ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50471

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, -0.001, 0.013, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.003, 0.019, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N1 A 0, -0.004, 0.020, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.001, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.024
C4 A 0, -0.001, 0.025, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.010, 0.047, 0.084, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.004, 0.042, 0.079, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.042 std_dev=0.038
C2' A 0, -0.013, 0.066, 0.145, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.066 std_dev=0.079
C3' A 0, -0.014, 0.102, 0.218, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.102 std_dev=0.116
C4' A 0, -0.019, 0.102, 0.222, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.102 std_dev=0.120
O3' A 0, -0.007, 0.137, 0.281, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.137 std_dev=0.144
N6 B 0, 0.051, 0.208, 0.366, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.208 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.059, 0.225, 0.391, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.225 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.064, 0.233, 0.401, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.233 std_dev=0.168
O2' A 0, -0.041, 0.132, 0.305, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.132 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.063, 0.243, 0.423, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.243 std_dev=0.180
C2 B 0, 0.069, 0.249, 0.430, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.249 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.067, 0.256, 0.444, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.256 std_dev=0.189
C4 B 0, 0.065, 0.255, 0.445, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.255 std_dev=0.190
C5' A 0, -0.035, 0.159, 0.352, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.159 std_dev=0.193
N7 B 0, 0.067, 0.261, 0.455, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.261 std_dev=0.194
C8 B 0, 0.068, 0.278, 0.489, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.278 std_dev=0.210
O5' A 0, -0.040, 0.171, 0.381, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.171 std_dev=0.210
N9 B 0, 0.067, 0.281, 0.494, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.281 std_dev=0.214
P A 0, -0.040, 0.176, 0.392, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.176 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.076, 0.293, 0.510, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.293 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.084, 0.309, 0.534, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.309 std_dev=0.225
OP1 A 0, -0.053, 0.190, 0.433, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.190 std_dev=0.243
OP2 A 0, -0.056, 0.212, 0.480, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.212 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.057, 0.337, 0.616, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.337 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.071, 0.355, 0.639, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.355 std_dev=0.284
O3' B 0, 0.064, 0.362, 0.661, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.362 std_dev=0.299
C5' B 0, 0.042, 0.364, 0.686, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.364 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.038, 0.367, 0.697, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.367 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.032, 0.427, 0.822, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.427 std_dev=0.395
P B 0, 0.040, 0.438, 0.836, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.438 std_dev=0.398
OP2 B 0, 0.057, 0.475, 0.894, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.475 std_dev=0.418
O4' B 0, 0.008, 0.477, 0.947, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.477 std_dev=0.469
OP1 B 0, 0.022, 0.502, 0.982, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.502 std_dev=0.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.13 0.04 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.15 0.03 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.14 0.04 0.04 0.03
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.15 0.01 0.04 0.05
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.14 0.00 0.04 0.04
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.14 0.03 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.14 0.02 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.12 0.05 0.05 0.02
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.06 0.04 0.14 0.02 0.03 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.15 0.02 0.04 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.12 0.07 0.03 0.01
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.04 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.04
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.19 0.07 0.13
