0.685, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.378 std_dev=0.307
O4' A 0, -0.188, 0.136, 0.460, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.136 std_dev=0.324
C2' A 0, -0.168, 0.166, 0.501, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.166 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.008, 0.403, 0.798, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.403 std_dev=0.395
C3' A 0, -0.177, 0.240, 0.658, 2.489 max_d=2.489 avg_d=0.240 std_dev=0.418
O3' A 0, -0.107, 0.327, 0.761, 2.515 max_d=2.515 avg_d=0.327 std_dev=0.434
C4' A 0, -0.213, 0.249, 0.711, 2.738 max_d=2.738 avg_d=0.249 std_dev=0.462
C1' B 0, -0.135, 0.373, 0.880, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.373 std_dev=0.507
O2' A 0, -0.237, 0.271, 0.779, 3.060 max_d=3.060 avg_d=0.271 std_dev=0.508
O3' B 0, -0.051, 0.476, 1.004, 2.780 max_d=2.780 avg_d=0.476 std_dev=0.527
C4' B 0, -0.191, 0.397, 0.984, 3.484 max_d=3.484 avg_d=0.397 std_dev=0.587
N9 B 0, -0.203, 0.418, 1.039, 3.719 max_d=3.719 avg_d=0.418 std_dev=0.621
O4' B 0, -0.283, 0.390, 1.063, 4.050 max_d=4.050 avg_d=0.390 std_dev=0.673
C4 B 0, -0.277, 0.444, 1.165, 4.336 max_d=4.336 avg_d=0.444 std_dev=0.721
C5' A 0, -0.313, 0.415, 1.144, 4.329 max_d=4.329 avg_d=0.415 std_dev=0.728
C8 B 0, -0.294, 0.493, 1.280, 4.607 max_d=4.607 avg_d=0.493 std_dev=0.787
C5 B 0, -0.323, 0.505, 1.334, 4.950 max_d=4.950 avg_d=0.505 std_dev=0.829
N3 B 0, -0.371, 0.480, 1.331, 5.068 max_d=5.068 avg_d=0.480 std_dev=0.851
N7 B 0, -0.332, 0.535, 1.402, 5.039 max_d=5.039 avg_d=0.535 std_dev=0.867
C5' B 0, -0.394, 0.520, 1.434, 5.440 max_d=5.440 avg_d=0.520 std_dev=0.914
O5' A 0, -0.366, 0.642, 1.651, 5.189 max_d=5.189 avg_d=0.642 std_dev=1.008
C6 B 0, -0.446, 0.566, 1.577, 6.044 max_d=6.044 avg_d=0.566 std_dev=1.011
O5' B 0, -0.454, 0.568, 1.590, 6.123 max_d=6.123 avg_d=0.568 std_dev=1.022
C2 B 0, -0.539, 0.561, 1.661, 6.529 max_d=6.529 avg_d=0.561 std_dev=1.100
N6 B 0, -0.492, 0.633, 1.757, 6.657 max_d=6.657 avg_d=0.633 std_dev=1.124
N1 B 0, -0.586, 0.582, 1.749, 6.929 max_d=6.929 avg_d=0.582 std_dev=1.167
P A 0, -0.365, 0.900, 2.164, 6.197 max_d=6.197 avg_d=0.900 std_dev=1.264
OP2 A 0, -0.355, 1.163, 2.682, 6.239 max_d=6.239 avg_d=1.163 std_dev=1.519
P B 0, -0.807, 0.725, 2.257, 9.132 max_d=9.132 avg_d=0.725 std_dev=1.532
OP1 A 0, -0.450, 1.109, 2.667, 7.903 max_d=7.903 avg_d=1.109 std_dev=1.558
OP2 B 0, -0.927, 0.819, 2.565, 10.385 max_d=10.385 avg_d=0.819 std_dev=1.746
OP1 B 0, -0.940, 0.806, 2.552, 10.401 max_d=10.401 avg_d=0.806 std_dev=1.746

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.13 0.00 0.12 0.22 0.72 0.26
C2 0.04 0.00 0.21 0.16 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.14 0.18 0.28 0.26 0.82 0.37
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.08 0.10 0.11 0.17 0.21 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.25 0.48 0.13
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.12 0.01 0.14 0.02 0.16 0.12 0.17 0.14 0.16 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.28 0.33 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.12 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.10 0.22 0.25 0.84 0.34
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.05 0.13 0.03 0.00 0.01 0.25 0.37 0.10
