ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50444

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.042, 0.076, 0.109, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.076 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.016, 0.053, 0.091, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.053 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.105, 0.164, 0.223, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.164 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.039, 0.100, 0.161, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.100 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.080, 0.150, 0.220, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.150 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.032, 0.125, 0.218, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.125 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.026, 0.205, 0.384, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.205 std_dev=0.179
C1' B 0, 0.005, 0.191, 0.377, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.191 std_dev=0.186
C2' B 0, 0.027, 0.231, 0.434, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.231 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.019, 0.250, 0.481, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.250 std_dev=0.231
O4' B 0, -0.039, 0.214, 0.467, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.214 std_dev=0.253
O5' A 0, -0.085, 0.174, 0.432, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.174 std_dev=0.259
C4' B 0, -0.038, 0.249, 0.537, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.249 std_dev=0.287
N3 B 0, -0.025, 0.266, 0.557, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.266 std_dev=0.291
N9 B 0, -0.040, 0.259, 0.557, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.259 std_dev=0.298
C4 B 0, -0.062, 0.262, 0.586, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.262 std_dev=0.324
C3' B 0, -0.057, 0.286, 0.629, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.286 std_dev=0.343
C2 B 0, -0.072, 0.309, 0.689, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.309 std_dev=0.381
OP1 A 0, -0.093, 0.324, 0.740, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.324 std_dev=0.417
P A 0, -0.166, 0.256, 0.678, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.256 std_dev=0.422
C5' B 0, -0.100, 0.332, 0.764, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.332 std_dev=0.432
C8 B 0, -0.088, 0.371, 0.830, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.371 std_dev=0.459
C5 B 0, -0.102, 0.358, 0.817, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.358 std_dev=0.460
N1 B 0, -0.127, 0.343, 0.813, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.343 std_dev=0.470
O3' B 0, -0.132, 0.340, 0.812, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.340 std_dev=0.472
C6 B 0, -0.135, 0.383, 0.901, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.383 std_dev=0.518
OP2 A 0, -0.227, 0.307, 0.842, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.307 std_dev=0.534
O5' B 0, -0.183, 0.361, 0.905, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.361 std_dev=0.544
N7 B 0, -0.115, 0.441, 0.996, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.441 std_dev=0.556
N6 B 0, -0.173, 0.480, 1.133, 2.867 max_d=2.867 avg_d=0.480 std_dev=0.653
P B 0, -0.286, 0.497, 1.279, 3.390 max_d=3.390 avg_d=0.497 std_dev=0.783
OP1 B 0, -0.291, 0.574, 1.439, 3.772 max_d=3.772 avg_d=0.574 std_dev=0.865
OP2 B 0, -0.314, 0.612, 1.539, 4.025 max_d=4.025 avg_d=0.612 std_dev=0.926

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.13 0.14 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.10 0.08 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.11 0.09 0.12
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.12 0.08 0.14 0.13 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.13 0.13 0.13 0.15
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.13 0.14 0.15 0.15
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.11 0.11 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.13 0.14 0.13 0.16
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.10 0.07 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.10 0.14 0.12