O5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.14 0.00 0.15 0.00 0.14 0.14 0.14 0.12 0.14 0.15 0.12 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.14 0.04 0.15 0.11 0.04 0.12 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.10 0.10 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.03 0.08 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.04 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.04 0.02 0.07 0.08 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.06 0.10 0.09 0.12 0.02 0.12 0.03 0.03
C2 0.13 0.11 0.08 0.01 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.07 0.11 0.12 0.09 0.07 0.10 0.14 0.15 0.15 0.12 0.19 0.05 0.10
C2' 0.08 0.08 0.03 0.04 0.06 0.06 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.08 0.07 0.02 0.10 0.02 0.01
C3' 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.09 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01
C4 0.12 0.12 0.08 0.01 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.07 0.10 0.16 0.15 0.15 0.06 0.15 0.03 0.05
C4' 0.10 0.09 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.09 0.06 0.04 0.07 0.13 0.12 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03
C5 0.10 0.11 0.07 0.03 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.09 0.15 0.12 0.20 0.10 0.17 0.04 0.08
C5' 0.06 0.05 0.04 0.01 0.04 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.11 0.10 0.14 0.03 0.06 0.03 0.02
C6 0.08 0.10 0.06 0.06 0.08 0.14 0.07 0.14 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09 0.06 0.08 0.13 0.10 0.24 0.15 0.19 0.06 0.11
C8 0.11 0.12 0.08 0.02 0.10 0.09 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.16 0.12 0.17 0.05 0.13 0.03 0.04
N1 0.09 0.10 0.06 0.05 0.09 0.14 0.08 0.16 0.09 0.06 0.09 0.10 0.09 0.06 0.08 0.12 0.11 0.23 0.17 0.21 0.06 0.12
N3 0.14 0.12 0.09 0.02 0.11 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.10 0.07 0.10 0.16 0.17 0.11 0.06 0.16 0.03 0.06
N6 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.16 0.06 0.16 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.11 0.08 0.28 0.19 0.20 0.07 0.12
N7 0.10 0.12 0.08 0.04 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.09 0.15 0.11 0.21 0.09 0.15 0.03 0.06
N9 0.11 0.12 0.08 0.01 0.10 0.08 0.09 0.04 0.10 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.09 0.15 0.13 0.14 0.03 0.13 0.03 0.03
O2' 0.19 0.18 0.12 0.09 0.17 0.10 0.17 0.16 0.17 0.16 0.18 0.18 0.17 0.16 0.17 0.15 0.16 0.09 0.19 0.04 0.16 0.15
O3' 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.11 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03
O4' 0.09 0.11 0.04 0.03 0.09 0.08 0.08 0.02 0.09 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06 0.07 0.11 0.08 0.12 0.02 0.12 0.03 0.02
O5' 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.14 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.05 0.05 0.21 0.05 0.10 0.02 0.04
OP1 0.15 0.12 0.14 0.07 0.12 0.03 0.11 0.05 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.10 0.13 0.21 0.19 0.12 0.07 0.03 0.10 0.08
OP2 0.08 0.08 0.05 0.01 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.13 0.11 0.17 0.02 0.09 0.02 0.02
P 0.09 0.07 0.07 0.01 0.06 0.08 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.06 0.14 0.13 0.16 0.02 0.06 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.17 0.19 0.08 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.13 0.24 0.23 0.15 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.18 0.28 0.15 0.19
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.18 0.01 0.06
C4 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.05 0.24 0.23 0.15 0.19
C4' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.11 0.04
C5 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.24 0.22 0.16 0.20
C5' 0.07 0.13 0.09 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.11 0.10 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.04 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02
C6 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.23 0.21 0.16 0.19
C8 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.24 0.22 0.17 0.20
N1 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.08 0.24 0.22 0.15 0.19
N3 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.14 0.23 0.23 0.14 0.18
N6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.07 0.03 0.23 0.20 0.16 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.12 0.23 0.21 0.17 0.20
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.24 0.23 0.15 0.19
O2' 0.03 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.08 0.05 0.01 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.29 0.18 0.20
O3' 0.06 0.06 0.03 0.00 0.07 0.03 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.02 0.04
O4' 0.01 0.13 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.08 0.14 0.03 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.22 0.13
O5' 0.17 0.24 0.18 0.03 0.24 0.03 0.24 0.01 0.23 0.24 0.24 0.23 0.23 0.23 0.24 0.17 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01
OP1 0.19 0.23 0.28 0.18 0.23 0.07 0.22 0.06 0.21 0.22 0.22 0.23 0.20 0.21 0.23 0.29 0.18 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.15 0.15 0.01 0.15 0.11 0.16 0.06 0.16 0.17 0.15 0.14 0.16 0.17 0.15 0.18 0.02 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.18 0.19 0.06 0.19 0.04 0.20 0.02 0.19 0.20 0.19 0.18 0.18 0.20 0.19 0.20 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00