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.06 0.27 0.38 0.92 0.42
C5' 0.03 0.16 0.08 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.17 0.18 0.16 0.14 0.19 0.19 0.09 0.05 0.11 0.01 0.01 0.14 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.09 0.29 0.38 0.92 0.43
C8 0.02 0.02 0.11 0.12 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.22 0.08 0.09 0.31 0.47 0.97 0.47
N1 0.03 0.01 0.17 0.17 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.13 0.14 0.29 0.31 0.88 0.41
N3 0.04 0.01 0.21 0.14 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.13 0.17 0.24 0.22 0.78 0.32
N6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.11 0.08 0.32 0.48 0.96 0.48
N7 0.02 0.02 0.07 0.14 0.02 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.20 0.09 0.06 0.32 0.53 0.99 0.49
N9 0.00 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.21 0.27 0.84 0.34
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.09 0.13 0.10 0.05 0.11 0.22 0.16 0.21 0.12 0.20 0.08 0.00 0.04 0.09 0.15 0.41 0.45 0.17
O3' 0.13 0.14 0.02 0.01 0.08 0.03 0.08 0.11 0.11 0.08 0.13 0.13 0.11 0.09 0.06 0.04 0.00 0.08 0.27 0.46 0.38 0.31
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14 0.17 0.08 0.06 0.01 0.09 0.08 0.00 0.16 0.22 0.74 0.31
O5' 0.12 0.28 0.12 0.20 0.22 0.01 0.27 0.01 0.29 0.31 0.29 0.24 0.32 0.32 0.21 0.15 0.27 0.16 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.22 0.26 0.25 0.28 0.25 0.25 0.38 0.14 0.38 0.47 0.31 0.22 0.48 0.53 0.27 0.41 0.46 0.22 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.72 0.82 0.48 0.33 0.84 0.37 0.92 0.24 0.92 0.97 0.88 0.78 0.96 0.99 0.84 0.45 0.38 0.74 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.37 0.13 0.16 0.34 0.10 0.42 0.01 0.43 0.47 0.41 0.32 0.48 0.49 0.34 0.17 0.31 0.31 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.33 0.15 0.16 0.26 0.17 0.26 0.23 0.29 0.23 0.32 0.30 0.30 0.24 0.23 0.17 0.25 0.20 0.22 0.33 0.37 0.24
C2 0.40 0.55 0.15 0.14 0.49 0.11 0.49 0.18 0.52 0.43 0.54 0.52 0.52 0.46 0.44 0.16 0.39 0.38 0.17 0.14 0.26 0.19
C2' 0.35 0.40 0.27 0.23 0.38 0.29 0.39 0.31 0.40 0.37 0.41 0.39 0.41 0.39 0.37 0.27 0.19 0.36 0.31 0.60 0.18 0.33
C3' 0.15 0.18 0.13 0.10 0.17 0.12 0.18 0.18 0.18 0.20 0.18 0.17 0.20 0.21 0.17 0.20 0.15 0.18 0.18 0.49 0.22 0.22
C4 0.29 0.52 0.14 0.16 0.41 0.14 0.40 0.25 0.46 0.31 0.51 0.47 0.46 0.35 0.33 0.17 0.32 0.23 0.24 0.20 0.43 0.29
C4' 0.27 0.22 0.32 0.32 0.24 0.29 0.23 0.30 0.22 0.27 0.21 0.23 0.22 0.26 0.26 0.35 0.36 0.27 0.30 0.29 0.55 0.31
C5 0.29 0.65 0.14 0.20 0.47 0.18 0.47 0.36 0.55 0.33 0.63 0.57 0.55 0.39 0.36 0.19 0.37 0.19 0.35 0.33 0.58 0.45
C5' 0.46 0.37 0.47 0.46 0.41 0.45 0.41 0.44 0.39 0.47 0.37 0.39 0.39 0.44 0.44 0.48 0.46 0.46 0.45 0.30 0.79 0.48
C6 0.35 0.74 0.15 0.22 0.55 0.19 0.55 0.42 0.64 0.39 0.72 0.66 0.65 0.46 0.42 0.20 0.42 0.23 0.40 0.44 0.60 0.52
C8 0.23 0.55 0.16 0.20 0.38 0.19 0.37 0.33 0.45 0.26 0.53 0.48 0.45 0.30 0.28 0.20 0.32 0.16 0.32 0.27 0.60 0.41
N1 0.41 0.69 0.16 0.21 0.57 0.15 0.57 0.34 0.63 0.45 0.68 0.63 0.64 0.51 0.48 0.19 0.44 0.33 0.31 0.34 0.43 0.39
N3 0.34 0.45 0.14 0.12 0.40 0.13 0.40 0.17 0.43 0.36 0.45 0.43 0.43 0.38 0.36 0.15 0.31 0.32 0.18 0.21 0.27 0.18
N6 0.35 0.85 0.17 0.25 0.61 0.23 0.62 0.50 0.74 0.41 0.84 0.74 0.75 0.50 0.45 0.22 0.45 0.21 0.50 0.63 0.73 0.68
