ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50469

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.001, 0.029, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N7 A 0, -0.005, 0.024, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.029
C8 A 0, -0.004, 0.028, 0.061, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.003, 0.036, 0.074, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.036 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.022, 0.085, 0.148, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.085 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.037, 0.128, 0.218, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.128 std_dev=0.090
C1' B 0, 0.034, 0.129, 0.225, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.129 std_dev=0.096
N9 B 0, 0.040, 0.136, 0.233, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.136 std_dev=0.096
C4 B 0, 0.042, 0.151, 0.261, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.151 std_dev=0.110
C3' B 0, 0.046, 0.161, 0.276, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.161 std_dev=0.115
C2' B 0, 0.009, 0.125, 0.241, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.125 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.036, 0.152, 0.268, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.152 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.049, 0.171, 0.292, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.171 std_dev=0.121
O4' B 0, 0.043, 0.169, 0.296, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.169 std_dev=0.126
C4' A 0, 0.050, 0.178, 0.306, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.178 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.049, 0.179, 0.309, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.179 std_dev=0.130
C8 B 0, 0.043, 0.181, 0.320, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.181 std_dev=0.139
C6 B 0, 0.060, 0.205, 0.349, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.205 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.048, 0.194, 0.340, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.194 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.014, 0.167, 0.320, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.167 std_dev=0.153
O5' B 0, 0.063, 0.220, 0.377, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.220 std_dev=0.157
N7 B 0, 0.039, 0.204, 0.368, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.204 std_dev=0.165
N6 B 0, 0.062, 0.235, 0.408, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.235 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.032, 0.208, 0.383, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.208 std_dev=0.175
C5' B 0, 0.041, 0.221, 0.401, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.221 std_dev=0.180
O3' B 0, 0.073, 0.261, 0.450, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.261 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.001, 0.192, 0.384, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.192 std_dev=0.191
OP1 A 0, 0.070, 0.265, 0.461, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.265 std_dev=0.196
O2' B 0, 0.051, 0.265, 0.479, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.265 std_dev=0.214
P B 0, 0.056, 0.272, 0.487, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.272 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.089, 0.309, 0.530, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.309 std_dev=0.221
P A 0, 0.092, 0.350, 0.608, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.350 std_dev=0.258
O5' A 0, 0.106, 0.380, 0.653, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.380 std_dev=0.274
OP2 B 0, 0.024, 0.310, 0.596, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.310 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.059, 0.379, 0.698, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.379 std_dev=0.320
OP2 A 0, 0.181, 0.639, 1.098, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.639 std_dev=0.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.12 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.11 0.06 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.12 0.08 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.05 0.11 0.06 0.02
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.04
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.10 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.05 0.11 0.07 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.12 0.05 0.01
N6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.10 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.10 0.09 0.10 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.12 0.05 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.10 0.12 0.04
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.13 0.06 0.08
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.06 0.06
O5' 0.03 0.03 0.07 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.02 0.08 0.10 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.05 0.10 0.02 0.10 0.10 0.11 0.12 0.09 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.05 0.12 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.11 0.07 0.01 0.05 0.21 0.07 0.12
C2 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.09 0.01 0.01 0.22 0.02 0.10
C2' 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.03 0.04 0.12 0.05 0.05
C3' 0.05 0.08 0.07 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05 0.13 0.05 0.03 0.02 0.11 0.02 0.05
C4 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.09 0.08 0.00 0.03 0.22 0.02 0.10
C4' 0.08 0.13 0.10 0.07 0.10 0.04 0.10 0.05 0.12 0.07 0.13 0.11 0.12 0.09 0.08 0.16 0.09 0.03 0.04 0.17 0.09 0.11
C5 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.18 0.03 0.07
C5' 0.08 0.15 0.09 0.06 0.12 0.04 0.13 0.04 0.15 0.09 0.16 0.13 0.16 0.11 0.09 0.15 0.08 0.03 0.04 0.14 0.07 0.09
C6 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.05 0.17 0.04 0.05
C8 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.09 0.07 0.01 0.04 0.18 0.04 0.07
N1 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.05 0.08 0.02 0.03 0.19 0.02 0.07
N3 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.09 0.09 0.01 0.03 0.25 0.04 0.13
N6 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.13 0.07 0.04
N7 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.04 0.16 0.05 0.05
N9 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.09 0.08 0.01 0.04 0.21 0.04 0.10
O2' 0.05 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.10 0.03 0.05 0.04 0.09 0.09 0.02
O3' 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03
O4' 0.06 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.14 0.10 0.04 0.07 0.22 0.11 0.14
O5' 0.03 0.11 0.04 0.03 0.08 0.04 0.09 0.06 0.11 0.05 0.12 0.09 0.13 0.07 0.05 0.10 0.04 0.02 0.07 0.11 0.06 0.07
OP1 0.13 0.18 0.16 0.13 0.15 0.10 0.16 0.10 0.17 0.13 0.18 0.17 0.17 0.14 0.14 0.22 0.15 0.09 0.07 0.17 0.07 0.12
OP2 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.06 0.10 0.09 0.03 0.10 0.05 0.11 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.12 0.08 0.12 0.09
P 0.05 0.12 0.06 0.03 0.09 0.02 0.11 0.04 0.13 0.07 0.13 0.10 0.14 0.09 0.07 0.12 0.05 0.01 0.04 0.10 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.14 0.11 0.11
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.17 0.13
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.11 0.13
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.17 0.14
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.19 0.15
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.17 0.20 0.14
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.16 0.18 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.17 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.16 0.13
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.17 0.21 0.15
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.17 0.20 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.15 0.13
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.22 0.15 0.16
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.05
O5' 0.05 0.06 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.16 0.18 0.12 0.16 0.05 0.17 0.00 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.22 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.17 0.11 0.04 0.17 0.02 0.19 0.02 0.20 0.18 0.19 0.16 0.21 0.20 0.15 0.15 0.04 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.13 0.07 0.14 0.03 0.15 0.00 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.16 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00