ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50457

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.003, 0.018, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.053, 0.187, 0.320, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.187 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.051, 0.190, 0.330, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.190 std_dev=0.139
O2' A 0, 0.111, 0.293, 0.475, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.293 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.169, 0.438, 0.707, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.438 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.159, 0.444, 0.729, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.444 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.317, 0.615, 0.913, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.615 std_dev=0.298
O3' A 0, 0.248, 0.604, 0.960, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.604 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.423, 0.846, 1.269, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.846 std_dev=0.423
C5' A 0, 0.312, 0.767, 1.223, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.767 std_dev=0.455
O5' A 0, 0.548, 1.112, 1.677, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.112 std_dev=0.565
OP1 A 0, 0.625, 1.340, 2.054, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.340 std_dev=0.715
C3' B 0, 0.667, 1.425, 2.182, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.425 std_dev=0.758
P A 0, 0.536, 1.322, 2.108, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.322 std_dev=0.786
OP2 A 0, 0.406, 1.469, 2.531, 2.879 max_d=2.879 avg_d=1.469 std_dev=1.063
C1' B 0, 0.771, 2.397, 4.022, 4.094 max_d=4.094 avg_d=2.397 std_dev=1.626
O3' B 0, 0.843, 2.480, 4.116, 4.125 max_d=4.125 avg_d=2.480 std_dev=1.636
C4' B 0, 0.951, 2.806, 4.661, 4.870 max_d=4.870 avg_d=2.806 std_dev=1.855
O5' B 0, 1.693, 3.671, 5.649, 5.908 max_d=5.908 avg_d=3.671 std_dev=1.978
O4' B 0, 0.998, 3.122, 5.246, 5.394 max_d=5.394 avg_d=3.122 std_dev=2.124
OP2 B 0, 2.183, 4.369, 6.555, 7.776 max_d=7.776 avg_d=4.369 std_dev=2.186
N9 B 0, 0.955, 3.165, 5.375, 5.457 max_d=5.457 avg_d=3.165 std_dev=2.210
C8 B 0, 1.093, 3.387, 5.681, 6.368 max_d=6.368 avg_d=3.387 std_dev=2.294
P B 0, 2.429, 4.980, 7.530, 8.011 max_d=8.011 avg_d=4.980 std_dev=2.551
C5' B 0, 1.150, 3.860, 6.569, 6.741 max_d=6.741 avg_d=3.860 std_dev=2.709
N7 B 0, 1.402, 4.418, 7.434, 7.795 max_d=7.795 avg_d=4.418 std_dev=3.016
C4 B 0, 1.163, 4.244, 7.325, 6.966 max_d=6.966 avg_d=4.244 std_dev=3.081
OP1 B 0, 2.810, 6.049, 9.288, 8.928 max_d=8.928 avg_d=6.049 std_dev=3.239
N3 B 0, 1.197, 4.630, 8.063, 7.890 max_d=7.890 avg_d=4.630 std_dev=3.433
C5 B 0, 1.455, 5.071, 8.688, 8.216 max_d=8.216 avg_d=5.071 std_dev=3.616
C2 B 0, 1.579, 6.065, 10.551, 10.367 max_d=10.367 avg_d=6.065 std_dev=4.486
C6 B 0, 1.809, 6.516, 11.223, 10.809 max_d=10.809 avg_d=6.516 std_dev=4.707
N1 B 0, 1.861, 7.013, 12.165, 11.877 max_d=11.877 avg_d=7.013 std_dev=5.152
N6 B 0, 2.157, 7.505, 12.854, 12.348 max_d=12.348 avg_d=7.505 std_dev=5.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.28 0.10 0.16
C2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.05 0.10 0.16 0.38 0.13
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.16 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.34 0.09
