ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50441

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 0, 1, 1, 6, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.040 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.123, 0.275, 0.426, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.275 std_dev=0.151
C2' A 0, 0.028, 0.188, 0.349, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.188 std_dev=0.161
O4' A 0, -0.029, 0.135, 0.300, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.135 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.213, 0.453, 0.693, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.453 std_dev=0.240
C4' A 0, -0.023, 0.241, 0.505, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.241 std_dev=0.264
C3' A 0, 0.016, 0.287, 0.559, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.287 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.197, 0.579, 0.962, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.579 std_dev=0.383
O3' A 0, 0.047, 0.445, 0.843, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.445 std_dev=0.398
C5' A 0, -0.009, 0.417, 0.844, 2.009 max_d=2.009 avg_d=0.417 std_dev=0.427
O5' A 0, 0.007, 0.484, 0.960, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.484 std_dev=0.477
P A 0, 0.102, 0.612, 1.122, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.612 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.108, 0.635, 1.163, 2.265 max_d=2.265 avg_d=0.635 std_dev=0.528
OP1 A 0, 0.179, 0.720, 1.261, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.720 std_dev=0.541
N3 B 0, 0.218, 0.827, 1.437, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.827 std_dev=0.610
C1' B 0, -0.002, 0.707, 1.415, 2.846 max_d=2.846 avg_d=0.707 std_dev=0.709
C2 B 0, 0.189, 0.981, 1.773, 3.665 max_d=3.665 avg_d=0.981 std_dev=0.792
C4 B 0, 0.061, 0.932, 1.802, 3.902 max_d=3.902 avg_d=0.932 std_dev=0.870
N1 B 0, 0.192, 1.159, 2.126, 4.137 max_d=4.137 avg_d=1.159 std_dev=0.967
C3' B 0, -0.164, 0.813, 1.790, 4.155 max_d=4.155 avg_d=0.813 std_dev=0.977
N9 B 0, -0.124, 0.934, 1.992, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.934 std_dev=1.058
O3' B 0, -0.309, 0.863, 2.035, 5.122 max_d=5.122 avg_d=0.863 std_dev=1.172
O4' B 0, -0.328, 0.862, 2.052, 4.892 max_d=4.892 avg_d=0.862 std_dev=1.190
C4' B 0, -0.378, 0.874, 2.126, 5.010 max_d=5.010 avg_d=0.874 std_dev=1.252
C6 B 0, -0.114, 1.271, 2.656, 6.504 max_d=6.504 avg_d=1.271 std_dev=1.385
C5 B 0, -0.211, 1.204, 2.618, 6.393 max_d=6.393 avg_d=1.204 std_dev=1.414
C8 B 0, -0.534, 1.240, 3.014, 6.964 max_d=6.964 avg_d=1.240 std_dev=1.774
N6 B 0, -0.338, 1.532, 3.403, 8.737 max_d=8.737 avg_d=1.532 std_dev=1.871
C5' B 0, -0.804, 1.171, 3.146, 7.773 max_d=7.773 avg_d=1.171 std_dev=1.975
N7 B 0, -0.588, 1.410, 3.409, 8.352 max_d=8.352 avg_d=1.410 std_dev=1.999
O5' B 0, -0.835, 1.220, 3.274, 8.892 max_d=8.892 avg_d=1.220 std_dev=2.055
P B 0, -1.198, 1.492, 4.181, 11.710 max_d=11.710 avg_d=1.492 std_dev=2.689
OP2 B 0, -1.077, 1.620, 4.318, 11.874 max_d=11.874 avg_d=1.620 std_dev=2.697
OP1 B 0, -1.417, 1.557, 4.531, 12.987 max_d=12.987 avg_d=1.557 std_dev=2.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.02 0.16 0.18 0.29 0.21
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.13 0.06
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.12 0.07 0.15 0.15 0.12 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.13 0.15 0.23 0.17
