ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50451

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, -0.002, 0.007, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.007 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.014
C4 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.015
N9 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.017
N6 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N7 A 0, -0.006, 0.018, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.018 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.006, 0.022, 0.050, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.022 std_dev=0.028
O4' A 0, -0.128, 0.167, 0.463, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.167 std_dev=0.295
C2' B 0, 0.055, 0.360, 0.664, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.360 std_dev=0.304
C2' A 0, -0.138, 0.184, 0.506, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.184 std_dev=0.322
C1' B 0, 0.012, 0.350, 0.689, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.350 std_dev=0.339
O4' B 0, -0.017, 0.363, 0.743, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.363 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.032, 0.474, 0.916, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.474 std_dev=0.442
C4' A 0, -0.198, 0.286, 0.771, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.286 std_dev=0.485
C3' A 0, -0.204, 0.294, 0.793, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.294 std_dev=0.498
O2' A 0, -0.260, 0.320, 0.901, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.320 std_dev=0.580
C5' A 0, -0.217, 0.403, 1.023, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.403 std_dev=0.620
N9 B 0, -0.067, 0.574, 1.215, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.574 std_dev=0.641
C4' B 0, -0.189, 0.513, 1.214, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.513 std_dev=0.701
O3' A 0, -0.316, 0.458, 1.232, 2.665 max_d=2.665 avg_d=0.458 std_dev=0.774
C5' B 0, -0.265, 0.692, 1.649, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.692 std_dev=0.957
C4 B 0, -0.163, 0.813, 1.788, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.813 std_dev=0.976
C8 B 0, -0.189, 0.817, 1.822, 2.825 max_d=2.825 avg_d=0.817 std_dev=1.005
C3' B 0, -0.252, 0.769, 1.790, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.769 std_dev=1.021
O5' B 0, -0.310, 0.865, 2.040, 3.076 max_d=3.076 avg_d=0.865 std_dev=1.175
C5 B 0, -0.243, 0.994, 2.232, 3.472 max_d=3.472 avg_d=0.994 std_dev=1.238
N7 B 0, -0.277, 1.013, 2.302, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.013 std_dev=1.289
N3 B 0, -0.269, 1.034, 2.337, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.034 std_dev=1.303
P B 0, -0.274, 1.045, 2.364, 3.350 max_d=3.350 avg_d=1.045 std_dev=1.319
O5' A 0, -0.411, 0.924, 2.259, 3.980 max_d=3.980 avg_d=0.924 std_dev=1.335
OP1 A 0, -0.295, 1.051, 2.398, 3.673 max_d=3.673 avg_d=1.051 std_dev=1.346
OP2 B 0, -0.273, 1.145, 2.563, 3.560 max_d=3.560 avg_d=1.145 std_dev=1.418
OP1 B 0, -0.260, 1.169, 2.598, 3.606 max_d=3.606 avg_d=1.169 std_dev=1.429
O3' B 0, -0.427, 1.139, 2.704, 4.081 max_d=4.081 avg_d=1.139 std_dev=1.566
C6 B 0, -0.356, 1.280, 2.916, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.280 std_dev=1.636
C2 B 0, -0.398, 1.351, 3.101, 4.437 max_d=4.437 avg_d=1.351 std_dev=1.750
P A 0, -0.583, 1.220, 3.022, 5.561 max_d=5.561 avg_d=1.220 std_dev=1.802
N1 B 0, -0.428, 1.444, 3.315, 4.561 max_d=4.561 avg_d=1.444 std_dev=1.871
N6 B 0, -0.443, 1.489, 3.420, 5.210 max_d=5.210 avg_d=1.489 std_dev=1.931
OP2 A 0, -0.869, 1.591, 4.051, 7.954 max_d=7.954 avg_d=1.591 std_dev=2.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.00 0.30 0.31 0.26 0.30
