ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50462

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.016, 0.035, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.022, 0.047, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.047 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.022, 0.054, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.054 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.028, 0.127, 0.226, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.127 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.037, 0.143, 0.249, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.143 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.100, 0.232, 0.364, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.232 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.103, 0.251, 0.399, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.251 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.073, 0.234, 0.395, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.234 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.174, 0.426, 0.678, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.426 std_dev=0.252
O2' B 0, 0.236, 0.494, 0.752, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.494 std_dev=0.258
O3' A 0, 0.065, 0.328, 0.590, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.328 std_dev=0.263
C2' B 0, 0.260, 0.703, 1.145, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.703 std_dev=0.442
C3' B 0, 0.051, 0.701, 1.352, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.701 std_dev=0.651
O5' A 0, 0.570, 1.345, 2.120, 2.226 max_d=2.226 avg_d=1.345 std_dev=0.775
P A 0, 1.176, 2.210, 3.243, 3.036 max_d=3.036 avg_d=2.210 std_dev=1.033
OP1 A 0, 1.427, 2.637, 3.846, 3.506 max_d=3.506 avg_d=2.637 std_dev=1.209
OP2 A 0, 1.502, 2.771, 4.040, 3.620 max_d=3.620 avg_d=2.771 std_dev=1.269
C1' B 0, 0.389, 2.057, 3.725, 4.123 max_d=4.123 avg_d=2.057 std_dev=1.668
O3' B 0, 0.370, 2.039, 3.708, 3.980 max_d=3.980 avg_d=2.039 std_dev=1.669
C4' B 0, 0.097, 1.922, 3.747, 4.176 max_d=4.176 avg_d=1.922 std_dev=1.825
OP2 B 0, 1.679, 3.533, 5.387, 5.814 max_d=5.814 avg_d=3.533 std_dev=1.854
O5' B 0, 0.538, 2.404, 4.270, 4.905 max_d=4.905 avg_d=2.404 std_dev=1.866
O4' B 0, 0.309, 2.441, 4.573, 5.106 max_d=5.106 avg_d=2.441 std_dev=2.132
N9 B 0, 0.473, 2.913, 5.353, 5.678 max_d=5.678 avg_d=2.913 std_dev=2.440
P B 0, 1.380, 3.835, 6.291, 6.921 max_d=6.921 avg_d=3.835 std_dev=2.455
C5' B 0, 0.178, 2.775, 5.372, 5.891 max_d=5.891 avg_d=2.775 std_dev=2.597
C8 B 0, 0.574, 3.195, 5.816, 6.112 max_d=6.112 avg_d=3.195 std_dev=2.621
OP1 B 0, 1.728, 4.860, 7.992, 8.596 max_d=8.596 avg_d=4.860 std_dev=3.132
C4 B 0, 0.638, 3.977, 7.315, 7.562 max_d=7.562 avg_d=3.977 std_dev=3.339
N3 B 0, 0.857, 4.331, 7.805, 8.050 max_d=8.050 avg_d=4.331 std_dev=3.474
N7 B 0, 0.686, 4.238, 7.791, 7.989 max_d=7.989 avg_d=4.238 std_dev=3.552
C5 B 0, 0.690, 4.800, 8.910, 9.099 max_d=9.099 avg_d=4.800 std_dev=4.110
C2 B 0, 1.056, 5.665, 10.273, 10.469 max_d=10.469 avg_d=5.665 std_dev=4.608
C6 B 0, 0.874, 6.142, 11.411, 11.558 max_d=11.558 avg_d=6.142 std_dev=5.269
N1 B 0, 1.055, 6.567, 12.079, 12.238 max_d=12.238 avg_d=6.567 std_dev=5.512