N7 0.25 0.65 0.15 0.21 0.44 0.21 0.44 0.39 0.54 0.29 0.63 0.56 0.54 0.35 0.31 0.21 0.36 0.15 0.39 0.37 0.68 0.52
N9 0.25 0.47 0.16 0.17 0.35 0.17 0.35 0.25 0.40 0.27 0.45 0.42 0.40 0.30 0.28 0.19 0.29 0.20 0.25 0.23 0.46 0.29
O2' 0.53 0.54 0.47 0.44 0.54 0.49 0.54 0.50 0.54 0.53 0.54 0.54 0.55 0.53 0.53 0.46 0.40 0.53 0.49 0.84 0.34 0.53
O3' 0.16 0.21 0.23 0.17 0.16 0.11 0.14 0.17 0.14 0.16 0.17 0.20 0.14 0.16 0.15 0.32 0.23 0.15 0.18 0.55 0.21 0.27
O4' 0.26 0.16 0.33 0.40 0.19 0.38 0.20 0.42 0.18 0.28 0.16 0.17 0.19 0.25 0.24 0.33 0.46 0.30 0.42 0.30 0.67 0.44
O5' 0.66 0.56 0.64 0.62 0.62 0.63 0.63 0.60 0.60 0.69 0.57 0.58 0.61 0.67 0.66 0.63 0.58 0.68 0.62 0.41 0.99 0.66
OP1 0.84 0.81 0.79 0.74 0.84 0.75 0.86 0.71 0.85 0.88 0.83 0.81 0.86 0.88 0.86 0.77 0.65 0.84 0.75 0.60 1.23 0.85
OP2 1.15 1.18 1.13 1.11 1.16 1.12 1.18 1.12 1.19 1.19 1.20 1.16 1.21 1.19 1.17 1.12 1.07 1.15 1.15 0.97 1.52 1.20
P 0.88 0.81 0.84 0.82 0.86 0.84 0.88 0.83 0.86 0.92 0.83 0.82 0.87 0.91 0.89 0.81 0.75 0.90 0.86 0.68 1.30 0.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.28 0.13
C2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.17 0.06 0.14 0.33 0.31 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.12 0.15 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.13 0.07
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.17 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.13 0.32 0.30 0.23
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.18 0.04
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.17 0.44 0.32 0.29
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.12 0.08 0.16 0.16 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.16 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.19 0.48 0.33 0.31
C8 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.14 0.06 0.14 0.39 0.30 0.26
N1 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.15 0.05 0.17 0.43 0.33 0.29
N3 0.03 0.00 0.15 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.19 0.15 0.06 0.12 0.27 0.30 0.21
N6 0.03 0.01 0.06 0.12 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.15 0.04 0.21 0.56 0.35 0.34
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.14 0.04 0.18 0.50 0.32 0.30
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.26 0.29 0.20
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.10 0.04 0.06 0.05 0.10 0.05 0.16 0.19 0.08 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.16 0.17 0.07
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.13 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.06 0.04 0.00 0.01 0.07 0.32 0.14 0.16
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.10 0.34 0.16
O5' 0.05 0.14 0.04 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.19 0.14 0.17 0.12 0.21 0.18 0.10 0.04 0.07 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.33 0.11 0.17 0.32 0.12 0.44 0.16 0.48 0.39 0.43 0.27 0.56 0.50 0.26 0.16 0.32 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.31 0.13 0.08 0.30 0.18 0.32 0.13 0.33 0.30 0.33 0.30 0.35 0.32 0.29 0.17 0.14 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.07 0.08 0.23 0.04 0.29 0.01 0.31 0.26 0.29 0.21 0.34 0.30 0.20 0.07 0.16 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00