C2 0.03 0.00 0.23 0.19 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.17 0.12 0.61 0.56 0.40 0.69
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.14 0.12 0.11 0.19 0.23 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.29 0.14 0.25 0.25
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.18 0.00 0.22 0.02 0.24 0.20 0.22 0.16 0.26 0.24 0.15 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.33 0.26
C4 0.01 0.01 0.13 0.18 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.07 0.65 0.58 0.45 0.72
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.13 0.03 0.04 0.08 0.12 0.06 0.19 0.01 0.00 0.01 0.10 0.26 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.07 0.03 0.82 0.75 0.67 0.96
C5' 0.05 0.04 0.14 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.15 0.06 0.04 0.14 0.16 0.06 0.06 0.17 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.24 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.08 0.05 0.84 0.78 0.70 1.01
C8 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.12 0.07 0.85 0.74 0.70 0.95
N1 0.03 0.00 0.19 0.22 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.12 0.09 0.73 0.68 0.55 0.87
N3 0.02 0.00 0.23 0.16 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.19 0.12 0.52 0.48 0.33 0.58
N6 0.01 0.00 0.09 0.26 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.25 0.11 0.04 0.93 0.89 0.85 1.15
N7 0.00 0.01 0.07 0.24 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.14 0.04 0.93 0.86 0.84 1.11
N9 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.62 0.54 0.43 0.65
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.15 0.19 0.21 0.06 0.22 0.24 0.21 0.19 0.25 0.25 0.13 0.00 0.05 0.15 0.14 0.19 0.13 0.13
O3' 0.19 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.17 0.08 0.12 0.12 0.19 0.11 0.14 0.05 0.05 0.00 0.13 0.26 0.30 0.41 0.18
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.12 0.04 0.04 0.01 0.15 0.13 0.00 0.24 0.29 0.38 0.19
O5' 0.30 0.61 0.29 0.35 0.65 0.01 0.82 0.01 0.84 0.85 0.73 0.52 0.93 0.93 0.62 0.14 0.26 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.31 0.56 0.14 0.11 0.58 0.10 0.75 0.05 0.78 0.74 0.68 0.48 0.89 0.86 0.54 0.19 0.30 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.40 0.25 0.33 0.45 0.26 0.67 0.11 0.70 0.70 0.55 0.33 0.85 0.84 0.43 0.13 0.41 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.69 0.25 0.26 0.72 0.05 0.96 0.01 1.01 0.95 0.87 0.58 1.15 1.11 0.65 0.13 0.18 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.47 0.27 0.83 0.28 0.64 0.18 0.71 0.23 0.22 0.37 0.45 0.15 0.18 0.21 0.40 1.08 0.35 0.73 0.94 0.82 0.84
C2 0.20 0.73 0.12 0.34 0.44 0.20 0.33 0.27 0.45 0.14 0.63 0.68 0.38 0.15 0.23 0.25 0.77 0.13 0.26 0.53 0.35 0.38
C2' 0.48 0.63 0.44 0.76 0.49 0.64 0.40 0.59 0.43 0.35 0.54 0.62 0.37 0.34 0.43 0.55 0.81 0.49 0.58 0.74 0.66 0.66
C3' 0.23 0.34 0.17 0.65 0.23 0.52 0.20 0.61 0.19 0.27 0.26 0.34 0.19 0.27 0.21 0.51 0.71 0.32 0.66 0.96 0.81 0.79
C4 0.25 0.66 0.20 0.63 0.40 0.46 0.29 0.44 0.40 0.07 0.57 0.61 0.33 0.09 0.22 0.31 1.07 0.25 0.45 0.73 0.57 0.60
C4' 0.15 0.25 0.23 0.81 0.11 0.63 0.12 0.76 0.08 0.30 0.16 0.23 0.10 0.28 0.16 0.51 0.95 0.32 0.79 0.97 0.87 0.87
C5 0.23 0.81 0.17 0.57 0.48 0.37 0.39 0.35 0.53 0.17 0.72 0.73 0.49 0.23 0.26 0.26 1.10 0.19 0.35 0.71 0.49 0.54
C5' 0.16 0.30 0.25 0.82 0.13 0.63 0.10 0.73 0.10 0.26 0.22 0.26 0.06 0.23 0.15 0.49 1.03 0.32 0.75 0.96 0.84 0.84
C6 0.20 0.91 0.12 0.42 0.53 0.22 0.47 0.28 0.61 0.31 0.81 0.81 0.59 0.37 0.29 0.22 0.99 0.10 0.28 0.64 0.35 0.44
C8 0.25 0.72 0.22 0.75 0.42 0.53 0.31 0.52 0.44 0.06 0.63 0.65 0.38 0.11 0.23 0.31 1.20 0.27 0.53 0.86 0.67 0.70
N1 0.18 0.90 0.09 0.29 0.51 0.13 0.43 0.29 0.57 0.31 0.78 0.81 0.53 0.34 0.27 0.22 0.82 0.08 0.28 0.56 0.28 0.38
