ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50434

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 6, 8, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.010, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.009, 0.013, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.014, 0.021, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.023, 0.033, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.022, 0.035, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.034, 0.081, 0.128, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.081 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.054, 0.110, 0.166, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.110 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.112, 0.182, 0.252, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.182 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.153, 0.226, 0.299, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.226 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.099, 0.182, 0.266, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.182 std_dev=0.083
O5' A 0, 0.137, 0.242, 0.347, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.242 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.151, 0.266, 0.380, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.266 std_dev=0.114
O4' B 0, 0.138, 0.256, 0.374, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.256 std_dev=0.118
O3' A 0, 0.172, 0.295, 0.417, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.295 std_dev=0.122
C1' B 0, 0.174, 0.300, 0.426, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.300 std_dev=0.126
P A 0, 0.169, 0.298, 0.427, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.298 std_dev=0.129
O5' B 0, 0.120, 0.251, 0.383, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.251 std_dev=0.132
C8 B 0, 0.221, 0.356, 0.491, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.356 std_dev=0.135
P B 0, 0.109, 0.247, 0.386, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.247 std_dev=0.139
N9 B 0, 0.198, 0.338, 0.478, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.338 std_dev=0.140
C4' B 0, 0.122, 0.267, 0.413, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.267 std_dev=0.145
N7 B 0, 0.242, 0.389, 0.537, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.389 std_dev=0.147
C5' B 0, 0.089, 0.240, 0.391, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.240 std_dev=0.151
OP1 A 0, 0.250, 0.403, 0.556, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.403 std_dev=0.153
OP2 B 0, 0.156, 0.311, 0.467, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.311 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.188, 0.345, 0.502, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.345 std_dev=0.157
OP2 A 0, 0.217, 0.381, 0.545, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.381 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.237, 0.401, 0.566, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.401 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.189, 0.354, 0.519, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.354 std_dev=0.165
C3' B 0, 0.166, 0.332, 0.498, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.332 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.208, 0.375, 0.542, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.375 std_dev=0.167
C6 B 0, 0.260, 0.446, 0.632, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.446 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.125, 0.318, 0.511, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.318 std_dev=0.193
N3 B 0, 0.199, 0.393, 0.587, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.393 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.257, 0.457, 0.657, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.457 std_dev=0.200
N6 B 0, 0.287, 0.488, 0.689, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.488 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.225, 0.430, 0.636, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.430 std_dev=0.205
O3' B 0, 0.176, 0.389, 0.603, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.389 std_dev=0.213

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.10 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.07 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.06 0.06 0.08 0.03 0.10 0.01 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.06 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.07 0.13 0.08
C2 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.07
C2' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.12 0.07
C3' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08
C4 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.11 0.07
C4' 0.08 0.10 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.12 0.07
C5 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09
C5' 0.08 0.11 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08
C6 0.11 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10
C8 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09
N1 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09
N3 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.11 0.07
N6 0.12 0.14 0.11 0.11 0.14 0.11 0.16 0.13 0.16 0.16 0.15 0.13 0.18 0.17 0.14 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.13 0.12
N7 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09
N9 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.08
O2' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.15 0.10
O3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09
O4' 0.09 0.11 0.09 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.12 0.08
O5' 0.09 0.11 0.08 0.06 0.10 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08
OP1 0.10 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.07 0.09 0.10 0.11 0.14 0.11
OP2 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.14 0.12
P 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.08 0.13 0.09 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.11 0.08 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.15 0.09 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.16 0.10 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.12 0.07 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.15 0.09 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.10 0.08 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.19 0.12 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.16 0.09 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.08 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.09 0.05
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.11 0.06
O5' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.11 0.11 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.13 0.05 0.06 0.11 0.02 0.15 0.03 0.16 0.12 0.15 0.10 0.19 0.16 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.09 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.04 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.08 0.13 0.11 0.05 0.05 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00