ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50437

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 10, 2, 5, 3, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O4' A 0, -0.027, 0.101, 0.228, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.101 std_dev=0.127
C2' A 0, -0.010, 0.131, 0.272, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.131 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.068, 0.222, 0.376, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.222 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.010, 0.186, 0.362, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.186 std_dev=0.176
O2' B 0, 0.112, 0.303, 0.493, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.303 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.098, 0.296, 0.494, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.296 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.003, 0.205, 0.407, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.205 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.038, 0.252, 0.466, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.252 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.060, 0.278, 0.496, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.278 std_dev=0.218
C3' A 0, -0.014, 0.217, 0.449, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.217 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.042, 0.314, 0.586, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.314 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.017, 0.304, 0.591, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.304 std_dev=0.287
C4' B 0, -0.006, 0.289, 0.583, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.289 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.041, 0.349, 0.657, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.349 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.005, 0.364, 0.723, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.364 std_dev=0.359
O3' A 0, -0.023, 0.365, 0.752, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.365 std_dev=0.387
O5' B 0, -0.037, 0.365, 0.767, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.365 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.001, 0.405, 0.809, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.405 std_dev=0.404
C5' B 0, -0.077, 0.345, 0.766, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.345 std_dev=0.421
C5 B 0, 0.001, 0.426, 0.852, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.426 std_dev=0.426
N7 B 0, -0.013, 0.438, 0.889, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.438 std_dev=0.451
P B 0, -0.065, 0.410, 0.885, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.410 std_dev=0.475
OP2 B 0, -0.032, 0.459, 0.951, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.459 std_dev=0.491
O3' B 0, -0.091, 0.416, 0.923, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.416 std_dev=0.507
OP1 B 0, -0.063, 0.449, 0.960, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.449 std_dev=0.512
C6 B 0, -0.050, 0.529, 1.108, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.529 std_dev=0.579
C2 B 0, -0.073, 0.511, 1.095, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.511 std_dev=0.584
O5' A 0, -0.216, 0.380, 0.977, 3.100 max_d=3.100 avg_d=0.380 std_dev=0.597
N1 B 0, -0.090, 0.565, 1.220, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.565 std_dev=0.655
N6 B 0, -0.088, 0.625, 1.337, 2.516 max_d=2.516 avg_d=0.625 std_dev=0.712
P A 0, -0.287, 0.442, 1.172, 3.886 max_d=3.886 avg_d=0.442 std_dev=0.729
OP2 A 0, -0.394, 0.725, 1.845, 5.339 max_d=5.339 avg_d=0.725 std_dev=1.119
OP1 A 0, -0.487, 0.779, 2.044, 6.092 max_d=6.092 avg_d=0.779 std_dev=1.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.59 0.09 0.18
C2 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.13 0.03 0.12 0.83 0.37 0.23
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.08 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.30 0.20 0.06
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.25 0.12
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.11 0.79 0.33 0.21
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.06
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.14 0.83 0.43 0.20
C5' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.14 0.09 0.06 0.13 0.15 0.09 0.05 0.06 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.14 0.86 0.48 0.21
C8 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04 0.14 0.76 0.33 0.17
N1 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.02 0.13 0.86 0.44 0.23
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.03 0.10 0.78 0.30 0.22
N6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.15 0.86 0.54 0.21
N7 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.03 0.16 0.80 0.45 0.18
N9 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.73 0.24 0.19
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.26 0.13 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.06 0.03 0.00 0.03 0.20 0.27 0.28 0.21
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.56 0.13 0.21
