ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50456

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.018, 0.039, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.012, 0.039, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.019, 0.049, 0.078, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.049 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.015, 0.044, 0.074, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.044 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.021, 0.054, 0.088, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.054 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.015, 0.050, 0.084, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.013, 0.051, 0.088, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.051 std_dev=0.037
O2' B 0, 0.118, 0.372, 0.626, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.372 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.234, 0.781, 1.327, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.781 std_dev=0.546
C1' B 0, 0.283, 0.886, 1.490, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.886 std_dev=0.603
O4' A 0, 0.134, 0.820, 1.505, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.820 std_dev=0.685
C2' A 0, 0.145, 0.974, 1.804, 2.021 max_d=2.021 avg_d=0.974 std_dev=0.830
N9 B 0, -0.013, 0.818, 1.650, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.818 std_dev=0.831
C4' A 0, 0.209, 1.250, 2.291, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.250 std_dev=1.041
C3' A 0, 0.195, 1.263, 2.331, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.263 std_dev=1.068
O2' A 0, 0.222, 1.420, 2.618, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.420 std_dev=1.198
OP1 A 0, 0.240, 1.471, 2.702, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.471 std_dev=1.231
C8 B 0, 0.288, 1.541, 2.794, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.541 std_dev=1.253
O3' A 0, 0.233, 1.490, 2.746, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.490 std_dev=1.257
P A 0, 0.188, 1.479, 2.771, 3.823 max_d=3.823 avg_d=1.479 std_dev=1.292
OP2 A 0, 0.134, 1.489, 2.843, 4.177 max_d=4.177 avg_d=1.489 std_dev=1.354
O5' A 0, 0.310, 1.751, 3.192, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.751 std_dev=1.441
C3' B 0, 0.418, 1.903, 3.388, 3.375 max_d=3.375 avg_d=1.903 std_dev=1.485
C5' A 0, 0.288, 1.848, 3.408, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.848 std_dev=1.560
C4 B 0, 0.477, 2.043, 3.609, 3.842 max_d=3.842 avg_d=2.043 std_dev=1.566
O3' B 0, 0.320, 1.932, 3.545, 4.743 max_d=4.743 avg_d=1.932 std_dev=1.613
O4' B 0, 0.195, 1.812, 3.428, 3.760 max_d=3.760 avg_d=1.812 std_dev=1.617
N7 B 0, 0.372, 2.175, 3.979, 5.173 max_d=5.173 avg_d=2.175 std_dev=1.804
C5 B 0, 0.506, 2.486, 4.466, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.486 std_dev=1.980
C4' B 0, 0.413, 2.550, 4.688, 4.890 max_d=4.890 avg_d=2.550 std_dev=2.138
N3 B 0, 0.613, 3.009, 5.405, 5.540 max_d=5.540 avg_d=3.009 std_dev=2.396
C6 B 0, 0.744, 3.699, 6.653, 6.500 max_d=6.500 avg_d=3.699 std_dev=2.954
C5' B 0, 0.416, 3.573, 6.729, 7.094 max_d=7.094 avg_d=3.573 std_dev=3.156
C2 B 0, 0.752, 4.128, 7.503, 7.746 max_d=7.746 avg_d=4.128 std_dev=3.375
N6 B 0, 0.843, 4.349, 7.854, 7.916 max_d=7.916 avg_d=4.349 std_dev=3.505
N1 B 0, 0.840, 4.454, 8.068, 8.233 max_d=8.233 avg_d=4.454 std_dev=3.614
O5' B 0, 0.406, 4.192, 7.977, 8.357 max_d=8.357 avg_d=4.192 std_dev=3.785
P B 0, 0.616, 5.802, 10.987, 11.366 max_d=11.366 avg_d=5.802 std_dev=5.185
OP1 B 0, 0.757, 6.309, 11.860, 12.276 max_d=12.276 avg_d=6.309 std_dev=5.551
OP2 B 0, 0.771, 6.448, 12.125, 12.475 max_d=12.475 avg_d=6.448 std_dev=5.677

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.23 0.67 0.54 0.39
C2 0.05 0.00 0.45 0.38 0.01 0.10 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.24 0.28 0.35 0.63 0.48 0.39
