ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 4, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.033, 0.059, 0.085, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.059 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.037, 0.063, 0.090, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.063 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.039, 0.066, 0.093, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.066 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.067, 0.127, 0.186, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.127 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.052, 0.112, 0.173, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.112 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.037, 0.109, 0.180, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.109 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.103, 0.208, 0.313, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.208 std_dev=0.105
O3' B 0, 0.197, 0.308, 0.418, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.308 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.092, 0.203, 0.314, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.203 std_dev=0.111
C5' B 0, 0.207, 0.327, 0.447, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.327 std_dev=0.120
OP1 B 0, 0.177, 0.297, 0.418, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.297 std_dev=0.121
C4' B 0, 0.243, 0.380, 0.517, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.380 std_dev=0.137
P B 0, 0.239, 0.377, 0.516, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.377 std_dev=0.139
C3' B 0, 0.246, 0.387, 0.528, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.387 std_dev=0.141
O5' B 0, 0.235, 0.377, 0.518, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.377 std_dev=0.142
C5' A 0, 0.145, 0.297, 0.449, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.297 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.152, 0.314, 0.475, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.314 std_dev=0.161
O5' A 0, 0.161, 0.327, 0.493, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.327 std_dev=0.166
OP2 B 0, 0.293, 0.473, 0.653, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.473 std_dev=0.180
C2' B 0, 0.295, 0.481, 0.667, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.481 std_dev=0.186
O2' B 0, 0.289, 0.486, 0.684, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.486 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.291, 0.490, 0.688, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.490 std_dev=0.199
OP1 A 0, 0.138, 0.346, 0.554, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.346 std_dev=0.208
P A 0, 0.115, 0.328, 0.542, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.328 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.307, 0.532, 0.756, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.532 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.125, 0.369, 0.613, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.369 std_dev=0.244
N9 B 0, 0.335, 0.591, 0.846, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.591 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.349, 0.618, 0.888, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.618 std_dev=0.270
C4 B 0, 0.351, 0.641, 0.930, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.641 std_dev=0.290
N3 B 0, 0.344, 0.641, 0.938, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.641 std_dev=0.297
N7 B 0, 0.371, 0.691, 1.010, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.691 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.378, 0.706, 1.034, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.706 std_dev=0.328
C2 B 0, 0.370, 0.707, 1.045, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.707 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.409, 0.785, 1.162, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.785 std_dev=0.376
N1 B 0, 0.406, 0.783, 1.159, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.783 std_dev=0.377
N6 B 0, 0.445, 0.872, 1.299, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.872 std_dev=0.427

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.08 0.11 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.10 0.15 0.11
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.13 0.13 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.10 0.11 0.16 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.10 0.10 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.10 0.14 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.05 0.08 0.10 0.06
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.13 0.18 0.13
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.12 0.18 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04
O5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.08 0.05 0.12 0.12 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.12 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.04 0.03 0.12 0.05 0.15 0.03 0.16 0.15 0.14 0.10 0.18 0.18 0.11 0.07 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.08 0.03 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.06 0.13 0.13 0.07 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.07 0.06 0.07 0.11 0.12 0.09
C2 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.13 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06
C2' 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05 0.10 0.11 0.08
C3' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.07
C4 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.11 0.07 0.07 0.05 0.10 0.09 0.07
C4' 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.05 0.08 0.10 0.06
C5 0.10 0.10 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.08 0.12 0.07 0.09 0.05 0.10 0.08 0.07
C5' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.08 0.10 0.06
C6 0.11 0.13 0.11 0.07 0.11 0.08 0.10 0.05 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.14 0.07 0.10 0.05 0.09 0.07 0.06
C8 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.07 0.09 0.07 0.12 0.12 0.10
N1 0.12 0.13 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.05 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.11 0.11 0.14 0.07 0.10 0.05 0.08 0.06 0.06
N3 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
N6 0.13 0.15 0.12 0.07 0.13 0.08 0.12 0.05 0.13 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.12 0.15 0.07 0.12 0.06 0.10 0.07 0.07
N7 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.12 0.07 0.10 0.07 0.12 0.10 0.09
N9 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.11 0.09
O2' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07
O3' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06
O4' 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.06 0.10 0.12 0.08
O5' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.10 0.06
OP1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07
OP2 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07 0.09 0.11 0.08
P 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.07 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
N6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.09 0.11 0.08
N7 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.06 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00