ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50450

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.032, 0.063, 0.094, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.063 std_dev=0.031
C2' B 0, 0.180, 0.445, 0.711, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.445 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.167, 0.496, 0.826, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.496 std_dev=0.329
C2' A 0, -0.118, 0.264, 0.646, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.264 std_dev=0.382
O4' A 0, -0.081, 0.305, 0.691, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.305 std_dev=0.386
O2' A 0, -0.097, 0.289, 0.676, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.289 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.181, 0.722, 1.262, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.722 std_dev=0.541
C4' A 0, -0.149, 0.456, 1.060, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.456 std_dev=0.604
C3' A 0, -0.160, 0.452, 1.064, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.452 std_dev=0.612
C3' B 0, -0.078, 0.603, 1.284, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.603 std_dev=0.681
O3' A 0, -0.254, 0.609, 1.472, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.609 std_dev=0.863
C1' B 0, -0.224, 0.691, 1.605, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.691 std_dev=0.914
C5' A 0, -0.202, 0.764, 1.729, 3.121 max_d=3.121 avg_d=0.764 std_dev=0.965
O3' B 0, -0.246, 0.803, 1.852, 3.905 max_d=3.905 avg_d=0.803 std_dev=1.049
O5' A 0, -0.339, 0.752, 1.843, 3.906 max_d=3.906 avg_d=0.752 std_dev=1.091
P A 0, -0.328, 0.875, 2.078, 4.368 max_d=4.368 avg_d=0.875 std_dev=1.203
C4' B 0, -0.510, 0.813, 2.136, 4.757 max_d=4.757 avg_d=0.813 std_dev=1.323
O4' B 0, -0.535, 0.866, 2.267, 5.035 max_d=5.035 avg_d=0.866 std_dev=1.401
N9 B 0, -0.546, 0.996, 2.538, 5.569 max_d=5.569 avg_d=0.996 std_dev=1.542
O5' B 0, -0.703, 0.969, 2.640, 5.954 max_d=5.954 avg_d=0.969 std_dev=1.671
C5' B 0, -0.714, 1.036, 2.786, 6.253 max_d=6.253 avg_d=1.036 std_dev=1.750
C8 B 0, -0.620, 1.166, 2.952, 6.450 max_d=6.450 avg_d=1.166 std_dev=1.786
OP1 A 0, -0.588, 1.278, 3.143, 6.644 max_d=6.644 avg_d=1.278 std_dev=1.866
OP2 B 0, -0.721, 1.183, 3.087, 6.803 max_d=6.803 avg_d=1.183 std_dev=1.904
OP1 B 0, -0.768, 1.146, 3.060, 6.815 max_d=6.815 avg_d=1.146 std_dev=1.914
P B 0, -0.808, 1.134, 3.076, 6.903 max_d=6.903 avg_d=1.134 std_dev=1.942
C4 B 0, -0.859, 1.274, 3.406, 7.605 max_d=7.605 avg_d=1.274 std_dev=2.133
N3 B 0, -0.872, 1.316, 3.503, 7.805 max_d=7.805 avg_d=1.316 std_dev=2.188
N7 B 0, -0.952, 1.507, 3.967, 8.792 max_d=8.792 avg_d=1.507 std_dev=2.460
C5 B 0, -1.126, 1.580, 4.286, 9.612 max_d=9.612 avg_d=1.580 std_dev=2.706
C2 B 0, -1.218, 1.687, 4.593, 10.306 max_d=10.306 avg_d=1.687 std_dev=2.906
C6 B 0, -1.481, 1.944, 5.370, 12.111 max_d=12.111 avg_d=1.944 std_dev=3.425
N1 B 0, -1.530, 1.987, 5.503, 12.423 max_d=12.423 avg_d=1.987 std_dev=3.516
N6 B 0, -1.735, 2.288, 6.312, 14.226 max_d=14.226 avg_d=2.288 std_dev=4.024

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.49 0.47 0.31
C2 0.04 0.00 0.30 0.35 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.24 0.43 0.11 0.57 1.05 0.57 0.57
C2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.17 0.03 0.10 0.03 0.16 0.10 0.24 0.29 0.12 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.18 0.31 0.25 0.14
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.21 0.01 0.17 0.02 0.24 0.08 0.32 0.31 0.22 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.19 0.19 0.24 0.14
C4 0.02 0.02 0.17 0.21 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.24 0.07 0.53 0.97 0.55 0.53
