ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50446

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.005, 0.036, 0.066, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.036 std_dev=0.030
C2' B 0, 0.054, 0.307, 0.561, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.307 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.033, 0.321, 0.609, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.321 std_dev=0.288
O2' B 0, 0.065, 0.411, 0.758, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.411 std_dev=0.347
C3' B 0, 0.006, 0.368, 0.730, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.368 std_dev=0.362
O3' B 0, -0.010, 0.426, 0.862, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.426 std_dev=0.436
N9 B 0, -0.048, 0.396, 0.840, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.396 std_dev=0.444
O4' B 0, -0.102, 0.428, 0.958, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.428 std_dev=0.530
C4' B 0, -0.082, 0.450, 0.982, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.450 std_dev=0.532
C4 B 0, -0.110, 0.479, 1.069, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.479 std_dev=0.589
O5' B 0, -0.094, 0.537, 1.167, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.537 std_dev=0.630
C5' B 0, -0.143, 0.529, 1.201, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.529 std_dev=0.672
N3 B 0, -0.164, 0.585, 1.334, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.585 std_dev=0.749
C8 B 0, -0.208, 0.560, 1.328, 2.453 max_d=2.453 avg_d=0.560 std_dev=0.768
OP2 B 0, -0.123, 0.684, 1.492, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.684 std_dev=0.808
C5 B 0, -0.250, 0.591, 1.432, 2.696 max_d=2.696 avg_d=0.591 std_dev=0.841
P B 0, -0.191, 0.677, 1.545, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.677 std_dev=0.868
O4' A 0, -0.436, 0.456, 1.348, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.456 std_dev=0.892
C2' A 0, -0.446, 0.455, 1.356, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.455 std_dev=0.901
N7 B 0, -0.294, 0.662, 1.618, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.662 std_dev=0.956
OP1 B 0, -0.240, 0.759, 1.758, 3.344 max_d=3.344 avg_d=0.759 std_dev=0.999
O2' A 0, -0.484, 0.541, 1.567, 3.053 max_d=3.053 avg_d=0.541 std_dev=1.025
C2 B 0, -0.292, 0.748, 1.789, 3.339 max_d=3.339 avg_d=0.748 std_dev=1.041
C6 B 0, -0.355, 0.726, 1.806, 3.431 max_d=3.431 avg_d=0.726 std_dev=1.081
N1 B 0, -0.359, 0.798, 1.955, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.798 std_dev=1.157
C4' A 0, -0.573, 0.638, 1.849, 3.594 max_d=3.594 avg_d=0.638 std_dev=1.211
N6 B 0, -0.473, 0.872, 2.217, 4.249 max_d=4.249 avg_d=0.872 std_dev=1.345
C3' A 0, -0.669, 0.714, 2.097, 4.125 max_d=4.125 avg_d=0.714 std_dev=1.383
O3' A 0, -0.867, 0.993, 2.853, 5.623 max_d=5.623 avg_d=0.993 std_dev=1.860
C5' A 0, -1.068, 1.127, 3.322, 6.491 max_d=6.491 avg_d=1.127 std_dev=2.195
O5' A 0, -1.155, 1.272, 3.698, 7.236 max_d=7.236 avg_d=1.272 std_dev=2.426
P A 0, -1.662, 1.713, 5.087, 9.935 max_d=9.935 avg_d=1.713 std_dev=3.374
OP1 A 0, -1.691, 1.892, 5.474, 10.617 max_d=10.617 avg_d=1.892 std_dev=3.583
OP2 A 0, -1.795, 2.090, 5.975, 11.544 max_d=11.544 avg_d=2.090 std_dev=3.885

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.19 0.42 0.26
C2 0.03 0.00 0.21 0.70 0.01 0.58 0.01 0.87 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.72 0.31 0.53 0.70 0.59 0.66
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.16 0.21 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.26 0.34 0.28