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.11 0.18 0.18 0.17 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.29 0.13 0.44 0.24
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.02 0.11 0.15 0.35 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.10 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.25 0.05 0.11
C5 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.16 0.01 0.16 0.18 0.46 0.22
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.17 0.17 0.13 0.08 0.20 0.20 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.02 0.16 0.20 0.51 0.24
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.17 0.18 0.38 0.20
N1 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.04 0.13 0.16 0.47 0.19
N3 0.03 0.00 0.16 0.18 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.05 0.08 0.18 0.31 0.11
N6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01 0.19 0.27 0.58 0.31
N7 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.20 0.24 0.50 0.28
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.10 0.16 0.27 0.12
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.10 0.06 0.08 0.05 0.12 0.04 0.16 0.17 0.10 0.04 0.03 0.00 0.03 0.08 0.04 0.35 0.13 0.16
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.15 0.01 0.16 0.03 0.20 0.12 0.23 0.21 0.20 0.14 0.07 0.03 0.00 0.01 0.33 0.21 0.48 0.30
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.16 0.41 0.11 0.29
O5' 0.04 0.10 0.17 0.29 0.11 0.01 0.16 0.01 0.16 0.17 0.13 0.08 0.19 0.20 0.10 0.04 0.33 0.16 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.28 0.16 0.10 0.13 0.15 0.25 0.18 0.08 0.20 0.18 0.16 0.18 0.27 0.24 0.16 0.35 0.21 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.38 0.34 0.44 0.35 0.05 0.46 0.10 0.51 0.38 0.47 0.31 0.58 0.50 0.27 0.13 0.48 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.13 0.09 0.24 0.14 0.11 0.22 0.01 0.24 0.20 0.19 0.11 0.31 0.28 0.12 0.16 0.30 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 2.31 0.24 0.70 1.43 1.12 1.48 1.46 1.92 0.79 2.31 1.85 1.95 1.08 0.91 0.24 1.18 0.77 1.07 1.51 1.26 1.28
C2 0.42 0.88 0.21 0.28 0.69 0.52 0.71 0.62 0.80 0.51 0.88 0.79 0.81 0.60 0.54 0.13 0.41 0.45 0.43 0.44 0.52 0.38
C2' 0.57 2.57 0.19 0.74 1.49 1.34 1.57 1.77 2.10 0.79 2.58 1.99 2.15 1.11 0.87 0.15 1.18 0.95 1.43 1.98 1.63 1.72
C3' 0.53 2.66 0.19 0.75 1.50 1.40 1.63 1.88 2.23 0.78 2.74 2.01 2.32 1.14 0.85 0.17 1.17 0.99 1.54 2.18 1.77 1.88
C4 0.52 1.38 0.21 0.46 0.95 0.79 0.98 1.00 1.20 0.65 1.38 1.15 1.22 0.80 0.68 0.16 0.72 0.62 0.70 0.78 0.84 0.75
C4' 0.64 2.82 0.25 0.75 1.68 1.29 1.80 1.75 2.40 0.88 2.90 2.17 2.50 1.28 1.01 0.25 1.26 0.86 1.34 2.03 1.58 1.67
C5 0.49 1.16 0.21 0.34 0.86 0.63 0.93 0.81 1.09 0.67 1.20 0.97 1.13 0.81 0.66 0.13 0.52 0.57 0.54 0.55 0.69 0.54
C5' 0.60 2.73 0.23 0.75 1.61 1.28 1.75 1.75 2.37 0.86 2.85 2.08 2.49 1.25 0.96 0.25 1.23 0.85 1.33 2.02 1.58 1.67
C6 0.46 1.05 0.21 0.23 0.82 0.43 0.89 0.54 1.03 0.65 1.10 0.89 1.07 0.79 0.64 0.16 0.39 0.46 0.33 0.46 0.47 0.29
C8 0.56 1.62 0.22 0.50 1.08 0.88 1.15 1.15 1.43 0.75 1.66 1.31 1.49 0.93 0.76 0.16 0.81 0.70 0.81 0.98 0.99 0.91
N1 0.43 1.00 0.21 0.22 0.78 0.37 0.82 0.43 0.94 0.58 1.01 0.87 0.96 0.71 0.59 0.17 0.38 0.41 0.27 0.51 0.38 0.24
N3 0.49 1.30 0.21 0.46 0.89 0.78 0.89 0.95 1.09 0.57 1.27 1.11 1.09 0.70 0.63 0.17 0.72 0.58 0.68 0.75 0.79 0.71