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.03 0.09 0.03 0.00 0.02 0.09 0.19 0.04
C5 0.02 0.02 0.10 0.17 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.21 0.05 0.61 1.20 0.57 0.63
C5' 0.06 0.10 0.03 0.02 0.12 0.00 0.16 0.00 0.16 0.20 0.13 0.08 0.20 0.20 0.13 0.07 0.11 0.03 0.01 0.19 0.10 0.03
C6 0.02 0.02 0.16 0.24 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.30 0.07 0.65 1.30 0.57 0.67
C8 0.03 0.02 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.09 0.51 0.99 0.56 0.54
N1 0.03 0.01 0.24 0.32 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.40 0.10 0.63 1.22 0.57 0.64
N3 0.04 0.01 0.29 0.31 0.01 0.09 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.22 0.37 0.11 0.50 0.90 0.55 0.50
N6 0.02 0.02 0.12 0.22 0.01 0.09 0.02 0.20 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.08 0.28 0.06 0.68 1.44 0.57 0.73
N7 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.60 1.24 0.57 0.64
N9 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.45 0.81 0.53 0.46
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.11 0.09 0.06 0.07 0.11 0.07 0.19 0.22 0.08 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.11 0.19 0.25 0.12
O3' 0.01 0.43 0.02 0.01 0.24 0.03 0.21 0.11 0.30 0.07 0.40 0.37 0.28 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.28 0.24 0.37 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.03 0.07 0.09 0.10 0.11 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.33 0.40 0.57 0.35
O5' 0.30 0.57 0.18 0.19 0.53 0.02 0.61 0.01 0.65 0.51 0.63 0.50 0.68 0.60 0.45 0.11 0.28 0.33 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.49 1.05 0.31 0.19 0.97 0.09 1.20 0.19 1.30 0.99 1.22 0.90 1.44 1.24 0.81 0.19 0.24 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.47 0.57 0.25 0.24 0.55 0.19 0.57 0.10 0.57 0.56 0.57 0.55 0.57 0.57 0.53 0.25 0.37 0.57 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.57 0.14 0.14 0.53 0.04 0.63 0.03 0.67 0.54 0.64 0.50 0.73 0.64 0.46 0.12 0.26 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 1.63 0.14 0.16 1.04 0.35 1.17 0.40 1.50 0.61 1.72 1.26 1.56 0.90 0.62 0.17 0.22 0.18 0.20 0.21 0.22 0.25
C2 0.16 1.16 0.17 0.36 0.96 0.76 1.10 0.76 1.26 0.67 1.28 0.97 1.31 0.94 0.62 0.20 0.35 0.52 0.34 0.28 0.18 0.31
C2' 0.69 1.96 0.43 0.40 1.43 0.29 1.51 0.30 1.79 1.01 1.99 1.65 1.82 1.27 1.04 0.19 0.48 0.52 0.48 0.49 0.63 0.44
C3' 0.89 2.41 0.60 0.57 1.73 0.49 1.85 0.49 2.20 1.25 2.47 1.99 2.25 1.55 1.28 0.30 0.63 0.75 0.69 0.61 0.81 0.59
C4 0.25 1.79 0.17 0.27 1.26 0.58 1.45 0.62 1.79 0.80 1.94 1.41 1.86 1.16 0.77 0.18 0.30 0.30 0.25 0.30 0.19 0.29
C4' 0.52 2.07 0.32 0.28 1.36 0.18 1.49 0.20 1.88 0.86 2.17 1.63 1.95 1.17 0.90 0.09 0.41 0.35 0.32 0.25 0.39 0.22
C5 0.29 2.04 0.19 0.36 1.47 0.69 1.78 0.74 2.22 0.99 2.34 1.57 2.36 1.47 0.91 0.20 0.47 0.34 0.28 0.45 0.19 0.35
C5' 0.54 2.31 0.33 0.27 1.49 0.22 1.66 0.25 2.14 0.94 2.47 1.77 2.26 1.31 0.97 0.11 0.36 0.38 0.34 0.26 0.39 0.25
C6 0.27 1.85 0.19 0.46 1.44 0.83 1.82 0.89 2.19 1.06 2.18 1.45 2.35 1.56 0.92 0.20 0.62 0.45 0.35 0.56 0.20 0.40
C8 0.31 2.20 0.19 0.27 1.45 0.53 1.73 0.58 2.23 0.93 2.47 1.64 2.39 1.39 0.88 0.20 0.34 0.22 0.22 0.38 0.20 0.30
N1 0.21 1.42 0.18 0.48 1.20 0.91 1.48 0.94 1.69 0.92 1.65 1.15 1.79 1.31 0.79 0.20 0.59 0.56 0.39 0.46 0.17 0.39
N3 0.18 1.31 0.16 0.25 0.97 0.57 1.08 0.60 1.29 0.61 1.39 1.08 1.32 0.87 0.60 0.18 0.23 0.37 0.27 0.22 0.20 0.28
N6 0.29 1.95 0.20 0.53 1.52 0.89 2.00 0.98 2.45 1.19 2.38 1.49 2.74 1.78 0.98 0.20 0.78 0.46 0.39 0.73 0.24 0.47
N7 0.32 2.27 0.20 0.34 1.56 0.64 1.91 0.69 2.45 1.05 2.64 1.70 2.66 1.56 0.96 0.20 0.47 0.28 0.25 0.50 0.20 0.35
