ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50452

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.014, 0.039, 0.063, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.016, 0.051, 0.085, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.039, 0.109, 0.179, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.109 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.073, 0.157, 0.241, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.157 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.086, 0.184, 0.283, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.184 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.110, 0.226, 0.341, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.226 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.094, 0.216, 0.339, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.216 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.138, 0.306, 0.474, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.306 std_dev=0.168
O3' A 0, 0.153, 0.333, 0.512, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.333 std_dev=0.179
O4' B 0, 0.258, 0.448, 0.637, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.448 std_dev=0.189
O2' B 0, 0.207, 0.397, 0.587, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.397 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.233, 0.423, 0.614, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.423 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.339, 0.545, 0.750, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.545 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.259, 0.484, 0.709, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.484 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.334, 0.566, 0.797, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.566 std_dev=0.232
P A 0, 0.191, 0.425, 0.658, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.425 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.364, 0.598, 0.832, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.598 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.369, 0.617, 0.864, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.617 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.058, 0.306, 0.554, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.306 std_dev=0.248
N9 B 0, 0.303, 0.556, 0.809, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.556 std_dev=0.253
OP1 A 0, 0.365, 0.635, 0.904, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.635 std_dev=0.269
C5' B 0, 0.459, 0.746, 1.033, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.746 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.217, 0.529, 0.841, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.529 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.302, 0.630, 0.957, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.630 std_dev=0.327
O5' B 0, 0.519, 0.861, 1.204, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.861 std_dev=0.343
C6 B 0, 0.355, 0.749, 1.144, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.749 std_dev=0.394
P B 0, 0.570, 0.965, 1.360, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.965 std_dev=0.395
N6 B 0, 0.423, 0.832, 1.242, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.832 std_dev=0.409
N3 B 0, 0.603, 1.064, 1.524, 1.774 max_d=1.774 avg_d=1.064 std_dev=0.460
C8 B 0, 0.643, 1.106, 1.568, 1.497 max_d=1.497 avg_d=1.106 std_dev=0.463
N7 B 0, 0.627, 1.102, 1.576, 1.503 max_d=1.503 avg_d=1.102 std_dev=0.474
OP2 B 0, 0.547, 1.034, 1.522, 1.635 max_d=1.635 avg_d=1.034 std_dev=0.488
N1 B 0, 0.677, 1.219, 1.761, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.219 std_dev=0.542
OP1 B 0, 0.747, 1.293, 1.839, 1.935 max_d=1.935 avg_d=1.293 std_dev=0.546
C2 B 0, 0.810, 1.416, 2.023, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.416 std_dev=0.606

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03 0.12 0.12 0.18 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.11 0.11 0.15 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.15 0.19 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.04 0.09 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.15 0.16 0.22 0.17
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03 0.11 0.12 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03 0.14 0.15 0.21 0.16
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.11 0.10 0.15 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.16 0.19 0.24 0.19
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.13 0.15 0.18 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02
