ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50448

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.008, 0.032, 0.055, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.047 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.011, 0.050, 0.089, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.050 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.014, 0.058, 0.102, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.058 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.093, 0.162, 0.230, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.162 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.042, 0.120, 0.198, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.120 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.146, 0.247, 0.348, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.247 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.119, 0.241, 0.363, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.241 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.108, 0.231, 0.353, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.231 std_dev=0.123
O3' A 0, 0.172, 0.347, 0.522, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.347 std_dev=0.175
C5' A 0, 0.153, 0.396, 0.639, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.396 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.429, 0.720, 1.012, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.720 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.422, 0.723, 1.025, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.723 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.113, 0.503, 0.892, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.503 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.517, 0.931, 1.345, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.931 std_dev=0.414
P A 0, 0.130, 0.579, 1.029, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.579 std_dev=0.449
OP1 A 0, 0.213, 0.856, 1.498, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.856 std_dev=0.643
C4' B 0, 0.478, 1.223, 1.968, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.223 std_dev=0.745
C5' B 0, 0.480, 1.238, 1.996, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.238 std_dev=0.758
OP2 A 0, 0.140, 0.995, 1.850, 2.380 max_d=2.380 avg_d=0.995 std_dev=0.855
O5' B 0, 0.419, 1.731, 3.042, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.731 std_dev=1.312
C1' B 0, 0.224, 1.618, 3.012, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.618 std_dev=1.394
O3' B 0, 0.382, 1.800, 3.217, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.800 std_dev=1.418
O4' B 0, 0.297, 1.802, 3.307, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.802 std_dev=1.505
OP2 B 0, 0.283, 2.135, 3.987, 6.828 max_d=6.828 avg_d=2.135 std_dev=1.852
P B 0, 0.118, 2.069, 4.019, 6.756 max_d=6.756 avg_d=2.069 std_dev=1.951
OP1 B 0, 0.295, 2.673, 5.050, 8.785 max_d=8.785 avg_d=2.673 std_dev=2.378
N9 B 0, 0.087, 2.479, 4.870, 5.633 max_d=5.633 avg_d=2.479 std_dev=2.391
N3 B 0, 0.010, 2.782, 5.554, 7.280 max_d=7.280 avg_d=2.782 std_dev=2.772
C4 B 0, -0.009, 3.004, 6.017, 7.409 max_d=7.409 avg_d=3.004 std_dev=3.013
C8 B 0, 0.040, 3.145, 6.250, 6.788 max_d=6.788 avg_d=3.145 std_dev=3.105
C2 B 0, -0.092, 3.520, 7.131, 9.361 max_d=9.361 avg_d=3.520 std_dev=3.611
C5 B 0, -0.103, 3.947, 7.997, 9.480 max_d=9.480 avg_d=3.947 std_dev=4.050
N7 B 0, -0.045, 4.056, 8.157, 9.001 max_d=9.001 avg_d=4.056 std_dev=4.101
N1 B 0, -0.188, 4.418, 9.024, 11.499 max_d=11.499 avg_d=4.418 std_dev=4.606
