ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50465

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.018, 0.061, 0.104, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.061 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.021, 0.071, 0.122, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.071 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.023, 0.097, 0.172, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.097 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.036, 0.136, 0.237, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.136 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.037, 0.138, 0.239, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.138 std_dev=0.101
C3' A 0, 0.037, 0.144, 0.251, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.144 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.053, 0.212, 0.371, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.212 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.066, 0.236, 0.406, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.236 std_dev=0.170
P A 0, 0.072, 0.272, 0.473, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.272 std_dev=0.201
O5' A 0, 0.065, 0.296, 0.527, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.296 std_dev=0.231
OP2 A 0, 0.042, 0.291, 0.540, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.291 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.087, 0.368, 0.649, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.368 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.048, 0.336, 0.624, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.336 std_dev=0.288
C4 B 0, 0.116, 0.410, 0.704, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.410 std_dev=0.294
N1 B 0, 0.103, 0.410, 0.717, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.410 std_dev=0.307
C2 B 0, 0.023, 0.330, 0.636, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.330 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.137, 0.469, 0.800, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.469 std_dev=0.332
N9 B 0, 0.135, 0.468, 0.801, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.468 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.138, 0.473, 0.807, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.473 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.138, 0.476, 0.814, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.476 std_dev=0.338
C2' B 0, 0.140, 0.493, 0.846, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.493 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.146, 0.504, 0.863, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.504 std_dev=0.359
C5' B 0, 0.142, 0.502, 0.862, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.502 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.149, 0.510, 0.871, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.510 std_dev=0.361
C4' B 0, 0.147, 0.508, 0.870, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.508 std_dev=0.361
C8 B 0, 0.137, 0.523, 0.910, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.523 std_dev=0.386
N7 B 0, 0.142, 0.534, 0.926, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.534 std_dev=0.392
C3' B 0, 0.160, 0.560, 0.960, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.560 std_dev=0.400
N6 B 0, 0.154, 0.557, 0.959, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.557 std_dev=0.402
O3' B 0, 0.181, 0.643, 1.105, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.643 std_dev=0.462
O5' B 0, 0.193, 0.714, 1.235, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.714 std_dev=0.521
P B 0, 0.205, 0.756, 1.307, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.756 std_dev=0.551
OP1 B 0, 0.213, 0.773, 1.333, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.773 std_dev=0.560
OP2 B 0, 0.216, 0.794, 1.373, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.794 std_dev=0.578

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.13 0.03
C2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.10 0.01 0.21 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.13 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.13 0.07
C4 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.11 0.02 0.19 0.05
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.11 0.04 0.21 0.06
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.13 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.10 0.06 0.22 0.07
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.18 0.05
N1 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.10 0.03 0.22 0.06
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.11 0.04 0.19 0.04
N6 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.11 0.11 0.23 0.09
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.06 0.21 0.07
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.04 0.16 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.14 0.07
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.11 0.05 0.14 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.10 0.12 0.10 0.03
O5' 0.09 0.10 0.03 0.03 0.11 0.00 0.11 0.01 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.02 0.11 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.01 0.07 0.06 0.02 0.11 0.04 0.13 0.06 0.01 0.03 0.04 0.11 0.06 0.04 0.06 0.05 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.21 0.13 0.13 0.19 0.09 0.21 0.02 0.22 0.18 0.22 0.19 0.23 0.21 0.16 0.14 0.14 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.04 0.09 0.07 0.04 0.07 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.02 0.10 0.11 0.06 0.02 0.14 0.13 0.06 0.05 0.03 0.04 0.08 0.07 0.06 0.06
C2 0.06 0.10 0.07 0.03 0.09 0.02 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.07 0.13 0.04 0.04 0.07 0.09 0.05 0.06
C2' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.11 0.09 0.09 0.00 0.15 0.11 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03
C3' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.11 0.09 0.08 0.01 0.15 0.11 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04
C4 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.03 0.05 0.07 0.09 0.05 0.09 0.03 0.04 0.06 0.07 0.04 0.05
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.10 0.06 0.03 0.16 0.13 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05
C5 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.08 0.05 0.12 0.06 0.05 0.04 0.09 0.03 0.05
C5' 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.03 0.10 0.10 0.06 0.04 0.16 0.13 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04
C6 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.15 0.09 0.08 0.06 0.11 0.05 0.07
C8 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.06 0.09 0.03 0.02 0.09 0.09 0.05 0.08 0.04 0.04 0.05 0.08 0.02 0.04
N1 0.09 0.10 0.11 0.07 0.11 0.06 0.12 0.06 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.13 0.10 0.16 0.08 0.08 0.05 0.09 0.02 0.04
N3 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.01 0.04 0.09 0.09 0.07 0.08
N6 0.10 0.08 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.12 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.18 0.13 0.10 0.11 0.16 0.11 0.13
N7 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.04 0.06 0.07 0.04 0.10 0.06 0.04 0.04 0.10 0.04 0.06
N9 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.10 0.04 0.03 0.10 0.11 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.07 0.05 0.05
O2' 0.06 0.02 0.08 0.06 0.03 0.04 0.07 0.06 0.10 0.07 0.08 0.05 0.15 0.10 0.05 0.10 0.10 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02
O3' 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.06 0.03 0.13 0.08 0.03 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03
O4' 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.10 0.02 0.10 0.12 0.05 0.03 0.16 0.14 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.07 0.07 0.07
O5' 0.08 0.03 0.09 0.09 0.06 0.08 0.05 0.12 0.05 0.09 0.02 0.07 0.09 0.08 0.07 0.12 0.12 0.10 0.06 0.13 0.09 0.10
OP1 0.05 0.10 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05
OP2 0.17 0.16 0.14 0.17 0.17 0.18 0.20 0.15 0.21 0.20 0.19 0.15 0.24 0.22 0.18 0.13 0.13 0.17 0.22 0.19 0.19 0.19
P 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.02 0.09 0.10 0.07 0.02 0.13 0.12 0.06 0.05 0.01 0.05 0.09 0.09 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04
C2 0.07 0.00 0.14 0.11 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.22 0.13 0.04 0.09 0.08 0.07 0.07
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.11 0.15 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.12 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02
C4 0.04 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.04 0.10 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03 0.08 0.06 0.08 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03
C8 0.02 0.01 0.03 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.05 0.01 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.09 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03
N3 0.08 0.00 0.15 0.12 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.21 0.13 0.05 0.11 0.10 0.09 0.09
N6 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.02 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06
N7 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04
O2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.03 0.09 0.04 0.13 0.01 0.19 0.21 0.12 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
O3' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.13 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.05 0.05
O5' 0.05 0.09 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.10 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00