ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50463

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.013, 0.068, 0.123, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.068 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.011, 0.078, 0.146, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.078 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.002, 0.098, 0.194, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.098 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.027, 0.126, 0.226, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.126 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.019, 0.126, 0.234, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.126 std_dev=0.107
O3' A 0, 0.043, 0.192, 0.340, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.192 std_dev=0.148
C5' A 0, 0.015, 0.175, 0.335, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.175 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.046, 0.218, 0.390, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.218 std_dev=0.172
O2' B 0, 0.038, 0.215, 0.392, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.215 std_dev=0.177
P A 0, 0.078, 0.259, 0.440, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.259 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.046, 0.229, 0.412, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.229 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.036, 0.227, 0.418, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.227 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.049, 0.240, 0.432, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.240 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.002, 0.205, 0.407, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.205 std_dev=0.202
C3' B 0, 0.048, 0.254, 0.459, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.254 std_dev=0.205
OP2 A 0, 0.101, 0.310, 0.519, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.310 std_dev=0.209
C5' B 0, 0.065, 0.275, 0.486, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.275 std_dev=0.210
O3' B 0, 0.047, 0.258, 0.468, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.258 std_dev=0.211
O5' B 0, 0.074, 0.287, 0.501, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.287 std_dev=0.214
OP1 A 0, 0.098, 0.317, 0.537, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.317 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.017, 0.280, 0.542, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.280 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.069, 0.332, 0.595, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.332 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.034, 0.315, 0.596, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.315 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.067, 0.404, 0.742, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.404 std_dev=0.338
P B 0, 0.017, 0.366, 0.716, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.366 std_dev=0.349
C8 B 0, -0.014, 0.357, 0.729, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.357 std_dev=0.371
C5 B 0, -0.002, 0.377, 0.756, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.377 std_dev=0.379
N1 B 0, 0.048, 0.448, 0.848, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.448 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.032, 0.435, 0.838, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.435 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.011, 0.435, 0.860, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.435 std_dev=0.425
N7 B 0, -0.027, 0.409, 0.844, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.409 std_dev=0.436
OP2 B 0, -0.015, 0.463, 0.941, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.463 std_dev=0.478
N6 B 0, -0.020, 0.503, 1.026, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.503 std_dev=0.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.03 0.11 0.05 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.10 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.11 0.06 0.06
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.12 0.06 0.06
C8 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08 0.07
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.11 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.03 0.10 0.05 0.03
N6 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.13 0.07 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.12 0.09 0.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.07 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.09 0.11 0.07 0.05 0.10 0.05 0.11 0.03 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.10 0.06 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.06 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.11 0.08
C2 0.10 0.15 0.11 0.08 0.12 0.07 0.10 0.05 0.12 0.05 0.14 0.15 0.11 0.06 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.14 0.10
C2' 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.09 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.11 0.05 0.05 0.05 0.11 0.07 0.06
C3' 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.09 0.03 0.04 0.04 0.08 0.06 0.09 0.04 0.06 0.04 0.13 0.06 0.04
C4 0.07 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07 0.09 0.08 0.07 0.12 0.08
C4' 0.04 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.12 0.09 0.06
C5 0.06 0.06 0.09 0.08 0.05 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.10 0.07 0.09 0.09 0.07 0.12 0.07
C5' 0.04 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.12 0.09 0.06
C6 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.09 0.04 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.04 0.02 0.05 0.11 0.08 0.10 0.09 0.05 0.13 0.08
C8 0.05 0.05 0.08 0.08 0.04 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.11 0.07
N1 0.09 0.14 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.03 0.13 0.13 0.09 0.03 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.07 0.13 0.09
N3 0.09 0.11 0.12 0.08 0.10 0.06 0.09 0.04 0.10 0.06 0.11 0.11 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.09 0.06 0.05 0.12 0.09
N6 0.06 0.09 0.09 0.08 0.05 0.09 0.02 0.08 0.03 0.05 0.07 0.08 0.02 0.04 0.04 0.10 0.08 0.10 0.09 0.06 0.13 0.08
N7 0.05 0.04 0.08 0.08 0.03 0.09 0.03 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.11 0.07
N9 0.06 0.05 0.09 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08
O2' 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.06 0.05 0.09 0.03 0.11 0.03 0.04 0.05 0.10 0.06 0.10 0.08 0.04 0.09 0.11 0.11 0.09
O3' 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.11 0.04 0.05 0.04 0.10 0.06 0.09 0.03 0.05 0.04 0.15 0.05 0.03
O4' 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.11 0.08
O5' 0.05 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.12 0.07 0.05
OP1 0.12 0.05 0.13 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.12 0.05 0.07 0.07 0.11 0.11 0.14 0.08 0.14 0.09 0.14 0.06 0.04
OP2 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.06 0.09 0.12 0.11 0.10
P 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.07 0.05 0.11 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.16 0.09
C2 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01 0.08 0.03 0.13 0.05
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.08 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.12 0.06
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.13 0.04 0.07 0.04 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.13 0.04 0.12 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.18 0.06 0.10 0.04
C5' 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.09 0.14 0.05 0.02 0.12 0.14 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.02 0.16 0.06 0.09 0.04
C8 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.01 0.23 0.06 0.11 0.04
N1 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.02 0.12 0.04 0.11 0.03
N3 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.08 0.03 0.14 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.19 0.08 0.09 0.07
N7 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.23 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.04 0.13 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.12 0.13 0.07 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.11 0.05
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.14 0.06 0.10 0.04 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.18 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.18 0.13
O5' 0.07 0.08 0.05 0.03 0.13 0.02 0.18 0.01 0.16 0.23 0.12 0.08 0.19 0.23 0.14 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.03 0.06 0.11 0.04 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.08 0.08 0.04 0.08 0.18 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.13 0.12 0.05 0.12 0.09 0.10 0.02 0.09 0.11 0.11 0.14 0.09 0.09 0.13 0.11 0.03 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.05 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.07 0.07 0.05 0.05 0.03 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00