ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50470

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.011, 0.049, 0.087, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.049 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.024, 0.109, 0.195, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.109 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.014, 0.105, 0.196, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.105 std_dev=0.091
O4' A 0, -0.010, 0.084, 0.179, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.084 std_dev=0.094
C3' A 0, -0.003, 0.107, 0.217, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.107 std_dev=0.110
C4' A 0, -0.006, 0.112, 0.231, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.112 std_dev=0.119
C8 B 0, 0.050, 0.176, 0.301, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.176 std_dev=0.125
O2' A 0, 0.048, 0.192, 0.335, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.192 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.044, 0.188, 0.331, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.188 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.058, 0.202, 0.346, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.202 std_dev=0.144
C5 B 0, 0.056, 0.205, 0.354, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.205 std_dev=0.149
N7 B 0, 0.060, 0.210, 0.359, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.210 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.068, 0.234, 0.400, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.234 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.023, 0.195, 0.366, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.195 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.050, 0.230, 0.410, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.230 std_dev=0.180
C2' B 0, -0.018, 0.164, 0.347, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.164 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.069, 0.255, 0.441, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.255 std_dev=0.186
O5' A 0, -0.005, 0.186, 0.376, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.186 std_dev=0.191
C6 B 0, 0.044, 0.244, 0.444, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.045, 0.254, 0.463, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.254 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.016, 0.244, 0.472, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.244 std_dev=0.228
P A 0, -0.003, 0.241, 0.486, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.241 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.088, 0.335, 0.583, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.335 std_dev=0.248
N6 B 0, 0.043, 0.301, 0.559, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.301 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.001, 0.268, 0.536, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.268 std_dev=0.268
OP2 B 0, 0.104, 0.380, 0.656, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.380 std_dev=0.276
OP1 A 0, 0.025, 0.308, 0.591, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.308 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.077, 0.382, 0.688, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.382 std_dev=0.305
OP2 A 0, -0.008, 0.299, 0.606, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.299 std_dev=0.307
P B 0, 0.069, 0.384, 0.699, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.384 std_dev=0.315
O3' B 0, -0.048, 0.315, 0.679, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.315 std_dev=0.364
C5' B 0, 0.118, 0.589, 1.061, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.589 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.014, 0.531, 1.049, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.531 std_dev=0.518
OP1 B 0, -0.025, 0.578, 1.182, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.578 std_dev=0.603

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.06 0.10 0.17 0.07 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.10 0.02 0.05
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.13 0.02 0.06
C8 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04
N1 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.17 0.05 0.10
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.09 0.14 0.06 0.09
N6 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.04
N7 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03
O5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.09 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.17 0.00 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.17 0.14 0.11 0.05 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.09 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.13 0.05 0.46 0.03 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.05 0.16 0.03 0.04 0.34 0.19 0.09 0.10
C2 0.08 0.16 0.09 0.13 0.12 0.13 0.08 0.34 0.09 0.03 0.12 0.16 0.07 0.03 0.08 0.11 0.04 0.09 0.26 0.31 0.12 0.15
C2' 0.06 0.12 0.03 0.10 0.02 0.15 0.06 0.49 0.03 0.11 0.08 0.08 0.08 0.13 0.06 0.17 0.02 0.05 0.34 0.15 0.06 0.09
