Doublet Group distance statistics: 50442

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 1, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.025, 0.037, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.018, 0.030, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.024, 0.044, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.030, 0.051, 0.071, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.051 std_dev=0.021
N7	A	0, 0.030, 0.062, 0.094, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.062 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.037, 0.074, 0.110, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.074 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.097, 0.217, 0.338, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.217 std_dev=0.121
C2'	A	0, 0.073, 0.210, 0.348, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.210 std_dev=0.137
O2'	A	0, 0.097, 0.251, 0.406, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.251 std_dev=0.154
C4'	A	0, 0.164, 0.353, 0.541, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.353 std_dev=0.188
C3'	A	0, 0.152, 0.360, 0.569, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.360 std_dev=0.208
O2'	B	0, 0.293, 0.553, 0.813, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.553 std_dev=0.260
O3'	A	0, 0.261, 0.559, 0.858, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.559 std_dev=0.299
O3'	B	0, 0.221, 0.528, 0.835, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.528 std_dev=0.307
C2'	B	0, 0.253, 0.565, 0.878, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.565 std_dev=0.312
C3'	B	0, 0.204, 0.532, 0.860, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.532 std_dev=0.328
C5'	B	0, 0.510, 0.845, 1.180, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.845 std_dev=0.335
C5'	A	0, 0.200, 0.546, 0.893, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.546 std_dev=0.347
C1'	B	0, 0.328, 0.686, 1.044, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.686 std_dev=0.358
C4'	B	0, 0.275, 0.644, 1.013, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.644 std_dev=0.369
N9	B	0, 0.521, 0.895, 1.270, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.895 std_dev=0.374
C8	B	0, 0.536, 0.948, 1.361, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.948 std_dev=0.412
O4'	B	0, 0.168, 0.589, 1.009, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.589 std_dev=0.420
C4	B	0, 0.763, 1.192, 1.620, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.192 std_dev=0.429
N7	B	0, 0.769, 1.242, 1.715, 2.171 max_d=2.171 avg_d=1.242 std_dev=0.473
N3	B	0, 0.852, 1.353, 1.854, 1.881 max_d=1.881 avg_d=1.353 std_dev=0.501
C5	B	0, 0.872, 1.375, 1.877, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.375 std_dev=0.503
OP2	A	0, 0.756, 1.335, 1.913, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.335 std_dev=0.578
O5'	A	0, 0.994, 1.591, 2.187, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.591 std_dev=0.597
P	B	0, 0.788, 1.398, 2.008, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.398 std_dev=0.610
OP2	B	0, 0.968, 1.598, 2.229, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.598 std_dev=0.631
OP1	B	0, 0.889, 1.535, 2.182, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.535 std_dev=0.647
C2	B	0, 1.001, 1.650, 2.298, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.650 std_dev=0.648
O5'	B	0, 0.715, 1.373, 2.031, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.373 std_dev=0.658
C6	B	0, 1.044, 1.706, 2.368, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.706 std_dev=0.662
P	A	0, 0.910, 1.594, 2.277, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.594 std_dev=0.684
N1	B	0, 1.092, 1.828, 2.564, 2.754 max_d=2.754 avg_d=1.828 std_dev=0.736
N6	B	0, 1.135, 1.950, 2.764, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.950 std_dev=0.815
OP1	A	0, 1.016, 1.944, 2.872, 3.674 max_d=3.674 avg_d=1.944 std_dev=0.928

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.23	0.25	0.24	0.11
