ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50467

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N9 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.018
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.022
N7 A 0, -0.004, 0.019, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.022
N1 A 0, -0.005, 0.019, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.003, 0.022, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.004, 0.024, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.024 std_dev=0.028
N3 A 0, -0.006, 0.023, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.006, 0.024, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.030
C3' A 0, 0.006, 0.036, 0.066, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.030
O5' A 0, -0.002, 0.032, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.032 std_dev=0.034
C2' A 0, -0.001, 0.040, 0.081, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.041
C4' A 0, -0.004, 0.041, 0.086, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.041 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.004, 0.050, 0.095, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.050 std_dev=0.046
C5' A 0, -0.006, 0.043, 0.093, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.043 std_dev=0.049
N6 A 0, -0.010, 0.044, 0.097, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.044 std_dev=0.054
O4' A 0, -0.012, 0.043, 0.098, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.043 std_dev=0.055
P A 0, -0.011, 0.067, 0.145, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.067 std_dev=0.078
O2' A 0, -0.014, 0.080, 0.174, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.080 std_dev=0.094
OP1 A 0, -0.014, 0.083, 0.181, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.083 std_dev=0.097
P B 0, -0.030, 0.128, 0.287, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.128 std_dev=0.159
O5' B 0, -0.043, 0.141, 0.325, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.141 std_dev=0.184
OP1 B 0, -0.037, 0.148, 0.332, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.148 std_dev=0.184
C5' B 0, -0.048, 0.139, 0.327, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.139 std_dev=0.188
OP2 B 0, -0.045, 0.165, 0.375, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.165 std_dev=0.210
OP2 A 0, -0.061, 0.190, 0.440, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.190 std_dev=0.250
C4' B 0, -0.066, 0.188, 0.442, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.188 std_dev=0.254
C3' B 0, -0.079, 0.211, 0.502, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.211 std_dev=0.291
O4' B 0, -0.072, 0.224, 0.520, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.224 std_dev=0.296
N7 B 0, -0.070, 0.226, 0.522, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.226 std_dev=0.296
C8 B 0, -0.078, 0.224, 0.526, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.224 std_dev=0.302
O3' B 0, -0.083, 0.235, 0.552, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.235 std_dev=0.317
O2' B 0, -0.079, 0.243, 0.565, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.243 std_dev=0.322
C2' B 0, -0.088, 0.252, 0.591, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.252 std_dev=0.339
C1' B 0, -0.096, 0.250, 0.597, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.250 std_dev=0.346
C5 B 0, -0.094, 0.270, 0.635, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.270 std_dev=0.365
N9 B 0, -0.103, 0.272, 0.647, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.272 std_dev=0.375
N6 B 0, -0.096, 0.295, 0.685, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.295 std_dev=0.390
C6 B 0, -0.103, 0.303, 0.710, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.303 std_dev=0.407
C4 B 0, -0.113, 0.298, 0.709, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.298 std_dev=0.411
N1 B 0, -0.125, 0.357, 0.839, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.357 std_dev=0.482
N3 B 0, -0.137, 0.358, 0.853, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.358 std_dev=0.495
C2 B 0, -0.143, 0.374, 0.890, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.374 std_dev=0.516

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.14 0.04
C2 0.06 0.00 0.07 0.06 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.04 0.04 0.04 0.19 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.19 0.06
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.19 0.04
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.04
C8 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.20 0.05
N1 0.05 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.03 0.03 0.19 0.06
N3 0.05 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.04 0.04 0.19 0.08
N6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.14 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.20 0.04
N9 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.06
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.09 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02
O5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.19 0.10 0.06 0.19 0.05 0.19 0.00 0.18 0.20 0.19 0.19 0.14 0.20 0.19 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.09 0.09 0.03 0.08
C2 0.13 0.20 0.11 0.09 0.21 0.05 0.20 0.02 0.19 0.22 0.20 0.21 0.15 0.21 0.21 0.03 0.07 0.10 0.02 0.06 0.08 0.01
C2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.07 0.01 0.06
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.06 0.08 0.07 0.01 0.06
C4 0.05 0.11 0.04 0.02 0.11 0.01 0.11 0.04 0.09 0.13 0.10 0.12 0.06 0.12 0.12 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07
C4' 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.09 0.09 0.03 0.08
C5 0.11 0.15 0.09 0.06 0.16 0.04 0.15 0.00 0.13 0.16 0.14 0.17 0.09 0.15 0.17 0.03 0.05 0.08 0.04 0.11 0.01 0.06
C5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.09 0.09 0.04 0.08
C6 0.17 0.22 0.15 0.12 0.22 0.10 0.20 0.06 0.18 0.22 0.20 0.23 0.13 0.20 0.23 0.09 0.10 0.15 0.01 0.08 0.03 0.02
C8 0.04 0.07 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.09 0.06 0.09 0.02 0.08 0.10 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.06 0.10
N1 0.19 0.25 0.16 0.14 0.25 0.12 0.23 0.07 0.21 0.25 0.23 0.26 0.17 0.22 0.26 0.09 0.12 0.18 0.04 0.06 0.07 0.01
N3 0.03 0.12 0.03 0.02 0.12 0.03 0.13 0.05 0.12 0.15 0.12 0.12 0.10 0.15 0.12 0.03 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.05
N6 0.22 0.26 0.19 0.16 0.25 0.15 0.22 0.10 0.20 0.24 0.22 0.28 0.15 0.21 0.26 0.15 0.16 0.20 0.04 0.07 0.03 0.01
N7 0.09 0.13 0.07 0.05 0.14 0.02 0.12 0.01 0.10 0.14 0.11 0.14 0.06 0.12 0.14 0.03 0.04 0.06 0.06 0.13 0.05 0.08
N9 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.02 0.07 0.07 0.03 0.01 0.03 0.09 0.12 0.04 0.09
O2' 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.03 0.03 0.04
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04
O4' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.09 0.04 0.08
O5' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.02 0.07 0.07 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.04 0.08
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.12 0.15 0.11 0.13
OP2 0.17 0.13 0.17 0.17 0.18 0.15 0.16 0.14 0.11 0.21 0.10 0.17 0.07 0.18 0.21 0.13 0.17 0.15 0.09 0.07 0.12 0.09
P 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.07 0.00 0.05 0.09 0.04 0.08 0.01 0.08 0.10 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02
C4 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03
N1 0.04 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
N3 0.06 0.00 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03
N6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05
N7 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.10 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04
O5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00