N9 0.28 1.91 0.18 0.23 1.26 0.48 1.45 0.52 1.85 0.78 2.07 1.47 1.94 1.15 0.77 0.19 0.25 0.22 0.22 0.28 0.21 0.27
O2' 0.53 1.43 0.30 0.36 1.05 0.29 1.10 0.30 1.30 0.75 1.45 1.22 1.32 0.93 0.78 0.11 0.54 0.45 0.42 0.53 0.56 0.43
O3' 1.10 2.39 0.79 0.85 1.81 0.83 1.90 0.85 2.19 1.38 2.43 2.05 2.23 1.64 1.43 0.46 0.94 1.08 1.00 0.94 1.06 0.90
O4' 0.25 1.71 0.19 0.22 1.03 0.39 1.17 0.45 1.55 0.56 1.82 1.28 1.63 0.87 0.59 0.22 0.27 0.24 0.28 0.30 0.22 0.34
O5' 1.01 2.86 0.78 0.66 2.04 0.52 2.29 0.53 2.80 1.52 3.11 2.28 2.97 1.94 1.51 0.48 0.69 0.79 0.79 0.57 0.92 0.62
OP1 1.45 3.36 1.25 1.08 2.60 0.93 2.97 0.99 3.57 2.14 3.80 2.73 3.88 2.65 2.04 0.92 1.03 1.21 1.32 1.02 1.52 1.15
OP2 0.80 2.76 0.57 0.43 1.91 0.38 2.21 0.41 2.80 1.35 3.10 2.14 3.05 1.84 1.33 0.35 0.39 0.54 0.52 0.44 0.70 0.48
P 1.00 2.96 0.78 0.61 2.12 0.46 2.43 0.47 3.01 1.58 3.31 2.33 3.25 2.06 1.55 0.47 0.60 0.75 0.75 0.47 0.91 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.12 0.37 0.15 0.15
C2 0.06 0.00 0.25 0.19 0.01 0.16 0.02 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.07 0.28 0.24 0.29 0.18 0.17
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.06 0.14 0.11 0.16 0.20 0.25 0.07 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.32 0.74 0.51 0.50
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.24 0.19 0.22 0.16 0.26 0.23 0.15 0.02 0.01 0.01 0.08 0.54 0.21 0.28
C4 0.03 0.01 0.13 0.18 0.00 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.16 0.21 0.27 0.13 0.14
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.16 0.14 0.15 0.13 0.14 0.06 0.20 0.02 0.01 0.02 0.24 0.07 0.09
C5 0.02 0.02 0.06 0.22 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.25 0.26 0.24 0.21
C5' 0.07 0.31 0.14 0.01 0.22 0.01 0.24 0.00 0.28 0.18 0.31 0.28 0.30 0.22 0.14 0.07 0.13 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.24 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.15 0.27 0.28 0.30 0.25
C8 0.02 0.02 0.16 0.19 0.01 0.16 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.27 0.15 0.15 0.22 0.22 0.13 0.17
N1 0.04 0.01 0.20 0.22 0.01 0.14 0.01 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.11 0.23 0.26 0.28 0.25 0.21
N3 0.06 0.00 0.25 0.16 0.01 0.15 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.21 0.07 0.28 0.22 0.31 0.12 0.15
N6 0.02 0.02 0.07 0.26 0.01 0.13 0.02 0.30 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.20 0.12 0.31 0.34 0.39 0.32
N7 0.02 0.03 0.09 0.23 0.02 0.14 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.23 0.19 0.08 0.27 0.26 0.26 0.26
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.07 0.02 0.16 0.27 0.09 0.11
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.05 0.20 0.09 0.07 0.06 0.27 0.13 0.21 0.09 0.23 0.10 0.00 0.04 0.15 0.23 0.74 0.57 0.48
O3' 0.15 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.07 0.20 0.19 0.07 0.04 0.00 0.15 0.12 0.37 0.12 0.15
O4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.16 0.01 0.09 0.01 0.15 0.15 0.23 0.28 0.12 0.08 0.02 0.15 0.15 0.00 0.06 0.11 0.12 0.09
O5' 0.12 0.24 0.32 0.08 0.21 0.02 0.25 0.01 0.27 0.22 0.26 0.22 0.31 0.27 0.16 0.23 0.12 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.29 0.74 0.54 0.27 0.24 0.26 0.05 0.28 0.22 0.28 0.31 0.34 0.26 0.27 0.74 0.37 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.18 0.51 0.21 0.13 0.07 0.24 0.02 0.30 0.13 0.25 0.12 0.39 0.26 0.09 0.57 0.12 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.50 0.28 0.14 0.09 0.21 0.02 0.25 0.17 0.21 0.15 0.32 0.26 0.11 0.48 0.15 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00