ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50474

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.070 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.009, 0.087, 0.165, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.087 std_dev=0.078
C2' A 0, -0.011, 0.075, 0.161, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.075 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.018, 0.147, 0.276, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.147 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.047, 0.181, 0.314, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.181 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.003, 0.143, 0.284, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.143 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.038, 0.207, 0.376, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.067, 0.237, 0.407, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.237 std_dev=0.170
P A 0, -0.024, 0.182, 0.388, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.182 std_dev=0.206
O3' A 0, -0.015, 0.195, 0.405, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.195 std_dev=0.210
OP2 A 0, 0.081, 0.294, 0.507, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.294 std_dev=0.213
C3' B 0, 0.090, 0.307, 0.524, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.307 std_dev=0.217
OP1 B 0, 0.077, 0.298, 0.519, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.298 std_dev=0.221
OP1 A 0, 0.009, 0.236, 0.462, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.236 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.101, 0.347, 0.593, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.347 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.093, 0.354, 0.615, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.354 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.111, 0.378, 0.646, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.378 std_dev=0.268
C8 B 0, 0.111, 0.380, 0.649, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.380 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.097, 0.376, 0.656, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.376 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.110, 0.391, 0.673, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.391 std_dev=0.281
P B 0, 0.083, 0.365, 0.647, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.365 std_dev=0.282
N9 B 0, 0.118, 0.404, 0.690, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.404 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.040, 0.332, 0.623, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.332 std_dev=0.291
C4 B 0, 0.120, 0.412, 0.705, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.412 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.088, 0.381, 0.674, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.381 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.055, 0.368, 0.681, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.368 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.087, 0.403, 0.720, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.403 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.126, 0.446, 0.766, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.446 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.135, 0.464, 0.793, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.464 std_dev=0.329
C2 B 0, 0.139, 0.473, 0.808, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.473 std_dev=0.335
O2' B 0, 0.112, 0.523, 0.934, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.523 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.063, 0.507, 0.951, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.507 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.051, 0.564, 1.077, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.564 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.13 0.11 0.08
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.12 0.10
C4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.07 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.14 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01
N6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.05
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.12 0.10 0.07
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.09 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.13 0.14 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.20 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03
O5' 0.06 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.02 0.13 0.15 0.04 0.07 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.12 0.20 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.02 0.11 0.12 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.10 0.16 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.01 0.08 0.10 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.24 0.17 0.08 0.15 0.11 0.10 0.12 0.12 0.05 0.21 0.24 0.05 0.03 0.11 0.06 0.07 0.13 0.11 0.20 0.15 0.12
C2 0.02 0.18 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.05 0.12 0.15 0.15 0.03 0.10 0.04 0.08 0.26 0.04 0.12 0.02 0.12 0.09
C2' 0.12 0.18 0.15 0.05 0.12 0.07 0.06 0.07 0.07 0.03 0.15 0.19 0.01 0.00 0.10 0.08 0.16 0.12 0.07 0.18 0.12 0.09
