ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50473

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O4' A 0, -0.002, 0.025, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.003, 0.051, 0.099, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.051 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.018, 0.066, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.066 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.020, 0.073, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.073 std_dev=0.053
C5' A 0, -0.009, 0.060, 0.129, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.060 std_dev=0.069
O5' A 0, 0.002, 0.098, 0.193, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.098 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.036, 0.132, 0.228, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.132 std_dev=0.096
C2 B 0, 0.056, 0.205, 0.354, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.205 std_dev=0.149
P A 0, 0.009, 0.159, 0.310, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.159 std_dev=0.151
OP2 A 0, 0.014, 0.170, 0.325, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.170 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.066, 0.226, 0.386, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.226 std_dev=0.160
N3 B 0, 0.043, 0.208, 0.374, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.208 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.050, 0.226, 0.401, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.226 std_dev=0.175
C6 B 0, 0.072, 0.250, 0.427, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.250 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.067, 0.246, 0.425, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.246 std_dev=0.179
OP1 A 0, 0.015, 0.195, 0.375, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.195 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.044, 0.239, 0.433, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.195
N7 B 0, 0.071, 0.270, 0.468, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.270 std_dev=0.198
N6 B 0, 0.084, 0.287, 0.490, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.287 std_dev=0.203
C8 B 0, 0.060, 0.263, 0.466, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.263 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.055, 0.260, 0.465, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.260 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.022, 0.232, 0.442, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.232 std_dev=0.210
O4' B 0, 0.031, 0.241, 0.451, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.241 std_dev=0.210
P B 0, 0.068, 0.296, 0.524, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.296 std_dev=0.228
C4' B 0, 0.032, 0.278, 0.524, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.278 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.061, 0.307, 0.554, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.307 std_dev=0.247
C5' B 0, 0.048, 0.310, 0.571, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.310 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.043, 0.313, 0.583, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.313 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.008, 0.282, 0.555, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.282 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.074, 0.367, 0.659, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.367 std_dev=0.292
O2' B 0, -0.025, 0.298, 0.621, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.298 std_dev=0.323
O3' B 0, 0.055, 0.384, 0.713, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.384 std_dev=0.329

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.11 0.12 0.08 0.10
C2 0.06 0.14 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.11 0.04 0.15 0.09 0.11 0.03 0.03 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08
C2' 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.12 0.12 0.09 0.10
C3' 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.02 0.11 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.12 0.12 0.08 0.10
C4 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.10 0.11 0.07 0.09
C4' 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.10 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.06 0.12 0.12 0.08 0.10
C5 0.09 0.01 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.10 0.01 0.03 0.03 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.06 0.09
C5' 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.03 0.05 0.11 0.13 0.07 0.10
C6 0.10 0.04 0.10 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.01 0.12 0.05 0.02 0.01 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.08
C8 0.07 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.08 0.10 0.08 0.07 0.05 0.05 0.10 0.12 0.07 0.10
N1 0.09 0.10 0.09 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.08 0.08 0.13 0.03 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.08
N3 0.04 0.11 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.08 0.07 0.03 0.10 0.08 0.07 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.11 0.10 0.08 0.09
N6 0.12 0.01 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.05 0.15 0.02 0.04 0.04 0.14 0.12 0.12 0.10 0.12 0.08 0.09 0.06 0.08
N7 0.09 0.04 0.09 0.07 0.08 0.06 0.10 0.08 0.08 0.12 0.05 0.05 0.09 0.12 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.12 0.06 0.09
N9 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.08 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.11 0.12 0.07 0.10
O2' 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.05 0.05 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.09 0.13 0.12 0.09 0.11
O3' 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05 0.09 0.03 0.11 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.09 0.13 0.12 0.08 0.10
O4' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.11 0.12 0.08 0.10
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.04 0.11 0.09 0.05 0.03 0.01 0.03 0.08 0.10 0.04 0.07
OP1 0.04 0.06 0.04 0.03 0.07 0.03 0.10 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05 0.13 0.11 0.07 0.04 0.02 0.02 0.06 0.08 0.02 0.05
OP2 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.03 0.10 0.04 0.11 0.11 0.08 0.05 0.13 0.12 0.08 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04
P 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.10 0.05 0.11 0.09 0.09 0.05 0.13 0.11 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.08 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.13 0.14 0.12 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.11 0.09 0.08 0.09
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.10 0.10 0.11
C5' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.04 0.11 0.08 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.14 0.13 0.14
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.14 0.15 0.14 0.15
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.11 0.09 0.10
N6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.14 0.14 0.15 0.15
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
O5' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.14 0.05 0.14 0.11 0.14 0.09 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.14 0.02 0.02 0.09 0.02 0.10 0.02 0.14 0.03 0.15 0.11 0.14 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.12 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.13 0.03 0.14 0.09 0.15 0.08 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.14 0.03 0.15 0.10 0.15 0.07 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00