C2	0.04	0.00	0.10	0.12	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.15	0.03	0.45	0.44	0.38	0.33
C2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.06	0.01	0.05	0.02	0.06	0.04	0.09	0.11	0.06	0.04	0.02	0.00	0.01	0.01	0.30	0.41	0.19	0.22
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.07	0.00	0.06	0.02	0.08	0.07	0.10	0.11	0.07	0.06	0.03	0.01	0.01	0.01	0.38	0.52	0.17	0.32
C4	0.02	0.01	0.06	0.07	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.08	0.01	0.48	0.42	0.36	0.34
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.08	0.05	0.06	0.06	0.08	0.03	0.04	0.02	0.00	0.01	0.21	0.31	0.05
C5	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.05	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.08	0.02	0.60	0.52	0.48	0.46
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.11	0.01	0.15	0.00	0.16	0.17	0.14	0.09	0.18	0.19	0.10	0.03	0.02	0.01	0.01	0.24	0.41	0.01
C6	0.02	0.01	0.06	0.08	0.01	0.05	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.02	0.61	0.56	0.53	0.49
C8	0.02	0.01	0.04	0.07	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.03	0.08	0.05	0.60	0.47	0.38	0.42
N1	0.03	0.00	0.09	0.10	0.01	0.05	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.13	0.02	0.55	0.51	0.47	0.43
N3	0.04	0.01	0.11	0.11	0.00	0.06	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.13	0.03	0.40	0.38	0.32	0.27
N6	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.06	0.01	0.18	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.11	0.03	0.67	0.62	0.61	0.57
N7	0.01	0.01	0.04	0.06	0.01	0.08	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.09	0.05	0.67	0.56	0.51	0.52
N9	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.45	0.37	0.30	0.29
O2'	0.02	0.11	0.00	0.01	0.06	0.04	0.05	0.03	0.08	0.03	0.10	0.10	0.08	0.03	0.02	0.00	0.04	0.04	0.08	0.29	0.20	0.07
O3'	0.01	0.15	0.01	0.01	0.08	0.02	0.08	0.02	0.10	0.08	0.13	0.13	0.11	0.09	0.03	0.04	0.00	0.02	0.29	0.57	0.16	0.31
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.03	0.03	0.05	0.01	0.04	0.02	0.00	0.11	0.16	0.35	0.12
O5'	0.23	0.45	0.30	0.38	0.48	0.01	0.60	0.01	0.61	0.60	0.55	0.40	0.67	0.67	0.45	0.08	0.29	0.11	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.25	0.44	0.41	0.52	0.42	0.21	0.52	0.24	0.56	0.47	0.51	0.38	0.62	0.56	0.37	0.29	0.57	0.16	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.24	0.38	0.19	0.17	0.36	0.31	0.48	0.41	0.53	0.38	0.47	0.32	0.61	0.51	0.30	0.20	0.16	0.35	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.33	0.22	0.32	0.34	0.05	0.46	0.01	0.49	0.42	0.43	0.27	0.57	0.52	0.29	0.07	0.31	0.12	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.13	0.34	0.10	0.17	0.19	0.20	0.14	0.33	0.19	0.10	0.28	0.31	0.15	0.09	0.11	0.16	0.25	0.11	0.28	0.30	0.27	0.20
C2	0.22	0.44	0.14	0.20	0.34	0.31	0.32	0.43	0.37	0.21	0.42	0.42	0.36	0.25	0.26	0.15	0.22	0.22	0.16	0.34	0.13	0.21
C2'	0.16	0.29	0.15	0.21	0.17	0.22	0.14	0.36	0.16	0.16	0.23	0.28	0.13	0.15	0.14	0.20	0.28	0.14	0.31	0.31	0.23	0.19
C3'	0.16	0.33	0.14	0.21	0.20	0.23	0.15	0.38	0.18	0.16	0.27	0.31	0.15	0.15	0.15	0.19	0.27	0.15	0.31	0.32	0.22	0.20
C4	0.22	0.50	0.15	0.17	0.35	0.24	0.31	0.37	0.38	0.17	0.47	0.46	0.36	0.22	0.24	0.17	0.23	0.15	0.20	0.32	0.17	0.18
C4'	0.12	0.31	0.09	0.19	0.15	0.21	0.10	0.36	0.14	0.14	0.25	0.28	0.10	0.13	0.10	0.16	0.27	0.13	0.32	0.30	0.27	0.20
C5	0.29	0.66	0.20	0.20	0.48	0.28	0.46	0.40	0.55	0.27	0.64	0.60	0.53	0.34	0.34	0.21	0.24	0.22	0.18	0.32	0.14	0.19
C5'	0.16	0.42	0.10	0.19	0.23	0.21	0.17	0.36	0.23	0.10	0.35	0.38	0.19	0.10	0.14	0.17	0.27	0.11	0.29	0.30	0.25	0.19
C6	0.33	0.73	0.23	0.23	0.55	0.32	0.55	0.43	0.64	0.35	0.72	0.66	0.63	0.43	0.41	0.21	0.24	0.28	0.17	0.33	0.12	0.21
C8	0.24	0.61	0.17	0.17	0.41	0.23	0.37	0.35	0.46	0.19	0.57	0.54	0.44	0.25	0.28	0.20	0.24	0.15	0.22	0.31	0.19	0.18
N1	0.31	0.63	0.21	0.23	0.50	0.34	0.49	0.44	0.56	0.34	0.62	0.58	0.56	0.40	0.39	0.19	0.23	0.29	0.17	0.34	0.13	0.23
N3	0.17	0.37	0.11	0.16	0.26	0.24	0.23	0.38	0.27	0.12	0.34	0.35	0.25	0.15	0.18	0.14	0.22	0.13	0.19	0.33	0.17	0.19
