ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50461

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.023, 0.047, 0.072, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.036 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.017, 0.046, 0.076, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.061 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.013, 0.056, 0.098, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.056 std_dev=0.043
C4' B 0, 0.389, 0.730, 1.070, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.730 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.299, 0.640, 0.981, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.640 std_dev=0.341
O4' B 0, 0.356, 0.711, 1.066, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.711 std_dev=0.355
O3' B 0, 0.338, 0.708, 1.078, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.708 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.368, 0.783, 1.199, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.783 std_dev=0.415
C1' B 0, 0.368, 0.808, 1.247, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.808 std_dev=0.439
O4' A 0, 0.054, 0.504, 0.955, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.504 std_dev=0.450
C2' A 0, 0.194, 0.683, 1.172, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.683 std_dev=0.489
O2' B 0, 0.426, 0.923, 1.420, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.923 std_dev=0.497
C3' A 0, 0.455, 0.955, 1.454, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.955 std_dev=0.499
C4' A 0, 0.264, 0.808, 1.352, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.808 std_dev=0.544
C5' B 0, 0.661, 1.229, 1.797, 1.673 max_d=1.673 avg_d=1.229 std_dev=0.568
O3' A 0, 0.737, 1.351, 1.966, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.351 std_dev=0.615
N9 B 0, 0.594, 1.224, 1.853, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.224 std_dev=0.629
O5' B 0, 0.746, 1.490, 2.234, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.490 std_dev=0.744
C8 B 0, 0.804, 1.608, 2.412, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.608 std_dev=0.804
O2' A 0, 0.332, 1.153, 1.974, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.153 std_dev=0.821
C4 B 0, 0.755, 1.602, 2.449, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.602 std_dev=0.847
C5' A 0, 0.478, 1.356, 2.234, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.356 std_dev=0.878
N7 B 0, 0.945, 1.931, 2.916, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.931 std_dev=0.986
O5' A 0, 0.930, 1.917, 2.904, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.917 std_dev=0.987
C5 B 0, 0.951, 1.969, 2.987, 3.064 max_d=3.064 avg_d=1.969 std_dev=1.018
N3 B 0, 0.826, 1.868, 2.911, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.868 std_dev=1.042
P B 0, 1.190, 2.257, 3.324, 3.074 max_d=3.074 avg_d=2.257 std_dev=1.067
P A 0, 1.119, 2.196, 3.272, 3.414 max_d=3.414 avg_d=2.196 std_dev=1.077
OP1 A 0, 1.056, 2.155, 3.254, 3.609 max_d=3.609 avg_d=2.155 std_dev=1.099
OP1 B 0, 1.246, 2.419, 3.593, 3.849 max_d=3.849 avg_d=2.419 std_dev=1.174
OP2 A 0, 1.446, 2.677, 3.909, 3.734 max_d=3.734 avg_d=2.677 std_dev=1.232
C6 B 0, 1.204, 2.527, 3.850, 3.885 max_d=3.885 avg_d=2.527 std_dev=1.323
C2 B 0, 1.111, 2.498, 3.884, 3.683 max_d=3.683 avg_d=2.498 std_dev=1.386
N1 B 0, 1.288, 2.802, 4.315, 4.178 max_d=4.178 avg_d=2.802 std_dev=1.513
N6 B 0, 1.401, 2.920, 4.439, 4.597 max_d=4.597 avg_d=2.920 std_dev=1.519
OP2 B 0, 1.837, 4.105, 6.373, 5.834 max_d=5.834 avg_d=4.105 std_dev=2.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.12 0.09 0.14 0.10
C2 0.08 0.00 0.27 0.31 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.29 0.15 0.18 0.18 0.26 0.19