O3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.05 0.06 0.08 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.03
O5' 0.04 0.12 0.02 0.04 0.11 0.01 0.14 0.01 0.15 0.11 0.14 0.11 0.16 0.13 0.09 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.12 0.04 0.05 0.11 0.05 0.15 0.05 0.16 0.12 0.15 0.10 0.19 0.15 0.08 0.06 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.18 0.04 0.03 0.15 0.02 0.19 0.01 0.22 0.13 0.21 0.15 0.24 0.18 0.11 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.13 0.02 0.03 0.11 0.01 0.15 0.01 0.17 0.11 0.16 0.11 0.19 0.15 0.08 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.12 0.14 0.09 0.14 0.15 0.20 0.11 0.27 0.09 0.12 0.16 0.26 0.15 0.12 0.13 0.14 0.24 0.28 0.21 0.23
C2 0.11 0.13 0.11 0.12 0.09 0.13 0.12 0.16 0.10 0.20 0.10 0.12 0.12 0.18 0.13 0.12 0.10 0.14 0.16 0.17 0.13 0.14
C2' 0.14 0.13 0.13 0.15 0.09 0.16 0.15 0.21 0.10 0.29 0.08 0.11 0.16 0.28 0.17 0.14 0.14 0.16 0.25 0.28 0.21 0.23
C3' 0.13 0.14 0.13 0.14 0.08 0.15 0.15 0.20 0.10 0.29 0.08 0.11 0.16 0.28 0.16 0.14 0.13 0.15 0.25 0.28 0.21 0.23
C4 0.12 0.14 0.11 0.12 0.08 0.14 0.12 0.18 0.09 0.23 0.10 0.12 0.12 0.21 0.13 0.12 0.12 0.14 0.20 0.24 0.15 0.18
C4' 0.13 0.13 0.12 0.14 0.10 0.14 0.16 0.20 0.12 0.29 0.09 0.11 0.18 0.28 0.16 0.12 0.13 0.14 0.24 0.29 0.23 0.24
C5 0.11 0.15 0.10 0.12 0.09 0.14 0.11 0.17 0.09 0.21 0.11 0.13 0.11 0.19 0.12 0.11 0.13 0.14 0.18 0.24 0.13 0.16
C5' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.14 0.16 0.19 0.12 0.27 0.10 0.13 0.18 0.27 0.16 0.14 0.12 0.14 0.23 0.30 0.24 0.24
C6 0.11 0.15 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.15 0.10 0.18 0.12 0.14 0.11 0.17 0.12 0.11 0.12 0.14 0.15 0.20 0.12 0.13
C8 0.11 0.16 0.11 0.13 0.08 0.15 0.11 0.20 0.08 0.23 0.11 0.14 0.11 0.22 0.13 0.11 0.14 0.14 0.22 0.29 0.17 0.21
N1 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.14 0.11 0.18 0.12 0.13 0.12 0.16 0.12 0.12 0.10 0.14 0.14 0.17 0.12 0.12
N3 0.12 0.13 0.11 0.13 0.09 0.14 0.12 0.18 0.10 0.23 0.09 0.12 0.13 0.22 0.14 0.13 0.11 0.14 0.19 0.21 0.15 0.17
N6 0.13 0.16 0.12 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.12 0.17 0.14 0.15 0.12 0.16 0.13 0.13 0.15 0.15 0.15 0.20 0.12 0.13
N7 0.11 0.16 0.11 0.13 0.08 0.15 0.11 0.19 0.08 0.21 0.12 0.14 0.11 0.19 0.12 0.11 0.15 0.14 0.20 0.27 0.15 0.18
N9 0.12 0.15 0.11 0.13 0.08 0.14 0.12 0.19 0.09 0.25 0.10 0.13 0.13 0.23 0.14 0.12 0.13 0.14 0.22 0.27 0.18 0.20
O2' 0.17 0.12 0.17 0.18 0.13 0.18 0.20 0.23 0.15 0.33 0.10 0.10 0.21 0.33 0.20 0.15 0.17 0.18 0.29 0.29 0.24 0.26
O3' 0.14 0.13 0.13 0.15 0.09 0.16 0.17 0.21 0.13 0.31 0.08 0.10 0.20 0.31 0.18 0.13 0.14 0.16 0.27 0.29 0.23 0.25
O4' 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.14 0.15 0.19 0.12 0.27 0.10 0.13 0.17 0.26 0.15 0.12 0.13 0.14 0.23 0.28 0.22 0.23
O5' 0.14 0.18 0.14 0.13 0.11 0.14 0.13 0.17 0.10 0.24 0.12 0.16 0.14 0.23 0.15 0.19 0.11 0.15 0.19 0.26 0.21 0.21
OP1 0.14 0.17 0.13 0.13 0.11 0.13 0.15 0.18 0.11 0.26 0.11 0.16 0.16 0.26 0.15 0.19 0.11 0.15 0.22 0.30 0.25 0.25
OP2 0.14 0.24 0.15 0.12 0.14 0.12 0.13 0.13 0.13 0.19 0.19 0.22 0.12 0.18 0.13 0.23 0.12 0.13 0.15 0.23 0.16 0.17
P 0.13 0.18 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.11 0.23 0.13 0.17 0.14 0.23 0.14 0.19 0.10 0.14 0.19 0.27 0.20 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.05 0.11 0.12 0.17 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.14 0.15 0.18 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.11 0.12 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.15 0.17 0.21 0.17
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.13 0.12 0.12 0.12
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.04 0.13 0.15 0.20 0.15
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.05 0.09 0.09 0.14 0.10
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.17 0.21 0.24 0.20
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.15 0.17 0.18 0.17
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.12 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.07 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.05
O5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.09 0.17 0.15 0.08 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.12 0.06 0.07 0.11 0.06 0.15 0.06 0.17 0.12 0.15 0.09 0.21 0.17 0.08 0.06 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.17 0.04 0.05 0.14 0.03 0.18 0.02 0.21 0.12 0.20 0.14 0.24 0.18 0.10 0.03 0.07 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.02 0.03 0.11 0.02 0.15 0.01 0.17 0.12 0.15 0.10 0.20 0.17 0.08 0.03 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00