ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50477

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N3 A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C1' A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.000, 0.178, 0.357, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C4' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O2' A 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O3' B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C1' B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C3' A 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C4' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
N9 B 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C4 B 0, 0.000, 0.355, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.355 std_dev=0.355
O5' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C8 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
C5 B 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
OP2 B 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C5' A 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C2 B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
N7 B 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
P B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
N6 B 0, 0.000, 0.450, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.450 std_dev=0.450
C6 B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
OP1 B 0, 0.000, 0.464, 0.927, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.464 std_dev=0.464
N1 B 0, 0.000, 0.471, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.471 std_dev=0.471
P A 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
OP1 A 0, 0.000, 0.510, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.510 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O3' A 0, 0.000, 0.632, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.632 std_dev=0.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04
C2 0.06 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.31 0.06 0.08 0.04 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.02 0.07 0.05 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03
C4 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.21 0.03 0.10 0.09 0.09 0.09
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.07 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.00 0.17 0.15 0.17 0.16
C5' 0.01 0.05 0.04 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.16 0.17 0.11 0.03 0.19 0.20 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.18 0.01 0.18 0.15 0.19 0.17
C8 0.02 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.04 0.17 0.18 0.14 0.16
N1 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.25 0.04 0.14 0.10 0.15 0.13
N3 0.06 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.30 0.07 0.05 0.02 0.04 0.03
N6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.01 0.21 0.19 0.24 0.21
N7 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03 0.21 0.21 0.21 0.21
N9 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.08 0.10 0.07 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.00 0.10 0.03 0.12 0.06 0.12 0.08 0.13 0.09 0.06 0.00 0.07 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01
O3' 0.18 0.31 0.06 0.02 0.21 0.03 0.15 0.02 0.18 0.05 0.25 0.30 0.14 0.06 0.15 0.07 0.00 0.11 0.02 0.04 0.04 0.01
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02
O5' 0.01 0.08 0.04 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.17 0.14 0.05 0.21 0.21 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05 0.15 0.01 0.15 0.18 0.10 0.02 0.19 0.21 0.10 0.06 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.08 0.03 0.03 0.09 0.02 0.17 0.02 0.19 0.14 0.15 0.04 0.24 0.21 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.01 0.03 0.09 0.02 0.16 0.02 0.17 0.16 0.13 0.03 0.21 0.21 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.27 0.10 0.07 0.25 0.14 0.27 0.12 0.28 0.24 0.27 0.25 0.26 0.26 0.23 0.08 0.08 0.22 0.20 0.21 0.25 0.23
C2 0.14 0.13 0.04 0.02 0.16 0.09 0.16 0.06 0.15 0.16 0.13 0.14 0.14 0.16 0.15 0.01 0.05 0.16 0.15 0.15 0.20 0.17
C2' 0.15 0.28 0.05 0.01 0.24 0.10 0.26 0.08 0.28 0.20 0.29 0.25 0.27 0.23 0.20 0.03 0.00 0.18 0.15 0.15 0.20 0.17
C3' 0.15 0.19 0.07 0.06 0.18 0.13 0.19 0.12 0.19 0.17 0.19 0.18 0.17 0.19 0.17 0.05 0.06 0.18 0.17 0.16 0.24 0.20
C4 0.17 0.22 0.07 0.04 0.22 0.11 0.24 0.09 0.23 0.21 0.22 0.21 0.22 0.23 0.20 0.04 0.04 0.19 0.18 0.18 0.23 0.20
C4' 0.14 0.17 0.06 0.05 0.17 0.12 0.19 0.10 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16 0.18 0.16 0.05 0.06 0.17 0.17 0.16 0.24 0.20
C5 0.18 0.21 0.08 0.05 0.24 0.12 0.26 0.12 0.25 0.24 0.22 0.21 0.23 0.25 0.22 0.04 0.05 0.20 0.20 0.21 0.24 0.23
C5' 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.05 0.05 0.04 0.12 0.07
C6 0.19 0.17 0.09 0.06 0.23 0.13 0.24 0.13 0.22 0.24 0.18 0.19 0.20 0.25 0.22 0.03 0.06 0.20 0.22 0.22 0.25 0.23
C8 0.18 0.26 0.08 0.04 0.25 0.12 0.28 0.11 0.28 0.24 0.27 0.23 0.27 0.27 0.22 0.04 0.04 0.20 0.20 0.21 0.24 0.22
N1 0.18 0.11 0.07 0.06 0.18 0.13 0.19 0.11 0.16 0.20 0.12 0.14 0.15 0.19 0.19 0.02 0.07 0.19 0.19 0.19 0.23 0.21
N3 0.14 0.17 0.04 0.01 0.17 0.08 0.19 0.05 0.18 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.02 0.03 0.16 0.14 0.14 0.19 0.16
N6 0.19 0.15 0.09 0.07 0.24 0.14 0.27 0.15 0.23 0.27 0.17 0.18 0.22 0.28 0.24 0.02 0.06 0.21 0.24 0.25 0.26 0.26
N7 0.18 0.24 0.08 0.05 0.25 0.13 0.28 0.13 0.28 0.25 0.26 0.23 0.27 0.28 0.23 0.04 0.04 0.20 0.22 0.22 0.25 0.24
N9 0.18 0.25 0.08 0.04 0.24 0.12 0.26 0.10 0.27 0.23 0.26 0.24 0.25 0.25 0.22 0.05 0.05 0.20 0.19 0.19 0.23 0.21
O2' 0.26 0.41 0.14 0.10 0.36 0.19 0.38 0.17 0.40 0.31 0.41 0.38 0.39 0.34 0.31 0.11 0.08 0.29 0.24 0.24 0.27 0.26
O3' 0.36 0.34 0.31 0.31 0.36 0.36 0.37 0.34 0.35 0.37 0.33 0.35 0.32 0.37 0.37 0.30 0.31 0.39 0.39 0.39 0.49 0.43
O4' 0.19 0.24 0.11 0.08 0.24 0.14 0.26 0.12 0.26 0.23 0.25 0.23 0.24 0.25 0.22 0.09 0.09 0.21 0.21 0.22 0.27 0.24
O5' 0.00 0.02 0.07 0.08 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.06 0.04 0.04 0.03 0.10 0.07
OP1 0.05 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.08 0.06 0.04 0.00 0.08 0.09 0.09 0.17 0.12
OP2 0.01 0.03 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.11 0.06 0.02 0.03 0.02 0.09 0.05
P 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04
C2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.12 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.11 0.16 0.14
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.10 0.18 0.13
C4 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02
C5 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01
C5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01
N6 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.13 0.19 0.16
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.08 0.18 0.12
O4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04
O5' 0.04 0.04 0.11 0.08 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.11 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.11 0.10 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.13 0.08 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.02 0.16 0.18 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.19 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.00 0.14 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.12 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00