ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50440

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 5, 4, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.042, 0.092, 0.142, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.092 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.017, 0.068, 0.120, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.068 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.067, 0.147, 0.227, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.147 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.079, 0.166, 0.254, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.166 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.039, 0.139, 0.238, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.139 std_dev=0.100
O5' A 0, 0.105, 0.210, 0.315, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.210 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.099, 0.215, 0.332, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.215 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.117, 0.246, 0.376, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.246 std_dev=0.130
P A 0, 0.154, 0.286, 0.418, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.286 std_dev=0.132
O4' B 0, 0.136, 0.276, 0.416, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.276 std_dev=0.140
C4' B 0, 0.123, 0.283, 0.443, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.283 std_dev=0.160
C5' B 0, 0.118, 0.280, 0.442, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.280 std_dev=0.162
OP1 A 0, 0.205, 0.369, 0.533, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.369 std_dev=0.164
C1' B 0, 0.116, 0.292, 0.467, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.292 std_dev=0.176
O5' B 0, 0.122, 0.303, 0.485, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.303 std_dev=0.182
P B 0, 0.136, 0.325, 0.514, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.325 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.147, 0.340, 0.532, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.340 std_dev=0.192
N9 B 0, 0.111, 0.308, 0.505, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.308 std_dev=0.197
C3' B 0, 0.128, 0.329, 0.530, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.329 std_dev=0.201
OP2 A 0, 0.243, 0.450, 0.656, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.450 std_dev=0.207
C8 B 0, 0.118, 0.330, 0.541, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.330 std_dev=0.212
C2' B 0, 0.118, 0.333, 0.547, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.333 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.157, 0.372, 0.587, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.372 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.152, 0.368, 0.583, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.368 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.134, 0.358, 0.582, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.358 std_dev=0.224
C4 B 0, 0.105, 0.332, 0.560, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.332 std_dev=0.228
N7 B 0, 0.126, 0.368, 0.610, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.368 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.113, 0.362, 0.610, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.362 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.098, 0.352, 0.606, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.352 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.119, 0.402, 0.686, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.402 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.105, 0.391, 0.677, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.391 std_dev=0.286
N1 B 0, 0.119, 0.414, 0.709, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.414 std_dev=0.295
N6 B 0, 0.135, 0.449, 0.763, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.449 std_dev=0.314

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04 0.05 0.12 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.09 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.11 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.12 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.13 0.07
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.05 0.12 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.12 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.11 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.13 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.06 0.13 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.11 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.09 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.10 0.10 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.10 0.08
O5' 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.12 0.09 0.08 0.11 0.04 0.12 0.02 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09
C2 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.12 0.07 0.09 0.09 0.06 0.12 0.12 0.17 0.14
C2' 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06
C3' 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09
C4 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.11 0.09
C4' 0.14 0.14 0.14 0.16 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.17 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13
C5 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.07 0.11 0.12 0.07 0.08 0.06 0.04 0.10 0.10 0.12 0.10
C5' 0.14 0.13 0.15 0.17 0.13 0.16 0.13 0.17 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.18 0.14 0.16 0.16 0.15 0.15
C6 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.11 0.09 0.13 0.07 0.06 0.11 0.14 0.08 0.10 0.08 0.07 0.13 0.11 0.16 0.13
C8 0.06 0.09 0.05 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.12 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07
N1 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.12 0.09 0.14 0.07 0.06 0.11 0.14 0.08 0.09 0.09 0.07 0.14 0.13 0.18 0.15
N3 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.13 0.11
N6 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.08 0.08 0.13 0.15 0.11 0.14 0.11 0.10 0.14 0.12 0.17 0.14
N7 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.06 0.11 0.12 0.07 0.09 0.06 0.04 0.09 0.09 0.10 0.08
N9 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07
O2' 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.07 0.08 0.07
O3' 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09
O4' 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.17 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.13 0.14
O5' 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.10
OP1 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.13 0.14 0.15 0.13
OP2 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.10 0.14 0.11 0.09 0.13 0.10 0.10 0.09
P 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.09 0.06 0.10 0.10 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.09 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.09 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.11 0.08 0.06
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07 0.03 0.08 0.09 0.08 0.06 0.09 0.09 0.06 0.11 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.11 0.07 0.08 0.10 0.04 0.11 0.01 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.08 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00