N6 B 0, 0.989, 7.111, 13.233, 13.331 max_d=13.331 avg_d=7.111 std_dev=6.122

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.28 0.47 0.23 0.34
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.17 0.04 0.41 0.48 0.42 0.44
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.26 0.17 0.13
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.23 0.14 0.30 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.44 0.49 0.41 0.45
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.04 0.08 0.08 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.32 0.11 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.52 0.52 0.49 0.51
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.10 0.05 0.15 0.16 0.08 0.04 0.03 0.02 0.02 0.28 0.22 0.03
C6 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.12 0.04 0.51 0.52 0.51 0.51
C8 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.53 0.53 0.45 0.51
N1 0.03 0.00 0.09 0.11 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.15 0.04 0.47 0.50 0.48 0.48
N3 0.02 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.03 0.38 0.47 0.38 0.41
N6 0.04 0.01 0.04 0.09 0.02 0.08 0.02 0.15 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.12 0.05 0.55 0.54 0.55 0.53
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.56 0.55 0.53 0.54
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.43 0.49 0.37 0.44
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.10 0.11 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.12 0.32 0.14 0.09
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.12 0.12 0.15 0.15 0.12 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.48 0.28 0.51 0.38
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.36 0.55 0.24 0.39
O5' 0.28 0.41 0.12 0.23 0.44 0.02 0.52 0.02 0.51 0.53 0.47 0.38 0.55 0.56 0.43 0.12 0.48 0.36 0.00 0.04 0.02 0.02
OP1 0.47 0.48 0.26 0.14 0.49 0.32 0.52 0.28 0.52 0.53 0.50 0.47 0.54 0.55 0.49 0.32 0.28 0.55 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.42 0.17 0.30 0.41 0.11 0.49 0.22 0.51 0.45 0.48 0.38 0.55 0.53 0.37 0.14 0.51 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.44 0.13 0.16 0.45 0.07 0.51 0.03 0.51 0.51 0.48 0.41 0.53 0.54 0.44 0.09 0.38 0.39 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 2.88 0.33 0.45 1.80 0.80 1.92 1.20 2.48 0.94 2.93 2.29 2.55 1.41 1.08 0.16 1.04 0.17 0.82 1.59 0.66 1.03
C2 0.30 0.45 0.12 0.23 0.20 0.58 0.22 0.67 0.36 0.17 0.47 0.31 0.38 0.14 0.16 0.11 0.25 0.56 0.48 0.62 0.42 0.55
C2' 0.32 3.04 0.27 0.62 1.78 1.18 1.96 1.66 2.63 0.82 3.14 2.31 2.74 1.38 0.95 0.13 1.14 0.53 1.18 2.04 0.96 1.44
C3' 0.26 3.09 0.25 0.64 1.78 1.24 2.00 1.77 2.74 0.80 3.28 2.29 2.91 1.40 0.92 0.13 1.13 0.61 1.28 2.23 1.07 1.58
C4 0.15 1.47 0.17 0.33 0.86 0.67 0.92 0.89 1.24 0.37 1.49 1.15 1.28 0.63 0.45 0.08 0.62 0.37 0.63 1.03 0.52 0.75
C4' 0.55 3.38 0.33 0.54 2.06 0.98 2.28 1.50 3.02 1.07 3.55 2.58 3.18 1.67 1.20 0.15 1.16 0.25 1.05 2.05 0.88 1.35
C5 0.13 0.94 0.12 0.27 0.49 0.59 0.56 0.76 0.80 0.18 0.98 0.69 0.84 0.36 0.21 0.08 0.43 0.43 0.54 0.84 0.47 0.65
C5' 0.53 3.24 0.33 0.50 1.97 0.94 2.20 1.45 2.93 1.03 3.44 2.46 3.12 1.62 1.15 0.16 1.09 0.27 1.03 2.02 0.87 1.33
C6 0.33 0.27 0.12 0.20 0.17 0.50 0.16 0.57 0.22 0.24 0.29 0.20 0.24 0.17 0.24 0.12 0.19 0.53 0.43 0.54 0.40 0.51
