ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50460

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.023, 0.055, 0.088, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.055 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.028, 0.061, 0.094, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.061 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.023, 0.071, 0.120, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.071 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.039, 0.119, 0.198, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.119 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.050, 0.140, 0.230, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.140 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.055, 0.157, 0.259, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.157 std_dev=0.102
C5' A 0, 0.060, 0.182, 0.304, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.182 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.072, 0.229, 0.386, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.229 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.088, 0.294, 0.500, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.294 std_dev=0.206
P A 0, 0.092, 0.381, 0.671, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.381 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.123, 0.480, 0.836, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.480 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.126, 0.674, 1.221, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.674 std_dev=0.547
C3' B 0, 0.213, 0.769, 1.325, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.769 std_dev=0.556
OP1 A 0, 0.101, 0.921, 1.742, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.921 std_dev=0.820
C4' B 0, 0.331, 1.602, 2.873, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.602 std_dev=1.271
OP2 A 0, 0.151, 1.522, 2.893, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.522 std_dev=1.371
C1' B 0, 0.284, 1.743, 3.202, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.743 std_dev=1.459
C5' B 0, 0.181, 1.670, 3.160, 4.522 max_d=4.522 avg_d=1.670 std_dev=1.489
O3' B 0, 0.171, 1.860, 3.549, 4.074 max_d=4.074 avg_d=1.860 std_dev=1.689
O5' B 0, 0.353, 2.142, 3.932, 4.895 max_d=4.895 avg_d=2.142 std_dev=1.789
O4' B 0, 0.382, 2.178, 3.975, 3.961 max_d=3.961 avg_d=2.178 std_dev=1.796
OP1 B 0, 0.334, 2.396, 4.458, 5.692 max_d=5.692 avg_d=2.396 std_dev=2.062
P B 0, 0.271, 2.352, 4.434, 5.844 max_d=5.844 avg_d=2.352 std_dev=2.082
OP2 B 0, 0.176, 2.262, 4.348, 6.043 max_d=6.043 avg_d=2.262 std_dev=2.086
N9 B 0, 0.342, 2.614, 4.886, 5.096 max_d=5.096 avg_d=2.614 std_dev=2.272
N3 B 0, 0.313, 2.611, 4.909, 5.428 max_d=5.428 avg_d=2.611 std_dev=2.298
C4 B 0, 0.355, 3.035, 5.714, 5.790 max_d=5.790 avg_d=3.035 std_dev=2.680
C2 B 0, 0.292, 3.415, 6.537, 7.614 max_d=7.614 avg_d=3.415 std_dev=3.122
C8 B 0, 0.377, 3.503, 6.629, 6.867 max_d=6.867 avg_d=3.503 std_dev=3.126
C5 B 0, 0.382, 4.161, 7.940, 8.100 max_d=8.100 avg_d=4.161 std_dev=3.779
N7 B 0, 0.393, 4.421, 8.448, 8.756 max_d=8.756 avg_d=4.421 std_dev=4.028
N1 B 0, 0.348, 4.501, 8.654, 9.478 max_d=9.478 avg_d=4.501 std_dev=4.153
C6 B 0, 0.393, 4.907, 9.422, 9.478 max_d=9.478 avg_d=4.907 std_dev=4.515
N6 B 0, 0.425, 6.045, 11.665, 11.743 max_d=11.743 avg_d=6.045 std_dev=5.620