O5' 0.04 0.12 0.04 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.13 0.06 0.13 0.10 0.13 0.10 0.06 0.04 0.07 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.13 0.05 0.06 0.10 0.05 0.11 0.06 0.13 0.07 0.14 0.11 0.14 0.10 0.07 0.06 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.14 0.06 0.08 0.08 0.02 0.09 0.00 0.13 0.07 0.15 0.11 0.13 0.07 0.05 0.05 0.13 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.04 0.06 0.09 0.02 0.12 0.01 0.15 0.05 0.15 0.10 0.16 0.10 0.05 0.04 0.09 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.23 0.07 0.07 0.15 0.07 0.12 0.10 0.15 0.06 0.21 0.21 0.13 0.07 0.10 0.08 0.13 0.09 0.10 0.19 0.11 0.12
C2 0.14 0.24 0.09 0.07 0.21 0.07 0.20 0.07 0.22 0.16 0.24 0.23 0.22 0.17 0.17 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.13 0.12
C2' 0.09 0.18 0.06 0.05 0.11 0.05 0.08 0.06 0.11 0.04 0.15 0.17 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.15 0.09 0.09
C3' 0.08 0.17 0.05 0.05 0.11 0.05 0.09 0.06 0.11 0.05 0.15 0.16 0.09 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.13 0.08 0.08
C4 0.13 0.26 0.08 0.07 0.20 0.07 0.19 0.08 0.22 0.13 0.26 0.24 0.22 0.15 0.16 0.10 0.13 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11
C4' 0.09 0.21 0.07 0.05 0.13 0.05 0.11 0.07 0.14 0.05 0.19 0.19 0.11 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.15 0.09 0.09
C5 0.14 0.30 0.07 0.07 0.24 0.07 0.25 0.08 0.28 0.18 0.31 0.26 0.29 0.22 0.19 0.12 0.15 0.14 0.10 0.12 0.17 0.15
C5' 0.07 0.18 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.12 0.05 0.17 0.16 0.10 0.05 0.07 0.09 0.12 0.06 0.07 0.14 0.08 0.08
C6 0.14 0.31 0.07 0.06 0.26 0.07 0.29 0.09 0.32 0.23 0.33 0.27 0.33 0.27 0.22 0.15 0.14 0.16 0.13 0.13 0.22 0.19
C8 0.13 0.29 0.07 0.07 0.21 0.07 0.21 0.08 0.25 0.14 0.29 0.26 0.25 0.17 0.16 0.10 0.16 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12
N1 0.15 0.28 0.08 0.06 0.25 0.07 0.27 0.09 0.29 0.22 0.30 0.26 0.30 0.25 0.21 0.15 0.11 0.15 0.13 0.12 0.20 0.18
N3 0.13 0.23 0.09 0.07 0.18 0.07 0.16 0.08 0.19 0.11 0.22 0.22 0.17 0.12 0.14 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09
N6 0.14 0.33 0.08 0.07 0.29 0.07 0.33 0.10 0.37 0.26 0.37 0.28 0.39 0.32 0.23 0.18 0.16 0.16 0.15 0.16 0.26 0.23
N7 0.14 0.31 0.07 0.07 0.24 0.07 0.25 0.09 0.29 0.18 0.32 0.27 0.30 0.22 0.19 0.12 0.17 0.14 0.10 0.13 0.17 0.15
N9 0.12 0.26 0.07 0.07 0.19 0.07 0.17 0.09 0.21 0.11 0.25 0.23 0.20 0.13 0.14 0.09 0.14 0.11 0.08 0.14 0.10 0.10
O2' 0.10 0.18 0.10 0.06 0.11 0.06 0.07 0.07 0.09 0.04 0.14 0.17 0.06 0.04 0.08 0.13 0.07 0.08 0.08 0.20 0.13 0.13
O3' 0.09 0.16 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.06 0.10 0.05 0.14 0.15 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.08
O4' 0.11 0.25 0.08 0.09 0.16 0.07 0.13 0.11 0.17 0.07 0.23 0.22 0.15 0.08 0.11 0.09 0.15 0.09 0.10 0.21 0.12 0.13
O5' 0.06 0.18 0.06 0.08 0.11 0.06 0.09 0.07 0.12 0.05 0.17 0.16 0.11 0.06 0.07 0.08 0.14 0.05 0.07 0.14 0.07 0.08
OP1 0.05 0.18 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.13 0.05 0.17 0.15 0.12 0.06 0.06 0.08 0.15 0.05 0.07 0.14 0.07 0.08
OP2 0.08 0.20 0.12 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.15 0.09 0.19 0.17 0.15 0.10 0.09 0.15 0.16 0.08 0.10 0.15 0.09 0.10
P 0.05 0.18 0.07 0.09 0.10 0.06 0.09 0.08 0.13 0.05 0.17 0.15 0.12 0.06 0.06 0.10 0.15 0.05 0.07 0.14 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.08 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.10 0.11 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.09 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.09 0.10 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.07 0.08 0.05
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.11 0.13 0.15 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.11 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03 0.07 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09 0.06 0.11 0.11 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.08 0.10 0.07 0.13 0.11 0.06 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.10 0.05 0.04 0.08 0.02 0.11 0.01 0.12 0.07 0.12 0.08 0.15 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.05 0.12 0.10 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00