ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50472

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.010, 0.040, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.003, 0.045, 0.086, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.045 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.161, 0.597, 1.033, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.597 std_dev=0.436
C2' A 0, 0.204, 0.722, 1.239, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.722 std_dev=0.518
O2' B 0, 0.229, 0.786, 1.342, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.786 std_dev=0.557
C1' B 0, 0.196, 0.769, 1.342, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.769 std_dev=0.573
C4' A 0, 0.260, 0.894, 1.528, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.894 std_dev=0.634
C3' A 0, 0.277, 0.945, 1.614, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.945 std_dev=0.669
O4' B 0, 0.023, 0.742, 1.462, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.742 std_dev=0.720
C2' B 0, 0.325, 1.118, 1.912, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.118 std_dev=0.793
P A 0, 0.301, 1.111, 1.922, 1.909 max_d=1.909 avg_d=1.111 std_dev=0.810
C5' A 0, 0.328, 1.191, 2.053, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.191 std_dev=0.862
O5' A 0, 0.357, 1.224, 2.091, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.224 std_dev=0.867
O2' A 0, 0.342, 1.211, 2.080, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.211 std_dev=0.869
OP2 A 0, 0.386, 1.318, 2.250, 2.000 max_d=2.000 avg_d=1.318 std_dev=0.932
O3' A 0, 0.414, 1.459, 2.504, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.459 std_dev=1.045
OP1 A 0, 0.492, 1.702, 2.911, 2.704 max_d=2.704 avg_d=1.702 std_dev=1.210
N9 B 0, 0.684, 2.352, 4.020, 3.687 max_d=3.687 avg_d=2.352 std_dev=1.668
C4' B 0, 0.666, 2.335, 4.004, 3.802 max_d=3.802 avg_d=2.335 std_dev=1.669
C3' B 0, 0.706, 2.466, 4.226, 3.991 max_d=3.991 avg_d=2.466 std_dev=1.760
O3' B 0, 0.855, 3.221, 5.587, 5.617 max_d=5.617 avg_d=3.221 std_dev=2.366
C8 B 0, 1.023, 3.542, 6.061, 5.643 max_d=5.643 avg_d=3.542 std_dev=2.519
C5' B 0, 1.000, 3.568, 6.136, 5.935 max_d=5.935 avg_d=3.568 std_dev=2.568
C4 B 0, 1.086, 3.732, 6.379, 5.841 max_d=5.841 avg_d=3.732 std_dev=2.646
N3 B 0, 1.295, 4.428, 7.561, 6.780 max_d=6.780 avg_d=4.428 std_dev=3.133
O5' B 0, 1.280, 4.469, 7.657, 7.229 max_d=7.229 avg_d=4.469 std_dev=3.189
N7 B 0, 1.421, 4.944, 8.467, 7.953 max_d=7.953 avg_d=4.944 std_dev=3.523
C5 B 0, 1.452, 5.024, 8.597, 7.999 max_d=7.999 avg_d=5.024 std_dev=3.573
P B 0, 1.707, 5.908, 10.109, 9.407 max_d=9.407 avg_d=5.908 std_dev=4.201
C2 B 0, 1.785, 6.109, 10.433, 9.391 max_d=9.391 avg_d=6.109 std_dev=4.324
OP2 B 0, 1.846, 6.302, 10.759, 9.477 max_d=9.477 avg_d=6.302 std_dev=4.457
C6 B 0, 1.920, 6.627, 11.333, 10.479 max_d=10.479 avg_d=6.627 std_dev=4.706
N1 B 0, 2.063, 7.076, 12.090, 11.004 max_d=11.004 avg_d=7.076 std_dev=5.014
OP1 B 0, 2.172, 7.510, 12.847, 11.925 max_d=11.925 avg_d=7.510 std_dev=5.337
N6 B 0, 2.315, 8.018, 13.721, 12.783 max_d=12.783 avg_d=8.018 std_dev=5.703

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.00 0.24 1.09 0.32 0.22
C2 0.04 0.00 0.17 0.20 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.45 1.36 0.38 0.46
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.10 0.05 0.12 0.12 0.18 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.42 0.95 0.37 0.34
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.01 0.20 0.13 0.21 0.18 0.20 0.16 0.12 0.01 0.00 0.03 0.37 0.79 0.13 0.31
C4 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.02 0.03 0.45 1.39 0.39 0.45