C6 B 0, -0.185, 4.684, 9.552, 11.658 max_d=11.658 avg_d=4.684 std_dev=4.868
N6 B 0, -0.220, 5.689, 11.597, 13.893 max_d=13.893 avg_d=5.689 std_dev=5.909

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.24 0.15 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.03 0.23 0.40 0.37 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.15 0.13 0.17
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.25 0.22 0.23 0.21
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.23 0.41 0.36 0.24
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.02 0.01 0.06 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.19 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.26 0.49 0.50 0.29
C5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.13 0.08 0.19 0.20 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03 0.27 0.51 0.54 0.30
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.26 0.47 0.45 0.26
N1 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.25 0.46 0.47 0.28
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.03 0.21 0.36 0.29 0.21
N6 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04 0.28 0.56 0.63 0.33
N7 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.05 0.28 0.54 0.57 0.31
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.21 0.37 0.30 0.21
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.11 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.05 0.15 0.11 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.08 0.05 0.06 0.07 0.08 0.03 0.06 0.00 0.02 0.21 0.41 0.39 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.07 0.24 0.20 0.05
O5' 0.12 0.23 0.19 0.25 0.23 0.01 0.26 0.01 0.27 0.26 0.25 0.21 0.28 0.28 0.21 0.05 0.21 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.40 0.15 0.22 0.41 0.08 0.49 0.09 0.51 0.47 0.46 0.36 0.56 0.54 0.37 0.15 0.41 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.37 0.13 0.23 0.36 0.19 0.50 0.32 0.54 0.45 0.47 0.29 0.63 0.57 0.30 0.11 0.39 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.17 0.21 0.24 0.01 0.29 0.01 0.30 0.26 0.28 0.21 0.33 0.31 0.21 0.06 0.19 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 2.58 0.18 0.10 1.96 0.28 2.44 0.39 2.97 1.74 3.09 1.91 3.28 2.24 1.48 0.23 0.25 0.76 1.02 1.08 1.22 1.14
C2 0.41 1.12 0.16 0.14 0.99 0.23 1.19 0.22 1.33 0.93 1.29 0.93 1.43 1.15 0.77 0.21 0.22 0.35 0.74 0.66 0.95 0.83
C2' 0.89 2.75 0.24 0.26 2.18 0.29 2.83 0.45 3.47 2.04 3.49 2.02 3.91 2.66 1.67 0.14 0.53 0.80 1.11 1.30 1.33 1.27
C3' 0.86 2.66 0.22 0.27 2.13 0.32 2.82 0.46 3.47 2.04 3.44 1.94 4.03 2.69 1.64 0.12 0.57 0.78 1.09 1.32 1.34 1.28
C4 0.54 1.72 0.14 0.12 1.36 0.22 1.69 0.26 2.00 1.23 2.03 1.31 2.18 1.58 1.03 0.20 0.24 0.46 0.83 0.81 1.04 0.93
C4' 0.89 2.70 0.20 0.16 2.10 0.28 2.71 0.41 3.34 1.95 3.39 1.99 3.82 2.54 1.61 0.20 0.37 0.83 1.08 1.22 1.30 1.22
C5 0.39 1.25 0.16 0.17 0.99 0.26 1.27 0.21 1.51 0.94 1.50 0.95 1.70 1.22 0.74 0.22 0.29 0.37 0.69 0.67 0.95 0.80
C5' 0.83 2.51 0.15 0.14 1.96 0.30 2.55 0.40 3.15 1.84 3.17 1.84 3.66 2.41 1.50 0.20 0.35 0.78 1.02 1.15 1.25 1.16
C6 0.33 0.86 0.22 0.22 0.66 0.33 0.84 0.20 0.99 0.64 0.98 0.70 1.13 0.84 0.49 0.26 0.33 0.39 0.57 0.52 0.86 0.68
C8 0.54 1.78 0.14 0.13 1.37 0.23 1.76 0.26 2.14 1.27 2.17 1.32 2.42 1.66 1.03 0.20 0.26 0.48 0.82 0.84 1.06 0.94
N1 0.32 0.73 0.22 0.21 0.59 0.32 0.74 0.20 0.85 0.59 0.82 0.63 0.95 0.76 0.45 0.26 0.31 0.37 0.58 0.50 0.84 0.68
N3 0.62 1.81 0.15 0.10 1.47 0.22 1.76 0.28 2.03 1.30 2.06 1.44 2.15 1.63 1.13 0.21 0.21 0.51 0.87 0.83 1.06 0.96
N6 0.41 0.86 0.27 0.28 0.56 0.42 0.65 0.24 0.79 0.48 0.85 0.75 0.89 0.65 0.40 0.30 0.41 0.52 0.45 0.42 0.80 0.56