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.17 0.22 0.30 0.23
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.12 0.08 0.16 0.14 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.20 0.25 0.35 0.27
C8 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.16 0.16 0.20 0.16
N1 0.02 0.00 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.02 0.19 0.23 0.34 0.25
N3 0.03 0.00 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.18 0.02 0.13 0.14 0.23 0.17
N6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.04 0.23 0.31 0.40 0.32
N7 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.19 0.23 0.28 0.23
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.11 0.16 0.12
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.09 0.10 0.04
O3' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.11 0.01 0.09 0.02 0.13 0.07 0.18 0.18 0.12 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.22 0.14 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06
O5' 0.05 0.16 0.04 0.04 0.13 0.01 0.17 0.00 0.20 0.16 0.19 0.13 0.23 0.19 0.09 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.18 0.12 0.15 0.15 0.05 0.22 0.03 0.25 0.16 0.23 0.14 0.31 0.23 0.11 0.09 0.22 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.29 0.13 0.12 0.23 0.05 0.30 0.02 0.35 0.20 0.34 0.23 0.40 0.28 0.16 0.10 0.14 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.21 0.06 0.07 0.17 0.02 0.23 0.01 0.27 0.16 0.25 0.17 0.32 0.23 0.12 0.04 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.50 0.27 0.53 0.54 0.67 0.85 1.07 0.77 1.19 0.57 0.41 0.95 1.24 0.69 0.12 0.64 0.42 1.06 1.62 1.20 1.30
C2 0.19 0.22 0.12 0.21 0.24 0.34 0.36 0.47 0.31 0.54 0.23 0.22 0.37 0.53 0.31 0.12 0.40 0.21 0.34 0.43 0.37 0.34
C2' 0.53 0.37 0.38 0.68 0.64 0.92 1.05 1.32 0.92 1.45 0.57 0.28 1.16 1.53 0.86 0.06 0.68 0.74 1.31 1.79 1.42 1.55
C3' 0.59 0.34 0.42 0.69 0.70 0.94 1.14 1.32 1.02 1.51 0.62 0.25 1.30 1.62 0.92 0.12 0.67 0.81 1.34 1.80 1.46 1.59
C4 0.22 0.33 0.16 0.32 0.35 0.43 0.56 0.67 0.50 0.81 0.36 0.29 0.61 0.83 0.45 0.12 0.50 0.15 0.59 0.90 0.66 0.69
C4' 0.52 0.50 0.37 0.64 0.68 0.84 1.09 1.26 1.00 1.43 0.68 0.38 1.26 1.54 0.86 0.06 0.67 0.67 1.30 1.88 1.47 1.59
C5 0.19 0.26 0.13 0.23 0.29 0.39 0.48 0.59 0.43 0.67 0.30 0.24 0.53 0.70 0.37 0.12 0.43 0.19 0.45 0.64 0.51 0.50
C5' 0.49 0.47 0.34 0.60 0.67 0.79 1.08 1.18 1.01 1.39 0.68 0.35 1.28 1.52 0.83 0.05 0.64 0.62 1.22 1.78 1.40 1.51
C6 0.21 0.18 0.12 0.23 0.23 0.45 0.36 0.62 0.31 0.51 0.21 0.19 0.39 0.53 0.30 0.14 0.38 0.34 0.43 0.39 0.44 0.42
C8 0.23 0.37 0.17 0.34 0.40 0.46 0.66 0.74 0.60 0.90 0.43 0.31 0.75 0.96 0.50 0.12 0.52 0.17 0.69 1.08 0.80 0.84
N1 0.23 0.16 0.12 0.23 0.21 0.47 0.30 0.61 0.25 0.44 0.17 0.18 0.31 0.44 0.27 0.14 0.35 0.39 0.42 0.32 0.41 0.39
N3 0.23 0.32 0.17 0.34 0.33 0.44 0.52 0.66 0.45 0.78 0.34 0.28 0.55 0.78 0.44 0.11 0.53 0.15 0.57 0.86 0.63 0.66
N6 0.24 0.14 0.14 0.29 0.22 0.56 0.32 0.77 0.27 0.46 0.17 0.16 0.34 0.47 0.29 0.16 0.38 0.46 0.56 0.49 0.55 0.56
N7 0.19 0.30 0.14 0.26 0.33 0.41 0.54 0.63 0.49 0.75 0.35 0.26 0.62 0.80 0.41 0.12 0.45 0.17 0.52 0.77 0.60 0.60
N9 0.27 0.40 0.20 0.40 0.43 0.52 0.69 0.83 0.62 0.97 0.45 0.34 0.77 1.02 0.54 0.12 0.56 0.23 0.78 1.22 0.90 0.96
O2' 0.61 0.51 0.42 0.76 0.74 1.03 1.18 1.52 1.04 1.61 0.68 0.40 1.29 1.70 0.97 0.07 0.72 0.86 1.54 2.10 1.67 1.84