C2' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.23 0.02 0.10 0.18 0.20 0.26 0.35 0.45 0.13 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.41 1.20 0.96 0.84
C3' 0.02 0.38 0.00 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.37 0.22 0.39 0.33 0.37 0.28 0.21 0.02 0.02 0.03 0.03 0.94 0.35 0.42
C4 0.03 0.01 0.23 0.30 0.00 0.03 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.15 0.29 0.61 0.51 0.35
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.17 0.07 0.10 0.06 0.14 0.06 0.31 0.02 0.00 0.01 0.43 0.18 0.15
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.06 0.28 0.64 0.51 0.34
C5' 0.09 0.28 0.18 0.02 0.19 0.00 0.16 0.00 0.20 0.11 0.26 0.26 0.19 0.11 0.10 0.13 0.21 0.02 0.00 0.16 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.37 0.01 0.05 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.25 0.13 0.31 0.67 0.49 0.36
C8 0.02 0.01 0.26 0.22 0.00 0.17 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.48 0.14 0.18 0.17 0.59 0.56 0.27
N1 0.04 0.01 0.35 0.39 0.01 0.07 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.26 0.22 0.34 0.65 0.48 0.38
N3 0.06 0.00 0.45 0.33 0.00 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.36 0.19 0.28 0.33 0.62 0.49 0.38
N6 0.02 0.02 0.13 0.37 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.29 0.08 0.30 0.71 0.49 0.36
N7 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01 0.14 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.44 0.20 0.10 0.21 0.66 0.54 0.30
N9 0.00 0.01 0.02 0.21 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.04 0.01 0.23 0.59 0.52 0.33
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.06 0.31 0.19 0.13 0.11 0.48 0.16 0.36 0.21 0.44 0.17 0.00 0.04 0.21 0.25 1.18 1.04 0.78
O3' 0.20 0.24 0.02 0.02 0.14 0.02 0.19 0.21 0.25 0.14 0.26 0.19 0.29 0.20 0.04 0.04 0.00 0.14 0.27 0.74 0.24 0.14
O4' 0.00 0.28 0.01 0.03 0.15 0.00 0.06 0.02 0.13 0.18 0.22 0.28 0.08 0.10 0.01 0.21 0.14 0.00 0.09 0.30 0.16 0.10
O5' 0.23 0.35 0.41 0.03 0.29 0.01 0.28 0.00 0.31 0.17 0.34 0.33 0.30 0.21 0.23 0.25 0.27 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.67 0.63 1.20 0.94 0.61 0.43 0.64 0.16 0.67 0.59 0.65 0.62 0.71 0.66 0.59 1.18 0.74 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.48 0.96 0.35 0.51 0.18 0.51 0.28 0.49 0.56 0.48 0.49 0.49 0.54 0.52 1.04 0.24 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.39 0.84 0.42 0.35 0.15 0.34 0.02 0.36 0.27 0.38 0.38 0.36 0.30 0.33 0.78 0.14 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 2.53 0.39 0.93 1.23 1.10 1.11 1.84 1.56 0.96 2.23 2.09 1.48 1.05 0.58 0.09 1.15 0.39 2.45 3.37 4.33 3.37
C2 0.17 0.86 0.28 0.65 0.38 0.59 0.49 0.80 0.49 0.76 0.62 0.82 0.61 0.82 0.29 0.12 0.91 0.32 1.18 1.71 2.38 1.69
C2' 0.77 3.22 0.30 0.81 1.65 1.30 1.32 1.89 1.98 0.27 2.87 2.68 1.77 0.52 0.74 0.61 1.17 0.88 2.36 3.45 4.23 3.39
C3' 0.47 2.97 0.23 0.90 1.32 1.39 1.08 2.11 1.76 0.68 2.67 2.35 1.63 0.75 0.40 0.45 1.14 0.87 2.68 3.63 4.54 3.67
C4 0.18 1.65 0.39 0.87 0.75 0.85 0.70 1.37 0.92 0.90 1.36 1.43 0.92 0.93 0.39 0.12 1.05 0.31 1.91 2.73 3.53 2.68
C4' 0.18 2.71 0.45 0.96 1.24 1.27 1.23 2.05 1.76 1.16 2.48 2.12 1.77 1.30 0.58 0.20 1.16 0.60 2.65 3.52 4.47 3.54
C5 0.13 1.41 0.36 0.84 0.58 0.74 0.55 1.22 0.72 0.83 1.12 1.21 0.74 0.86 0.30 0.14 0.95 0.30 1.75 2.62 3.37 2.54
C5' 0.12 2.57 0.54 1.04 1.14 1.29 1.22 2.05 1.71 1.24 2.38 1.97 1.79 1.39 0.58 0.32 1.20 0.64 2.65 3.55 4.49 3.55
C6 0.13 0.94 0.30 0.71 0.32 0.55 0.38 0.87 0.40 0.74 0.66 0.84 0.51 0.77 0.22 0.16 0.79 0.30 1.33 2.10 2.77 2.01
C8 0.17 2.03 0.42 0.98 0.90 0.98 0.83 1.65 1.17 0.93 1.75 1.67 1.14 0.96 0.42 0.13 1.08 0.36 2.25 3.29 4.12 3.21
N1 0.14 0.64 0.26 0.59 0.20 0.47 0.38 0.64 0.32 0.69 0.38 0.61 0.50 0.75 0.22 0.15 0.73 0.32 1.02 1.63 2.28 1.58
N3 0.22 1.45 0.36 0.80 0.70 0.79 0.68 1.20 0.83 0.89 1.16 1.30 0.85 0.93 0.40 0.13 1.06 0.30 1.68 2.30 3.05 2.29