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.17 0.21 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.04 0.01 0.08 0.22 0.65 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.09 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.03 0.02 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.28 0.16 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.25 0.62 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.16 0.29 0.86 0.16
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.06 0.02 0.12 0.12 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.12 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.16 0.28 0.94 0.17
C8 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.19 0.32 0.75 0.16
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.12 0.24 0.83 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.06 0.21 0.52 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.04 0.19 0.29 1.10 0.21
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.21 0.34 0.97 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.25 0.51 0.08
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.11 0.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.19 0.13 0.03
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.05 0.10 0.02 0.05 0.08 0.11 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.50 0.37 0.07
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.22 0.08 0.05
O5' 0.05 0.08 0.01 0.04 0.10 0.01 0.16 0.01 0.16 0.19 0.12 0.06 0.19 0.21 0.11 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.22 0.14 0.28 0.25 0.11 0.29 0.12 0.28 0.32 0.24 0.21 0.29 0.34 0.25 0.19 0.50 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.65 0.09 0.16 0.62 0.20 0.86 0.32 0.94 0.75 0.83 0.52 1.10 0.97 0.51 0.13 0.37 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.05 0.10 0.02 0.16 0.02 0.17 0.16 0.13 0.06 0.21 0.20 0.08 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.74 2.84 0.13 0.38 1.90 1.06 2.37 1.32 3.04 1.54 3.32 2.05 3.36 2.06 1.31 0.20 0.48 1.00 1.29 1.24 1.29 1.37
C2 0.47 1.33 0.01 0.30 0.93 0.98 1.20 1.02 1.46 0.89 1.53 0.96 1.59 1.12 0.65 0.13 0.28 0.97 0.93 0.68 0.98 0.93
C2' 0.83 2.99 0.16 0.46 2.12 1.13 2.74 1.45 3.49 1.85 3.67 2.16 3.95 2.47 1.51 0.18 0.72 1.10 1.41 1.38 1.43 1.51
C3' 0.82 2.93 0.16 0.47 2.08 1.16 2.73 1.49 3.50 1.88 3.63 2.09 4.05 2.50 1.49 0.18 0.72 1.14 1.45 1.44 1.50 1.58
C4 0.50 1.98 0.04 0.31 1.29 1.02 1.65 1.18 2.10 1.09 2.28 1.41 2.31 1.46 0.86 0.15 0.29 0.96 1.08 0.93 1.12 1.12
C4' 0.80 2.98 0.14 0.41 2.04 1.09 2.60 1.41 3.37 1.72 3.59 2.14 3.85 2.32 1.42 0.19 0.57 1.07 1.39 1.39 1.41 1.50
C5 0.43 1.46 0.06 0.26 0.88 0.97 1.21 1.08 1.60 0.81 1.73 0.97 1.82 1.10 0.57 0.10 0.17 0.96 0.93 0.76 1.01 0.97
C5' 0.76 2.83 0.13 0.39 1.92 1.10 2.48 1.41 3.22 1.65 3.42 2.02 3.71 2.22 1.34 0.19 0.51 1.07 1.38 1.37 1.42 1.50
C6 0.50 0.86 0.12 0.21 0.47 0.92 0.77 0.95 1.04 0.60 1.09 0.49 1.22 0.76 0.37 0.12 0.12 1.01 0.76 0.56 0.87 0.77
C8 0.48 2.06 0.05 0.30 1.29 1.01 1.69 1.21 2.22 1.08 2.42 1.42 2.51 1.48 0.84 0.14 0.25 0.95 1.10 1.00 1.16 1.17
N1 0.52 0.74 0.12 0.21 0.44 0.91 0.72 0.90 0.93 0.61 0.94 0.42 1.08 0.74 0.39 0.14 0.15 1.01 0.74 0.50 0.84 0.73
N3 0.57 2.04 0.07 0.35 1.43 1.03 1.75 1.17 2.15 1.20 2.30 1.52 2.29 1.55 0.98 0.17 0.38 0.96 1.11 0.92 1.12 1.13
N6 0.62 0.41 0.19 0.16 0.21 0.88 0.46 0.86 0.64 0.49 0.63 0.12 0.83 0.54 0.38 0.16 0.15 1.07 0.62 0.44 0.74 0.61
N7 0.42 1.59 0.06 0.26 0.95 0.97 1.30 1.12 1.74 0.84 1.90 1.05 2.00 1.16 0.59 0.10 0.16 0.96 0.96 0.83 1.05 1.02
N9 0.58 2.35 0.08 0.33 1.54 1.04 1.94 1.25 2.51 1.27 2.73 1.67 2.78 1.70 1.03 0.17 0.34 0.97 1.17 1.07 1.21 1.24
