ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50436

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 4, 6, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.044 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.002, 0.128, 0.254, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.128 std_dev=0.126
C2' A 0, -0.018, 0.133, 0.285, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.133 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.080, 0.238, 0.396, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.238 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.174, 0.363, 0.552, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.363 std_dev=0.189
C4' B 0, 0.225, 0.417, 0.610, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.417 std_dev=0.193
C5' B 0, 0.230, 0.447, 0.664, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.447 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.184, 0.401, 0.617, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.401 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.282, 0.505, 0.729, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.505 std_dev=0.223
N9 B 0, 0.195, 0.432, 0.669, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.432 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.248, 0.495, 0.742, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.495 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.207, 0.460, 0.713, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.460 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.321, 0.576, 0.830, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.576 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.222, 0.477, 0.732, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.477 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.209, 0.464, 0.720, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.464 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.213, 0.471, 0.729, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.471 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.244, 0.503, 0.763, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.503 std_dev=0.259
C4' A 0, -0.027, 0.239, 0.506, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.239 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.216, 0.505, 0.794, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.505 std_dev=0.289
N7 B 0, 0.223, 0.515, 0.808, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.515 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.217, 0.511, 0.805, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.511 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.226, 0.549, 0.872, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.549 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.224, 0.549, 0.874, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.549 std_dev=0.325
P B 0, 0.230, 0.574, 0.918, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.574 std_dev=0.344
N6 B 0, 0.245, 0.609, 0.973, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.609 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.231, 0.637, 1.044, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.637 std_dev=0.406
OP2 B 0, 0.214, 0.661, 1.109, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.661 std_dev=0.447
C3' A 0, -0.180, 0.332, 0.843, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.332 std_dev=0.512
O2' A 0, -0.159, 0.395, 0.948, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.395 std_dev=0.554
OP1 A 0, -0.103, 0.852, 1.807, 2.875 max_d=2.875 avg_d=0.852 std_dev=0.955
O5' A 0, -0.248, 0.740, 1.729, 2.880 max_d=2.880 avg_d=0.740 std_dev=0.989
O3' A 0, -0.413, 0.646, 1.705, 2.897 max_d=2.897 avg_d=0.646 std_dev=1.059
P A 0, -0.257, 0.869, 1.995, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.869 std_dev=1.126
OP2 A 0, -0.247, 0.992, 2.231, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.992 std_dev=1.239

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.30 0.11 0.32 0.19
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.07 0.56 0.38 0.56 0.50
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.22 0.03 0.07 0.06 0.09 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.09 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.22 0.27 0.16 0.08 0.25 0.29 0.17 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.23 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.18 0.04 0.61 0.38 0.60 0.52
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.03 0.03 0.06 0.09 0.05 0.26 0.02 0.00 0.01 0.12 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.23 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.06 0.03 0.78 0.53 0.77 0.71