N3 0.25 0.59 0.19 0.55 0.37 0.41 0.27 0.40 0.35 0.09 0.50 0.56 0.28 0.09 0.23 0.32 0.90 0.26 0.42 0.62 0.53 0.54
N6 0.19 1.03 0.10 0.36 0.58 0.17 0.57 0.29 0.73 0.43 0.93 0.88 0.74 0.52 0.33 0.21 0.99 0.08 0.30 0.65 0.31 0.44
N7 0.24 0.83 0.19 0.66 0.48 0.44 0.40 0.41 0.55 0.16 0.74 0.73 0.51 0.23 0.26 0.27 1.19 0.21 0.41 0.79 0.56 0.61
N9 0.26 0.61 0.24 0.76 0.36 0.56 0.25 0.57 0.35 0.10 0.52 0.57 0.27 0.07 0.22 0.34 1.14 0.30 0.58 0.85 0.70 0.72
O2' 0.49 0.52 0.55 0.81 0.41 0.66 0.35 0.69 0.34 0.41 0.41 0.54 0.32 0.40 0.40 0.70 0.75 0.47 0.70 0.86 0.81 0.81
O3' 0.24 0.21 0.36 0.66 0.31 0.54 0.44 0.78 0.41 0.53 0.30 0.19 0.50 0.57 0.36 0.76 0.69 0.31 0.89 1.21 1.08 1.02
O4' 0.16 0.31 0.27 0.90 0.10 0.70 0.07 0.82 0.08 0.29 0.22 0.26 0.06 0.24 0.14 0.45 1.16 0.35 0.83 1.00 0.91 0.91
O5' 0.46 0.61 0.33 0.93 0.48 0.82 0.43 0.88 0.44 0.47 0.54 0.59 0.40 0.44 0.45 0.37 1.12 0.64 0.89 1.05 0.99 0.97
OP1 0.55 0.64 0.53 1.11 0.54 0.88 0.49 0.84 0.50 0.52 0.58 0.62 0.46 0.49 0.53 0.19 1.37 0.67 0.86 0.92 0.89 0.86
OP2 0.27 0.51 0.50 0.83 0.31 0.70 0.29 0.86 0.34 0.32 0.46 0.44 0.32 0.30 0.27 0.96 1.12 0.39 0.88 1.17 1.03 1.01
P 0.47 0.62 0.37 0.98 0.49 0.85 0.45 0.89 0.46 0.48 0.55 0.58 0.43 0.45 0.46 0.35 1.23 0.66 0.91 1.05 1.00 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.00 0.29 0.16 0.56 0.38
C2 0.02 0.00 0.28 0.32 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.14 0.29 0.32 0.81 0.55
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.13 0.01 0.03 0.22 0.09 0.18 0.20 0.29 0.04 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.48 0.32 0.65 0.50
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.28 0.00 0.32 0.01 0.35 0.24 0.35 0.28 0.37 0.29 0.20 0.01 0.01 0.01 0.04 0.32 0.16 0.15
C4 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.09 0.07 0.29 0.35 0.80 0.56
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.07 0.04 0.10 0.10 0.06 0.30 0.02 0.00 0.01 0.21 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.14 0.03 0.29 0.49 0.91 0.64
C5' 0.10 0.13 0.22 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.06 0.22 0.01 0.01 0.12 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.35 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.17 0.05 0.28 0.50 0.92 0.65
C8 0.01 0.01 0.18 0.24 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.12 0.10 0.30 0.50 0.88 0.63
N1 0.01 0.00 0.20 0.35 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.17 0.10 0.29 0.43 0.88 0.61
N3 0.01 0.00 0.29 0.28 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.14 0.28 0.26 0.75 0.51
N6 0.02 0.01 0.04 0.37 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.22 0.03 0.26 0.58 0.95 0.67
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.18 0.06 0.27 0.58 0.97 0.68
N9 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.04 0.01 0.30 0.33 0.74 0.53
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.17 0.30 0.29 0.06 0.28 0.33 0.19 0.08 0.34 0.37 0.20 0.00 0.06 0.21 0.35 0.22 0.68 0.38
O3' 0.25 0.17 0.03 0.01 0.09 0.02 0.14 0.22 0.17 0.12 0.17 0.16 0.22 0.18 0.04 0.06 0.00 0.21 0.29 0.85 0.51 0.53
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.10 0.14 0.03 0.06 0.01 0.21 0.21 0.00 0.11 0.05 0.32 0.20
O5' 0.29 0.29 0.48 0.04 0.29 0.01 0.29 0.01 0.28 0.30 0.29 0.28 0.26 0.27 0.30 0.35 0.29 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.32 0.32 0.32 0.35 0.21 0.49 0.12 0.50 0.50 0.43 0.26 0.58 0.58 0.33 0.22 0.85 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.56 0.81 0.65 0.16 0.80 0.05 0.91 0.01 0.92 0.88 0.88 0.75 0.95 0.97 0.74 0.68 0.51 0.32 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.38 0.55 0.50 0.15 0.56 0.02 0.64 0.02 0.65 0.63 0.61 0.51 0.67 0.68 0.53 0.38 0.53 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00