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.08 0.17 0.12 0.16 0.21 0.27 0.09 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.39 0.40 0.48 0.41
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.01 0.36 0.26 0.35 0.26 0.39 0.33 0.21 0.02 0.01 0.02 0.11 0.22 0.13 0.10
C4 0.04 0.02 0.14 0.28 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.20 0.07 0.19 0.17 0.20 0.17
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.14 0.20 0.10 0.09 0.18 0.21 0.10 0.26 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.03
C5 0.03 0.01 0.08 0.34 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.24 0.02 0.30 0.30 0.34 0.30
C5' 0.07 0.10 0.17 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.19 0.23 0.14 0.09 0.25 0.27 0.11 0.10 0.18 0.02 0.01 0.12 0.03 0.01
C6 0.04 0.00 0.12 0.36 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.32 0.28 0.04 0.32 0.35 0.42 0.34
C8 0.02 0.03 0.16 0.26 0.02 0.20 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.35 0.18 0.12 0.31 0.24 0.22 0.24
N1 0.06 0.00 0.21 0.35 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.28 0.10 0.26 0.28 0.36 0.28
N3 0.08 0.01 0.27 0.26 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.28 0.15 0.13 0.12 0.16 0.12
N6 0.02 0.01 0.09 0.39 0.01 0.18 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.36 0.32 0.02 0.39 0.45 0.53 0.44
N7 0.02 0.02 0.11 0.33 0.02 0.21 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.39 0.26 0.08 0.37 0.36 0.38 0.36
N9 0.01 0.04 0.02 0.21 0.02 0.10 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.20 0.12 0.01 0.16 0.12 0.12 0.11
O2' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.21 0.26 0.32 0.10 0.32 0.35 0.25 0.16 0.36 0.39 0.20 0.00 0.05 0.18 0.30 0.29 0.54 0.34
O3' 0.23 0.29 0.03 0.01 0.20 0.00 0.24 0.18 0.28 0.18 0.28 0.28 0.32 0.26 0.12 0.05 0.00 0.16 0.17 0.34 0.24 0.20
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.10 0.15 0.02 0.08 0.01 0.18 0.16 0.00 0.10 0.11 0.17 0.14
O5' 0.12 0.18 0.39 0.11 0.19 0.00 0.30 0.01 0.32 0.31 0.26 0.13 0.39 0.37 0.16 0.30 0.17 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.18 0.40 0.22 0.17 0.11 0.30 0.12 0.35 0.24 0.28 0.12 0.45 0.36 0.12 0.29 0.34 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.26 0.48 0.13 0.20 0.06 0.34 0.03 0.42 0.22 0.36 0.16 0.53 0.38 0.12 0.54 0.24 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.19 0.41 0.10 0.17 0.03 0.30 0.01 0.34 0.24 0.28 0.12 0.44 0.36 0.11 0.34 0.20 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.82 0.17 0.30 0.42 0.49 0.32 0.81 0.49 0.13 0.72 0.71 0.43 0.11 0.18 0.36 0.45 0.26 0.71 1.02 0.94 0.93
C2 0.07 0.56 0.16 0.27 0.32 0.42 0.26 0.53 0.37 0.10 0.49 0.51 0.34 0.13 0.13 0.27 0.36 0.27 0.41 0.52 0.62 0.55
C2' 0.31 0.72 0.25 0.44 0.38 0.65 0.31 0.99 0.40 0.43 0.61 0.62 0.34 0.36 0.31 0.37 0.51 0.50 0.95 1.30 1.27 1.21
C3' 0.24 0.82 0.16 0.28 0.44 0.50 0.39 0.84 0.51 0.38 0.72 0.70 0.46 0.36 0.30 0.34 0.41 0.38 0.79 1.14 1.17 1.08
C4 0.12 0.86 0.15 0.27 0.48 0.47 0.41 0.68 0.58 0.09 0.78 0.74 0.54 0.18 0.22 0.26 0.41 0.27 0.52 0.74 0.72 0.70
C4' 0.18 0.91 0.31 0.34 0.47 0.46 0.37 0.77 0.55 0.11 0.80 0.77 0.49 0.12 0.21 0.49 0.53 0.22 0.68 1.03 0.99 0.94
C5 0.18 1.07 0.19 0.20 0.65 0.40 0.62 0.55 0.81 0.20 1.01 0.92 0.79 0.36 0.35 0.23 0.35 0.21 0.37 0.57 0.54 0.53
C5' 0.20 0.98 0.36 0.41 0.51 0.50 0.42 0.79 0.63 0.13 0.89 0.82 0.58 0.16 0.24 0.49 0.60 0.27 0.68 1.01 0.96 0.93
C6 0.20 1.07 0.21 0.17 0.70 0.33 0.68 0.41 0.87 0.28 1.03 0.93 0.85 0.45 0.40 0.24 0.30 0.17 0.23 0.38 0.39 0.36
C8 0.17 1.12 0.19 0.23 0.64 0.46 0.59 0.68 0.81 0.14 1.05 0.93 0.78 0.30 0.32 0.25 0.40 0.24 0.52 0.78 0.69 0.71