O5' 0.05 0.12 0.13 0.20 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.14 0.13 0.10 0.15 0.16 0.10 0.10 0.20 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.59 0.83 0.30 0.09 0.79 0.15 0.83 0.12 0.86 0.76 0.86 0.78 0.86 0.80 0.73 0.26 0.27 0.56 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.37 0.20 0.25 0.33 0.11 0.43 0.22 0.48 0.33 0.44 0.30 0.54 0.45 0.24 0.13 0.28 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.23 0.06 0.12 0.21 0.06 0.20 0.01 0.21 0.17 0.23 0.22 0.21 0.18 0.19 0.04 0.21 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.32 0.19 0.22 0.18 0.12 0.20 0.17 0.20 0.30 0.26 0.27 0.22 0.29 0.18 0.20 0.47 0.20 0.20 0.27 0.29 0.29
C2 0.12 0.33 0.16 0.22 0.17 0.17 0.16 0.12 0.19 0.23 0.27 0.29 0.18 0.21 0.14 0.16 0.42 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08
C2' 0.13 0.33 0.27 0.34 0.17 0.18 0.16 0.10 0.18 0.23 0.26 0.29 0.19 0.23 0.12 0.27 0.63 0.10 0.09 0.14 0.18 0.15
C3' 0.12 0.32 0.25 0.33 0.16 0.18 0.14 0.13 0.17 0.22 0.26 0.29 0.17 0.22 0.12 0.24 0.61 0.10 0.12 0.18 0.19 0.17
C4 0.13 0.36 0.17 0.21 0.18 0.12 0.16 0.08 0.20 0.24 0.30 0.31 0.19 0.21 0.15 0.18 0.44 0.15 0.09 0.14 0.16 0.15
C4' 0.16 0.32 0.22 0.26 0.18 0.16 0.19 0.17 0.20 0.29 0.27 0.28 0.21 0.28 0.18 0.21 0.50 0.19 0.19 0.26 0.27 0.27
C5 0.12 0.42 0.16 0.19 0.19 0.12 0.15 0.08 0.23 0.20 0.36 0.35 0.20 0.16 0.12 0.19 0.39 0.12 0.07 0.11 0.11 0.11
C5' 0.22 0.35 0.24 0.26 0.23 0.20 0.24 0.21 0.25 0.32 0.31 0.31 0.25 0.31 0.23 0.24 0.48 0.24 0.22 0.27 0.28 0.27
C6 0.12 0.44 0.15 0.18 0.20 0.14 0.16 0.10 0.25 0.17 0.38 0.36 0.22 0.12 0.11 0.18 0.34 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07
C8 0.13 0.41 0.17 0.20 0.19 0.12 0.16 0.11 0.22 0.23 0.35 0.34 0.20 0.20 0.14 0.20 0.41 0.16 0.12 0.19 0.19 0.20
N1 0.11 0.39 0.14 0.18 0.18 0.17 0.14 0.14 0.21 0.17 0.33 0.33 0.18 0.14 0.11 0.16 0.35 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08
N3 0.13 0.31 0.18 0.23 0.18 0.13 0.18 0.07 0.20 0.27 0.26 0.28 0.20 0.25 0.17 0.18 0.47 0.15 0.08 0.11 0.15 0.14
N6 0.13 0.49 0.16 0.16 0.22 0.14 0.19 0.12 0.30 0.14 0.45 0.39 0.28 0.10 0.11 0.19 0.30 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07
N7 0.13 0.45 0.17 0.18 0.20 0.11 0.16 0.08 0.25 0.20 0.39 0.36 0.22 0.15 0.13 0.20 0.38 0.13 0.09 0.14 0.14 0.14
N9 0.13 0.36 0.18 0.21 0.18 0.11 0.17 0.12 0.20 0.26 0.30 0.30 0.19 0.23 0.16 0.19 0.45 0.17 0.14 0.20 0.21 0.21
O2' 0.20 0.35 0.35 0.41 0.23 0.22 0.24 0.13 0.25 0.27 0.30 0.33 0.28 0.29 0.19 0.35 0.70 0.15 0.16 0.19 0.26 0.24
O3' 0.17 0.33 0.32 0.41 0.19 0.25 0.17 0.21 0.19 0.22 0.26 0.30 0.20 0.23 0.14 0.30 0.70 0.13 0.19 0.25 0.24 0.22
O4' 0.20 0.32 0.21 0.23 0.21 0.20 0.23 0.27 0.23 0.34 0.28 0.28 0.25 0.33 0.23 0.20 0.42 0.26 0.29 0.37 0.37 0.37
O5' 0.20 0.37 0.28 0.31 0.19 0.23 0.16 0.21 0.19 0.26 0.31 0.31 0.17 0.22 0.18 0.31 0.53 0.20 0.20 0.28 0.23 0.23
OP1 1.10 1.38 1.23 1.19 1.16 1.08 1.09 0.95 1.17 0.95 1.31 1.32 1.11 0.96 1.06 1.28 1.36 1.01 0.91 0.81 0.82 0.82
OP2 0.41 0.27 0.40 0.34 0.33 0.32 0.37 0.30 0.30 0.53 0.25 0.28 0.33 0.49 0.42 0.47 0.51 0.42 0.31 0.33 0.34 0.33
P 0.47 0.63 0.56 0.56 0.47 0.48 0.43 0.44 0.47 0.42 0.57 0.58 0.43 0.40 0.43 0.60 0.74 0.43 0.42 0.44 0.40 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.17 0.17 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.21 0.13 0.08 0.10 0.18 0.12
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.12 0.02 0.10 0.01 0.13 0.03 0.16 0.16 0.13 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.13 0.11 0.07
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.20 0.13 0.19 0.15 0.21 0.16 0.11 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.07 0.07
C4 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.07 0.09 0.10 0.15 0.12
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.11 0.03 0.05 0.06 0.10 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.10 0.18 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.21 0.05 0.14 0.17 0.22 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.14 0.04 0.05 0.09 0.13 0.05 0.07 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.20 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.24 0.07 0.14 0.19 0.26 0.20
C8 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.06 0.15 0.15 0.15 0.18
N1 0.01 0.00 0.16 0.19 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.24 0.11 0.11 0.15 0.23 0.17
N3 0.02 0.00 0.16 0.15 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.12 0.07 0.08 0.14 0.09
N6 0.01 0.00 0.13 0.21 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.06 0.18 0.24 0.31 0.25
N7 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.19 0.03 0.18 0.21 0.23 0.23
N9 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.08 0.08 0.10 0.10
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03 0.07 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.03 0.08 0.07 0.03
O3' 0.01 0.21 0.04 0.01 0.17 0.05 0.21 0.07 0.24 0.14 0.24 0.17 0.27 0.19 0.11 0.06 0.00 0.03 0.04 0.19 0.06 0.10
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.11 0.12 0.06 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.03
O5' 0.05 0.08 0.05 0.03 0.09 0.01 0.14 0.01 0.14 0.15 0.11 0.07 0.18 0.18 0.08 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.10 0.13 0.14 0.10 0.04 0.17 0.03 0.19 0.15 0.15 0.08 0.24 0.21 0.08 0.08 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.18 0.11 0.07 0.15 0.03 0.22 0.01 0.26 0.15 0.23 0.14 0.31 0.23 0.10 0.07 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.07 0.07 0.12 0.01 0.19 0.01 0.20 0.18 0.17 0.09 0.25 0.23 0.10 0.03 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00