N6 0.46 1.21 0.22 0.22 0.91 0.33 1.01 0.40 1.19 0.71 1.28 1.00 1.25 0.88 0.68 0.19 0.44 0.42 0.24 0.62 0.38 0.25
N7 0.52 1.30 0.21 0.38 0.94 0.71 1.02 0.93 1.22 0.73 1.36 1.07 1.28 0.88 0.71 0.13 0.60 0.62 0.63 0.66 0.80 0.66
N9 0.57 1.78 0.22 0.57 1.14 0.95 1.19 1.23 1.51 0.72 1.78 1.44 1.54 0.92 0.77 0.19 0.92 0.71 0.88 1.11 1.05 1.00
O2' 0.73 3.16 0.31 0.71 1.89 1.34 1.97 1.82 2.59 0.98 3.15 2.49 2.62 1.39 1.14 0.18 1.25 0.94 1.47 2.20 1.70 1.84
O3' 0.52 2.98 0.21 0.76 1.65 1.51 1.81 2.07 2.52 0.81 3.10 2.21 2.65 1.24 0.89 0.15 1.16 1.08 1.77 2.57 2.03 2.21
O4' 0.66 2.50 0.26 0.73 1.54 1.13 1.62 1.50 2.11 0.84 2.54 1.98 2.18 1.17 0.97 0.29 1.25 0.75 1.07 1.61 1.28 1.31
O5' 0.60 2.48 0.21 0.67 1.49 1.18 1.62 1.60 2.16 0.85 2.59 1.90 2.28 1.19 0.92 0.21 1.13 0.84 1.22 1.78 1.47 1.50
OP1 0.48 2.57 0.24 0.95 1.44 1.41 1.60 1.91 2.25 0.71 2.73 1.90 2.40 1.10 0.79 0.33 1.49 0.90 1.53 2.32 1.85 1.90
OP2 0.72 2.37 0.34 0.48 1.51 0.99 1.64 1.38 2.13 0.96 2.49 1.86 2.25 1.27 1.02 0.28 0.88 0.83 1.04 1.49 1.30 1.29
P 0.54 2.38 0.18 0.78 1.39 1.23 1.52 1.67 2.07 0.76 2.50 1.79 2.20 1.09 0.82 0.25 1.28 0.83 1.28 1.90 1.56 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.26 0.12
C2 0.04 0.00 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.18 0.11 0.56 0.31
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.11 0.33 0.17
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.13 0.14 0.09 0.17 0.15 0.09 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.32 0.25
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.19 0.13 0.54 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.08 0.04 0.14 0.15 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.24 0.08 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.02 0.23 0.27 0.66 0.43
C5' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.16 0.01 0.23 0.00 0.24 0.25 0.19 0.10 0.29 0.29 0.15 0.04 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.15 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.23 0.29 0.69 0.44
C8 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.13 0.05 0.23 0.26 0.59 0.42
N1 0.03 0.00 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.04 0.21 0.21 0.64 0.38
N3 0.04 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.10 0.05 0.16 0.05 0.49 0.26
N6 0.02 0.01 0.03 0.17 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.17 0.03 0.25 0.38 0.76 0.50
N7 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.04 0.25 0.35 0.70 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.18 0.10 0.46 0.29
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.11 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.03 0.37 0.10 0.09
O3' 0.02 0.12 0.02 0.00 0.10 0.02 0.14 0.01 0.15 0.13 0.14 0.10 0.17 0.15 0.08 0.03 0.00 0.02 0.26 0.22 0.29 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.07 0.19 0.14 0.10
O5' 0.08 0.18 0.21 0.31 0.19 0.02 0.23 0.01 0.23 0.23 0.21 0.16 0.25 0.25 0.18 0.03 0.26 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.11 0.11 0.15 0.13 0.24 0.27 0.11 0.29 0.26 0.21 0.05 0.38 0.35 0.10 0.37 0.22 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.56 0.33 0.32 0.54 0.08 0.66 0.23 0.69 0.59 0.64 0.49 0.76 0.70 0.46 0.10 0.29 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.31 0.17 0.25 0.32 0.07 0.43 0.01 0.44 0.42 0.38 0.26 0.50 0.49 0.29 0.09 0.19 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00