ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50445

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 4, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N6 A 0, -0.001, 0.019, 0.040, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.025, 0.117, 0.208, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.117 std_dev=0.091
O4' A 0, -0.007, 0.104, 0.215, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.104 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.058, 0.240, 0.421, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.240 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.114, 0.351, 0.588, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.351 std_dev=0.237
C4' B 0, 0.099, 0.344, 0.589, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.344 std_dev=0.245
O2' B 0, 0.222, 0.469, 0.715, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.469 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.134, 0.395, 0.655, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.395 std_dev=0.261
C5' A 0, 0.066, 0.327, 0.588, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.327 std_dev=0.261
C5' B 0, 0.054, 0.328, 0.601, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.328 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.144, 0.418, 0.692, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.418 std_dev=0.274
C3' B 0, 0.111, 0.390, 0.668, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.390 std_dev=0.279
C3' A 0, 0.015, 0.296, 0.576, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.296 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.123, 0.418, 0.714, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.418 std_dev=0.295
O3' B 0, 0.129, 0.433, 0.738, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.433 std_dev=0.305
C8 B 0, 0.103, 0.416, 0.729, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.416 std_dev=0.313
N3 B 0, 0.182, 0.497, 0.812, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.497 std_dev=0.315
O5' B 0, 0.048, 0.364, 0.679, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.364 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.150, 0.467, 0.785, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.467 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.199, 0.545, 0.891, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.545 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.106, 0.454, 0.802, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.454 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.138, 0.487, 0.836, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.487 std_dev=0.349
O2' A 0, -0.145, 0.205, 0.555, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.205 std_dev=0.350
P B 0, 0.049, 0.424, 0.798, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.424 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.193, 0.571, 0.948, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.571 std_dev=0.377
C6 B 0, 0.162, 0.541, 0.921, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.541 std_dev=0.379
N6 B 0, 0.159, 0.573, 0.988, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.573 std_dev=0.414
OP1 B 0, 0.069, 0.484, 0.900, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.484 std_dev=0.416
OP2 B 0, 0.048, 0.491, 0.934, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.491 std_dev=0.443
OP1 A 0, 0.092, 0.663, 1.233, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.663 std_dev=0.570
O5' A 0, -0.071, 0.506, 1.084, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.506 std_dev=0.577
O3' A 0, -0.077, 0.516, 1.108, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.516 std_dev=0.593
P A 0, 0.010, 0.637, 1.265, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.637 std_dev=0.627
OP2 A 0, 0.065, 0.716, 1.367, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.716 std_dev=0.651

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.18 0.15 0.19 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.06 0.34 0.32 0.33 0.31
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.13 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.18 0.10 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.15 0.18 0.11 0.07 0.17 0.20 0.11 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.16 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.15 0.03 0.38 0.32 0.37 0.34
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.17 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.10 0.02 0.49 0.42 0.48 0.47
C5' 0.06 0.07 0.13 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.13 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.15 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.13 0.04 0.49 0.44 0.50 0.48
C8 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.03 0.52 0.38 0.48 0.45
N1 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.05 0.43 0.39 0.42 0.41
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.26 0.05 0.30 0.27 0.28 0.26
N6 0.02 0.01 0.04 0.17 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.11 0.03 0.55 0.51 0.57 0.56
N7 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.02 0.57 0.47 0.56 0.54
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.10 0.01 0.37 0.27 0.34 0.30
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.16 0.17 0.18 0.04 0.21 0.13 0.20 0.15 0.23 0.17 0.11 0.00 0.03 0.12 0.03 0.14 0.10 0.09
O3' 0.20 0.25 0.02 0.00 0.15 0.01 0.10 0.13 0.13 0.08 0.19 0.26 0.11 0.09 0.10 0.03 0.00 0.15 0.08 0.06 0.32 0.14
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.12 0.15 0.00 0.20 0.18 0.24 0.17
O5' 0.18 0.34 0.03 0.04 0.38 0.01 0.49 0.00 0.49 0.52 0.43 0.30 0.55 0.57 0.37 0.03 0.08 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.32 0.18 0.07 0.32 0.09 0.42 0.12 0.44 0.38 0.39 0.27 0.51 0.47 0.27 0.14 0.06 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.33 0.10 0.16 0.37 0.14 0.48 0.21 0.50 0.48 0.42 0.28 0.57 0.56 0.34 0.10 0.32 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.31 0.11 0.05 0.34 0.01 0.47 0.00 0.48 0.45 0.41 0.26 0.56 0.54 0.30 0.09 0.14 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05
C2 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.14 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.13 0.15 0.12 0.13
C2' 0.11 0.14 0.10 0.09 0.13 0.08 0.15 0.08 0.15 0.14 0.15 0.13 0.16 0.15 0.13 0.10 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06 0.05
C3' 0.07 0.15 0.08 0.10 0.11 0.11 0.13 0.14 0.17 0.09 0.18 0.12 0.18 0.12 0.08 0.11 0.13 0.07 0.15 0.27 0.20 0.22
C4 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.08
C4' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.09 0.14 0.12 0.09 0.13 0.11 0.09 0.09 0.14 0.11 0.12
C5 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.10 0.06 0.12 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10
C5' 0.08 0.05 0.10 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.08 0.10 0.15 0.14 0.14
C6 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.14 0.08 0.16 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.13
C8 0.05 0.09 0.04 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06
N1 0.08 0.05 0.07 0.12 0.06 0.15 0.08 0.17 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.13 0.15 0.17 0.13 0.15
N3 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.11 0.08 0.09
N6 0.12 0.10 0.12 0.14 0.10 0.16 0.11 0.17 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.16 0.15 0.15 0.16 0.13 0.14
N7 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08
N9 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05
O2' 0.27 0.28 0.24 0.19 0.27 0.19 0.26 0.14 0.26 0.25 0.27 0.28 0.24 0.25 0.27 0.25 0.16 0.24 0.16 0.11 0.16 0.14
O3' 0.31 0.08 0.38 0.45 0.15 0.47 0.10 0.51 0.07 0.20 0.07 0.14 0.10 0.13 0.22 0.42 0.51 0.36 0.47 0.63 0.45 0.52
O4' 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.14 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08
O5' 0.28 0.41 0.26 0.20 0.33 0.19 0.32 0.12 0.35 0.24 0.40 0.38 0.34 0.26 0.29 0.28 0.18 0.24 0.07 0.13 0.11 0.09
OP1 0.28 0.34 0.30 0.27 0.28 0.26 0.24 0.21 0.26 0.21 0.31 0.33 0.24 0.20 0.26 0.35 0.29 0.26 0.16 0.14 0.17 0.14
OP2 0.26 0.41 0.24 0.18 0.32 0.17 0.30 0.11 0.34 0.22 0.39 0.38 0.32 0.24 0.27 0.28 0.16 0.22 0.08 0.20 0.20 0.16
P 0.25 0.37 0.25 0.19 0.28 0.17 0.25 0.10 0.28 0.18 0.34 0.35 0.26 0.19 0.24 0.29 0.19 0.21 0.05 0.16 0.18 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.07 0.09 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.05 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.10 0.07 0.02 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00