ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50478

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2' A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C3' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.000, 0.075, 0.150, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O5' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.000, 0.113, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C3' B 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O2' B 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
P A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
P B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C8 B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
OP1 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N9 B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
OP2 B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O5' B 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C5' B 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N7 B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.000, 0.232, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C5 B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
N6 B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
O5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.09 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04
C2 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.03 0.02 0.08 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01
C2' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.03 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03
C4 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.07 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03
C4' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04
C5 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.01 0.08 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.04
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.06 0.07 0.08 0.04 0.01 0.09 0.09 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02
C8 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.04
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.01 0.10 0.10 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02
N6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.01 0.10 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02
N7 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.02 0.01 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04
O2' 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04
O5' 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05
OP1 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.13 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.12 0.05 0.07 0.08
OP2 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.10 0.03 0.05 0.00 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.02 0.02 0.04
P 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.10 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.02 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.08 0.09 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.10 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00