O3' 0.77 0.35 0.53 0.81 0.85 1.11 1.34 1.51 1.21 1.73 0.72 0.30 1.54 1.87 1.09 0.20 0.71 1.05 1.57 2.00 1.70 1.83
O4' 0.39 0.56 0.28 0.54 0.58 0.67 0.90 1.08 0.83 1.21 0.64 0.46 1.03 1.29 0.71 0.12 0.64 0.42 1.09 1.71 1.27 1.37
O5' 0.40 0.32 0.28 0.53 0.55 0.73 0.95 1.06 0.88 1.25 0.54 0.22 1.14 1.37 0.71 0.10 0.62 0.55 1.09 1.54 1.22 1.31
OP1 0.41 0.39 0.25 0.50 0.61 0.72 1.05 1.06 0.99 1.31 0.64 0.27 1.30 1.47 0.76 0.11 0.60 0.56 1.11 1.59 1.27 1.36
OP2 0.28 0.19 0.22 0.49 0.41 0.70 0.79 0.96 0.73 1.03 0.40 0.12 1.00 1.17 0.55 0.23 0.67 0.49 0.94 1.27 1.04 1.09
P 0.38 0.30 0.27 0.52 0.54 0.71 0.94 1.02 0.88 1.21 0.54 0.20 1.15 1.34 0.69 0.13 0.64 0.52 1.04 1.48 1.18 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.23 0.13 0.33 0.20
C2 0.06 0.00 0.09 0.37 0.03 0.51 0.01 0.77 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.17 0.35 0.43 0.42 0.42 0.32 0.43
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.09 0.09 0.08 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.06 0.21 0.09
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.16 0.00 0.10 0.01 0.18 0.18 0.31 0.33 0.14 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.12 0.07
C4 0.01 0.03 0.06 0.16 0.00 0.19 0.01 0.26 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.18 0.14 0.13 0.34 0.17
C4' 0.00 0.51 0.01 0.00 0.19 0.00 0.07 0.00 0.18 0.27 0.39 0.47 0.11 0.19 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.06 0.40 0.44 0.72 0.50
C5' 0.02 0.77 0.01 0.01 0.26 0.00 0.07 0.00 0.25 0.44 0.58 0.68 0.15 0.33 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.08 0.01
C6 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.18 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.15 0.21 0.27 0.51 0.30
C8 0.02 0.03 0.05 0.18 0.01 0.27 0.01 0.44 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.23 0.88 0.85 1.21 0.97
N1 0.05 0.00 0.09 0.31 0.04 0.39 0.01 0.58 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.31 0.32 0.19 0.16 0.07 0.16
N3 0.05 0.02 0.09 0.33 0.00 0.47 0.02 0.68 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.18 0.30 0.42 0.34 0.36 0.23 0.36
N6 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.09 0.36 0.47 0.75 0.50
N7 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.11 0.15 0.81 0.87 1.25 0.97
N9 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.42 0.37 0.62 0.45
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.12 0.12 0.18 0.06 0.09 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.18 0.05 0.09
O3' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.15 0.02 0.12 0.02 0.20 0.14 0.31 0.30 0.17 0.11 0.05 0.03 0.00 0.02 0.18 0.12 0.13 0.15
O4' 0.00 0.43 0.01 0.01 0.18 0.00 0.06 0.01 0.15 0.23 0.32 0.42 0.09 0.15 0.02 0.03 0.02 0.00 0.20 0.13 0.22 0.15
O5' 0.23 0.42 0.11 0.07 0.14 0.01 0.40 0.01 0.21 0.88 0.19 0.34 0.36 0.81 0.42 0.04 0.18 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.42 0.06 0.09 0.13 0.05 0.44 0.16 0.27 0.85 0.16 0.36 0.47 0.87 0.37 0.18 0.12 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.32 0.21 0.12 0.34 0.02 0.72 0.08 0.51 1.21 0.07 0.23 0.75 1.25 0.62 0.05 0.13 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.43 0.09 0.07 0.17 0.02 0.50 0.01 0.30 0.97 0.16 0.36 0.50 0.97 0.45 0.09 0.15 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00