N7 0.41 1.37 0.16 0.17 1.06 0.26 1.38 0.21 1.67 1.00 1.67 1.02 1.90 1.32 0.79 0.21 0.30 0.39 0.70 0.70 0.98 0.82
N9 0.65 2.07 0.15 0.10 1.60 0.23 2.00 0.31 2.42 1.44 2.48 1.55 2.67 1.86 1.21 0.20 0.24 0.57 0.90 0.92 1.12 1.02
O2' 1.06 3.12 0.33 0.32 2.48 0.30 3.18 0.51 3.92 2.28 3.98 2.31 4.41 2.96 1.90 0.17 0.59 0.96 1.21 1.44 1.43 1.38
O3' 0.94 2.82 0.27 0.36 2.32 0.34 3.11 0.53 3.84 2.28 3.72 2.06 4.53 3.01 1.80 0.09 0.75 0.86 1.18 1.51 1.45 1.40
O4' 0.84 2.57 0.17 0.09 1.94 0.29 2.43 0.39 2.98 1.72 3.10 1.91 3.33 2.23 1.47 0.25 0.24 0.78 1.02 1.07 1.22 1.13
O5' 0.73 2.37 0.31 0.31 1.87 0.13 2.45 0.30 3.01 1.77 3.00 1.74 3.50 2.34 1.43 0.22 0.47 0.58 0.97 1.18 1.22 1.16
OP1 0.56 2.13 0.37 0.42 1.68 0.27 2.29 0.26 2.85 1.62 2.79 1.53 3.40 2.21 1.25 0.29 0.57 0.45 0.85 1.16 1.16 1.08
OP2 0.85 2.12 0.40 0.25 1.77 0.30 2.30 0.46 2.75 1.77 2.68 1.62 3.20 2.25 1.43 0.44 0.27 0.73 1.14 1.21 1.38 1.30
P 0.66 2.21 0.32 0.32 1.75 0.17 2.32 0.29 2.85 1.68 2.82 1.63 3.34 2.22 1.34 0.24 0.46 0.52 0.93 1.15 1.18 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.38 0.00 0.34 0.45 0.48 0.39
C2 0.04 0.00 0.28 0.28 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.34 0.16 0.48 0.90 0.84 0.66
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.05 0.25 0.11 0.17 0.21 0.28 0.07 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.74 0.52 0.77 0.74
C3' 0.03 0.28 0.00 0.00 0.26 0.01 0.32 0.02 0.35 0.27 0.33 0.24 0.38 0.33 0.20 0.02 0.01 0.02 0.38 0.22 0.44 0.27
C4 0.02 0.01 0.14 0.26 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.23 0.09 0.49 0.93 0.82 0.68
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07 0.05 0.11 0.12 0.07 0.30 0.05 0.01 0.03 0.30 0.21 0.08
C5 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.14 0.05 0.55 1.21 0.99 0.82
C5' 0.09 0.06 0.25 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.06 0.11 0.11 0.06 0.08 0.24 0.02 0.01 0.25 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.17 0.09 0.55 1.26 1.04 0.85
C8 0.01 0.01 0.17 0.27 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.33 0.12 0.08 0.55 1.18 0.91 0.81
N1 0.03 0.00 0.21 0.33 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.25 0.13 0.53 1.11 0.96 0.77
N3 0.03 0.00 0.28 0.24 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.37 0.15 0.45 0.77 0.74 0.59
N6 0.03 0.01 0.07 0.38 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.37 0.16 0.07 0.58 1.43 1.14 0.93
N7 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.13 0.04 0.57 1.38 1.06 0.91
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.18 0.01 0.47 0.85 0.73 0.63
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.23 0.30 0.32 0.08 0.32 0.33 0.26 0.15 0.37 0.37 0.22 0.00 0.03 0.21 0.47 0.36 0.57 0.51
O3' 0.38 0.34 0.03 0.01 0.23 0.05 0.14 0.24 0.17 0.12 0.25 0.37 0.16 0.13 0.18 0.03 0.00 0.31 0.18 0.82 0.24 0.27
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.13 0.15 0.07 0.04 0.01 0.21 0.31 0.00 0.11 0.22 0.30 0.14
O5' 0.34 0.48 0.74 0.38 0.49 0.03 0.55 0.01 0.55 0.55 0.53 0.45 0.58 0.57 0.47 0.47 0.18 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.45 0.90 0.52 0.22 0.93 0.30 1.21 0.25 1.26 1.18 1.11 0.77 1.43 1.38 0.85 0.36 0.82 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.84 0.77 0.44 0.82 0.21 0.99 0.32 1.04 0.91 0.96 0.74 1.14 1.06 0.73 0.57 0.24 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.39 0.66 0.74 0.27 0.68 0.08 0.82 0.02 0.85 0.81 0.77 0.59 0.93 0.91 0.63 0.51 0.27 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00