O2' 0.91 3.28 0.18 0.51 2.35 1.07 3.01 1.40 3.86 2.00 4.06 2.39 4.36 2.68 1.67 0.16 0.86 1.06 1.41 1.43 1.39 1.51
O3' 0.88 3.05 0.17 0.52 2.23 1.17 2.97 1.54 3.79 2.07 3.84 2.19 4.47 2.77 1.63 0.18 0.90 1.16 1.52 1.55 1.58 1.67
O4' 0.74 2.85 0.13 0.36 1.89 1.04 2.35 1.30 3.05 1.51 3.34 2.06 3.41 2.04 1.29 0.21 0.43 0.99 1.29 1.27 1.30 1.38
O5' 0.71 2.57 0.14 0.38 1.74 1.12 2.27 1.42 2.95 1.55 3.12 1.81 3.42 2.07 1.22 0.20 0.43 1.10 1.35 1.30 1.42 1.46
OP1 0.46 2.39 0.17 0.49 1.49 1.18 2.03 1.52 2.74 1.28 2.93 1.62 3.26 1.82 0.94 0.17 0.57 1.04 1.34 1.46 1.50 1.54
OP2 1.18 2.30 0.59 0.64 1.79 1.40 2.31 1.69 2.82 1.89 2.85 1.69 3.28 2.27 1.52 0.66 0.37 1.57 1.74 1.55 1.84 1.83
P 0.68 2.41 0.13 0.37 1.62 1.13 2.15 1.43 2.80 1.48 2.95 1.68 3.28 1.98 1.15 0.20 0.39 1.12 1.34 1.29 1.44 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.35 0.37 0.37 0.37
C2 0.06 0.00 0.27 0.32 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.25 0.19 0.12 0.51 0.78 0.77 0.66
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.21 0.11 0.15 0.20 0.28 0.08 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.65 0.42 0.70 0.67
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.29 0.01 0.34 0.01 0.37 0.27 0.36 0.28 0.41 0.33 0.22 0.03 0.01 0.03 0.33 0.28 0.48 0.26
C4 0.02 0.02 0.14 0.29 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.07 0.06 0.53 0.85 0.74 0.69
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.13 0.14 0.09 0.06 0.16 0.15 0.08 0.31 0.02 0.01 0.01 0.35 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.34 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.07 0.02 0.60 1.15 0.94 0.86
C5' 0.07 0.07 0.21 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.12 0.16 0.09 0.05 0.16 0.16 0.06 0.09 0.22 0.02 0.01 0.35 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.10 0.04 0.60 1.17 1.01 0.88
C8 0.02 0.02 0.15 0.27 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.32 0.15 0.08 0.63 1.19 0.83 0.87
N1 0.05 0.00 0.20 0.36 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.34 0.13 0.10 0.57 1.00 0.92 0.79
N3 0.06 0.00 0.28 0.28 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.19 0.21 0.13 0.48 0.66 0.66 0.58
N6 0.01 0.02 0.08 0.41 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.41 0.15 0.02 0.62 1.33 1.13 0.97
N7 0.01 0.02 0.09 0.33 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.38 0.16 0.06 0.65 1.37 1.02 0.98
N9 0.01 0.03 0.01 0.22 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.01 0.52 0.80 0.63 0.65
O2' 0.02 0.25 0.01 0.03 0.26 0.31 0.36 0.09 0.38 0.32 0.34 0.19 0.41 0.38 0.21 0.00 0.02 0.22 0.34 0.23 0.45 0.38
O3' 0.30 0.19 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.22 0.10 0.15 0.13 0.21 0.15 0.16 0.08 0.02 0.00 0.21 0.21 0.86 0.25 0.25
O4' 0.00 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.10 0.13 0.02 0.06 0.01 0.22 0.21 0.00 0.07 0.09 0.12 0.09
O5' 0.35 0.51 0.65 0.33 0.53 0.01 0.60 0.01 0.60 0.63 0.57 0.48 0.62 0.65 0.52 0.34 0.21 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.37 0.78 0.42 0.28 0.85 0.35 1.15 0.35 1.17 1.19 1.00 0.66 1.33 1.37 0.80 0.23 0.86 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.77 0.70 0.48 0.74 0.24 0.94 0.37 1.01 0.83 0.92 0.66 1.13 1.02 0.63 0.45 0.25 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.37 0.66 0.67 0.26 0.69 0.06 0.86 0.01 0.88 0.87 0.79 0.58 0.97 0.98 0.65 0.38 0.25 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00