C8 0.26 1.88 0.20 0.36 1.12 0.68 1.22 0.96 1.64 0.54 1.95 1.45 1.71 0.87 0.62 0.09 0.74 0.29 0.68 1.22 0.57 0.84
N1 0.46 0.30 0.15 0.17 0.33 0.48 0.29 0.51 0.26 0.36 0.27 0.34 0.24 0.31 0.38 0.15 0.12 0.60 0.39 0.41 0.38 0.45
N3 0.13 1.34 0.17 0.33 0.78 0.70 0.83 0.89 1.11 0.32 1.33 1.06 1.13 0.56 0.40 0.09 0.59 0.42 0.62 0.97 0.50 0.73
N6 0.45 0.40 0.15 0.15 0.40 0.43 0.37 0.46 0.35 0.40 0.37 0.42 0.34 0.37 0.42 0.15 0.11 0.57 0.36 0.38 0.38 0.43
N7 0.12 1.26 0.13 0.30 0.70 0.61 0.78 0.82 1.09 0.29 1.31 0.93 1.15 0.53 0.34 0.08 0.54 0.37 0.59 0.97 0.50 0.72
N9 0.33 2.12 0.24 0.39 1.29 0.73 1.38 1.03 1.82 0.63 2.16 1.67 1.88 0.99 0.74 0.11 0.82 0.27 0.72 1.30 0.58 0.88
O2' 0.51 3.66 0.33 0.69 2.20 1.23 2.41 1.78 3.18 1.08 3.78 2.80 3.29 1.73 1.24 0.17 1.32 0.41 1.27 2.28 1.02 1.55
O3' 0.20 3.31 0.24 0.76 1.86 1.47 2.15 2.09 3.01 0.79 3.59 2.39 3.23 1.48 0.91 0.17 1.24 0.80 1.54 2.63 1.31 1.91
O4' 0.69 3.16 0.39 0.43 2.01 0.73 2.16 1.16 2.78 1.11 3.26 2.50 2.88 1.62 1.25 0.23 1.08 0.16 0.79 1.66 0.65 1.03
O5' 0.46 3.08 0.22 0.65 1.87 0.97 2.12 1.41 2.84 1.00 3.32 2.31 3.06 1.58 1.08 0.23 1.29 0.28 1.01 1.93 0.82 1.25
OP1 0.50 3.43 0.29 0.86 2.08 1.16 2.41 1.67 3.25 1.13 3.77 2.53 3.55 1.80 1.19 0.34 1.58 0.38 1.25 2.37 1.08 1.55
OP2 0.48 2.89 0.27 0.67 1.75 0.97 2.01 1.38 2.70 0.94 3.15 2.16 2.93 1.49 1.02 0.32 1.28 0.36 1.01 1.94 0.87 1.27
P 0.42 3.09 0.14 0.77 1.86 1.04 2.14 1.49 2.89 0.97 3.37 2.30 3.13 1.58 1.05 0.26 1.46 0.29 1.11 2.10 0.94 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.12 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03 0.11 0.13 0.22 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.11 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.11 0.14 0.21 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.14 0.18 0.26 0.21
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.12 0.08 0.04 0.13 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.15 0.20 0.27 0.22
C8 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.14 0.18 0.23 0.20
N1 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.13 0.17 0.26 0.21
N3 0.02 0.00 0.11 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02 0.10 0.12 0.20 0.16
N6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.09 0.04 0.17 0.23 0.30 0.25
N7 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.16 0.21 0.27 0.23
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.12 0.18 0.16
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.11 0.08 0.05 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.08 0.08 0.07
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.08 0.16 0.12 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.10 0.13 0.12
O5' 0.04 0.11 0.03 0.05 0.11 0.02 0.14 0.01 0.15 0.14 0.13 0.10 0.17 0.16 0.09 0.04 0.08 0.08 0.00 0.03 0.02 0.02
OP1 0.08 0.13 0.07 0.10 0.14 0.06 0.18 0.06 0.20 0.18 0.17 0.12 0.23 0.21 0.12 0.08 0.16 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.22 0.08 0.08 0.21 0.05 0.26 0.02 0.27 0.23 0.26 0.20 0.30 0.27 0.18 0.08 0.12 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.05 0.06 0.17 0.04 0.21 0.02 0.22 0.20 0.21 0.16 0.25 0.23 0.16 0.07 0.10 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00