C3' 0.10 0.13 0.14 0.07 0.08 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.15 0.08 0.05 0.07 0.08 0.19 0.10 0.05 0.16 0.09 0.05
C4 0.06 0.20 0.08 0.07 0.09 0.05 0.05 0.05 0.09 0.04 0.17 0.18 0.03 0.04 0.03 0.05 0.13 0.04 0.03 0.11 0.01 0.01
C4' 0.13 0.18 0.18 0.06 0.12 0.09 0.05 0.12 0.06 0.03 0.13 0.19 0.04 0.02 0.10 0.10 0.16 0.13 0.10 0.18 0.15 0.10
C5 0.01 0.15 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.08 0.05 0.07 0.14 0.13 0.01 0.07 0.02 0.09 0.17 0.02 0.05 0.11 0.03 0.02
C5' 0.14 0.17 0.18 0.07 0.12 0.10 0.05 0.11 0.05 0.03 0.13 0.19 0.05 0.02 0.10 0.11 0.14 0.14 0.10 0.18 0.14 0.09
C6 0.04 0.13 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.14 0.03 0.11 0.11 0.09 0.01 0.10 0.07 0.12 0.26 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06
C8 0.06 0.19 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.17 0.17 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.18 0.08 0.07
N1 0.05 0.13 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.18 0.02 0.14 0.11 0.09 0.03 0.12 0.09 0.12 0.31 0.08 0.13 0.03 0.13 0.10
N3 0.06 0.21 0.07 0.06 0.09 0.04 0.04 0.10 0.09 0.06 0.18 0.20 0.03 0.06 0.02 0.05 0.15 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05
N6 0.07 0.09 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.15 0.01 0.13 0.09 0.05 0.02 0.11 0.10 0.15 0.29 0.09 0.11 0.07 0.11 0.08
N7 0.02 0.15 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.14 0.13 0.02 0.05 0.01 0.09 0.12 0.01 0.03 0.15 0.03 0.03
N9 0.09 0.22 0.12 0.07 0.12 0.08 0.08 0.05 0.12 0.02 0.20 0.21 0.06 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.06 0.18 0.09 0.07
O2' 0.15 0.21 0.19 0.05 0.15 0.09 0.08 0.15 0.09 0.05 0.17 0.23 0.01 0.01 0.13 0.12 0.24 0.15 0.13 0.18 0.18 0.13
O3' 0.09 0.09 0.12 0.13 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.12 0.13 0.08 0.06 0.09 0.30 0.09 0.06 0.10 0.07 0.05
O4' 0.14 0.22 0.18 0.09 0.14 0.12 0.08 0.14 0.10 0.04 0.19 0.23 0.02 0.01 0.11 0.08 0.08 0.13 0.12 0.20 0.17 0.12
O5' 0.16 0.19 0.20 0.09 0.14 0.13 0.08 0.10 0.08 0.06 0.15 0.21 0.01 0.02 0.12 0.12 0.07 0.16 0.10 0.22 0.14 0.10
OP1 0.22 0.23 0.27 0.12 0.20 0.17 0.15 0.15 0.13 0.15 0.19 0.25 0.06 0.11 0.19 0.20 0.07 0.22 0.17 0.30 0.23 0.18
OP2 0.19 0.23 0.22 0.12 0.19 0.15 0.16 0.10 0.17 0.15 0.22 0.24 0.11 0.13 0.17 0.13 0.09 0.19 0.13 0.29 0.19 0.16
P 0.17 0.21 0.22 0.10 0.17 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.23 0.05 0.08 0.15 0.13 0.07 0.17 0.12 0.25 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.13 0.11 0.06 0.00 0.01 0.00 0.26 0.00 0.07 0.13 0.08 0.13
C2 0.12 0.00 0.08 0.19 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.19 0.62 0.13 0.03 0.11 0.09 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.05 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.16 0.14 0.15 0.18
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.21 0.12 0.20 0.08 0.20 0.05 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.14 0.12
C4 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.04 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.14 0.37 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04
C4' 0.01 0.14 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.14 0.10 0.14 0.05 0.14 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02
C5 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.17 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.24 0.05 0.13 0.02 0.20 0.07
C5' 0.01 0.02 0.10 0.02 0.09 0.00 0.17 0.00 0.16 0.22 0.07 0.02 0.23 0.26 0.11 0.08 0.06 0.03 0.00 0.10 0.03 0.02
C6 0.08 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.21 0.35 0.08 0.13 0.03 0.24 0.09
C8 0.02 0.00 0.05 0.21 0.00 0.14 0.00 0.22 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.02 0.16 0.02 0.13 0.04
N1 0.13 0.01 0.08 0.12 0.06 0.10 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.23 0.53 0.13 0.05 0.06 0.16 0.03
N3 0.11 0.02 0.08 0.20 0.00 0.14 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.60 0.12 0.06 0.15 0.02 0.10
N6 0.06 0.01 0.01 0.08 0.03 0.05 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.21 0.26 0.05 0.21 0.12 0.36 0.19
N7 0.00 0.02 0.05 0.20 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.04 0.01 0.22 0.08 0.26 0.14
N9 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.11 0.04 0.00 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.11 0.21 0.01 0.03 0.09 0.03 0.07
O2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.14 0.04 0.17 0.08 0.21 0.11 0.23 0.16 0.21 0.14 0.11 0.00 0.01 0.04 0.18 0.13 0.26 0.23
O3' 0.26 0.62 0.04 0.01 0.37 0.04 0.24 0.06 0.35 0.02 0.53 0.60 0.26 0.04 0.21 0.01 0.00 0.16 0.16 0.35 0.26 0.24
O4' 0.00 0.13 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.08 0.02 0.13 0.12 0.05 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.08 0.17 0.10 0.15
O5' 0.07 0.03 0.16 0.10 0.04 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.05 0.06 0.21 0.22 0.03 0.18 0.16 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.13 0.11 0.14 0.15 0.08 0.03 0.02 0.10 0.03 0.02 0.06 0.15 0.12 0.08 0.09 0.13 0.35 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.09 0.15 0.14 0.07 0.01 0.20 0.03 0.24 0.13 0.16 0.02 0.36 0.26 0.03 0.26 0.26 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.05 0.18 0.12 0.04 0.02 0.07 0.02 0.09 0.04 0.03 0.10 0.19 0.14 0.07 0.23 0.24 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00