C3' 0.01 0.70 0.01 0.00 0.31 0.00 0.13 0.01 0.27 0.38 0.52 0.69 0.18 0.25 0.05 0.02 0.01 0.01 0.36 0.41 0.20 0.28
C4 0.02 0.01 0.11 0.31 0.00 0.25 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.29 0.16 0.30 0.35 0.58 0.36
C4' 0.00 0.58 0.01 0.00 0.25 0.00 0.09 0.01 0.21 0.35 0.43 0.57 0.13 0.24 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.14 0.06 0.51 0.46 1.01 0.58
C5' 0.04 0.87 0.02 0.01 0.33 0.01 0.15 0.00 0.31 0.57 0.65 0.81 0.21 0.44 0.13 0.05 0.03 0.02 0.02 0.28 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.27 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.12 0.38 0.42 0.84 0.46
C8 0.02 0.02 0.11 0.38 0.01 0.35 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.35 0.19 1.00 0.82 1.55 1.07
N1 0.02 0.01 0.16 0.52 0.01 0.43 0.01 0.65 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.54 0.24 0.37 0.53 0.53 0.48
N3 0.03 0.00 0.21 0.69 0.00 0.57 0.01 0.81 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.13 0.66 0.32 0.49 0.63 0.51 0.59
N6 0.01 0.02 0.07 0.18 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.20 0.07 0.51 0.51 1.10 0.60
N7 0.01 0.02 0.07 0.25 0.01 0.24 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.25 0.11 0.93 0.82 1.62 1.05
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.48 0.36 0.82 0.50
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.08 0.10 0.13 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.07 0.10 0.06
O3' 0.01 0.72 0.02 0.01 0.29 0.01 0.14 0.03 0.29 0.35 0.54 0.66 0.20 0.25 0.05 0.04 0.00 0.01 0.23 0.41 0.15 0.18
O4' 0.00 0.31 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.02 0.12 0.19 0.24 0.32 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.19 0.19 0.14
O5' 0.24 0.53 0.30 0.36 0.30 0.02 0.51 0.02 0.38 1.00 0.37 0.49 0.51 0.93 0.48 0.04 0.23 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.19 0.70 0.26 0.41 0.35 0.10 0.46 0.28 0.42 0.82 0.53 0.63 0.51 0.82 0.36 0.07 0.41 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.59 0.34 0.20 0.58 0.13 1.01 0.32 0.84 1.55 0.53 0.51 1.10 1.62 0.82 0.10 0.15 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.66 0.28 0.28 0.36 0.03 0.58 0.02 0.46 1.07 0.48 0.59 0.60 1.05 0.50 0.06 0.18 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.46 0.23 0.25 0.52 0.28 0.81 0.21 0.85 0.81 0.67 0.36 1.06 1.01 0.48 0.39 0.40 0.17 0.35 0.40 0.66 0.44
C2 0.14 0.16 0.20 0.19 0.28 0.19 0.50 0.08 0.45 0.71 0.26 0.16 0.58 0.75 0.37 0.40 0.33 0.12 0.29 0.09 0.42 0.24
C2' 0.50 0.66 0.52 0.57 0.72 0.49 0.89 0.60 0.91 0.92 0.79 0.60 1.03 1.02 0.70 0.42 0.52 0.47 0.79 0.76 0.90 0.84
C3' 1.33 1.64 1.32 1.34 1.69 1.18 1.89 1.28 1.92 1.87 1.80 1.55 2.03 2.01 1.63 1.09 1.19 1.23 1.66 1.36 1.82 1.67
C4 0.17 0.25 0.19 0.19 0.39 0.20 0.66 0.11 0.64 0.81 0.43 0.21 0.82 0.92 0.44 0.39 0.34 0.15 0.36 0.21 0.56 0.36
C4' 1.14 1.73 1.01 0.94 1.73 0.76 2.07 0.80 2.17 1.93 1.99 1.55 2.39 2.22 1.58 0.75 0.72 0.96 1.30 1.00 1.78 1.39
C5 0.14 0.17 0.18 0.16 0.30 0.14 0.57 0.10 0.53 0.77 0.30 0.16 0.72 0.86 0.39 0.39 0.31 0.15 0.36 0.18 0.54 0.35
C5' 1.70 2.55 1.54 1.39 2.51 1.12 2.96 1.11 3.10 2.70 2.89 2.31 3.38 3.12 2.29 1.17 1.06 1.42 1.76 1.27 2.39 1.80
C6 0.11 0.19 0.17 0.14 0.20 0.11 0.45 0.10 0.38 0.70 0.16 0.20 0.55 0.75 0.32 0.38 0.29 0.14 0.33 0.12 0.47 0.30
C8 0.17 0.27 0.18 0.18 0.41 0.18 0.70 0.13 0.70 0.82 0.47 0.21 0.91 0.97 0.44 0.38 0.33 0.16 0.39 0.30 0.63 0.43
N1 0.10 0.19 0.18 0.16 0.18 0.13 0.40 0.09 0.32 0.65 0.13 0.20 0.47 0.67 0.30 0.39 0.29 0.13 0.30 0.09 0.41 0.25
