ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50464

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.005, 0.038, 0.071, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.038 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.014, 0.074, 0.135, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.074 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.022, 0.097, 0.171, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.097 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.037, 0.240, 0.442, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.240 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.051, 0.285, 0.519, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.285 std_dev=0.234
C3' A 0, 0.066, 0.303, 0.540, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.303 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.137, 0.425, 0.713, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.425 std_dev=0.288
O2' B 0, 0.100, 0.394, 0.689, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.394 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.044, 0.353, 0.662, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.353 std_dev=0.309
O5' A 0, 0.041, 0.351, 0.661, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.310
P A 0, 0.089, 0.454, 0.819, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.454 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.108, 0.476, 0.844, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.476 std_dev=0.368
O3' A 0, 0.111, 0.490, 0.870, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.490 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.085, 0.474, 0.863, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.474 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.126, 0.519, 0.912, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.519 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.117, 0.516, 0.914, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.516 std_dev=0.399
O3' B 0, 0.058, 0.458, 0.858, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.458 std_dev=0.400
C3' B 0, 0.080, 0.491, 0.902, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.491 std_dev=0.411
OP2 A 0, 0.156, 0.606, 1.056, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.606 std_dev=0.450
N3 B 0, 0.149, 0.601, 1.053, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.601 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.081, 0.534, 0.987, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.534 std_dev=0.453
N9 B 0, 0.137, 0.594, 1.051, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.594 std_dev=0.457
C4 B 0, 0.139, 0.621, 1.103, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.621 std_dev=0.482
C2 B 0, 0.148, 0.654, 1.160, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.654 std_dev=0.506
C8 B 0, 0.135, 0.643, 1.152, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.643 std_dev=0.509
O5' B 0, 0.091, 0.605, 1.120, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.605 std_dev=0.515
C5 B 0, 0.132, 0.687, 1.243, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.687 std_dev=0.555
N7 B 0, 0.131, 0.700, 1.268, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.700 std_dev=0.569
N1 B 0, 0.135, 0.715, 1.295, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.715 std_dev=0.580
P B 0, 0.073, 0.658, 1.243, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.658 std_dev=0.585
C6 B 0, 0.127, 0.730, 1.332, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.730 std_dev=0.603
OP1 B 0, 0.029, 0.647, 1.265, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.647 std_dev=0.618
N6 B 0, 0.111, 0.790, 1.470, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.790 std_dev=0.679
OP2 B 0, 0.075, 0.758, 1.441, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.758 std_dev=0.683

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.04 0.05 0.21 0.04 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.05
C4 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.20 0.05 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.02 0.03 0.06 0.09 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.11 0.26 0.13 0.17
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.08 0.12 0.05 0.02 0.11 0.13 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.11 0.27 0.14 0.18
C8 0.01 0.02 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.11 0.23 0.11 0.15
N1 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.05 0.03 0.08 0.25 0.09 0.15
N3 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.03 0.04 0.18 0.02 0.07
N6 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.14 0.31 0.20 0.23
N7 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.28 0.18 0.21
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.17 0.03 0.08
O2' 0.01 0.13 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.02 0.11 0.11 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.10 0.05 0.03 0.10 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04
O5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.08 0.04 0.14 0.15 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.21 0.06 0.03 0.20 0.05 0.26 0.03 0.27 0.23 0.25 0.18 0.31 0.28 0.17 0.08 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.04 0.11 0.12 0.05 0.05 0.13 0.01 0.14 0.11 0.09 0.02 0.20 0.18 0.03 0.10 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.05 0.05 0.10 0.02 0.17 0.00 0.18 0.15 0.15 0.07 0.23 0.21 0.08 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04 0.05 0.09 0.09 0.03 0.10 0.09 0.05 0.07
C2 0.03 0.09 0.09 0.13 0.06 0.14 0.06 0.16 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.14 0.16 0.09 0.15 0.15 0.10 0.12
C2' 0.05 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.13 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.04 0.05 0.10 0.11 0.06 0.14 0.12 0.09 0.10
C3' 0.08 0.03 0.09 0.10 0.04 0.10 0.05 0.11 0.05 0.07 0.04 0.03 0.07 0.06 0.06 0.13 0.11 0.09 0.12 0.06 0.07 0.07
C4 0.05 0.06 0.09 0.11 0.03 0.12 0.02 0.15 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.03 0.02 0.13 0.14 0.08 0.15 0.14 0.10 0.12
C4' 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.08 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04
C5 0.09 0.03 0.12 0.13 0.03 0.13 0.04 0.16 0.04 0.09 0.03 0.02 0.06 0.07 0.07 0.15 0.14 0.12 0.16 0.14 0.13 0.13
C5' 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.04 0.10 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04
C6 0.11 0.03 0.13 0.14 0.05 0.14 0.06 0.16 0.06 0.10 0.04 0.03 0.07 0.09 0.09 0.16 0.15 0.14 0.16 0.14 0.13 0.13
C8 0.08 0.05 0.10 0.12 0.03 0.12 0.04 0.15 0.05 0.08 0.05 0.04 0.07 0.07 0.06 0.14 0.13 0.10 0.16 0.13 0.12 0.12
N1 0.09 0.03 0.13 0.14 0.03 0.15 0.04 0.16 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.16 0.16 0.13 0.16 0.14 0.12 0.12
N3 0.02 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07 0.16 0.07 0.04 0.09 0.09 0.06 0.06 0.04 0.12 0.15 0.05 0.14 0.14 0.09 0.11
N6 0.13 0.07 0.14 0.14 0.09 0.14 0.11 0.15 0.11 0.13 0.09 0.07 0.12 0.12 0.12 0.16 0.14 0.15 0.16 0.13 0.13 0.13
N7 0.10 0.05 0.12 0.13 0.05 0.13 0.07 0.15 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.09 0.08 0.15 0.13 0.12 0.17 0.13 0.13 0.13
N9 0.05 0.06 0.08 0.10 0.03 0.11 0.02 0.14 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.12 0.12 0.07 0.14 0.12 0.10 0.11
O2' 0.17 0.24 0.13 0.09 0.23 0.08 0.23 0.05 0.23 0.20 0.24 0.24 0.21 0.21 0.20 0.11 0.06 0.14 0.08 0.06 0.07 0.07
O3' 0.07 0.03 0.08 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.11 0.08 0.07 0.09 0.03 0.06 0.05
O4' 0.05 0.09 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02
O5' 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.14 0.12 0.13 0.09 0.16 0.12 0.11 0.15 0.10 0.11 0.11 0.05 0.06 0.05
OP1 0.25 0.23 0.27 0.24 0.22 0.24 0.22 0.22 0.23 0.22 0.23 0.22 0.23 0.21 0.23 0.30 0.24 0.24 0.22 0.14 0.12 0.14
OP2 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.04 0.11 0.07 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08 0.16 0.08 0.08 0.05 0.08 0.08 0.05
P 0.16 0.15 0.17 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.17 0.14 0.14 0.21 0.15 0.15 0.13 0.06 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.04 0.04
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03
N6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.08 0.07 0.07
N7 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00