C5' 0.09 0.10 0.22 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.20 0.01 0.01 0.18 0.32 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.22 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.10 0.05 0.78 0.58 0.79 0.74
C8 0.01 0.01 0.07 0.27 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.09 0.03 0.81 0.48 0.76 0.70
N1 0.02 0.00 0.06 0.16 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.21 0.06 0.68 0.50 0.69 0.64
N3 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.33 0.06 0.49 0.30 0.49 0.41
N6 0.02 0.01 0.03 0.25 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.05 0.04 0.86 0.68 0.89 0.85
N7 0.01 0.01 0.05 0.29 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.09 0.01 0.88 0.61 0.87 0.83
N9 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.12 0.01 0.59 0.31 0.56 0.47
O2' 0.02 0.28 0.00 0.01 0.24 0.26 0.28 0.05 0.32 0.20 0.31 0.24 0.34 0.26 0.17 0.00 0.04 0.19 0.07 0.20 0.12 0.14
O3' 0.30 0.31 0.02 0.00 0.18 0.02 0.06 0.20 0.10 0.09 0.21 0.33 0.05 0.09 0.12 0.04 0.00 0.25 0.10 0.08 0.49 0.20
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.19 0.25 0.00 0.32 0.15 0.37 0.25
O5' 0.30 0.56 0.06 0.05 0.61 0.01 0.78 0.01 0.78 0.81 0.68 0.49 0.86 0.88 0.59 0.07 0.10 0.32 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.38 0.29 0.08 0.38 0.12 0.53 0.18 0.58 0.48 0.50 0.30 0.68 0.61 0.31 0.20 0.08 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.56 0.09 0.23 0.60 0.21 0.77 0.32 0.79 0.76 0.69 0.49 0.89 0.87 0.56 0.12 0.49 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.50 0.17 0.04 0.52 0.01 0.71 0.01 0.74 0.70 0.64 0.41 0.85 0.83 0.47 0.14 0.20 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.06 0.07 0.11 0.09 0.08
C2 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13
C2' 0.14 0.21 0.12 0.14 0.19 0.13 0.20 0.16 0.21 0.17 0.22 0.19 0.22 0.18 0.16 0.10 0.14 0.14 0.14 0.12 0.08 0.10
C3' 0.07 0.27 0.07 0.12 0.18 0.14 0.19 0.20 0.26 0.09 0.29 0.22 0.27 0.14 0.11 0.11 0.17 0.06 0.20 0.40 0.29 0.31
C4 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09
C4' 0.07 0.15 0.08 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.17 0.09 0.18 0.12 0.19 0.12 0.08 0.14 0.11 0.06 0.09 0.17 0.11 0.12
C5 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10
C5' 0.11 0.07 0.12 0.12 0.06 0.12 0.06 0.12 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.17 0.12 0.10 0.13 0.19 0.19 0.18
C6 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.16 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13
C8 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08 0.11 0.11 0.08
N1 0.15 0.12 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.16 0.13 0.16 0.12 0.13 0.13 0.16 0.15 0.14 0.16 0.16 0.15 0.16 0.15 0.14
N3 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10
N6 0.17 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.19 0.18 0.19 0.20 0.17 0.15 0.16 0.16 0.13
N7 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09
N9 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.11 0.10 0.08
O2' 0.28 0.31 0.24 0.18 0.30 0.18 0.30 0.13 0.30 0.28 0.31 0.30 0.30 0.28 0.28 0.27 0.15 0.24 0.14 0.11 0.16 0.13
O3' 0.41 0.08 0.53 0.64 0.16 0.66 0.11 0.74 0.10 0.27 0.10 0.13 0.15 0.15 0.28 0.60 0.74 0.49 0.67 0.92 0.64 0.74
O4' 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.17 0.10 0.08 0.08 0.13 0.10 0.10
O5' 0.44 0.65 0.41 0.31 0.52 0.30 0.46 0.20 0.52 0.34 0.61 0.61 0.48 0.35 0.43 0.43 0.29 0.38 0.13 0.19 0.16 0.13
OP1 0.32 0.43 0.33 0.28 0.31 0.27 0.24 0.19 0.27 0.16 0.36 0.41 0.21 0.15 0.27 0.39 0.31 0.27 0.12 0.18 0.25 0.18
OP2 0.44 0.70 0.40 0.29 0.54 0.28 0.49 0.17 0.56 0.34 0.67 0.65 0.53 0.36 0.44 0.43 0.26 0.37 0.10 0.24 0.21 0.16
P 0.38 0.58 0.37 0.27 0.43 0.26 0.36 0.15 0.42 0.23 0.53 0.55 0.36 0.24 0.35 0.42 0.27 0.31 0.07 0.24 0.26 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.06 0.07 0.13 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.07 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.10 0.16 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.11 0.17 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.09 0.13 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.08 0.09 0.15 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.06 0.11 0.07
N6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.10 0.14 0.19 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.12 0.17 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.12 0.08 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.10 0.07
O5' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.10 0.05 0.11 0.09 0.09 0.06 0.14 0.12 0.06 0.07 0.12 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.13 0.03 0.04 0.12 0.02 0.16 0.01 0.17 0.13 0.15 0.11 0.19 0.17 0.10 0.03 0.08 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.02 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.14 0.12 0.07 0.03 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00