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.17 0.02 0.00 0.01 0.58 0.28 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.18 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.02 0.54 1.50 0.43 0.57
C5' 0.05 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.09 0.15 0.07 0.05 0.09 0.14 0.09 0.07 0.13 0.00 0.01 0.32 0.26 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.20 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.08 0.03 0.57 1.51 0.44 0.60
C8 0.02 0.00 0.12 0.13 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.19 0.10 0.03 0.48 1.49 0.44 0.50
N1 0.03 0.00 0.12 0.21 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.05 0.52 1.45 0.41 0.55
N3 0.04 0.00 0.18 0.18 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.39 1.30 0.36 0.40
N6 0.01 0.00 0.03 0.20 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.22 0.11 0.04 0.63 1.56 0.46 0.68
N7 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.11 0.02 0.55 1.53 0.47 0.60
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.06 0.01 0.39 1.34 0.39 0.38
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.14 0.17 0.20 0.07 0.19 0.19 0.14 0.06 0.22 0.23 0.13 0.00 0.04 0.11 0.17 0.71 0.35 0.10
O3' 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.13 0.08 0.10 0.06 0.03 0.11 0.11 0.06 0.04 0.00 0.11 0.28 0.55 0.18 0.25
O4' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.11 0.11 0.00 0.03 0.99 0.35 0.21
O5' 0.24 0.45 0.42 0.37 0.45 0.01 0.54 0.01 0.57 0.48 0.52 0.39 0.63 0.55 0.39 0.17 0.28 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 1.09 1.36 0.95 0.79 1.39 0.58 1.50 0.32 1.51 1.49 1.45 1.30 1.56 1.53 1.34 0.71 0.55 0.99 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.38 0.37 0.13 0.39 0.28 0.43 0.26 0.44 0.44 0.41 0.36 0.46 0.47 0.39 0.35 0.18 0.35 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.22 0.46 0.34 0.31 0.45 0.09 0.57 0.00 0.60 0.50 0.55 0.40 0.68 0.60 0.38 0.10 0.25 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 1.37 0.05 0.64 1.23 0.54 1.83 0.36 2.18 1.42 1.92 0.96 2.69 1.92 0.96 0.26 1.39 0.52 0.83 0.72 0.80 0.68
C2 0.41 0.76 0.12 0.37 0.89 0.47 1.23 0.49 1.27 1.14 1.04 0.61 1.45 1.37 0.82 0.31 0.93 0.25 0.23 0.18 0.73 0.22
C2' 0.45 1.27 0.30 0.84 1.09 0.79 1.65 0.68 2.00 1.29 1.79 0.85 2.48 1.74 0.85 0.46 1.51 0.59 0.98 1.02 0.72 0.83
C3' 0.41 1.46 0.19 0.78 1.20 0.75 1.79 0.68 2.21 1.35 2.03 0.99 2.74 1.84 0.91 0.34 1.46 0.51 0.95 1.07 0.69 0.83
C4 0.38 0.87 0.05 0.49 0.98 0.44 1.50 0.35 1.64 1.31 1.31 0.63 1.99 1.70 0.85 0.26 1.19 0.35 0.42 0.10 0.91 0.36
C4' 0.40 1.58 0.06 0.66 1.34 0.58 1.97 0.47 2.41 1.49 2.18 1.11 3.00 2.03 1.02 0.15 1.41 0.49 0.89 0.91 0.76 0.77
C5 0.34 0.56 0.14 0.41 0.78 0.38 1.26 0.52 1.32 1.23 0.96 0.43 1.66 1.56 0.75 0.27 1.07 0.24 0.39 0.41 1.27 0.64
C5' 0.44 1.51 0.12 0.56 1.35 0.48 2.00 0.35 2.39 1.56 2.12 1.07 3.00 2.11 1.07 0.12 1.33 0.48 0.77 0.68 0.81 0.63
C6 0.34 0.53 0.21 0.36 0.65 0.41 0.99 0.74 0.99 1.06 0.72 0.48 1.22 1.27 0.64 0.32 0.87 0.12 0.54 0.76 1.47 0.90
C8 0.34 0.78 0.09 0.50 0.93 0.39 1.53 0.31 1.70 1.36 1.31 0.53 2.17 1.80 0.83 0.23 1.26 0.35 0.44 0.09 1.13 0.51
N1 0.38 0.61 0.20 0.30 0.73 0.44 0.98 0.74 0.98 0.99 0.78 0.56 1.14 1.16 0.68 0.35 0.77 0.09 0.43 0.60 1.20 0.71
N3 0.40 1.02 0.04 0.52 1.05 0.51 1.51 0.39 1.65 1.27 1.40 0.77 1.92 1.62 0.88 0.27 1.16 0.38 0.51 0.37 0.68 0.33
N6 0.31 0.68 0.29 0.41 0.55 0.45 0.76 0.94 0.74 0.91 0.64 0.64 0.92 1.05 0.51 0.36 0.75 0.03 0.84 1.24 1.89 1.30
N7 0.32 0.52 0.15 0.44 0.77 0.36 1.31 0.49 1.38 1.27 0.98 0.37 1.80 1.64 0.74 0.24 1.13 0.26 0.43 0.46 1.37 0.71