N1 0.16 0.79 0.20 0.20 0.54 0.32 0.51 0.37 0.63 0.19 0.75 0.71 0.61 0.32 0.30 0.27 0.30 0.19 0.23 0.34 0.40 0.35
N3 0.05 0.60 0.12 0.32 0.30 0.51 0.22 0.71 0.34 0.15 0.51 0.53 0.30 0.11 0.10 0.27 0.42 0.31 0.58 0.75 0.80 0.76
N6 0.25 1.29 0.24 0.15 0.85 0.27 0.88 0.31 1.11 0.44 1.28 1.07 1.12 0.65 0.51 0.24 0.26 0.15 0.15 0.25 0.27 0.22
N7 0.20 1.22 0.21 0.19 0.73 0.41 0.70 0.58 0.94 0.24 1.17 1.01 0.92 0.42 0.39 0.21 0.35 0.20 0.39 0.62 0.54 0.56
N9 0.14 0.93 0.16 0.27 0.51 0.49 0.43 0.74 0.62 0.09 0.84 0.79 0.57 0.18 0.23 0.29 0.42 0.26 0.60 0.87 0.80 0.80
O2' 0.21 0.70 0.27 0.49 0.31 0.62 0.19 1.00 0.34 0.28 0.57 0.60 0.27 0.20 0.15 0.46 0.63 0.37 0.96 1.40 1.32 1.25
O3' 0.35 0.85 0.41 0.45 0.50 0.53 0.42 0.84 0.53 0.39 0.73 0.74 0.48 0.38 0.36 0.59 0.60 0.37 0.79 1.16 1.23 1.10
O4' 0.25 0.96 0.36 0.39 0.54 0.49 0.44 0.78 0.62 0.14 0.86 0.82 0.57 0.19 0.28 0.51 0.56 0.25 0.66 0.98 0.87 0.88
O5' 0.15 1.03 0.26 0.35 0.51 0.53 0.45 0.81 0.67 0.18 0.95 0.83 0.63 0.20 0.22 0.36 0.52 0.34 0.70 1.01 0.97 0.94
OP1 0.12 1.10 0.22 0.30 0.54 0.51 0.48 0.80 0.73 0.17 1.03 0.87 0.70 0.21 0.22 0.33 0.46 0.34 0.68 1.03 0.98 0.95
OP2 0.20 1.15 0.17 0.28 0.59 0.55 0.56 0.80 0.82 0.28 1.10 0.90 0.80 0.33 0.30 0.19 0.38 0.43 0.65 0.95 0.93 0.91
P 0.13 1.11 0.19 0.25 0.56 0.50 0.51 0.77 0.77 0.17 1.05 0.88 0.74 0.24 0.25 0.27 0.41 0.34 0.64 0.95 0.91 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.12 0.21 0.16
C2 0.05 0.00 0.15 0.18 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.24 0.03 0.13 0.29 0.28 0.24
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.09 0.05 0.13 0.14 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.15 0.08
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.13 0.10 0.17 0.17 0.11 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.15 0.04
C4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.25 0.24 0.21
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.09 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.20 0.06
C5 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.12 0.30 0.29 0.23
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.01
C6 0.02 0.02 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.13 0.34 0.33 0.26
C8 0.04 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.06 0.16 0.22 0.20 0.18
N1 0.05 0.01 0.13 0.17 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.11 0.23 0.02 0.15 0.33 0.32 0.26
N3 0.05 0.00 0.14 0.17 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.21 0.04 0.12 0.24 0.24 0.22
N6 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.16 0.04 0.14 0.37 0.37 0.27
N7 0.03 0.02 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.12 0.05 0.16 0.29 0.28 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.19 0.19 0.18
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.11 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.12 0.19 0.07
O3' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.13 0.01 0.13 0.02 0.17 0.11 0.23 0.21 0.16 0.12 0.05 0.02 0.00 0.01 0.20 0.22 0.21 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.13 0.27 0.17
O5' 0.06 0.13 0.07 0.13 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.16 0.15 0.12 0.14 0.16 0.09 0.04 0.20 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.29 0.07 0.11 0.25 0.11 0.30 0.16 0.34 0.22 0.33 0.24 0.37 0.29 0.19 0.12 0.22 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.28 0.15 0.15 0.24 0.20 0.29 0.17 0.33 0.20 0.32 0.24 0.37 0.28 0.19 0.19 0.21 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.08 0.04 0.21 0.06 0.23 0.01 0.26 0.18 0.26 0.22 0.27 0.22 0.18 0.07 0.10 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00