ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50453

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.029, 0.062, 0.094, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.062 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.019, 0.057, 0.096, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.057 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.054, 0.107, 0.160, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.107 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.069, 0.133, 0.197, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.133 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.064, 0.134, 0.205, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.134 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.112, 0.204, 0.296, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.204 std_dev=0.092
O4' B 0, 0.112, 0.209, 0.307, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.209 std_dev=0.097
C1' B 0, 0.111, 0.209, 0.308, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.209 std_dev=0.098
OP2 A 0, 0.117, 0.223, 0.328, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.223 std_dev=0.105
C4' B 0, 0.119, 0.225, 0.331, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.225 std_dev=0.106
C5' A 0, 0.088, 0.197, 0.306, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.197 std_dev=0.109
P A 0, 0.104, 0.218, 0.331, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.218 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.108, 0.227, 0.346, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.227 std_dev=0.119
N9 B 0, 0.123, 0.244, 0.364, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.244 std_dev=0.120
OP1 A 0, 0.109, 0.230, 0.352, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.230 std_dev=0.121
C3' B 0, 0.125, 0.248, 0.371, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.248 std_dev=0.123
O5' A 0, 0.075, 0.206, 0.338, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.206 std_dev=0.131
O2' B 0, 0.068, 0.201, 0.334, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.201 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.140, 0.274, 0.408, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.274 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.127, 0.266, 0.404, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.266 std_dev=0.139
C8 B 0, 0.134, 0.273, 0.411, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.273 std_dev=0.139
O3' B 0, 0.122, 0.261, 0.400, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.261 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.118, 0.265, 0.413, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.265 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.140, 0.290, 0.440, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.290 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.149, 0.307, 0.464, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.307 std_dev=0.157
N7 B 0, 0.155, 0.314, 0.474, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.314 std_dev=0.160
C2 B 0, 0.122, 0.295, 0.468, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.167, 0.347, 0.527, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.347 std_dev=0.180
N1 B 0, 0.145, 0.331, 0.517, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.331 std_dev=0.186
P B 0, 0.144, 0.332, 0.520, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.332 std_dev=0.188
OP1 B 0, 0.170, 0.366, 0.561, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.366 std_dev=0.196
N6 B 0, 0.203, 0.412, 0.622, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.412 std_dev=0.209
OP2 B 0, 0.143, 0.370, 0.597, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.370 std_dev=0.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.10 0.10 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.11 0.11 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.13 0.12 0.12 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.12 0.09 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.11 0.10 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.15 0.15 0.15 0.14
N7 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.12 0.10 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06
O5' 0.03 0.09 0.02 0.03 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.11 0.07 0.15 0.14 0.08 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.08 0.03 0.04 0.07 0.03 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.06 0.15 0.12 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.10 0.02 0.12 0.06 0.11 0.06 0.15 0.10 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.09 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.14 0.11 0.04 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05
C2 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05
C2' 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04
C3' 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05
C4 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05
C4' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04
C5 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08
C5' 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05
C6 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.15 0.11 0.11
C8 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.10 0.10 0.05 0.06 0.11 0.06 0.06
N1 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09
N3 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04
N6 0.12 0.10 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.15 0.20 0.15 0.16
N7 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.08 0.13 0.08 0.09
N9 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04
O2' 0.05 0.07 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.09 0.10 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04
O3' 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.07 0.08 0.04
O4' 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05
O5' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07
OP1 0.08 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06
OP2 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.09
P 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.04 0.10 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.10 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.05 0.10 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.10 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.06 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.04 0.10 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.09 0.04
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.02
O5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.09 0.09 0.06 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.05 0.10 0.03 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00