N9 0.37 1.03 0.03 0.55 1.06 0.46 1.65 0.28 1.88 1.38 1.55 0.72 2.33 1.84 0.89 0.24 1.31 0.41 0.55 0.26 0.89 0.43
O2' 0.34 1.45 0.30 0.87 1.14 0.71 1.66 0.65 2.04 1.26 1.92 1.00 2.45 1.70 0.84 0.43 1.52 0.49 1.01 1.14 0.78 0.94
O3' 0.35 1.85 0.12 0.72 1.43 0.65 2.00 0.68 2.49 1.43 2.40 1.32 3.00 1.97 1.02 0.10 1.37 0.33 0.90 1.20 0.69 0.88
O4' 0.44 1.52 0.13 0.54 1.37 0.43 2.02 0.26 2.41 1.57 2.12 1.09 3.00 2.11 1.08 0.10 1.32 0.51 0.81 0.68 0.86 0.70
O5' 0.21 1.32 0.34 0.67 1.16 0.50 1.78 0.38 2.13 1.37 1.87 0.93 2.70 1.91 0.88 0.10 1.34 0.14 0.44 0.34 0.84 0.33
OP1 0.96 1.31 1.25 1.70 0.97 1.48 1.27 1.22 1.63 0.79 1.54 1.16 2.13 1.29 0.73 1.25 2.44 0.93 0.67 0.84 0.62 0.46
OP2 0.77 1.24 0.53 0.12 1.37 0.15 1.97 0.31 2.18 1.80 1.79 0.97 2.72 2.23 1.27 0.55 0.79 0.75 0.90 0.47 1.56 0.95
P 0.04 0.96 0.26 0.71 0.87 0.58 1.50 0.38 1.81 1.18 1.50 0.61 2.39 1.69 0.65 0.24 1.42 0.24 0.41 0.23 0.90 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.24 0.23 0.22 0.22
C2 0.01 0.00 0.28 0.27 0.01 0.09 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.15 0.21 0.20 0.29 0.50 0.28
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.05 0.09 0.11 0.16 0.20 0.28 0.07 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.18 0.02 0.18
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.24 0.00 0.29 0.01 0.31 0.23 0.29 0.23 0.34 0.28 0.19 0.01 0.01 0.02 0.19 0.05 0.23 0.03
C4 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.11 0.11 0.29 0.34 0.48 0.34
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.17 0.09 0.08 0.14 0.17 0.08 0.24 0.01 0.00 0.02 0.12 0.19 0.01
C5 0.01 0.02 0.05 0.29 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.20 0.05 0.39 0.48 0.61 0.49
C5' 0.05 0.24 0.09 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.27 0.23 0.26 0.20 0.30 0.28 0.15 0.15 0.12 0.01 0.01 0.24 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.31 0.01 0.11 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.22 0.09 0.36 0.49 0.65 0.48
C8 0.00 0.02 0.16 0.23 0.01 0.17 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.18 0.13 0.49 0.53 0.57 0.55
N1 0.02 0.01 0.20 0.29 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.18 0.17 0.27 0.38 0.58 0.38
N3 0.01 0.00 0.28 0.23 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.12 0.21 0.18 0.24 0.41 0.23
N6 0.01 0.01 0.07 0.34 0.01 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.30 0.27 0.06 0.43 0.60 0.74 0.59
N7 0.00 0.02 0.09 0.28 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.30 0.24 0.07 0.50 0.60 0.69 0.62
N9 0.00 0.01 0.00 0.19 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.06 0.00 0.33 0.35 0.41 0.35
O2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.21 0.24 0.26 0.15 0.28 0.28 0.29 0.28 0.30 0.30 0.16 0.00 0.06 0.17 0.13 0.06 0.04 0.07
O3' 0.13 0.15 0.01 0.01 0.11 0.01 0.20 0.12 0.22 0.18 0.18 0.12 0.27 0.24 0.06 0.06 0.00 0.08 0.18 0.14 0.39 0.15
O4' 0.00 0.21 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.13 0.17 0.21 0.06 0.07 0.00 0.17 0.08 0.00 0.29 0.31 0.22 0.26
O5' 0.24 0.20 0.29 0.19 0.29 0.02 0.39 0.01 0.36 0.49 0.27 0.18 0.43 0.50 0.33 0.13 0.18 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.29 0.18 0.05 0.34 0.12 0.48 0.24 0.49 0.53 0.38 0.24 0.60 0.60 0.35 0.06 0.14 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.50 0.02 0.23 0.48 0.19 0.61 0.24 0.65 0.57 0.58 0.41 0.74 0.69 0.41 0.04 0.39 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.28 0.18 0.03 0.34 0.01 0.49 0.01 0.48 0.55 0.38 0.23 0.59 0.62 0.35 0.07 0.15 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00