C3' 0.06 0.12 0.03 0.09 0.02 0.13 0.07 0.49 0.04 0.12 0.07 0.08 0.12 0.14 0.06 0.16 0.02 0.06 0.37 0.14 0.07 0.10
C4 0.04 0.11 0.04 0.12 0.04 0.11 0.01 0.38 0.02 0.06 0.07 0.10 0.02 0.06 0.02 0.14 0.03 0.03 0.31 0.27 0.11 0.14
C4' 0.04 0.12 0.02 0.11 0.02 0.13 0.06 0.47 0.06 0.08 0.06 0.09 0.14 0.11 0.03 0.12 0.03 0.04 0.35 0.16 0.09 0.10
C5 0.04 0.10 0.06 0.13 0.04 0.11 0.01 0.35 0.02 0.04 0.06 0.10 0.03 0.05 0.02 0.11 0.03 0.04 0.27 0.28 0.11 0.13
C5' 0.05 0.12 0.05 0.12 0.04 0.13 0.06 0.46 0.07 0.07 0.06 0.11 0.14 0.10 0.04 0.10 0.05 0.05 0.35 0.18 0.11 0.10
C6 0.06 0.12 0.10 0.15 0.08 0.12 0.04 0.31 0.04 0.01 0.08 0.12 0.01 0.01 0.05 0.06 0.04 0.08 0.22 0.30 0.12 0.12
C8 0.05 0.07 0.03 0.11 0.02 0.11 0.05 0.40 0.05 0.09 0.02 0.06 0.09 0.10 0.04 0.14 0.03 0.03 0.31 0.23 0.11 0.12
N1 0.09 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.08 0.29 0.08 0.04 0.11 0.15 0.06 0.03 0.09 0.05 0.04 0.11 0.21 0.32 0.12 0.13
N3 0.04 0.15 0.04 0.11 0.08 0.12 0.04 0.39 0.06 0.04 0.11 0.14 0.03 0.03 0.03 0.16 0.04 0.04 0.32 0.29 0.12 0.15
N6 0.08 0.11 0.12 0.17 0.08 0.12 0.04 0.29 0.04 0.02 0.07 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.17 0.28 0.12 0.10
N7 0.04 0.08 0.05 0.13 0.03 0.11 0.03 0.37 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.07 0.02 0.11 0.03 0.03 0.27 0.25 0.11 0.12
N9 0.05 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.05 0.41 0.03 0.09 0.04 0.07 0.07 0.10 0.04 0.16 0.02 0.04 0.33 0.24 0.10 0.13
O2' 0.09 0.15 0.06 0.10 0.07 0.18 0.08 0.52 0.08 0.14 0.13 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.02 0.08 0.34 0.12 0.03 0.08
O3' 0.09 0.11 0.06 0.08 0.04 0.13 0.09 0.50 0.05 0.14 0.08 0.06 0.13 0.16 0.09 0.18 0.04 0.08 0.38 0.12 0.07 0.10
O4' 0.05 0.12 0.04 0.12 0.04 0.13 0.06 0.45 0.07 0.07 0.06 0.10 0.12 0.09 0.04 0.12 0.04 0.04 0.34 0.19 0.12 0.11
O5' 0.03 0.12 0.08 0.13 0.04 0.12 0.04 0.44 0.07 0.03 0.06 0.12 0.15 0.07 0.02 0.06 0.04 0.02 0.33 0.18 0.10 0.08
OP1 0.10 0.11 0.16 0.18 0.08 0.14 0.03 0.42 0.08 0.04 0.07 0.15 0.15 0.03 0.08 0.07 0.09 0.07 0.28 0.17 0.11 0.05
OP2 0.03 0.12 0.07 0.12 0.04 0.11 0.04 0.44 0.06 0.03 0.06 0.13 0.15 0.07 0.02 0.06 0.02 0.02 0.34 0.18 0.08 0.09
P 0.04 0.11 0.10 0.14 0.05 0.11 0.04 0.42 0.07 0.02 0.06 0.12 0.15 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.32 0.19 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.13 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.39 0.08 0.21
C2 0.06 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.34 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.10 0.02 0.10 0.38 0.24 0.06 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.36 0.48 0.15 0.28
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.08 0.08 0.03 0.14 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.22 0.45 0.12 0.21
C4 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.37 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.36 0.24 0.05 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.18 0.24 0.10 0.00 0.24 0.26 0.12 0.04 0.02 0.00 0.01 0.29 0.21 0.01
C5 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.51 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.32 0.13 0.07 0.06
C5' 0.13 0.34 0.08 0.00 0.37 0.00 0.51 0.00 0.53 0.54 0.44 0.27 0.61 0.61 0.34 0.03 0.08 0.01 0.00 0.42 0.33 0.01
C6 0.03 0.01 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.53 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.11 0.06 0.04 0.31 0.09 0.11 0.05
C8 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.24 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.07 0.06 0.33 0.19 0.05 0.11
N1 0.05 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.44 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.02 0.07 0.34 0.14 0.09 0.07
N3 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.10 0.39 0.30 0.05 0.16
N6 0.03 0.01 0.02 0.14 0.01 0.24 0.01 0.61 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.10 0.04 0.26 0.12 0.17 0.12
N7 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.26 0.01 0.61 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.05 0.28 0.07 0.07 0.04
N9 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.34 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.37 0.29 0.07 0.17
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.04 0.09 0.03 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.09 0.05 0.00 0.03 0.04 0.29 0.46 0.16 0.25
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.03 0.10 0.09 0.03 0.03 0.00 0.06 0.09 0.38 0.15 0.14
O4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.00 0.25 0.36 0.02 0.17
O5' 0.34 0.38 0.36 0.22 0.36 0.01 0.32 0.00 0.31 0.33 0.34 0.39 0.26 0.28 0.37 0.29 0.09 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.39 0.24 0.48 0.45 0.24 0.29 0.13 0.42 0.09 0.19 0.14 0.30 0.12 0.07 0.29 0.46 0.38 0.36 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.06 0.15 0.12 0.05 0.21 0.07 0.33 0.11 0.05 0.09 0.05 0.17 0.07 0.07 0.16 0.15 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.21 0.12 0.28 0.21 0.13 0.01 0.06 0.01 0.05 0.11 0.07 0.16 0.12 0.04 0.17 0.25 0.14 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00