N6 0.15 0.78 0.28 0.65 0.20 0.46 0.30 0.74 0.25 0.69 0.48 0.70 0.40 0.72 0.18 0.19 0.68 0.30 1.18 1.98 2.62 1.87
N7 0.13 1.68 0.39 0.92 0.70 0.84 0.64 1.42 0.90 0.86 1.39 1.40 0.89 0.88 0.33 0.14 0.99 0.32 1.99 2.99 3.76 2.89
N9 0.21 2.09 0.42 0.95 0.97 1.00 0.89 1.65 1.23 0.95 1.79 1.75 1.19 1.00 0.47 0.12 1.11 0.36 2.25 3.18 4.07 3.15
O2' 0.87 3.72 0.30 0.80 2.05 1.30 1.79 2.01 2.52 0.34 3.43 3.07 2.32 0.78 1.04 0.57 1.14 0.84 2.46 3.76 4.26 3.58
O3' 0.35 2.97 0.41 1.06 1.19 1.63 1.06 2.47 1.81 0.92 2.75 2.22 1.73 0.88 0.30 0.39 1.14 1.08 3.12 4.02 4.89 4.12
O4' 0.34 2.39 0.70 1.08 1.21 1.17 1.32 1.94 1.66 1.42 2.18 1.91 1.74 1.55 0.80 0.40 1.21 0.46 2.58 3.38 4.39 3.41
O5' 0.15 2.35 0.57 1.14 0.93 1.38 0.98 2.11 1.44 1.17 2.13 1.79 1.50 1.24 0.42 0.41 1.28 0.76 2.71 3.67 4.61 3.66
OP1 0.45 2.31 0.96 1.56 0.92 1.72 1.14 2.61 1.57 1.54 2.19 1.65 1.70 1.55 0.72 0.70 1.59 1.01 3.33 4.40 5.34 4.40
OP2 0.29 2.15 0.79 1.35 0.78 1.49 0.87 2.32 1.28 1.28 1.94 1.59 1.33 1.25 0.50 0.50 1.26 0.87 2.98 4.10 4.98 4.04
P 0.23 2.24 0.70 1.30 0.82 1.48 0.91 2.27 1.35 1.24 2.04 1.67 1.43 1.27 0.43 0.51 1.36 0.84 2.91 3.95 4.89 3.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.32 0.01 0.31 0.44 0.39 0.30
C2 0.03 0.00 0.33 0.30 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.23 0.39 0.45 0.61 0.43
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.18 0.02 0.09 0.16 0.16 0.16 0.27 0.32 0.13 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.59 0.83 0.87 0.74
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.32 0.01 0.41 0.03 0.44 0.35 0.39 0.24 0.49 0.42 0.26 0.02 0.01 0.02 0.36 0.68 0.40 0.47
C4 0.02 0.01 0.18 0.32 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.12 0.40 0.45 0.58 0.43
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.15 0.27 0.07 0.07 0.21 0.27 0.13 0.34 0.01 0.01 0.04 0.27 0.10 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.41 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.30 0.13 0.06 0.45 0.49 0.69 0.52
C5' 0.04 0.13 0.16 0.03 0.17 0.01 0.28 0.00 0.28 0.35 0.20 0.11 0.35 0.38 0.18 0.14 0.22 0.03 0.01 0.25 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.16 0.44 0.01 0.15 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.14 0.10 0.45 0.51 0.74 0.54
C8 0.01 0.01 0.16 0.35 0.01 0.27 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.39 0.17 0.14 0.46 0.48 0.60 0.50
N1 0.02 0.00 0.27 0.39 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.11 0.18 0.42 0.48 0.69 0.49
N3 0.03 0.00 0.32 0.24 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.25 0.23 0.37 0.45 0.54 0.39
N6 0.01 0.01 0.13 0.49 0.01 0.21 0.02 0.35 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.23 0.07 0.47 0.56 0.82 0.61
N7 0.01 0.01 0.08 0.42 0.00 0.27 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.41 0.24 0.07 0.48 0.54 0.72 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.26 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.07 0.01 0.40 0.43 0.51 0.40
O2' 0.05 0.09 0.00 0.02 0.16 0.34 0.30 0.14 0.27 0.39 0.16 0.08 0.33 0.41 0.21 0.00 0.05 0.28 0.28 0.63 0.80 0.51
O3' 0.32 0.19 0.03 0.01 0.10 0.01 0.13 0.22 0.14 0.17 0.11 0.25 0.23 0.24 0.07 0.05 0.00 0.21 0.40 0.29 0.21 0.24
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.03 0.10 0.14 0.18 0.23 0.07 0.07 0.01 0.28 0.21 0.00 0.29 0.29 0.25 0.22
O5' 0.31 0.39 0.59 0.36 0.40 0.04 0.45 0.01 0.45 0.46 0.42 0.37 0.47 0.48 0.40 0.28 0.40 0.29 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.44 0.45 0.83 0.68 0.45 0.27 0.49 0.25 0.51 0.48 0.48 0.45 0.56 0.54 0.43 0.63 0.29 0.29 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.61 0.87 0.40 0.58 0.10 0.69 0.29 0.74 0.60 0.69 0.54 0.82 0.72 0.51 0.80 0.21 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.43 0.74 0.47 0.43 0.07 0.52 0.02 0.54 0.50 0.49 0.39 0.61 0.58 0.40 0.51 0.24 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00