N3 0.18 0.27 0.21 0.21 0.40 0.24 0.65 0.12 0.62 0.81 0.44 0.23 0.77 0.89 0.44 0.39 0.35 0.14 0.33 0.16 0.51 0.31
N6 0.09 0.28 0.17 0.13 0.13 0.09 0.38 0.13 0.29 0.66 0.12 0.27 0.46 0.69 0.28 0.37 0.28 0.15 0.33 0.12 0.45 0.30
N7 0.15 0.18 0.17 0.15 0.33 0.14 0.62 0.12 0.58 0.79 0.34 0.16 0.79 0.91 0.40 0.38 0.31 0.15 0.38 0.23 0.58 0.40
N9 0.19 0.33 0.20 0.20 0.46 0.22 0.74 0.14 0.75 0.83 0.54 0.27 0.95 0.98 0.46 0.38 0.35 0.16 0.38 0.30 0.63 0.42
O2' 0.24 0.26 0.30 0.33 0.24 0.36 0.35 0.36 0.40 0.30 0.33 0.23 0.52 0.43 0.21 0.37 0.39 0.28 0.27 0.65 0.41 0.46
O3' 1.51 1.85 1.61 1.69 1.83 1.47 1.98 1.59 2.02 1.87 1.96 1.76 2.09 2.00 1.75 1.40 1.62 1.37 1.94 1.88 2.13 2.11
O4' 0.61 1.14 0.45 0.37 1.17 0.30 1.55 0.28 1.64 1.46 1.42 0.97 1.90 1.75 1.06 0.36 0.38 0.48 0.70 0.50 1.15 0.77
O5' 1.38 2.35 1.25 1.12 2.27 0.84 2.80 0.84 3.01 2.44 2.76 2.06 3.41 2.96 2.01 0.90 0.82 1.09 1.51 1.15 2.32 1.65
OP1 1.56 2.82 1.38 1.17 2.62 0.87 3.23 0.83 3.59 2.68 3.33 2.43 4.13 3.33 2.26 1.01 0.83 1.20 1.51 1.09 2.37 1.62
OP2 1.80 3.17 1.70 1.53 2.97 1.12 3.64 1.09 4.02 2.99 3.72 2.76 4.57 3.72 2.56 1.27 1.21 1.39 1.84 1.51 2.82 1.99
P 1.63 2.85 1.46 1.26 2.70 0.95 3.31 0.91 3.63 2.80 3.35 2.48 4.12 3.45 2.35 1.07 0.92 1.27 1.61 1.20 2.48 1.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.20 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.18 0.27 0.01 0.12 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.30 0.03 0.37 0.63 0.61 0.47
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.14 0.19 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.29 0.14 0.11
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.14 0.00 0.10 0.02 0.15 0.13 0.23 0.25 0.13 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.29 0.10 0.11
C4 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.14 0.01 0.29 0.43 0.43 0.33
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.14 0.04 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.30 0.42 0.46 0.36
C5' 0.03 0.22 0.02 0.02 0.17 0.00 0.19 0.00 0.22 0.10 0.24 0.19 0.24 0.15 0.10 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02 0.35 0.54 0.58 0.45
C8 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.14 0.14 0.13 0.13
N1 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.25 0.02 0.38 0.63 0.65 0.50
N3 0.03 0.00 0.19 0.25 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.27 0.03 0.32 0.54 0.51 0.39
N6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.13 0.03 0.36 0.54 0.59 0.46
N7 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.22 0.25 0.28 0.24
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.18 0.26 0.23 0.17
O2' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.12 0.13 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.26 0.11 0.09
O3' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.14 0.01 0.10 0.03 0.16 0.14 0.25 0.27 0.13 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.09 0.31 0.07 0.12
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.10 0.04 0.03
O5' 0.09 0.37 0.06 0.06 0.29 0.01 0.30 0.01 0.35 0.14 0.38 0.32 0.36 0.22 0.18 0.03 0.09 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.63 0.29 0.29 0.43 0.14 0.42 0.06 0.54 0.14 0.63 0.54 0.54 0.25 0.26 0.26 0.31 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.61 0.14 0.10 0.43 0.04 0.46 0.01 0.58 0.13 0.65 0.51 0.59 0.28 0.23 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.47 0.11 0.11 0.33 0.04 0.36 0.01 0.45 0.13 0.50 0.39 0.46 0.24 0.17 0.09 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00