ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50438

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 6, 4, 5, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.034, 0.059, 0.084, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.059 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.039, 0.073, 0.106, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.073 std_dev=0.034
C4' A 0, 0.050, 0.093, 0.137, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.093 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.054, 0.103, 0.152, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.103 std_dev=0.049
C5' A 0, 0.104, 0.155, 0.205, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.155 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.050, 0.103, 0.156, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.103 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.065, 0.151, 0.236, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.151 std_dev=0.086
C5' B 0, 0.029, 0.199, 0.369, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.199 std_dev=0.170
P B 0, 0.078, 0.262, 0.445, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.262 std_dev=0.183
O5' B 0, 0.065, 0.253, 0.441, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.253 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.142, 0.335, 0.528, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.335 std_dev=0.193
C4' B 0, 0.061, 0.255, 0.449, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.255 std_dev=0.194
O3' B 0, 0.154, 0.349, 0.544, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.349 std_dev=0.195
OP1 B 0, 0.070, 0.266, 0.462, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.266 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.132, 0.343, 0.554, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.343 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.204, 0.419, 0.634, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.419 std_dev=0.215
P A 0, 0.019, 0.241, 0.464, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.241 std_dev=0.223
OP1 A 0, 0.001, 0.226, 0.451, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.226 std_dev=0.225
C8 B 0, 0.161, 0.387, 0.613, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.387 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.214, 0.440, 0.666, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.440 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.099, 0.331, 0.562, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.331 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.236, 0.473, 0.711, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.473 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.247, 0.487, 0.727, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.487 std_dev=0.240
N9 B 0, 0.186, 0.427, 0.667, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.427 std_dev=0.240
C1' B 0, 0.178, 0.426, 0.674, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.426 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.310, 0.565, 0.821, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.565 std_dev=0.256
O2' B 0, 0.335, 0.596, 0.857, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.596 std_dev=0.261
C6 B 0, 0.270, 0.536, 0.802, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.536 std_dev=0.266
N6 B 0, 0.290, 0.558, 0.826, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.558 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.338, 0.616, 0.893, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.616 std_dev=0.277
O5' A 0, -0.043, 0.241, 0.524, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.241 std_dev=0.283
N1 B 0, 0.317, 0.604, 0.891, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.604 std_dev=0.287
OP2 A 0, -0.130, 0.358, 0.846, 2.641 max_d=2.641 avg_d=0.358 std_dev=0.488

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.16 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.13 0.07 0.24 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.09 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.08 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.06 0.26 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.16 0.06 0.31 0.10
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.16 0.06 0.32 0.10
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.16 0.05 0.32 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.15 0.06 0.29 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.12 0.08 0.22 0.09
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.16 0.08 0.34 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.17 0.06 0.35 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.06 0.25 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.18 0.06 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.13 0.20 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.08 0.17 0.09
O5' 0.09 0.13 0.02 0.05 0.14 0.01 0.16 0.01 0.16 0.16 0.15 0.12 0.16 0.17 0.13 0.07 0.13 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.07 0.13 0.14 0.06 0.12 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.18 0.20 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.24 0.09 0.08 0.26 0.09 0.31 0.15 0.32 0.32 0.29 0.22 0.34 0.35 0.25 0.06 0.07 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.04 0.03 0.09 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.05 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.10 0.09 0.05 0.09 0.08 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.14 0.04 0.09 0.10 0.14 0.07 0.10
C2 0.09 0.13 0.12 0.05 0.10 0.07 0.09 0.14 0.10 0.07 0.12 0.13 0.10 0.08 0.08 0.22 0.06 0.07 0.10 0.16 0.08 0.11
C2' 0.08 0.11 0.09 0.05 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.05 0.10 0.10 0.14 0.07 0.10
C3' 0.08 0.11 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.05 0.09 0.09 0.13 0.06 0.08
C4 0.09 0.12 0.12 0.05 0.10 0.05 0.08 0.11 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.08 0.08 0.19 0.05 0.06 0.08 0.14 0.06 0.08
C4' 0.08 0.10 0.09 0.05 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.05 0.09 0.09 0.13 0.06 0.09
C5 0.12 0.13 0.14 0.07 0.11 0.05 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.13 0.10 0.07 0.10 0.22 0.08 0.06 0.07 0.13 0.05 0.08
C5' 0.08 0.10 0.09 0.04 0.09 0.06 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.14 0.05 0.07 0.08 0.13 0.06 0.08
C6 0.13 0.15 0.16 0.09 0.12 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.13 0.15 0.10 0.07 0.11 0.25 0.10 0.08 0.07 0.14 0.07 0.08
C8 0.11 0.12 0.13 0.06 0.10 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.20 0.07 0.05 0.06 0.12 0.05 0.06
N1 0.13 0.15 0.16 0.08 0.12 0.05 0.10 0.11 0.11 0.07 0.13 0.15 0.11 0.07 0.10 0.26 0.09 0.07 0.08 0.15 0.07 0.10
N3 0.08 0.11 0.10 0.05 0.09 0.08 0.08 0.13 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.18 0.05 0.08 0.10 0.15 0.07 0.10
N6 0.15 0.15 0.17 0.11 0.13 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.15 0.11 0.08 0.12 0.25 0.12 0.11 0.08 0.14 0.08 0.09
N7 0.12 0.13 0.14 0.08 0.11 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.08 0.10 0.22 0.08 0.07 0.06 0.12 0.05 0.07
N9 0.09 0.11 0.11 0.05 0.09 0.05 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.09 0.18 0.05 0.06 0.08 0.13 0.05 0.08
O2' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.12 0.11 0.15 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.11 0.07 0.14 0.12 0.16 0.10 0.12
O3' 0.09 0.12 0.10 0.07 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.12 0.06 0.10 0.09 0.13 0.07 0.08
O4' 0.08 0.09 0.10 0.05 0.09 0.07 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.15 0.04 0.08 0.09 0.14 0.06 0.09
O5' 0.10 0.09 0.05 0.11 0.11 0.18 0.14 0.25 0.14 0.17 0.11 0.09 0.15 0.18 0.13 0.07 0.10 0.18 0.23 0.28 0.22 0.25
OP1 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08
OP2 0.18 0.12 0.13 0.22 0.17 0.29 0.19 0.38 0.18 0.25 0.14 0.13 0.19 0.25 0.19 0.10 0.21 0.27 0.35 0.44 0.35 0.38
P 0.08 0.09 0.05 0.08 0.10 0.13 0.13 0.19 0.12 0.14 0.11 0.09 0.14 0.16 0.10 0.09 0.07 0.14 0.17 0.22 0.16 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.04 0.11 0.09 0.11 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.06 0.07 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
N6 0.03 0.01 0.08 0.11 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.13 0.03 0.07 0.09 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.12 0.05 0.14 0.11 0.13 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05
O5' 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.03 0.08 0.03 0.08 0.07 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.05 0.07 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00