ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50447

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 4, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.003, 0.074, 0.146, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.074 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.005, 0.088, 0.171, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.088 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.018, 0.123, 0.227, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.123 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.005, 0.132, 0.259, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.132 std_dev=0.127
P A 0, 0.167, 0.327, 0.486, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.327 std_dev=0.160
C5' B 0, 0.049, 0.212, 0.375, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.212 std_dev=0.163
C4' B 0, 0.063, 0.229, 0.395, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.229 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.109, 0.285, 0.462, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.285 std_dev=0.176
C5' A 0, 0.030, 0.214, 0.398, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.214 std_dev=0.184
O3' A 0, -0.013, 0.173, 0.359, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.173 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.045, 0.232, 0.420, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.232 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.230, 0.423, 0.616, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.423 std_dev=0.193
O3' B 0, 0.077, 0.271, 0.464, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.271 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.132, 0.326, 0.521, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.326 std_dev=0.195
OP1 B 0, 0.037, 0.237, 0.437, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.237 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.060, 0.264, 0.468, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.264 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.030, 0.262, 0.494, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.262 std_dev=0.232
P B 0, -0.009, 0.229, 0.467, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.229 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.027, 0.266, 0.505, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.266 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.040, 0.285, 0.530, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.285 std_dev=0.245
O2' B 0, 0.039, 0.297, 0.555, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.297 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.026, 0.285, 0.545, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.285 std_dev=0.259
N9 B 0, -0.012, 0.270, 0.552, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.270 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.026, 0.315, 0.604, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.315 std_dev=0.289
C4 B 0, -0.015, 0.285, 0.585, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.285 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.045, 0.364, 0.684, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.364 std_dev=0.319
C8 B 0, -0.022, 0.304, 0.630, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.304 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.034, 0.382, 0.730, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.382 std_dev=0.348
C5 B 0, -0.039, 0.309, 0.657, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.309 std_dev=0.348
C6 B 0, -0.014, 0.354, 0.722, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.354 std_dev=0.368
N7 B 0, -0.045, 0.324, 0.692, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.324 std_dev=0.369
N6 B 0, -0.018, 0.399, 0.816, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.399 std_dev=0.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.13 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.14 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.09 0.16 0.10
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.09 0.16 0.10
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.09 0.18 0.13
N1 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.14 0.08
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.12 0.06
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.08 0.11 0.17 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.14 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.08 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.16 0.08 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.07
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.08 0.10 0.06 0.05 0.09 0.04 0.09 0.09 0.07 0.05 0.11 0.11 0.05 0.09 0.16 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.13 0.08 0.07 0.14 0.04 0.16 0.01 0.16 0.18 0.14 0.12 0.17 0.19 0.14 0.08 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.06 0.11 0.13 0.09 0.04 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.07 0.05 0.06 0.11 0.14 0.09 0.10
C2 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09
C2' 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.11 0.06 0.07
C3' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.05 0.04 0.10 0.14 0.08 0.09
C4 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.05
C4' 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.08 0.14 0.21 0.15 0.15
C5 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.09 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05
C5' 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.12 0.10 0.14 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.12 0.10 0.12 0.15 0.10 0.16 0.23 0.16 0.17
C6 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.07
C8 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.04 0.09 0.05 0.08 0.11 0.07 0.07 0.11 0.12 0.07 0.09 0.05 0.06 0.09 0.12 0.06 0.07
N1 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09
N3 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06
N6 0.14 0.15 0.15 0.13 0.13 0.11 0.12 0.09 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.17 0.13 0.12 0.09 0.09 0.09 0.07
N7 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08 0.08 0.11 0.12 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.11 0.05 0.06
N9 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.12 0.06 0.07
O2' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.10 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.09 0.07 0.07
O3' 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.10 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.13 0.08 0.08
O4' 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.10 0.15 0.20 0.14 0.15
O5' 0.08 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.08 0.13 0.07 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.13 0.08 0.14 0.21 0.14 0.14
OP1 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.12 0.07 0.08 0.10 0.12 0.08 0.07 0.11 0.07 0.15 0.25 0.19 0.18
OP2 0.12 0.18 0.11 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.13 0.10 0.16 0.17 0.12 0.10 0.11 0.15 0.08 0.11 0.09 0.14 0.07 0.08
P 0.05 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.09 0.18 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.06 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.10 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.05 0.06 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.09 0.06
N6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.12 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.10 0.03 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.12 0.07 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00