N6	0.38	0.87	0.27	0.25	0.66	0.34	0.67	0.44	0.78	0.43	0.87	0.77	0.79	0.54	0.49	0.24	0.25	0.31	0.18	0.33	0.14	0.22
N7	0.29	0.71	0.21	0.19	0.50	0.26	0.48	0.38	0.58	0.27	0.69	0.63	0.57	0.35	0.35	0.22	0.24	0.21	0.19	0.31	0.15	0.18
N9	0.19	0.48	0.13	0.16	0.31	0.21	0.27	0.34	0.34	0.13	0.44	0.44	0.31	0.16	0.21	0.17	0.24	0.12	0.23	0.31	0.21	0.18
O2'	0.16	0.19	0.16	0.23	0.14	0.23	0.17	0.36	0.15	0.26	0.15	0.19	0.19	0.26	0.17	0.22	0.28	0.20	0.36	0.30	0.30	0.23
O3'	0.17	0.28	0.16	0.23	0.18	0.24	0.16	0.40	0.16	0.22	0.22	0.27	0.16	0.22	0.16	0.21	0.27	0.18	0.33	0.31	0.22	0.20
O4'	0.12	0.36	0.10	0.18	0.19	0.20	0.14	0.33	0.20	0.11	0.30	0.32	0.16	0.09	0.11	0.16	0.27	0.12	0.30	0.31	0.30	0.21
O5'	0.21	0.37	0.22	0.25	0.22	0.31	0.21	0.38	0.23	0.29	0.32	0.32	0.22	0.26	0.22	0.25	0.27	0.31	0.50	0.36	0.44	0.35
OP1	0.21	0.46	0.22	0.29	0.24	0.35	0.21	0.45	0.26	0.30	0.40	0.38	0.23	0.26	0.21	0.24	0.33	0.34	0.63	0.55	0.58	0.52
OP2	0.31	0.65	0.27	0.23	0.42	0.29	0.39	0.38	0.48	0.29	0.61	0.57	0.45	0.31	0.33	0.31	0.24	0.31	0.37	0.27	0.32	0.24
P	0.14	0.51	0.13	0.13	0.26	0.22	0.20	0.35	0.30	0.15	0.45	0.43	0.26	0.12	0.14	0.19	0.19	0.21	0.41	0.34	0.36	0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.01	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.13	0.16	0.40	0.18
C2	0.03	0.00	0.08	0.15	0.01	0.08	0.01	0.24	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.13	0.14	0.03	0.28	0.40	0.70	0.41
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.04	0.02	0.03	0.05	0.04	0.07	0.06	0.08	0.04	0.06	0.03	0.00	0.03	0.01	0.19	0.19	0.32	0.15
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.10	0.01	0.08	0.06	0.11	0.07	0.14	0.14	0.10	0.07	0.04	0.01	0.01	0.01	0.27	0.25	0.24	0.18
C4	0.02	0.01	0.04	0.10	0.00	0.07	0.00	0.22	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.07	0.01	0.30	0.39	0.66	0.41
C4'	0.01	0.08	0.02	0.01	0.07	0.00	0.10	0.01	0.11	0.09	0.10	0.06	0.12	0.11	0.06	0.05	0.03	0.00	0.02	0.09	0.29	0.04
C5	0.02	0.01	0.03	0.08	0.00	0.10	0.00	0.28	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.07	0.02	0.38	0.53	0.76	0.53
C5'	0.05	0.24	0.05	0.06	0.22	0.01	0.28	0.00	0.31	0.24	0.28	0.19	0.34	0.29	0.18	0.04	0.07	0.01	0.01	0.15	0.33	0.01
C6	0.02	0.01	0.04	0.11	0.01	0.11	0.01	0.31	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.10	0.10	0.02	0.38	0.58	0.81	0.56
C8	0.01	0.02	0.07	0.07	0.01	0.09	0.01	0.24	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.05	0.08	0.04	0.38	0.47	0.65	0.48
N1	0.03	0.00	0.06	0.14	0.01	0.10	0.01	0.28	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.12	0.13	0.02	0.34	0.51	0.77	0.50
N3	0.03	0.00	0.08	0.14	0.00	0.06	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.12	0.03	0.24	0.32	0.62	0.35
N6	0.02	0.01	0.04	0.10	0.01	0.12	0.01	0.34	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.10	0.10	0.03	0.42	0.67	0.85	0.62
N7	0.01	0.02	0.06	0.07	0.01	0.11	0.01	0.29	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.08	0.04	0.42	0.59	0.78	0.58
N9	0.00	0.02	0.03	0.04	0.01	0.06	0.01	0.18	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.03	0.01	0.27	0.33	0.56	0.35
O2'	0.02	0.13	0.00	0.01	0.08	0.05	0.08	0.04	0.10	0.05	0.12	0.12	0.10	0.06	0.04	0.00	0.06	0.04	0.07	0.12	0.29	0.07
O3'	0.02	0.14	0.03	0.01	0.07	0.03	0.07	0.07	0.10	0.08	0.13	0.12	0.10	0.08	0.03	0.06	0.00	0.01	0.22	0.25	0.21	0.16
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.03	0.03	0.04	0.01	0.04	0.01	0.00	0.11	0.11	0.34	0.13
O5'	0.13	0.28	0.19	0.27	0.30	0.02	0.38	0.01	0.38	0.38	0.34	0.24	0.42	0.42	0.27	0.07	0.22	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.16	0.40	0.19	0.25	0.39	0.09	0.53	0.15	0.58	0.47	0.51	0.32	0.67	0.59	0.33	0.12	0.25	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.40	0.70	0.32	0.24	0.66	0.29	0.76	0.33	0.81	0.65	0.77	0.62	0.85	0.78	0.56	0.29	0.21	0.34	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.41	0.15	0.18	0.41	0.04	0.53	0.01	0.56	0.48	0.50	0.35	0.62	0.58	0.35	0.07	0.16	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00